魔法禁書目錄/時間線

學園都市歡迎您參與完善本條目☆魔法與科學交織之時，故事即將開始~
學園都市也歡迎編輯者加入萌娘百科編輯群萌娘百科學園都市分部：1141549110~
歡迎正在閱讀這個條目的您協助編輯本條目。編輯前請閱讀Wiki入門或條目編輯規範，並查找相關資料。萌娘百科祝您在本站度過愉快的時光。

本頁面不可避免地含有劇透，請謹慎閱讀。

本頁面羅列《魔法禁書目錄》系列中共通的完整故事時間線。

下面的時間線在吃書的基礎上保持各故事線的融洽，當各故事線出現矛盾，以小說《魔法禁書目錄》、漫畫《科學超電磁砲》和漫畫《科學一方通行》為主，以漫畫《魔法禁書目錄》、動畫《魔法禁書目錄》（I-III）、動畫《科學超電磁砲》（R/S/T）、動畫《科學一方通行》為輔。

故事發生的具體年份在作品中沒有提及。但據「亞雷斯塔的活動時間在七十年前」推測，故事的發生時間很可能在2017年。

快速跳轉：本年 7月20日 (禁書目錄降臨) 9月30日 (0930事件) 10月19日 (第三次世界大戰) 12月12日 (科隆尊篇)

未觀測的時間線上

魔神間的和平組織，真·格雷姆林 (Gremlin)，處於隱世中。作為最頂級的魔法師，魔神的願望與恐懼以幻想殺手的形式表現出來。

歐提努斯 (Othinus) 成為魔神，開始用自己的力量在自己的世界疊加了幾次相位。後來她定居在現世，也就是以後上条當麻出生並承載幻想殺手的相位。

被稱作銀之星 (Silver Star) 的男人打算建立一個盤踞在任何相位彼端、不依賴任何宗教的科學的世界。

古代

距今至少約4000年前，在埃及，幾千名奴僕被關進一座金字塔作為法老的陪葬。他們不希望自己的生命就這樣被白白浪費，於是匯集了大量知識與資源，最終使魔神奈芙蒂斯 (Nephthys) 誕生。

距今至少約4000年前，娘娘放棄了她的生命而成為了異端的屍解仙，最終成為魔神。

公元一世紀

神之子受到審判，而後被羅馬人釘在十字架上，長矛穿胸而死。三天後，他復活並升入了天堂。

科隆尊自稱，大多數源質 (Sephirah) 在當時遭到未知來源的攻擊，她犧牲自己拯救了世界。

6月29日

聖彼得 (St. Peter) 被處死了。不過他已經做好了準備，他選擇了現在會成為梵蒂岡這個國家的地方，在墳墓上豎立起了（死前準備好的）使徒十字 (Croce di Pietro)，建立了十字教的中心。

公元四世紀

出於對聖彼得的敬意，君士坦丁大帝 (Emperor Constantine) 下令在聖彼得的墳墓上方建造聖彼得大教堂 (St. Peter's Basilica)。

中世紀

文獻記載了可以從各種形式的魔女審判中存活下來的名為芙羅蘭·克洛伊杜尼 (Fräulein Kreutune) 的女性的記錄。

公元八世紀

倫巴第 (Lombards) 國王把權力交給梵蒂岡。

公元九世紀

由於威尼斯的權力不斷增長，羅馬正教準備創造出亞得里亞海女王 (La Regina del Mare Adriatico) 艦隊用來摧毀這個城市，以及它的影響和文化。

829年

商人把聖馬可 (St. Mark) 的遺體帶到威尼斯從而擴大了威尼斯的勢力和影響。後來，他們建造了聖馬可大教堂 (St. Mark's Basilica) 來盛放聖馬可的遺體。

亞得里亞海的女王終於製造完成，然而因為擔心威尼斯的毀滅會導致經濟危機，所以並未使用。

公元十二世紀

1170年12月29日

大主教托馬斯·貝克特 (Thomas Becket) 在坎特伯雷大教堂 (Canterbury Cathedral) 被英國王室暗殺。

1182年

雷蒂麗·坦格洛德 (Ladylee Tangleroad) 出生，後來成為女預言家。

1189-1192年

第三次十字軍東徵發生，是雷蒂麗最有可能參加的一次十字軍東征。雷蒂麗·坦格洛德吃下了她救的一個士兵給她的魔法果實 (ambrosia) 後變得不死。

文藝復興

公元十四世紀

1309年

阿維尼翁教廷 (Avignon Papacy) 事件開始，教皇從教皇國遷到阿維尼翁。梵蒂岡到阿維尼翁的地脈被建立。

1346-1350年

黑死病肆虐歐洲，造成數百萬人死亡。

1378年

阿維尼翁教廷事件結束。

公元十六世紀

1519-1521年

埃爾南·科爾特斯 (Hernán Cortés) 率領一支遠征隊為西班牙探索和殖民墨西哥。阿茲特克人把他誤認為是羽蛇神 (Quetzalcoatl)，便創造了魔神特茲卡特利波卡 (Tezcatlipoca) 來對抗他，來源於此的確切事件尚不清楚，但阿茲特克帝國落入西班牙，特茲卡特利波卡最終加入了真·格雷姆林。

1546年

米開朗基羅 (Michelangelo) 接受聘用，參與了聖彼得大教堂的建築工作。

1549年

方濟各·沙勿略 (Francisco de Jasso y Azpilcueta) 抵達日本，在九州島開始傳播羅馬正教，未來的天草式十字淒教將在那裏形成。

公元十七世紀

400年前

奧貝德·羅森塔爾 (Obed Rosenthal) 因異端邪說被那裏的拉比 (rabbi，猶太教神職人員) 流放，最終來到了中國。

1603年

德川幕府上台，日本開始進入江戶時代。由於它對包括十字教在內所有外國勢力的迫害，天草式十字淒教潛入地下活動。

1605年

年僅19 歲的德國方丈 Johannes Valentinus Andreae 發明並傳播了 Chymische Hochzeit (Chymische Hochzeit，lit. 「Chymical Wedding」) 文本，用他的騙局製造了玫瑰十字會 (Rosicrucianism)。

1642-1646年

英國內戰爆發。卡提爾正統在它的力量失控後丟失，使得革命得以成功。

公元十八世紀

18世紀50年代

聖日耳曼伯爵 (St. Germain) 首次現身巴黎上流社會。

1784年

官方記載聖日耳曼伯爵 (St. Germain) 因病去世，葬於德國。

公元十九世紀

1821年

伊能忠敬繪製的《日本沿海輿地全圖》出版，上面繪製了日本的47個渦點，完全顛覆了偶像理論。

1858年6月2日

多納蒂 (Donati) 彗星是第一顆相片記錄下的彗星，攝影者是喬瓦尼·巴蒂斯塔·多納蒂 (Giovanni Battista Donati)，持續數月可觀測。不久後，多納蒂星座 (Donati's Horoscope) 誕生。

1868年5月3日

明治維新開始，江戶幕府統治時代結束。然而，天草式十字淒教的存在並沒有因此公開。

1870年

雷蒂麗·坦格洛德 (Ladylee Tangleroad) 訪問巴黎，和另外兩個人一起拍了照片。

1875年10月12日

愛德華·亞歷山大·克勞利 (Edward Alexander Crowley) 出生。

1887年

威廉·韋恩·韋斯科特 (William Wynn Westcott)、塞繆爾·利德爾·麥格雷戈·馬瑟斯 (Samuel Liddell MacGregor Mathers) 和威廉·羅伯特·伍德曼 (William Robert Woodman) 創立了黃金黎明。韋斯科特使用他偽造的 Sprengel Letters 為他幫助建立的 Magic Cabal 提供聲望和合法性，聲稱他們獲得了由 Anna Sprengel 領導的德國玫瑰十字會 (Rosicrucian) 建立英國分支機構的許可。

1898年

亞雷斯塔·克勞利在馬瑟斯介紹下加入黃金黎明。

公元二十世紀

與許多歐洲魔術師在利用現有資源無法突破的死胡同後到別處尋找答案一樣，亞雷斯塔·克勞利前往非洲尋找新的信息和答案。抵達沙漠後，他將三位埃及神祇的名字，伊希斯、奧西里斯和荷魯斯，加入到他的「永恆」概念中，遭到奈芙蒂斯的嗤笑。

1900年4月

為了改變未來的女兒莉莉絲的命運，亞雷斯塔·克勞利對黃金黎明採取了行動。他在獲取了馬瑟斯的血樣後，在布萊斯街戰役中佔領了布萊斯街36號結社的設施，並用馬瑟斯的血偽造了一份上面有馬瑟斯的命令文件，從而引發了維斯考特與馬瑟斯派系之間的戰爭。

在隨之而來的衝突中，亞雷斯塔暗中擊倒了結社成員，最終在布萊斯街承載着幻想殺手的箭的幫助下殺死了維斯考特和馬瑟斯。隨着箭在最後之戰中被摧毀，幻想殺手改變宿主，被亞雷斯塔擊倒的黃金黎明的魔法師們被詛咒着，有的死去有的則苟活下來，而他們的所有抉擇都註定要失敗，黃金黎明魔法結社解體，繼任的組織隨後興起，但沒有一個達到黃金黎明的水平。

1904年

亞雷斯塔·克勞利在埃及之行中以自己的妻子為媒介，與聖守護天使艾華斯取得了聯繫，艾華斯所傳達的知識隨後被編入《法之書》(Book of the Law)。亞雷斯塔不知道，艾華斯此時採取措施，確保了他那仍然在子宮中並註定會在幾年內死去的女兒莉莉絲的本質在另一個相位被帶到安全的地方。

7月28日，莉莉絲·克勞利 (Nuit Ma Ahathoor Hecate Sappho Jezebel Lilith Crowley) 出生

1909年

在非洲之旅中，亞雷斯塔試圖穿越生命之樹之間的深淵時，與大惡魔科隆尊取得了聯繫，亞雷斯塔並不知道，它是被馬瑟斯召喚來為了把自己引向毀滅的惡魔。惡魔突破了他的束縛，暫時佔據了亞雷斯塔的身體。但是他的學徒維克多·諾伊伯格 (Victor Neuburg) 履行了他的職責趕走了惡魔，後來科隆尊從非洲去往英國，藏在紙莎草山中，並掌控了亞雷斯塔的二女兒勞拉。

1910年

自稱是「千里眼」的御船千鶴子接受了東京帝國大學的心理學助理教授福來友吉的測試，他最終相信她的能力是真實的。第二次測試由東京帝國大學校長山川健次郎監督，測試中她透視了一封密封信中隱藏的信息並露餡，受到輿論的質疑。

1917年

亞雷斯塔·克勞利出版了被稱為《月之子》(Moonchild) 的原典。

1919年

迪翁·福春 (Dion Fortune) 在米娜·馬瑟斯的關照下加入黃金黎明。

1920年

亞雷斯塔·克勞利前往意大利的西西里島 (Sicily) 開展他的活動。

艾華斯口授的《法之書》的傳言顯現出來。

亞雷斯塔宣稱歐西里斯時代 (Aeon of Osiris) 的結束和荷魯斯時代 (Aeon of Horus) 的開始將會隨着《法之書》的撰寫而一同到來。

1923年

亞雷斯塔·克勞利的西西里島之旅結束。

1926年

H.P.洛夫克拉夫特 (H. P. Lovecraft) 出版了短篇故事《克蘇魯的呼喚》(Call of Cthulhu)，創造了一個克蘇魯神話的虛構世界。受到啟發的魔法師們將克蘇魯神話也納入了魔法的體系中。

1929年6月7日

意大利王國和羅馬教廷批准了《拉特蘭條約》(Lateran Treaty)，正式確立了梵蒂岡城的王權。

1947年

美蘇冷戰開始。隨後兩國均開始投入財力進行超能力的研究，以用於軍備擴張。

12月1日，亞雷斯塔·克勞利被官方記載為死亡。實際上，冥土追魂在英國鄉間將其救起，並向他說起遙遠的日本，即之後五行機關和學園都市的所在地。

1962年

古巴導彈危機。

20世紀70年代

美國的星門計劃 (Stargate Project) 啟動。

1990年

海灣戰爭開始，鋼鐵破壞者MX被投入使用。

1991年

海灣戰爭結束。

1995年

星門計劃被取消。

未知年份

被稱作僧正的僧人準備坐化，希望成為佛陀以拯救他人。然而，受到了阻礙的僧正最後成為了魔神。

一個古埃及的派系準備犧牲無辜的少女以證明來生的存在。然後奈芙蒂斯出手毀滅了這個派系，並告知她反對犧牲。

以前是虛假的聖日耳曼的身份和傳說，被賦予了「生命」。

就像其他毫無靈感所以前往其他國家尋找靈感的魔法師一樣，亞雷斯塔·克勞利也前往了非洲。到達沙漠後，他把埃及神的名字，即伊西斯，奧西里斯和荷魯斯，納入他時代的概念，逗笑了奈芙蒂斯。他同時也召喚了一個誰也沒有聽說過的大惡魔。

四個天使與對應的相應的四大元素發生了錯位，世界陷入崩壞危機，以至於天使墜落這種術式能夠被發動。

半個世紀前，亞雷斯塔·克勞利正式建立學園都市，之後搬入沒有窗戶的大樓，並將芙羅蘭·克洛伊杜尼囚禁於內。

某年10月9日，學園都市以城邦身份獲得獨立。

雅妮絲·桑提斯 (Agnese Sanctis) 的雙親被害，然後被羅馬正教收留。

木原幻生使用了他的孫女作為體晶的第一個試驗品。

冥土追魂批評了木原幻生為了達到SYSTEM使用體晶的行為。

約20年前

雪莉·克倫威爾參與了英國清教與學園都市合作的能力者兼魔法師融合計劃，負責向名為艾利絲的能力者教授魔法，二人成為朋友。實驗以失敗告終後，英國騎士派的反對勢力前來摧毀設施，艾利絲為幫助雪莉逃走而被殺害。

一位美國荷里活電影製片人設計並製作了一個巨大的人工島作為電影的背景。在電影拍攝的最後，拆除船員們所做的成果被視為一種浪費——因此，這個島嶼沒有被摧毀，而是作為一個海濱度假勝地和主題公園再次發揮作用。

14年前

5月2日

御坂美琴出生了。

約10年前

吸血鬼被姬神秋沙吸引到她所在的村莊，將整個村莊全部轉變為吸血鬼，之後整個村莊被姬神的「吸血殺手」能力引致全滅。

14歲的第三王女薇莉安被羅馬正教為數不多的組織之一西班牙星教派所綁架。英國皇室拒絕援救薇莉安，因為他們希望以此作為藉口攻打西班牙星教派。騎士團長因為身份無法干涉，威廉·奧威爾決心進入戰場——因為他不是騎士，而是傭兵。騎士團長想幫助威廉，但威廉把他打暈了，這樣騎士團長就可以保住自己的位置，從內部改變英格蘭，防止類似這樣的情況再次發生——這是威廉做不到的。

上条當麻因不幸體質而被流言蜚語困擾，父親上条刀夜因而將其送到崇尚科學的學園都市。受其到來影響，風斬冰華誕生。

5-6年前

一方通行的能力先後造成同學和老師受傷，隨後在逐漸升級的警備員鎮壓中毫髮無損。之後他被送入特別班級，並開始尋求變得「絕對無敵」的方法。

御坂美琴被研究人員哄騙，交出了DNA圖譜。

五年前，魔法結社從天而降的諸神之門組織了一個計劃，帶領15名成員掌控梵天神箭。 這個計劃帶來了災難性的後果， 14人死亡，只有烏雷亞帕蒂·艾克西卡有限地掌握了Astra。

3年前

在羅馬正教擔任魔道書記錄官的奧雷歐斯·伊薩德，秘密來到英國清教分享捕獵魔女的方法，與茵蒂克絲相遇。

雷蒂麗·坦格洛德策劃星軌之門的獵戶座號宇宙飛船失事，以發動令自己死去的魔法陣，但由於莎特奧拉·塞昆齊亞的願望誕生了鳴護艾麗莎，其歌唱引發的奇蹟令機上88人全部生還，被媒體稱為88人的奇蹟。

計劃失敗後，雷蒂麗收購星軌之門社，開始建造宇宙電梯安迪米昂。

後方之水與另一個聖人作戰，這場戰鬥的結果尚不得而知。

春天

木原加群的學生被由木原病理指使的兇手所襲擊，木原加群為了保護學生殺死兇手，但之後無法原諒自己並想要復仇，離開學園都市，受瑪麗安·斯琳格奈亞教導學會魔法，改名貝爾西加入格雷姆林。

8月2日

由Arlands Darkstreet領導的魔法結社待喚醒之黑暗嘗試在太平洋海域召喚克蘇魯神話中的沉沒之城拉萊耶以獲取「靈感」。這次召喚儀式導致海域上一艘名為「禿鷲號」的資源勘探船上的103名船員全部發了瘋。

2年前

留精棄粗枝先絆理轉入先進教育局，與夥伴春上衿衣分別。身為研究員的木山春生受木原幻生指派，擔任包括枝先絆理在內的棄童班級的老師。

神裂火織離開天草式十字淒教加入英國清教的必要之惡教會，建宮齋字成為天草式代理教皇。

史提爾·馬格努斯與神裂火織成為茵蒂克絲的監護人，並為她又一次消除了記憶。

固法美偉加入了Big Spider。

結標淡希進行坐標移動自己的測試，失誤將腳卡在牆中，從此留下心理陰影，不能自如地傳送自己。

警策看取在才人工房與編號為0號的御坂妹妹桃莉成為朋友。知道桃莉即將死去的警策為了幫桃莉伸張正義被帶走。

食蜂操祈在才人工房接受研究時，在研究員安排下與桃莉成為朋友。桃莉由於克隆人的壽命限制死去，食蜂也得知自己將在實驗結束後被處理掉，於是她將整個才人工房的研究員全部洗腦，進入常盤台中學就讀。

1年前

木原幻生的暴走能力的法則解析用誘爆實驗成功，製成了體晶，但代價是木山春生的學生陷入昏迷。後來為拯救他們，木山開發了幻想御手用於支撐大量計算。

4月

土御門元春進入學園都市成為間諜，並收養土御門舞夏為義妹。但他的間諜活動很快就被發現，不得不成為雙面間諜以維生。

夏季

L.S.S.的首領松尾龍介決定抓捕蜜蟻愛愉用於喚醒發源檢體，以實現自己的邪惡願望。為了保護蜜蟻愛愉，上条當麻和雲川芹亞全力奔走。

7月

茵蒂克絲被消除記憶後發現自己身處日本，並被魔法師追殺中，開始了她持續一年的奔逃生活。

8月

上条當麻撞到食蜂操祈而丟掉了手機。以為這是新式搭訕方式的食蜂好心地歸還了手機，認識了上条當麻。但是，這讓上条當麻錯過了蜜蟻愛愉發的短訊，導致蜜蟻沒有得到拯救。

對桃莉、外裝代腦等記憶感到疲憊不堪的食蜂在準備消除自己記憶時遇到了上条當麻。

在之後上条當麻跟食蜂操祈因為各種邂逅留下了美好的回憶，食蜂也徹底被上条馴熟。然而學園都市針對亞雷斯塔的不合作一派，科學家蠢動俊三決定派人抓捕回收食蜂操祈。在身着高速移動驅動鎧的Skill-Out威脅下，上条當麻為食蜂操祈勇敢地站了出來與他們戰鬥。然而，最後上条當麻因為失血過多無法使用麻醉劑而無力回天。對上条使用能力的食蜂操祈救活了上条，卻帶來了「上条當麻一定會忘記自己」的副作用。

秋季

風紀委員新生白井黑子與初春飾利在實習中相識，並與前輩固法美偉解決了絕對等速搶劫案。

秋季至冬季，一方通行受邀參與絕對能力進化計劃，在不自覺中殺死了1號御坂妹妹。

本年

1月

1月第三個星期五

Skill Out中的駒場利德、濱面仕上、服部半藏半夜搶劫ATM機，在逃跑途中被黃泉川愛穗逮捕。半藏對黃泉川一見鍾情（此時，對無能力者的追捕顯著增加）。

1月或2月

黑妻綿流被釋放。

2月

2月第一個星期五

神裂火織在倫敦一個牛仔褲店主的店內遭遇剪牛仔褲狂魔瓦爾基里。

2月第四個星期五

上条刀夜在意大利時，為了給上条當麻尋求幸運物而反覆偶遇芭比娜及其導師麗多薇雅·羅倫婕蒂。麗多薇雅為刀夜的愛子之心感動，塞給刀夜大量魔法紀念品，間接促成了天使墜落；並決定與歐莉安娜·湯姆森合作利用使徒十字感化學園都市。

3月

3月15日（第三個星期五）

削板軍霸從小混混手中救下原谷矢文並打倒了橫須賀。

4月第一個星期五

巴西的伊妮絲向媒體講述自己的故事：一窮二白的她欲向仇家動手復仇，卻被御坂旅掛阻止，並被其建議以家電回收為商機，從而白手起家致富。

4月

白井黑子進入常盤台中學，遇到了御坂美琴。

4月第四個星期五

白井黑子在學舍之園內的理髮店理髮，與老闆聊起原石的事。

5月

5月第二個星期五

歐雷爾斯在米蘭從人販子手中救出100多個孩童。

5月11日

御坂9982號在研究所內誕生，後受指派去處理數名妹妹的屍體。

5月第三個星期五

小郭在尋找服部半藏的途中遇到了濱面仕上。濱面仕上在和小郭談話時，開玩笑地表示他懷疑他的朋友服部半藏可能是忍者的倖存後代。濱面的猜想是正確的。

6月

6月17日

上条當麻和御坂美琴的初次相遇：上条當麻誤以為御坂美琴被小混混威脅，不小心口出狂言，結果御坂美琴電翻了除了上条當麻以外所有人。此後御坂美琴一直試圖打敗上条當麻。

6月某日

白井黑子強迫御坂美琴的室友搬走，並讓自己成為其室友。

7月

7月1日到3日

御坂美琴去俄羅斯為學園都市的合作夥伴參加能力實演，後來該事件牽涉到了魔法結社預備軍新生之光。

7月的第一周

某個原石少女在逃避追捕的時候遇到了上条刀夜、田中和御坂旅掛。

刀夜和田中通過劫持一架塞斯納飛機並讓它爆炸來偽造自己的死亡。

7月的第二周

雲川芹亞聯繫了學園都市的統括理事之一的貝積繼敏，他們就原石的處理進行了交談。他們也順便討論了幻想殺手。

上条當麻被故障的噴水器淋得渾身濕透之後偶然遇見了雲川芹亞。

7月10日

大能力者（Level 4）的量子變速能力者釧路帷子陷入昏迷。

7月11日

第一次虛空爆炸事件發生。

7月16日

幻想御手篇開始。

白井黑子、初春飾利和御坂美琴處理一起由強能力者（Level 3）發火能力者發起的搶劫案。

7月17日

被誤認為是新來的風紀委員後，御坂美琴幫助一名風紀委員尋找找硲舎佳茄的包，她誤認為這個包與虛空爆炸案有關。所幸虛驚一場，她把包原封不動地還給了佳茄。

上条當麻遇到了要求和他在河岸決鬥的御坂美琴。戰鬥結束後，美琴追了當麻一晚上。

固法美偉和另一位風紀委員在Green-Mart檢測到重力炸彈後想要撤離。但此時炸彈被觸發了，對想要保護腿受傷的女孩的同行的風紀委員造成了嚴重傷害。

7月18日

釧路帷子被懷疑與虛空爆炸案有關，引起了第七學區的警報。

在Seventh Mist的虛空爆炸案中，上条當麻救了御坂美琴、初春飾利和硲舎佳茄。但是其他人都以為是御坂拯救了大家。御坂對「自顧自耍帥」的上条很不爽。

7月19日

初春飾利感冒加重。

在Benny’s餐廳，上条當麻無意中擾亂了御坂美琴嘗試從不良少年的團伙中得到幻想御手信息的計劃。從她手中救出那些小混混後，上条當麻在鐵橋面對御坂美琴。

上条當麻和御坂美琴的這次相見造成了全市範圍的停電。

隨着停電，茵蒂克絲失足進入了學園都市。為了從史提爾·馬格努斯和神裂火織的追捕下逃脫，她從一個屋頂跳到另一個屋頂，結果掉在了上条當麻宿舍的陽台欄杆上。

7月20日

介旅初矢等使用幻想御手的人昏迷，此事使得研究腦科學的木山春生出面。

佐天淚子得到幻想御手。

上条當麻遇到茵蒂克絲並毀壞了她身上的移動教會，茵蒂克絲離開後上条參加補課。

御坂美琴、白井黑子、初春飾利和佐天淚子同木山春生對於幻想御手進行交談。

御坂美琴告別四人後追上上条當麻卻被其打發走並造成了心理創傷。

上条回到家卻發現倒在血泊里的茵蒂克絲，後戰勝趕來的史提爾·馬格努斯，帶着茵蒂克絲前往月詠小萌家避難。

白井黑子通過徹夜的調查得到了幻想御手的音頻文件。

7月21日

接下來的三天裏，上条當麻和茵蒂克絲躲在月詠小萌家避難。

佐天淚子從販賣幻想御手的偏光能力者和他的團伙手下保護了鋼盾掬彥，但是反而讓自己也陷入了這場事件。

為了擊敗偏光能力者，白井黑子摧毀了一棟建築，救了淚子和掬彥。害怕的同時淚子覺得自己無能，和同學明美、小睦和真子一起分享了幻想御手程序。

初春飾利聯繫木山春生有關幻想御手的事情卻被誤導。

7月22日-23日

白井黑子連續調查幻想御手的使用人群。

7月24日

經過思考，御坂美琴對於擊敗上条當麻這件事重新充滿了信心。

由於使用幻想御手，明美陷入昏迷，感到害怕的佐天淚子跟初春通電話後也陷入昏迷。

在冥土追魂的幫助下，御坂白井查出了幻想御手的創造者是木山春生。木山把初春飾利當作人質拖延了一段時間，她試圖用幻想御手網絡代替樹狀圖設計者進行一些計算。御坂美琴和木山對戰。木山春生的戰敗導致幻想猛獸被釋放。。

御坂美琴用超電磁砲擊殺了幻想猛獸，初春配合御坂將木山給予的治療文件上傳到全學園都市內播放，而木山春生也被逮捕。淚子和其他幻想御手的受害者從昏迷中甦醒。幻想御手篇結束。

上条當麻和茵蒂克絲出發去澡堂。在途中兩人分開，上条當麻被神裂火織襲擊。知道了茵蒂克絲的記憶清除以及她和神裂、史提爾之間的關係後，當麻試圖強迫神裂放棄她的打算。但最終他被擊敗了，昏迷了三天。

7月某日

木原那由他在醫院得知了自己作為留精棄粗的朋友們的情況。

7月第四個星期五

史蒂芬妮·葛潔帕蕾絲和砂皿緻密因為3天前由於史蒂芬妮的暗殺失敗展開了聊天，後砂皿緻密替史蒂芬妮善後。

暑假某日

御坂美琴因為120日元跟削板軍霸打了一架，最後被常盤台中學的舍監給阻止了。木原那由他以風紀委員的身份進行一定干預、操作，但是她還是低估了超能力者們的強大。受了重傷的木原那由他無法阻止泰瑞絲緹娜·木原·萊夫雷恩的計劃。

7月25日

由於晚歸，御坂美琴和白井黑子被罰打掃泳池一天。

7月27日

上条當麻昏迷三天後醒來，明確了自己想要保護茵蒂克絲的願望。

史提爾·馬格努斯和神裂火織到達月詠小萌家，將在午夜執行記憶消除。

7月28日

在二人離開的時候上条當麻無意中觸發了茵蒂克絲的自動書記模式，使她開始暴走。上条當麻告訴了史提爾和神裂火織他們被教會欺騙的事實，三人開始合力對抗茵蒂克絲。

凌晨0:22，上条當麻偏轉茵蒂克絲的強大攻擊，因此樹狀圖設計者被毀。上条當麻在保護茵蒂克絲不被她自己攻擊的餘波傷害時失憶了。

上条當麻在醫院治療時，為了不讓茵蒂克絲傷心，他在失憶這件事上向她撒了謊，稱自己沒有任何後遺症。

英國清教和學園都市達成了一項合作協議。

7月某日

魔法結社有翼者歸來派遣艾扎力潛入學園都市調查監視上条勢力，並確定其是否有害。如果確認有害，艾扎力需要利用他的皮膚術式引起內訌而從內部瓦解上条勢力。

8月

8月某日

菱形幹比古的妹妹菱形蛭魅去世了。不久後，埃斯特·羅森塔爾嘗試復活她，結果誕生了名為檮杌的靈魂，但其實際上是羅森塔爾家族的第四代頭領伊薩克，佔據了她的身體。後來，一個自稱是惡魔的人通過檮杌聯繫了菱形幹比古，告訴他如何通過10000次的死亡來實現他創造完美魔像的夙願。伊薩克利用了菱形幹比古對他妹妹的感情。

馬克·史佩斯SS的劇情開始。

8月1日

統括理事會和其他國家的幾位領導人正在第三學區的會議大樓開會，一名恐怖分子試圖襲擊那裏，他們計劃用一輛載有裝滿危險液體燃料聯氨的、本是牛郎星Ⅱ號附加模塊的衛星引導車衝擊建築物。在初春飾利、黃泉川愛穗、山嶽揚子和警備員們的共同努力下，災難得以避免。御坂美琴和白井黑子繼續追捕肇事者。

8月2日

常盤台中學舉行了盛夏祭。

8月第一周

Big Spider篇開始，並在當周結束。黑妻綿流和蛇谷次雄被捕後，Big Spider解散。

亂雜開放篇開始。各地開始發生亂雜開放現象，疑似跟春上衿衣有關，御坂美琴等人展開調查。泰瑞絲緹娜用計帶走棄童，企圖讓春上衿衣成為首位Level 6。

8月8日

吸血殺手篇開始。

羅馬正教的十三騎士和遠程轟炸術式葛利果聖歌隊，在與奧雷歐斯·伊薩德交戰後被擊敗。

8月9日

亂雜開放篇結束。木山春生的學生們從昏迷中甦醒。泰瑞絲緹娜·木原·萊夫雷恩被拘留。

8月10日

御坂美琴知曉了關於"偏僻地點出現了現金卡"的都市傳說。傍晚，御坂美琴遇到布束砥信，被布束吊起興趣調查得知被廢除的超能力者克隆計劃。在她走後某一名御坂妹妹趕到刪除了數據。

8月15日

御坂美琴在陪小孩子玩之後遇到了御坂9982號。兩人交流後分開，御坂美琴繼續調查克隆人的來歷，得知了絕對能力進化計劃的具體情況。

20:00，絕對能力進化計劃第9982次實驗開始。最後在趕來的御坂美琴的注視下9982號被一方通行殺死。御坂美琴情緒失控攻擊一方通行卻遭受慘敗，在眾多妹妹的解釋下一方通行放下失去信心的御坂美琴離開。

8月16日

徹夜未歸的御坂美琴遇到了布束砥信，交流後二人分別以自己的方法阻止計劃。

8月16日-8月18日

御坂美琴變裝在外不斷摧毀和實驗有關的設施，直到剩下兩所為止。暗部組織ITEM受到僱傭參與事件。

8月19日

御坂美琴和ITEM的芙蘭達相遇激戰，在戰勝之時同屬ITEM的瀧壺理后和麥野沉利加入戰局，御坂美琴艱難摧毀設施後逃脫。麥野沉利得知計劃後收手。

布束砥信進入另一家機構並試圖給妹妹植入情感程序，結果由於沒有20001號的上位密碼導致失敗，並被ITEM的絹旗最愛抓走。

8月20日

妹妹篇(禁書目錄)開始。

御坂美琴調查另一家機構時認為計劃已經結束，之後相遇上条當麻。一段時間後見到了御坂妹妹10031號得知計劃沒有停止。之後當麻遇到了10032號。

8月21日

御坂美琴瘋狂摧毀與妹妹相關的研究設施，在意識到該行動無用之後想要篡改樹狀圖設計者的計算數據，但發現樹狀圖設計者已經被毀。此時在監控中看到了御坂10031的死亡直播，她萬念俱灰。

當麻發現了死掉的御坂妹妹10031號和眾多御坂妹妹。他潛入御坂美琴宿舍調查，並最後在一座橋上遇到了御坂美琴。御坂美琴此時為了使妹妹不受殘害決心孤獨赴死，失去了判斷能力的她和上条當麻在橋上大戰。

為了拯救自暴自棄一心尋死的御坂美琴同時為了讓學園都市放棄整個絕對能力進化計劃，上条當麻獨自跟一方通行戰鬥，並且成功擊敗了他。而後一方通行使用的等離子攻擊也被妹妹們合力消除，自此上条當麻完成了「以無能力者（Level 0）之軀戰勝超能力者（Level 5）」的成就。御坂開始傾心於上条當麻。以一方通行為中心的絕對能力進化計劃被取消。

8月24日

艾扎力襲擊了海原光貴但是並未殺掉對方，他使用海原的外表跟蹤御坂美琴，目的是得到美琴的外貌而在上条的夥伴中挑撥離間。但是實際上他喜歡上了御坂美琴。

8月27日

由於想要通過戰勝打敗過一方通行的人來獲得地位的小混混發起的襲擊越來越多，在學園都市高層的催促下，上条當麻被迫帶着茵蒂克絲暫時離開學園都市以減少騷亂的發生。由於元素的扭曲，上条刀夜在各種巧合中無意間觸發了天使墜落術式。結果，大天使加百列借用了莎夏·克洛伊潔芙的身體出現在地球上，使用的名字叫米夏·克洛伊潔芙。

婚后光子轉到常盤台中學，結果在找她的宿舍的時候迷路了。御坂美琴後來利用光子擺脫了追蹤她的艾扎力。然後光子和美琴一起閒逛，光子完全不知道美琴的Level 5身份，而對她的如此大的名氣感到不解。

8月28日

天使墜落篇開始。受天使墜落影響的人們外表被替換，為了消除術式，上条當麻和神裂火織等人開始調查，但鎖定錯了目標火野神作，真正「嫌疑人」是上条刀夜，米夏欲殺死刀夜。在神裂火織和土御門元春的努力下，天使墜落術式被解除。

8月30日

天使墜落篇結束。上条當麻回到學園都市在某醫院治療。

8月31日

白天，艾扎力被上条當麻打敗，上条當麻和他定下誓約，要「守護御坂美琴和她周遭的世界」。艾扎力承認了他的任務失敗，從而背叛了有翼者歸來。

一方通行初遇最後之作。經過一些波瀾之後，背叛學園都市的研究員天井亞雄搶走了最後之作試圖啟動她腦中的病毒用來控制位於世界各地的妹妹以打擊協力機關，從而顛覆學園都市。一方通行在芳川桔梗指出的兩條道路之中選擇了保護最後之作，用自己的能力初始化了最後之作的人格代碼清除了病毒。為了保護最後之作，一方通行被天井亞雄射中頭部。在此之後他憑着自己的意志利用能力維持着自己和因與天井亞雄互相開槍瀕死的芳川的生命。

魔法師暗咲逢魔為拯救心儀女人的性命而入侵學園都市，劫持禁書目錄，意圖獲取原典《抱朴子》的知識，後被上条當麻擊敗。當麻跟隨他潛出學園都市救了他心儀的女人。

9月

9月1日

魔法師雪莉·克倫威爾攻擊了學園都市，尤其是第七學區地下購物中心，試圖挑起魔法與科學的戰爭。事件後虛數學區·五行機關的核心AIM生命體風斬冰華和上条當麻與茵蒂克絲成為了最好的朋友。

《科學一方通行》的故事開始了。晚上，一方通行在醫院休養的時候見到了埃斯特·羅森塔爾。一方通行為了查明事情的真相和DA戰鬥。結果從DA使用的驅動鎧中掉出了人皮挾美的屍體，

9月2日

生化智能計劃的參與者菲布理珍妮姐妹被布束砥信帶走參與新的治療。

9月2日凌晨，垣根帝督從小混混手中救出了槓林檎，又擊敗了前來抓槓林檎的DA·覺醒小隊，帶着槓林檎在外面吃了一頓飯，槓林檎睡了一覺之後，垣根帶她到戶外檢查能力，結果被黑夜海鳥引誘到實驗設施內故意讓槓林檎能力暴走，垣根破壞了研究所帶出槓，晚上，槓向垣根講述了自己的過去，木原相似指揮DA·覺醒闖入SCHOOL的據點，帶走了槓林檎。

9月2日上午，一方通行，埃斯特·羅森塔爾,最後之作三人前往家庭餐廳。

9月3日

御坂美琴、白井黑子、初春飾利和佐天淚子被隨機選中參加學園都市的為期七天的交換項目。他們被帶到位於美國加利福尼亞沿岸的人工島——學藝都市，後來被捲入了與阿茲特克魔法師有關的陰謀。

9月3日凌晨，垣根帝督帶領SCHOOL前往尋找並救出了槓林檎，殺了木原相似，但是，不過一會，一段來歷不明的自毀代碼在槓林檎體內啟動，槓林檎死亡。

9月6日

天草式十字淒教與雅妮絲部隊發生了第一次小規模交戰，來保護奧索拉·阿奎納和所謂的《法之書》解讀法。法之書篇開始。

9月8日

奧索拉·阿奎納害怕自己所擁有的「《法之書》的解讀法」被他人濫用所以逃走，上条當麻遇見了她，並決定介入法之書事件。

9月9日

上条當麻在史提爾·馬格努斯以及天草式眾人的幫助下拯救了奧索拉，而「《法之書》的解讀法」也被證明是錯的。「學園都市-英國清教」與「羅馬正教-俄羅斯成教」的對立局面初步展開。

雅妮絲部隊被羅馬正教當作替罪羊。她們被認為是有罪的人，後來被送到女王艦隊當作勞動力。

法之書篇結束。天草式十字淒教和奧索拉·阿奎納加入英國清教。

9月9日之後

奧索拉·阿奎納事件發生後的幾天，天草式參加了一次加入必要之惡教會的考試。必要之惡教會陷入了「待喚醒之黑暗」、英鎊成員國和皇家天文學研究機構的個人陰謀中。

9月14日

樹狀圖設計者殘骸篇開始。

結標淡希和科學結社合作盜取樹狀圖設計者的殘骸，並重傷了白井黑子。後來因為被白井黑子指出本質而能力暴走，最終被上条當麻阻止。走投無路的結標淡希被一方通行擊敗。

9月的第三周

御坂美琴試圖使用黑客手段入侵「書庫」，但被「守護神」阻止。

大霸星祭篇開始。學園都市邀請了所有的Level 5參與大霸星祭致辭，但是最後只有食蜂操祈和削板軍霸參加。

9月15日

樹狀圖設計者殘骸篇結束。上条當麻與茵蒂克絲一同探望御坂妹妹和被結標淡希重傷的白井黑子。

《劇場版 魔法禁書目錄 安迪米昂的奇蹟》的劇情開始。早上，上条當麻與茵蒂克絲被艾麗莎的演唱所吸引，三人就此結識。同時艾麗莎收到了自己成功通過選拔的電話，上条當麻和茵蒂克絲都為其慶祝。

晚上，英國清教察覺有人想利用鳴護艾麗莎引起科學側與魔法側的戰爭，於是派史提爾與其徒弟襲擊艾麗莎和上条當麻，但被暗中保護艾麗莎的黑鴉部隊阻止，在神裂火織的命令下不得以只能撤退。上条當麻則將艾麗莎送到宿舍暫住。

9月16日

上条當麻因為睡眠不足，導致被月詠小萌懲罰明天要上補習班，抽不出空陪同鳴護艾麗莎。

9月17日

早上，鳴護艾麗莎找來了御坂美琴以及她的朋友參與安迪米昂的宣傳活動。於此同時，上条當麻跟蹤莎特奧拉·塞克溫茨雅，插入與自動人偶的戰鬥中。雷蒂麗·坦格洛德為了讓人相信奇蹟，讓自動人偶引爆了地下的炸彈，奇蹟再一次發生，現場的觀眾沒有一人受傷。

晚上，上条當麻鼓勵鳴護艾麗莎，讓她堅信自己的歌唱。艾麗莎又開辦了大型室內演唱會，而上条當麻則詢問神裂火織得知艾麗莎可能為聖人。英國清教得知雷蒂麗·坦格洛德的計劃，於是史提爾的徒弟偽裝服務員將艾麗莎綁走。逃離途中再次遭遇黑鴉部隊的追擊，車輛被掀翻。莎特奧拉·塞克溫茨雅把艾麗莎抓走，送到雷蒂麗面前。而上条當麻因為稀土擴張爆炸嚴重燒傷住院。

正當莎特奧拉因艾麗莎持有手鐲的另一邊而困惑時，雷蒂麗告訴她3年前「88人奇蹟」的真相：那是她一次失敗的自殺行動，只有一人死亡的結果以及艾麗莎的誕生都在她計劃之外。莎特奧拉怒不可遏，用匕首捅穿了對方，卻發現對方有不死屬性，自己也被對方的自動人偶所制服。雷蒂麗告訴莎特奧拉，她要借艾麗莎所擁有的奇蹟之力，實施一個驚天陰謀。

9月18日

許多人陸續進入安迪米昂，上条當麻從土御門元春口中得知雷蒂麗·坦格洛德想利用鳴護艾麗莎作為塔的魔法術式核心，若不得以只能連塔一起摧毀。為了拯救塔中的人和艾麗莎，上条當麻決心阻止雷蒂麗的計劃。料到上条行動的土御門元春準備了彈道滑翔機，將上条當麻和茵蒂克絲送上太空中的恩迪尼翁，並準備了神裂火織將鎖定滑翔機的防太空垃圾導彈裝置射出的導彈全部擋下。

莎特奧拉·塞克溫茨雅被隊員救出，她命令手下呆在地面阻止其他人員登上天梯，孤身一人去找雷蒂麗·坦格洛德復仇。莎特奧拉以稀土擴張炸彈把安迪米昂炸出一個大窟窿，將自動人偶和雷蒂麗送出太空，而安迪米昂平衡崩潰，面臨即將坍塌的命運，即便如此，雷蒂麗也已經成功發動了她的超巨型魔法。上条當麻決定分頭行動，自己去救艾麗莎，而茵蒂克絲去阻止魔法的發動。

地面上，初春飾利找出安迪米昂有已經被凍結的緊急用的解體系統，可以讓安迪米昂脫離墜落軌跡，避免與地面的衝撞，但需要手動引爆三個爆破螺栓。為此，警備員，御坂美琴與史提爾·馬格努斯進入內部，卻遭到一系列阻攔。最終在御坂妹妹的幫助下，御坂美琴，史提爾·馬格努斯與一方通行摧毀了三個爆破螺栓。

鳴護艾麗莎為了平撫觀眾，獨自一人在舞台上唱起了歌，觀眾們全部有序地撤離安迪米昂。莎特奧拉將絕望與憤怒遷怒於艾麗莎，將正在唱歌的艾麗莎炸下舞台，但被及時趕到的上条當麻救下。儘管此時莎特奧拉一心想要抹殺艾麗莎，但艾麗莎卻選擇保護負傷的當麻並原諒莎特奧拉的暴行。惱羞成怒的莎特奧拉將艾麗莎一擊打昏，而上条當麻為保護艾麗莎，與莎特奧拉進行了激烈的言辭與肢體對抗，最終將其一拳打翻在地，自己也陷入因失血過多而力竭的狀態。

癱倒在地的莎特奧拉回想起了當年獵戶座號發生的一切，以及當時自己所許下的願望；而艾麗莎本人也找回了當時記憶以及自己出世的意義所在，兩人意識到對方是另一個自己。當年因願望而分離的兩人此時選擇攜手並進，在歌聲所創造的熠熠光輝中，偉大的奇蹟又一次被唱響。雷蒂麗的術式為此受到干擾，宇宙天梯「安迪米昂」也中止墜落的過程，北半球的人們免於一場空前的浩劫；而因願望而破碎的獵戶座手鐲再次合為一體，艾麗莎也重歸於她的本體——莎特奧拉·塞克溫茨雅。《劇場版 魔法禁書目錄 安迪米昂的奇蹟》的劇情結束。

9月19日

大霸星祭正式開始。使徒十字篇開始。

御坂10032號代替御坂美琴參加了「氣球獵手」比賽，對手是馬場芳郎的學校。馬場把她誤認為美琴，小心地給她注射了有毒的納米器件，並帶走了失去意識的妹妹。食蜂操祈使用能力，轉移了載着御坂10032的救護車，綁架了御坂10032。

晚上6:30的夜間遊行活動阻擋了發動使徒十字需要的燈光，挫敗了麗多薇雅·羅倫婕蒂和歐莉安娜·湯姆森的計劃。

9月20日

為了保護她們不與木原幻生接觸，食蜂操祈清除了白井黑子、初春飾利和佐天淚子關於御坂美琴的記憶。木原幻生把御坂美琴和妹妹們相連接，作為他對美琴進行的Level 6進化實驗的一部分。以Level 6出力2%程度的御坂美琴在第七學區範圍內造成了很大的影響。

食蜂與幻生對抗，最後通過自己的聰明才智毀掉了外裝代腦。而上条當麻和削板軍霸合作拯救了御坂美琴，上条當麻承諾要和美琴一起發現一個不一樣的學園都市。而作為始作俑者之一的警策看取也被白井黑子打倒。警策和食蜂一起見到桃莉的妹妹。

9月25日

上条當麻被邀請與御坂美琴跳風土舞，以白井黑子的飛踢結尾。大霸星祭篇結束。

大霸星祭結束時，上条當麻中了北意大利七天五夜遊的大獎，亞得里亞海女王篇開始。

9月26日

亞得里亞海女王篇結束。亞得里亞海女王被摧毀，彼亞吉歐·普索尼被英國清教逮捕。雅尼絲部隊編入英國清教。

羅馬教皇批准了將上条當麻視為敵人的文件。

天賦夢路篇開始。御坂美琴從帆風潤子處聽說並收到了能夠記錄並分享夢境的「印第安撲克」。

9月27日

白井黑子與初春飾利調查能夠預知事故發生的軟件，預防了事故並找到了開發軟件相關的預知能力者美山寫影。

9月28日

佐天淚子與芙蘭達·塞維倫因為鯖魚罐頭結下了友誼，此後兩人開始用手機社交軟件聯絡。

9月30日

9月30日篇開始。白天，御坂美琴與上条當麻按照約定進行「懲罰遊戲」。

夜晚，前方之風入侵學園都市，並給學園都市的有生力量造成極大打擊。木原數多遵照亞雷斯塔命令去捕捉最後之作並給她注入能夠讓保險絲·風斬顯現的病毒，作為對前方之風的防禦措施。木原數多篡改了最後之作的代碼後，一方通行顯示出覺醒的跡象，利用黑翼的力量殺死木原數多。

學園都市使用了科學天使。

羅馬正教存在魔法師的事實被揭露，不過被以教會完成的能力者開發項目為名號掩蓋起來。

一方通行因為多項罪名與高達8兆日元的賠償欠款被迫進入學園都市暗部工作。

9月30日篇結束。羅馬正教和學園都市間的敵對關係徹底公開。

9月30日之後，萬聖節之前

小說《魔法禁書目錄SS 神裂火織篇》和史提爾SS的劇情開始。

10月

10月第一周

由於C文書的影響，世界各地爆發了抗議活動。這是神之右席將俄羅斯成教拉攏到自己陣營的一種手段。

10月3日

武裝無能力者集團（Skill Out）的領導者駒場利德在被GROUP襲擊時自殺，GROUP摧毀了他們令學園都市通信網絡崩潰的計劃，而一方通行按照駒場利德的遺願制裁了部分激進分子。

濱面仕上成為了駒場利德的Skill Out集團的新領導者。由於上条當麻、艾扎力、一方通行的介入，學園都市交給他的暗殺御坂美玲的任務失敗了。濱面在之後成為了暗部的雜兵。

服部半藏決定接任濱面的首領之位。

以瓦希莉莎為代表的俄羅斯成教訪問倫敦，與英國清教舉行了會議，討論即將爆發的學園都市和羅馬正教的戰爭。

美山寫影預測到公園的火災會在明天發生，白井黑子向其他風紀委員請求支援。

10月4日

濱面仕上開始承擔Item的下級工作。

小郭與服部半藏戰鬥，想要復興伊賀忍者。

美山寫影預知的火災發生，白井黑子從火海中救出了美山的狗。美山無法繼續預知事故。

10月5日

白井黑子與初春飾利探望美山寫影，讓他能力成長之後再來找黑子。

御坂美琴和絹旗最愛搶奪巨乳御手。後來因為意外而選擇與絹旗嘗試所有印第安撲克。

因為使用有問題的印第安撲克而失控的受害者不斷增加，警備員與風紀委員投入處理事件。

食蜂操祈與白井黑子集中鎖定難以處理的高處，在途中遭遇北條彩鈴的襲擊，最終兩人分開，黑子前往打倒北條彩鈴。

帆風潤子與弓箭入鹿突破舊才人工房後，與北條靜護對峙期間，削板軍霸插入並與北條靜護大戰，弓箭入鹿則留下來解決機械人。

食蜂操祈，帆風潤子與悠里千夜利用理想的能力，讓悠里能在不失去記憶的情況下醒來，最終理想的能力消散了。

削板軍霸在對戰結束後將北條靜護與蜜蟻愛愉搬出了舊才人工房，北條靜護在蜜蟻的陪伴中離世。

10月6日

暗部組織SCHOOL的成員之一譽望萬化正在為垣根帝督搜集關於裝備「鑷子」的情報，經過大海撈針式的搜索最終查出淚子的信息並認為其與「鑷子」有關，派遣人員綁走佐天。後佐天淚子被芙蘭達所救。

弓箭獵虎被派遣前往活抓佐天淚子，在行動泄漏後與芙蘭達·塞維倫的搏鬥中被塞滿炸彈並且被踢下大樓，後被譽望萬化趕到現場救下。

弓箭獵虎不顧SCHOOL組織意見追殺芙蘭達，結果被ITEM殺死。

10月7日

C文書篇開始。

學園都市舉行了迎擊兵器展，並邀請了相關人員的家人到場參觀。

10月8日

又一場暴亂發生在阿維尼翁。

上条當麻接受了親船最中的託付前往法國阿維尼翁鎮壓反學園都市遊行。上条當麻和五和會面確定了靈裝「C文書」的存在並與左方之地交戰。左方之地差點說出了幻想殺手的本質。

學園都市強行入侵了法國阿維尼翁來抓捕一個違反國際法的宗教團體。入侵使舊城的居民被迫撤離，並通過超音速飛機切割空氣的方式（大陸切割機）摧毀了那裏的大部分建築物，包括教皇廳宮殿，之後空投了一方通行。左方之地趁機假死退場。

後方之水在梵蒂岡聖彼得大教堂殺死了利用無辜孩童和遊客調整「光之處刑」的左方之地。

C文書篇結束。俄羅斯成教與羅馬正教結盟。

10月9日

暗部大戰篇開始。

因為學園都市將驅動鎧部隊調往法國導致內部防禦空虛，學園都市之中的反亞雷斯塔勢力開始行動。

SCHOOL的領隊，第二位垣根帝督因為獲得了「超微粒物理干涉用吸附式操作器（鑷子）」的情報，同時不滿於自己的地位決心奪取第一位的位置，為此他通過名為「人才派遣」的中間人僱傭了第二個狙擊手代替試圖以狙殺統括理事會成員的方式造成混亂。從冥土追魂處獲得電極圖紙之後的一方通行挫敗了他的野心。

艾扎力調查了人才派遣的公寓遭受到了暗部組織BLOCK的襲擊，他用魔法偽裝成BLOCK的幹部，了解到了BLOCK決定從另一邊顛覆學園都市的陰謀。

為了報意氣之仇、由第四位帶領的ITEM和試圖平叛的亞雷斯塔的直屬小隊MEMBER也被捲入混亂之中。多方勢力為了自己的欲望在學園都市各地角逐，出現了嚴重的傷亡。其中背叛ITEM的芙蘭達被麥野腰斬，MEMBER近乎全滅，BLOCK調集而來用來顛覆學園都市的傭兵被艾扎力所引誘而來的「六枚羽」殲滅了大部分。而濱面仕上為了保護瀧壺理后同麥野沉利正面交戰成為第二個「以Level 0之軀擊敗Level 5之人」。

持有鑷子的垣根帝督在準備擊殺初春飾利被一方通行阻止後直接與對方交戰。他往自己製造的矢量導入了新世界的異常法則意圖對抗一方通行失敗。後因刺激一方通行被黑翼攻擊得不成人形。SCHOOL退場。最後之作拯救了陷入瘋狂的一方通行。

GROUP調查到了名為DRAGON的情報。暗部大戰篇結束。

10月11日

英國清教與學院都市高層收到後方之水寄出的戰書，並且在英國清教的戰書中還附上了左方之地屍體的上半部分。

10月12日

連結英法的歐陸隧道爆炸，對交通運輸造成嚴重影響，共370人被困。事件導致英法之間的外交關係惡化。

御坂美琴與食蜂操祈調查印第安撲克的過程中，得知了為「製造靈魂」而進行的人體試驗。為更深入的調查，美琴與實驗體操齒涼子進行接觸，並得知其分身的存在。

御坂美琴遇到了委託抓住分身的食屍部隊組成共同戰線追蹤並對抗分身。

佐天淚子邀請初春代替無法履約的芙蘭達一起吃晚飯。

在得知分身的願望是自殺以及摧毀飛船後，御坂美琴幫助她實現了願望。

10月13日

天賦夢路篇結束。御坂美琴探訪操齒涼子，讓她告訴分身，「你也挺厲害的哦」。

後方之水篇開始。

英國清教派遣原天草式十字淒教成員前往學園都市，保護近期可能遇襲的上条當麻。

為拔除「造成世界禍亂的元兇」——上条當麻的右手，後方之水入侵學園都市，在第二十二學區地下街將正在散步中的上条當麻打成重傷，並限定上条當麻於一天之內切除右手並交給他。上条當麻被送往第二十二學區的醫院。

10月14日

後方之水殲滅學園都市的無人裝甲部隊，與原天草式十字淒教成員發生激戰。

神裂火織出現在第二十二學區地下街，參與了與後方之水的戰鬥。

重傷的上条當麻甦醒後，從醫院中溜出，徒步前往發生激戰的戰場。中途遇上了來此地泡澡的御坂美琴，他謝絕了美琴的援助。

在上条當麻與原天草式成員的共同努力下，後方之水被「聖人崩壞」術式擊敗，力量大跌。

在梵蒂岡聖彼得大教堂內，右方之火與羅馬教皇發生矛盾，右方之火擊敗並重傷羅馬教皇，成為羅馬正教實質上的支配者。後方之水篇結束。

10月的第二個星期五

遍佈世界各國學園都市協力機關的御坂妹妹們集體出動攻打各國研究原石的機構。

為了震懾學園都市，歐雷爾斯單槍匹馬進入學園都市利用術式北歐王座打敗了學園都市第七位也是世界上最大的原石削板軍霸。

御坂旅掛警告亞雷斯塔不允許利用他的女兒。

10月17日

不列顛萬聖節篇開始。暗部脫逃篇開始。

後方之水會見了過去救助過的占星施術旅團老人，從他那裏獲得了根據聖佐治的傳說打造的屠龍刀「阿斯卡隆」。

英國清教發出「禁書目錄召集令」，將茵蒂克絲召回英國協助調查歐陸隧道爆炸事件，上条當麻作為禁書目錄管理人陪同前往。二人被土御門元春麻醉後送往機場登機。

上条當麻和茵蒂克絲抵達英國倫敦，在白金漢宮內與英國王室等人參與商討會議。

上条當麻在歐莉安娜的協助下和原天草式成員在倫敦追擊運送不明物品的魔法結社——新生之光。茵蒂克絲和二公主凱莉莎等人前往多佛港調查歐陸隧道爆炸情況。

一方通行等GROUP成員前往鎮壓叛亂的暗部迎電部隊。由於艾扎力的失手，迎電部隊部分殘黨逃走並劫持了第三學區的沙龍包廂。一方通行前往追擊殘黨，中途救助了一位被戰鬥波及受傷的孕婦。

濱面仕上準備和絹旗最愛一起慶祝瀧壺理后的出院，但接到了追擊「迎電部隊」殘黨的工作委託。在駕駛途中遭到了原因不明的「六翼」直升機的攻擊，之後與絹旗最愛失散。從心理定規那裏得知和瀧壺理后約定前往的第三學區沙龍包廂被「迎電部隊」劫持，決定單槍匹馬進入大樓營救瀧壺理后。

絹旗最愛遭受想要為砂皿緻密復仇的史蒂芬妮·葛潔帕蕾絲的襲擊，陷入苦戰。

一方通行進入大樓肅清迎電部隊殘黨時，與潮岸的手下杉谷相遇。後與誤會其要加害於瀧壺的濱面仕上狹路相逢，二人有短暫交手，一方通行評價他為「好樣的惡黨」。

濱面仕上被亞雷斯塔認定為「計劃」的不確定因素，在帶着瀧壺理后逃出來後遭到了學園都市的全力追殺。學園都市先後派出了武裝部隊和改造後的麥野沉利追殺濱面仕上。濱面仕上在第二十三學區的戰鬥機實驗場第二次擊敗麥野沉利。之後在絹旗最愛的指示下奪取此處的超音速戰鬥機並起飛，帶着瀧壺理后逃離學園都市。

一方通行為了獲取DRAGON的真實情報，在被救助孕婦的男友幫助下，乘車前往親船最中的住所，準備請求她來幫助對付潮岸。

親船最中最後答應了一方通行的要求，和Group的成員一起入侵第二學區潮岸所在的地下避難所。艾扎力通過易容術偽裝成親船最中，刺殺潮岸。卻在此處遭遇前來追殺他的魔法結社有翼者歸來的同伴，通過與原典再次融合的方式擊敗了自己的前上司提克帕托，救下了原同伴妥琪特莉。

一方通行擊敗了潮岸的手下杉谷後，在此遭遇Dragon的真面目——守護天使愛華斯。一方通行使用黑翼卻仍被愛華斯一擊打成重傷。愛華斯告訴一方通行最後之作無法避免死亡的命運，除非一方通行前往俄羅斯尋找到「另一個世界的法則」。

為了拯救最後之作的生命，一方通行半夜溜回黃泉川愛穗家中帶走最後之作，帶着最後之作登上開往俄羅斯的貨運列車。暗部脫逃篇結束。

10月18日

英國午夜零時，得到了新生之光所運送的卡提納一世的第二王女凱莉莎與騎士派發動政變，劫持了禁書目錄，準備殺死王室派其他成員。前來阻止政變的神裂火織被騎士團長擊敗。上条當麻將被擊傷的蕾莎託付給歐莉安娜後，隻身潛入列車前往福克斯通營救茵蒂克絲，之後遭遇手持卡提納一世的凱莉莎，並被其強大的力量壓制。

右方之火趁英國叛亂之際盜走了被王室派所擁有的茵蒂克絲自動書記控制靈裝。

在第三王女薇莉安即將被處決之時，後方之水突然出現救下了薇莉安。讓薇莉安逃走後，自己獨自一人迎戰騎士團長並將其擊敗，使天使之力的總量發生了變化。然後救下了被凱莉莎與騎士派所圍困的上条當麻和茵蒂克絲。為防止卡提納一世失控，凱莉莎返回白金漢宮，將重點放在清除清教派的殘餘勢力上。

上条當麻獲救後與天草式眾人會合，回到倫敦後與茵蒂克絲等人一同潛入白金漢宮附近的地鐵車站，意圖控制卡提納失控時所用的特殊車廂，經由地鐵強制干擾卡提納一世的力量。

由於騎士團長被擊敗以及卡提納一世的失控，騎士派的人心開始動搖，凱莉莎解決了周圍發生動搖的騎士。此時上条當麻等眾人開始朝白金漢宮前進。

眾人開始圍攻只剩凱莉莎一人據守的白金漢宮。一直隱藏行蹤的第一王女莉梅亞發表了全國廣播的講話，指出了凱莉莎發動政變的真實目的。後方之水破壞了凱莉莎用於指令軍艦發射導彈的通信基站。後方之水，神裂火織，騎士團長三位聖人級魔法師一起與凱莉莎交戰。最後英國女王伊麗莎現身戰場，使用大英博物館保存的英國國旗發動術式「聯合的意義（Union Jack）」，將卡提納的力量開始分散到了所有英國人民手中，人們紛紛前往白金漢宮參加戰鬥。完成術式解析的茵蒂克絲使用強制詠唱奪取了卡提納一世的控制權，上条當麻抓住機會再後方之水的助力下飛身一拳破壞卡提納一世並擊敗凱莉莎，英國政變宣告結束。

右方之火突然出現在被擊倒在地的凱莉莎面前，準備襲擊她時被上条當麻阻止。右方之火使用控制靈裝使茵蒂克絲承受了巨大的負荷之後消失。上条當麻為了拯救茵蒂克絲，決定前往俄羅斯對抗右方之火。

與羅馬正教勾結的俄羅斯成教司教尼古拉·托爾斯泰打算將莎夏·克洛伊潔芙交出去。莎夏的上司瓦希莉莎讓莎夏獨自一人逃走，自己一人留下與俄羅斯成教「殲滅白書」部隊戰鬥。逃跑中的莎夏遇到了前來解救她的前方之風，二人一起逃往臨近俄羅斯的伊莉莎莉娜獨立國同盟。

不列顛萬聖節篇結束。

10月19日

俄羅斯向學園都市宣戰，第三次世界大戰爆發。上条當麻、一方通行、濱面仕上三位主角同時分別踏上前往戰場中心俄羅斯的道路。

10月30日

上条當麻再次與蕾莎相遇並遭受了對方的色誘襲擊。二人一路相伴前往了伊莉莎莉娜獨立國同盟。

前方之風利用亞得里亞海女王術式襲擊右方之火失敗。

一方通行搶走了與魔法有關的羊皮紙，開始接觸相應的法則。在之後，他的內心被襲擊而來的番外個體通過行為和語言摧殘，以展開黑翼的姿態同上条當麻戰鬥並被打倒。

濱面仕上和俄羅斯人保衛自己的小鎮。

右方之火的伯利恆計劃逐步推進，伯利恆之星升空。

上条當麻登上伯利恆之星對峙右方之火，一方通行同風斬冰華對抗神之力，濱面仕上同第三次襲來的麥野沉利周旋。

上条當麻打倒了右方之火，成功破壞了茵蒂克絲的遠程靈裝。史提爾·馬格努斯在此之前一直成功拖延住進入自動書記模式的茵蒂克絲的行動。

一方通行心靈得到了完全的蛻變背後的黑色之翼化為白色之翼，一方通行抵抗住了足以破壞大陸的攻擊。

濱面仕上通過提及過往的方式激起了麥野沉利對ITEM的回憶，二人摒棄前嫌重新成為新生ITEM的成員。濱面、瀧壺、麥野配合解決了學園都市的追兵，濱面通過拷問的方式獲取了有關素養判定的情報。

第三次世界大戰結束。

上条當麻墜入北冰洋，十字教三大勢力未能在北冰洋2℃的海中發現生還者。歐雷爾斯拯救了瀕死的右方之火。英國清教確定了亞雷斯塔·克勞利的存在。

11月

一種神秘的力量出現在了上里翔流的右手之中，上里翔流在此情況作為基礎上與各色女孩發生聯繫，後來這些女孩成為了「上里勢力」的一員。

11月5日

新入生篇開始。

黑夜海鳥等人率領「新生」想經由襲擊芙蕾梅亞·塞維倫來誘使濱面仕上和一方通行的聯手，煽動學園都市高層將他們定位為「無法估量的膨脹勢力」，並以此作為藉口消滅他們。

在蕾薇妮雅·柏德蔚和她的結社的幫助下，上条當麻再次回歸成為主角並在最關鍵時刻救場。新入生篇結束。

上条當麻、一方通行、濱面仕上合作阻止了由科學魔法並行的魔法結社，格雷姆林製造的無線電氣象要塞的飛行。

11月10日

夏威夷篇開始。

以芭德薇為領袖的黎明晨光、在第三次世界大戰之後倍感危機以總統羅伯特·卡崔為首的美國、使用魔法師和三叉戟與美國傳媒大王合作的格雷姆林三方勢力在夏威夷交鋒。上条當麻等人起到了撥亂反正的作用，挫敗了格雷姆林的陰謀。

世界各地與學園都市合作的二十七家機關在本次事件後對學園都市干涉他國內政的行為產生了較強的懷疑，因此決心獨立出來成為一個聯盟。夏威夷篇結束。

11月13日

天擇者混戰篇開始。

在巴格吉城，由原學園都市合作二十七機關組成的聯盟科學守衛者舉辦的天擇者格鬥大賽吸引了無數的奇人異士前往。而上条當麻被既是木原又是魔法師的原學園都市研究者現格雷姆林成員木原加群引導前往巴格吉城。學園都市投放了三名木原用於鎮壓巴格吉城。

木原加群不顧一切向使用了未元物質的同族木原病理復仇，最後自己與仇人一道身死道消。格雷姆林派來的魔法師和木原們各有損傷。最年幼、由於毫無個人風格導致需要學習其他木原資料的小女孩木原圓周調取了未曾謀面的上条當麻的資料。

格雷姆林的領導者，作為以人之身窮盡魔法之能的魔神歐提努斯出現，捏碎了上条當麻的右手與「裏面的力量」。歐雷爾斯出場救下上条一命。

在學園都市的暴力鎮壓下，科學守衛者最後還是屈服於學園都市。天擇者混戰篇結束。

11月中旬

一端覽祭篇開始了。

上条當麻和格雷姆林的"戰鬥代理人"魔法師托爾利用了木原加群在學園都市留下的後手，突破了沒有窗口的大樓，並救出了芙羅蘭·克洛伊杜尼。學園都市進入了一級警報狀態。

上条透過跟蹤撤離的格雷姆林魔法師瑪麗安·斯琳格奈亞，找出了追擊瑪麗安的蕾薇妮雅·柏德蔚。本打算透過刻意戰敗，將寫入學生手冊的假情報傳遞給對方，卻因為警備員的介入，側腹被實彈打穿而陷入生死交關的窘境。不過，誘餌情報成功傳達，成功將歐雷爾斯陣營跟格雷姆林隔開。

一端覽祭開幕日，從醫院溜出來後上条在第七學區的多層天橋找到了芙羅蘭·克洛伊杜尼，卻因為失血過多而暈倒，好在以向格雷姆林復仇為目的灰姑娘為他緊急止血並輸入生理鹽水後恢復了精力 。欠下他人情的灰姑娘製作出最後之作腦的「贗品」給芙羅蘭，最後中止了芙羅蘭捕食最後之作腦的「機能」。當巴德薇被上条擊潰之後，歐雷爾斯一行人退出戰鬥。一端覽祭篇結束。

人力資源計劃篇開始了。

發明出濃淡計算機的松定博士試圖違規離開學園都市被警備員逮捕。

上条當麻被土御門騙入學舍之園，所幸得到食蜂操祈搭救全身而退。與此同時，土御門在整個學園都市範圍獵殺與自己的義妹之死有關的人物——通過拷問學園都市統括理事會成員藥味久子他得出結論前去攻擊另一位理事貝積繼敏（剛好跟真兇擦肩而過），並利用術式打敗了迎擊的雲川芹亞，恰好趕來的上条得知了事情的全部。

藥味久子的人力資源計劃穩步展開，她派出了戀查028試圖殺死芙蕾梅亞·塞維倫，從而引發全學園都市擁有足夠力量改變「上面的計劃」的英雄們的暴亂，進而讓英雄們自相殘殺。但是她的計劃被上条當麻暫時挫敗。

學園都市的七名超能力者全體出動鎮壓暴亂，各自想法不同的超能力者們協同起來抵抗了大量的「英雄」。垣根帝督（獨角仙-05）和上条當麻對抗戀查029。人力資源計劃失敗。木原唯一因為恣睢行事受到了木原腦幹的批評。

人力資源計劃篇結束。

11月下旬

某科學的心理掌握的故事開始，食蜂操祈因為自己的複製小型人偶捲入了「工科標本」的事件中——兩天之後，魔神歐提努斯將會徹底掌握主神之槍。

世界各大政治體的領袖秘密於紐約會面，探尋解決格雷姆林組織造成的問題的解決方法，促成了反格雷姆林聯盟的結合。

格雷姆林進攻東京，因為日本政府的無能，反格雷姆林聯盟和學園都市決定各自迎擊來襲的格雷姆林成員們。上条等人對抗了一些魔法師。

歐提努斯在最後一刻完成了主神之槍，整個世界被擦除，只留下上条當麻與歐提努斯。歐提努斯擔心幻想殺手會給自己造成麻煩，所以暫時沒有殺死上条當麻，而是通過使用主神之槍的偉力讓上条當麻在無數個世界之中輪迴，進而以「沒有上条當麻的、絕對完美的世界」逼迫上条當麻自殺。

在被連續擊殺10000次之後，上条當麻與歐提努斯達成了相互理解的關係。為了讓世界還歸原樣，歐提努斯放棄了主神之槍，進而受到妖精化的影響無法動用魔神的能力。

上条當麻決心為了一個少女的笑容，對抗60億人類。

擊潰了由木原唯一暗中幫助下襲來的一方通行、對抗羅馬正教匯集20億信徒權能的術式、解決了俄羅斯成教的七宗罪術式、打敗了追殺而來的黑侏儒瑪麗安之後，上条當麻被美國士兵抓獲。在與美國總統羅伯特·卡崔的對》中上条當麻通過言語讓對方進入了深沉的思考，並逃得一命繼續前進。

被用來追殺上条當麻的FIVE_Over被御坂美琴解決，御坂美琴和上条當麻在雪原上大戰一場，最後上条當麻用自己的意志克服了困難同時向御坂表明了自己的決心得以繼續前進。

與茵蒂克絲合作的蕾薇妮雅·柏德蔚用出了仿冒的主神之槍，但隨後分別被上条當麻擊潰。接下來上条當麻在歐雷爾斯一方的席薇婭和布倫希德·愛克特貝爾手上受到了嚴重傷害，被歐雷爾斯親手救下。歐雷爾斯和歐提努斯之間曾有一段非同尋常的關係。在之後上条當麻拖着殘破的身體打敗了全能模式的托爾。

歐提努斯拒絕了自己被拯救的這個事實，動用最後的力量與上条當麻大戰——而後，力竭在上条當麻的懷中化為滿天星光。當上条當麻再次醒來時，他發現歐提努斯的「殘渣」化為了一個15cm的少女守候在自己身邊。世界各大政治體一致決定判處歐提努斯「目睹人類的幸福」作為刑罰。

亞雷斯塔趁機將魔神們所處的相位的坐標以科學的方式表現出來，只身前往單挑諸多魔神，最後全身被燒傷三分之一回到現世。魔神歐提努斯篇結束。

11月下旬晚期

心理掌握篇開始。

食蜂操祈於回憶自己同上条當麻之間一年半之前的過往之時察覺到了某些錯誤，進而懷疑自己的記憶是否出錯。歷經諸多周折之後，她確定自己和上条當麻的回憶是真實的。為了調查，食蜂操祈在肆意調用派閥成員之後前往第二十一學區的人工湖。在那裏她遇見了與自己能力相同的蜜蟻愛愉，二者爆發爭鬥。

食蜂操祈本以為蜜蟻愛愉為了無謂的超能力排名與自己對抗，卻沒想到使用了磁控顯示器、FIVE_Over_Mental Out.OS的對方是為了爭奪上条當麻而來。蜜蟻愛愉背後的勢力意圖將食蜂操祈製作成3000種心理掌握能力的輸出端口。在即將失去神志之時，食蜂操祈目睹上条當麻的到來，並希望上条能夠拯救蜜蟻。

木原腦幹針對學園都市內部拒絕與理事會合流的科學家們的暗殺行動宣告結束。自此，一共有72名不合作分子被木原腦幹徹底殲滅，木原腦幹宣稱科學與魔法的大戰即將開始。

12月

理想放逐的力量顯現於上里翔流的右手。

12月1日

聖日耳曼篇開始了。

第六位在全學園都市的範圍內散發自己的學生證，大量無關人員可以把自己的頭像貼在第六位的學生證上證明自己是第六位，芙蘭達的朋友加納神華就這麼做了。他決定進入朋友提到的，位於第十五學區的百貨大樓類鑽。

上条當麻為了給歐提努斯購買新的人偶屋進入了類鑽，而ITEM的成員們也聚集於此。名為聖日耳曼、自稱超過魔神的魔法師在暗中行動，封鎖了類鑽。

聖日耳曼以安妮之盾為媒介誘惑加納神華並與其一道行動。後詭計和所用魔法被茵蒂克絲看破，被決心奪回自己和朋友尊嚴的加納神華徹底擊敗。加納神華看到了芙蘭達準備給每個朋友的禮物。

魔神即身佛僧正、哭泣之女神奈芙蒂斯、屍解仙娘娘通過無限等分自己力量而現世。亞雷斯塔揭曉了他之前孤身前往隱世的目的是為了在諸多魔神體內打入對應的參數以起到削弱魔神的效果。魔神殭屍被殺。聖日耳曼篇結束。

12月3日

魔神僧正篇開始了。

上条當麻收到了意味不明的曖昧信件，正以為自己走桃花運時在學校天台與魔神僧正正面對峙。僧正要求上条當麻成為魔神們的仲裁者執掌第七道，為此可以賦予上条當麻強大的力量實現自己的欲望。上条當麻拒絕了僧正的提議，並被僧正追殺。上条利用巔峰單車順便帶走了御坂美琴。

上条御坂二人在學園都市遊走，與此同時秋川未繪正保護着液體鑽石不受他人侵害。

為了幫助上条當麻，右方之火再次登場，隨後被僧正擊飛。

御坂被僧正鋒利的言辭而受到心靈上的傷害，而她憑藉聰明才智動用質量加速器將僧正送往高空直擊阿洛海德彗星。在此情況下的僧正仍然未死，被木原腦幹利用A.A.A.補刀。僧正死亡。但木原腦幹與亞雷斯塔的交談中雙方都驚愕地發現有另外的人清理了全體魔神。名為上里翔流的、擁有理想放逐（World Rejecter）力量的少年放逐了娘娘，而奈芙蒂斯逃得一命。魔神僧正篇結束。

理想放逐篇開始了。

自認互舔傷口作戰失敗而氣急敗壞的上里翔流於夜晚之中準備向上条當麻開戰，卻被「紅與黑的怪物」所阻攔。二人分別帶走了怪物之中隱藏的蕾薇妮雅·柏德蔚、派翠西亞·芭德薇。為了拯救被修格斯樣本附身的妹妹，雷維尼亞使用了危險的魔法化身成為了「紅」之怪物。

奈芙蒂斯捨棄生命拯救了派翠西亞，而上条當麻和上里翔流之間因歐提努斯和右手之中不同力量產生的分歧愈發明顯，雙方在夜空之下互毆，上条當麻本被擊潰，但隨即「裏面的力量」躍動而出打敗了上里翔流。上里翔流被木原腦幹獵殺，但他指出了修格斯樣本正是未元物質的變體，並用警棍把腦幹打得瀕死。木原唯一發誓為老師復仇，理想放逐篇結束。

12月4日

去鳴篇開始了。

木原唯一利用磁控顯示器將自己偽裝成化生院明日香，隱藏在上里翔流身邊準備復仇。

因為僧正對某高中造成的破壞，上条當麻被迫轉向另一所中學甚至與上里翔流成為同學。

被稱作「屠戮者」的去鳴來到學園都市，接連挑釁了濱面仕上、御坂美琴。御坂的心又一次被傷害。

木原唯一在木原圓周的幫助下獲取了木原腦幹的思維方式。

12月5日

注意到御坂的異樣上条當麻從上里翔流處得知去鳴的存在。他準備配合上里把她引誘出來，卻在關鍵時刻被上里背叛，並被整個上里勢力追殺。

挑釁一方通行成功的去鳴一路逃竄和上条一起逃出生天。在尋找材料來修復去鳴的身體時，他們了解到他的同學計劃使用焚燒爐來丟掉他們的東西。秋川未繪發覺了假化生院明日香的不對之處，擔心正體被人送進了焚燒爐，並向上条等人求助。——但實則無此事發生，上条當麻和去鳴自認被上里翔流將軍進而責問對方之時，上里翔流卻表示自己不知道什麼「學生會長」。

木原唯一切下了上里翔流的右手，利用弱毒性聖日耳曼病毒改變自己的大腦並用修格斯樣本縫合傷口，成功掌握了理想放逐。持有理想放逐的木原唯一開始追殺去鳴和上条當麻。為了保護上条當麻御坂被擊飛，意外進入木原腦幹存放對魔術式用驅動鎧的倉庫。御坂和A.A.A.同步，擊退了唯一。這種接觸被亞雷斯塔視為威脅，他決定離開他的安全地帶主動征伐。

上里翔流失去了右手之後反而確認了身邊少女們的真心實意，作為大將決心奪回自己的右手。亞雷斯塔抑制住了發狂的木原唯一併親口陳述御坂美琴比起她的複製體毫無作用現在成為了計劃的威脅等同上里翔流，遠在萬里之外的勞拉·史都華則確定了某些東西。

12月5日至12月7日的某個時間點

木原唯一在學園都市中釋放了名為Element的怪物。為了保護學園都市，烏丸府蘭利用微波製造了55°C的熱浪——這讓學園都市的人們被迫躲起來亦或是為了生存拼命獲取資源。

12月6日

上条當麻在上學的路上遇見了藍髮耳環，並得知大家已經從上里造成的錯覺之中醒悟。去鳴篇結束。

12月7日

元素篇開始了。

在大熱浪中，上条當麻和同學們多次執行任務找到了水。為了保持在新學校的地位，他們還接受了去第七學區尋找淨化泳池裏面的水的微生物的任務。

12月8日

在凌晨，上条等人前往對應地點尋找微生物，被元素攻擊，上条當麻被穿着A.A.A.的御坂美琴所救。

御坂美琴將上条帶往常盤台中學接受治療，復原之後的上条參與對水晶塔的攻擊行動，而木原唯一帶領元素襲擊了學舍之園，留守的食蜂操祈受傷。上里勢力救走了上条當麻。

12月9日

上条略微復原後，上里勢力攻向木原唯一所隱藏的沒有窗戶的大樓。

在最後的衝突中，木原唯一利用埋在沒有窗戶的大樓的底部的火箭引擎逼迫上里翔流使用理想放逐，上里翔流把上里勢力託付給上条當麻之後被放逐前往新天地。為了拯救上里翔流，在木原唯一的指示下，100名少女將追殺上条當麻，至死方休。元素篇結束。

上里歸還篇開始了。

營巢部隊宣佈「學園都市48小時恢復秩序」開始。在木原唯一的指示下，隻身拯救上条的烏丸府蘭和上条當麻被當成叛徒追殺。上里翔流親臨新天地，和全體魔神們再會。差點成為魔神玩樂對象的上里翔流被娘娘和奈芙蒂斯拯救。

元素被殲滅的學園都市之中秩序正在緩慢重建，災難之中的不同聚落點使用了名為Sphere的裝置進行SNS式的信息交換。

府蘭和上条得到了豐山琉華和御坂美琴的幫助以便拯救上里。在調查第十一學區有關A.A.A.的地點時御坂受到了亞雷斯塔的詛咒。

12月10日

在把御坂送入冥土追魂的醫院後，上条等人繼續行動：他們決定在營巢部隊駐紮之處實施延遲爆炸以調開對方的大部隊並接觸A.A.A.的核心。上里勢力也將營巢部隊視為了眼中釘。在戰鬥中烏丸府蘭的間諜與魔法師身份暴露。

離開第二十一學區後，烏丸府蘭和豐山琉華成功地救出了上里翔流，上里翔流再度拿回理想放逐，木原唯一生死不明。魔神們仍然在新天地之中無止境地爭鬥。

12月11日

營巢部隊宣佈「學園都市48小時恢復秩序」結束，大量的市民回到家中。

亞雷斯塔決定親自出動捕捉府蘭，試圖通過各種方式獲得情報。但他被土御門元春連開多槍，土御門稱其並未在大熱浪之中保護土御門舞夏，在確信亞雷斯塔未死的情況下，土御門和府蘭決定成為同盟，計劃尋找上条當麻以避免亞雷斯塔的報復打擊。上里歸還篇結束。

亞雷斯塔篇開始了。

上条當麻決定幫土御門和府蘭逃出學園都市，但正在過程當中土御門舞夏被亞雷斯塔名為「業（Karma）」的詛咒擊中。為了拯救舞夏，上条等人回到沒有窗戶的大樓。

在沒有窗戶的大樓中，上条當麻受到名為米娜·馬瑟斯——在歷史上的近代西洋魔法結社黃金黎明曾留下寫意一筆的女性，而真實身份是閱讀式托特78原典——的指導，一路沿着歷史長河感受亞雷斯塔的人生，體驗同等的悲歡離合。

與此同時，御坂美琴在食蜂操祈的幫助下重新分析了A.A.A.。確認了這套裝置連接向沒有窗戶的大樓之後，想要在上条當麻的記憶里留下一筆的食蜂操祈同御坂美琴合作，發出了液體被覆超電磁砲（Liquid Proof Railgun）做到了第一位控制地轉偏向力都做不到的事——擊穿沒有窗戶的大樓。

上条當麻直面亞雷斯塔，亞雷斯塔召喚了艾華斯以毀滅全部相位，但在上条的意志、御坂食蜂組成的一人少女攻擊、米娜·馬瑟斯對上条的援助下，艾華斯消失，「業（Karma）」也完全崩潰。

最後時刻，亞雷斯塔被親自領兵入侵學園都市的勞拉·史都華利用達摩克利斯之劍襲擊。勞拉稱自己的真實身份是大惡魔科隆尊，並佔據了亞雷斯塔第二個女兒的身體。勞拉自稱將徹底掌控學園都市，但隨即收到了通知英國受到了大量不明生物的襲擊——這些生物都是亞雷斯塔十億三千萬種可能性之一。亞雷斯塔拯救了從大樓墜落而下的上条當麻。亞雷斯塔篇結束。

演算戰鬥服篇開始了。

亞雷斯塔將沒有窗戶的大樓發射往外太空以延緩科隆尊的行動。阻擋科隆尊的米娜·馬瑟斯被愛華斯所解放回到了學園都市，愛華斯同時通過AIM擴散力場將莉莉絲的本質送往學園都市。

為了奪取學園都市，科隆尊將烏丸府蘭製成了第二個靈媒——命名為A.O.弗蘭西斯卡——試圖通過她來奪取學園都市的書庫（Bank），A.O.弗蘭西斯卡使用了演算戰鬥服。為了製造誘餌，她給濱面仕上也穿上這套戰鬥服，並使用了擬態捕食者來進行攻擊。

濱面在受到警備員及A.O.弗蘭西斯卡的追捕的情況下撿到並保護了莉莉絲，最後在ITEM成員的幫助下把莉莉絲送往冥土追魂的醫院。米娜·馬瑟斯擊敗了追捕A.O.弗蘭西斯卡的一方通行。

12月12日

上条當麻和亞雷斯塔加入了與A.O.弗蘭西斯卡的戰鬥之中。科隆尊本想利用茵蒂克絲的自動書記模式，但米娜通過魔導書阻止了科隆尊的行為。愛華斯發佈神諭之後，亞雷斯塔殲滅了擬態捕食者並以極其精妙的手段剝離了烏丸府蘭。

在戰鬥之後，一方通行發現了銀髮少女亞雷斯塔即是統括理事會理事長，決定殺掉亞雷斯塔，但上条當麻阻攔了他。在大熱浪中失去能夠牽制學園都市高層的素養判定之後，為了保護自己和身邊人的濱面也切入了衝突中心決心向亞雷斯塔獻上忠誠，三位英雄將前往英國。

科隆尊打敗了愛華斯並把沒有窗戶的大樓送往外太空後，但愛華斯其實是假裝失敗以把科隆尊拖往新天地。在被魔神肆意玩弄之後，科隆尊帶着奈芙蒂斯和娘娘回到了學園都市——這時學園都市已經被亞雷斯塔上傳的病毒導致機能近乎完全停止。亞雷斯塔把科隆尊踩在地上，狠狠宣戰。演算戰鬥服篇結束。

科隆尊篇開始了。

亞雷斯塔以學園都市完全停擺為代價，製造出了驅魔印記「西旗」，成功將大惡魔封印在學園都市，藉此爭取時間，前往英國倫敦尋找科隆尊的弱點。

12月12日之後

米娜保護着莉莉絲在包括埃及的幾個國家之中流竄，而與此同時上条當麻和亞雷斯塔一行人渡過多佛海峽成功來到了英國。

亞雷斯塔等人採用了使用不包含魔法性質的熱氣球飛越高空。為了解除英國的封鎖結界，亞雷斯塔把上条當麻丟了下去，上条被逮捕並被送入倫敦塔。

濱面仕上和瀧壺理后因故自行行動，他們開着車帶着娘娘和奈芙蒂斯漫遊英國，同時還救下了雅妮絲部隊的成員阿嘉妲修女。

在倫敦塔，被歐提努斯救出的上条當麻破壞了英國的三重四色結界，之後亞雷斯塔進入倫敦以聖人的超高速戰鬥方式擊敗了由科隆尊製造的惡魔逆源質拼圖545所控制的騎士團長和神裂火織。

為了阻擋亞雷斯塔，英國方面使用了名為神威混淆的靈裝試圖以此還原想像中的埃及，但由於大部分參與保衛英國的人並不理解這件靈裝的用法導致了大部分神威混淆還沒有被真正發動就被毀壞。

最後一件神威混淆在騎士派領袖之一的霍格萊斯‧米拉茲的命令下，被歐莉安娜·湯姆森送往駐紮在大英圖書館的雅妮絲部隊。但是，最後使用這件靈裝的是奧索拉·阿奎納。一方通行審訊了米拉格斯·霍格萊斯。戰鬥逐漸聚焦在了倫敦的地下。亞雷斯塔被神威混淆的力量直接擊倒，剩下上条當麻直面被神威混淆武裝的奧索拉。在理解了神威混淆發動的原理之後，上条當麻跟奧索拉達成了理解，破壞了神威混淆並拯救了奧索拉。

抵達威斯敏斯特大教堂後，亞雷斯塔嘗試在墓地裏面尋找馬瑟斯的屍體，以便利用他和科隆尊之間的聯繫。然而在確定馬瑟斯的墓地之中的那具屍體並非本人之後，亞雷斯塔的面前出現了馬瑟斯和其帶領的、被認為本該消失在歷史長河的黃金黎明的成員們。在亞雷斯塔與黃金黎明的對抗中，上条當麻和一方通行作為亞雷斯塔的教學成果選擇和亞雷斯塔一起對抗黃金黎明。

自稱為黃金黎明成員之一、亞雷斯塔的老師阿倫·本內特的冥土追魂帶着被治好的木原腦幹前往駐紮在埃及的米娜身邊，協助其為莉莉絲製造一具肉體。

濱面仕上收留了黃金黎明的魔法師迪翁·福春。

離開威斯敏斯特大教堂後，上条和亞雷斯塔等人受到黃金黎明成員的追捕。在之後眾人意識到黃金黎明並非歷史上的真身，而是科隆尊製造用來獵殺克勞利的塔羅牌原典。亞雷斯塔被迫使用了學園都市的科技來改變局勢。福春在之後從其他黃金黎明成員的手下保護了濱面與瀧壺。之後科隆尊破壞了封印逃出。

在英國皇室前往蘇格蘭的路上，本該守護英國的馬瑟斯等人決定攻擊皇室以防止位於愛丁堡城堡的馬瑟斯之墓受人染指。上条當麻參與了黃金黎明和皇家衛士的戰鬥。

在亞雷斯塔結婚的教堂前馬瑟斯和克勞利單打獨鬥，但是亞雷斯塔隨着感情驅使身體之中凝結出了聖痕，亞雷斯塔使用了地脈的龐大能量擦除了全部黃金黎明的成員。遠在異國的米娜·馬瑟斯感受到了丈夫的逝去。迪翁·福春也消逝在天地之間。

亞雷斯塔找到了馬瑟斯的屍體準備消除其與科隆尊之間的契約，但是科隆尊在自己所使用的靈媒方面撒了謊，靈媒的真身並不是亞雷斯塔的女兒。亞雷斯塔身受重傷，馬瑟斯的屍體被焚燒。

一方通行利用了與魔道書相關的原理震碎了科隆尊施加在逆源質拼圖545之上的束縛。

濱面仕上發誓一定要救回迪翁·福春。

御坂美琴和食蜂操祈通過A.A.A.到來。

試圖阻攔科隆尊的上条當麻被對方的Magick直接抹殺，亞雷斯塔動用神子的力量將上条復原同時繞過御坂直接命令A.A.A.砍下了上条的右手。

神淨討魔篇開始。

在冰封的海面上，神淨討魔——另一個閃爍着粉紅色與祖母綠光芒的上条當麻出現在上条面前，而上条的右臂處被一條天藍色與檸檬黃的手臂取代。

在溫莎堡的慶祝晚會上，穿着禮服的神淨討魔和少女們遭遇了天藍色與檸檬黃的巨龍——真正的上条當麻。

面對此景，相信着奇蹟的食蜂操祈陷入暴走。上条當麻與歐提努斯逃離溫莎堡。

在倫敦，上条當麻與一方通行、濱面仕上和莉梅亞相遇。眾人商量後一起回到溫莎堡。

一方通行、濱面仕上等人協助進攻溫莎堡。大廳中，茵蒂克絲的自動書記與御坂美琴的A.A.A.激鬥的同時，上条當麻擊敗了神淨討魔並奪回幻想殺手。

上条當麻阻止了自動書記與A.A.A間的戰鬥。溫莎堡恢復和平。

學生們回到恢復正常運轉的學園都市。一方通行上任新的理事長。

迪翁成為了英國清教新的大主教。

與此同時，安娜·斯普倫格爾計劃採取自己的行動來彌補這兩個出乎她意料的結果，亞雷斯塔警告土御門元春，新的威脅出現在密碼信息中。

12月24日

聖誕節來臨，御坂美琴抱怨着常盤台所謂的校外特別活動服務（撿垃圾），並和一旁的白井黑子爭論聖誕節的意義，隨後遇到從背後貼上來的食蜂操祈，準備合作逃走。御坂讓食蜂洗腦了周圍的人，從房頂脫身，隨即兩人又一次吵起來。之後御坂遇見了抱着安娜·施普倫格爾的上条當麻，使用高壓電流攻擊上条。

受到現任統括理事長（一方通行）的召見，黃泉川愛穗穿上不習慣的西裝前去見面。

上条在宿舍百無聊賴地聽着月詠小萌的授課，但由於手機崩潰，不得已叫上茵蒂克絲拜訪小萌家。。

上条和茵蒂克絲走在街上，茵蒂克絲對路邊的食物產生濃厚的興趣，而上条卻因為價格過於低廉提起戒心。到達小萌家後，被告知小萌已經在三天前出門了，上条頓時如同五雷轟頂。

參考

	參考灰機wiki社區某魔法的禁書維基中的相關條目：
	故事:時間線
注意：該wiki的內容使用CC BY-NC-SA協議授權（詳情）。

本條目中部分內容源自 Unified Story Timeline (Toaru Majutsu no Index Wiki) 與其中文翻譯版 故事:時間線 (某魔法的禁書維基)。其中原文版權協議為 CC BY-SA 3.0；中文翻譯版權協議為 CC BY-NC-SA 3.0。