- 游戏时间线之前
汐音的爷爷逝世正举办葬礼的那段时间，道隆的眼睛已经治好但是依然无法看见任何东西，他躲在了樱花庄的书房。年幼的他告诉千岁姐：爷爷说过樱花庄住着神明，很漂亮也很聪明，什么都很擅长，性格很温柔。千岁姐离开后，他祈祷着自己能看见，慢慢睁开了眼。一瞬间，色彩如汹涌的洪水一般涌向他的眼中，他看见了樱花，之后道隆就昏迷了过去。这就是道隆与樱花的初次见面。
多年后某天，道隆与汐音来樱花庄玩时他们在走廊里午睡，千岁就发现樱花坐在他们旁边。这是樱花与千岁的初次相遇。此后樱花会在没人的房间写下纸条来跟千岁交换信件，比如樱花接下来想看什么书之类的。但出于“要是知道旁边的房子里住着幽灵，肯定会吓得睡不着觉的”考虑从来没有告诉汐音樱花的存在。在第三者在场的情况下，千岁会装作看不见樱花。
- 序幕～樱花庄～
道隆刚刚进入樱花庄那几天，他察觉到了樱花的存在。他四处搜寻的举动也让樱花意识到了他能看到自己，于是索性以一个淑女的形象出现在道隆面前。樱花自称是道隆看到的幻影，并且编了一些内容告诉道隆，道隆由于看不到樱花的“色彩”相信了她说的话。此后道隆看到千岁与樱花和谐聊天的场面才发现自己被骗了。
- 新学期～第一起事件～、只限大小姐的弃猫事件
樱花观察得很仔细，根据道隆的神情就能推测出发生了什么事件。并且由于自身不能出门，靠着极强的推理能力和道隆对事件的描述就向他给出了合理的解释并解决了事件。
- 闲谈～某一个周日～
道隆被樱花拉出门散步，中途遇到了凉子。三人来到凉子打工的餐馆，道隆向凉子解释了一下他和樱花的关系。恰巧隔壁桌美奈和她母亲吵架被他们听见，美奈一气之下跑出门。道隆想去追，松开了樱花的手。樱花直接消失在凉子眼前，凉子被吓了一跳。道隆留下了钱后对凉子说下次见面再解释，随后路上遇到了丽奈和汐音也没有理会，跑回了樱花庄。
道隆回到家确认樱花无事后，发现丽奈、汐音和凉子，甚至学生会长雫都到了楼下。因为樱花的形象大家耳中听到的各不相同，导致认知出现误差，道隆没法再隐瞒下去。他正头疼怎样处理之时，樱花直接在她们面前现身，向她们解释了一切。
- 义理人情的报复事件
道隆的同桌修平在夜晚打工结束回家的路上，遇见了同校的学生因为一件小事与一群混混起了冲突。修平上去询问情况却被小混混抓住了衣领，他反手将那人摁倒在地就离开了。之后那位同校生又遇见了那群混混，于是来班上恳求修平帮忙打架被拒绝。道隆了解了情况被樱花和汐音提议最好不要插手，但是以道隆的性格放心不下修平的安全，所以樱花也要帮忙。因为樱花的能力，她遇险时可以随时脱身回到樱花庄。
夜里樱花提议出门看看情况，她们在公园里遇见了那位同校生并跟踪他到了他家门前。只是这次那个人看起来非常奇怪，就好像喝醉了酒似的，走路摇摇晃晃。第二天早上道隆在与千岁回樱花庄的路上看见了修平的“色彩”，跟过去发现修平被人打伤躺在神社石阶上。处理完伤口修平来到樱花庄将自己的遭遇告诉了她们：昨晚修平打工完回家，被那几个小混混追赶，修平没有回家四处躲藏。樱花当然也将昨晚和道隆出门的发现说了出来，并且猜测使那个同校生出现那种情况的应该是某种类似药物的物品，而且修平被围住时被问过是不是他拿走了“石头”。樱花对此有些在意。
此后樱花一行人去了那位同校生的家，从他母亲口中的体验得知了“石头”的效果：被它割伤的人会沉浸在过去的记忆之中，就仿佛身临其境，再一次体验记忆中的场景。但是樱花没有在他家里找到他，反而发现他坐在公园的树林里用“石头”自残，并且还叫上了小混混包围住了樱花等人。道隆选择让汐音先逃走，自己和樱花留下来对付。出乎意料的是，他们的领头拿修平的妹妹作人质要挟樱花。迫不得已，樱花使出了最后的底牌，就是附身道隆。“鬼上身”后，道隆眼中的世界发生了翻天覆地的变化，所有细节在他眼中被无限放大，无论多久前的“色彩”他都能够看见。道隆这才明白，为什么只要自己遇上事件樱花一眼看穿。听着樱花的指挥，那群小混混被悉数放倒，最后赶来的修平与美奈帮忙后那群小混混才落荒而逃。之后樱花脱离附身时，两人都晕了过去。
等樱花与道隆再次醒来，已经是第二天中午。虽然得知了那位同校生是为了报复那群混混不惜把无关人员牵连进来，事件得以解决，但是那块“石头”的来历以及昨晚为什么道隆可以干涉世界中的“色彩”仍不得而知。
- 恋上樱花
为了弄清楚“石头”的来历，樱花一行人打算去神社了解。虽然神主不在，但是在与其他人谈话中她们还得知了能映出人心的镜石、能使人进入镜像世界的手镜等一系列奇怪的物品，并都出自于70年前山顶上被摧毁的神社。
某天夜里，借着黯淡的月光，她们靠在了一起。道隆认识樱花不过一个月，却好像老相识一般推心置腹，让他对樱花说出了自己的感情。
几天后，樱花与道隆再一次去神社找到了神主，得知了很多内容：
山顶上被摧毁的神社其实80年前就不再有人供奉了。供奉的对象正是镜石，镜石打磨后做成的镜子能使人看见过去、现在、未来甚至人的内心。
“石头”也是一件被供奉的物品，与镜石有类似的效果，出自于比山顶上更早被拆的位于樱花庄的神社。用“石头”弄伤人的身体，就能够让人沉浸在久远的记忆中。
一切的起因都是位于山顶上的神社，樱花与道隆决定上山走一趟。樱花想确认一件事情：这片土地，这座城市，甚至这个“世界”的真相。
- 五色浮影绽放于花之海洋
周末，道隆背着装满用品的登山包与樱花上了山，费劲千辛万苦到达了悬崖边，却看到了以常识无法理解的风景：一片黑色。不是阴影，也不是充满黑色的“色彩”，是真正意义上的什么也没有。就仿佛世界在此处被一分为二，前面是无尽的虚空。樱花丢了一块石头下去，证实了这片黑色之中一切正常，仅仅只是樱花与道隆看不见。带着满心疑惑，两人回了家。
下一个周末，两人再次从樱花庄出发，只是这次中途修平加入了队伍。因为上一次的事件，修平一直想找个机会给道隆帮忙。但是，随着修平的靠近，那片黑色逐渐褪去，变成了人迹罕至的森林。与一头雾水的道隆不同，樱花绝望地看着眼前的景色，她明白了一切。
- 愿望与真相
从山上回到了樱花庄后，樱花将这个“世界”的真相告诉了道隆：
很久以前道隆所遭受的车祸，让他能够看见“色彩”。这是由于出事故的卡车上装有不少神社相关的物品（镜石），事故发生后不少碎片扎在了道隆眼中，至今仍有部分未取出。现在道隆眼中的“世界”，是除他和樱花之外的所有人看到的真实世界的景象。这些景象以记忆的形式被映照在镜石里，再在道隆的脑中重现，被道隆观测到了而已。道隆的视力从未真正恢复。这也是那片黑色的成因：长时间无人造访的环境已经发生变化，现在没有任何人观测到景象，所以道隆自然什么也无法看见。
而道隆之所以看不见他自己和樱花的“色彩”，是因为道隆和樱花在这个“世界”里本身的存在就是“色彩”。“色彩”就是记忆，道隆当然看不见在记忆之中的自己与樱花的“色彩”。这处名为樱花庄的地方，曾经作为神社供奉着对记忆生效的祭器，积累了无数记忆。樱花只是这些记忆和能够观测到记忆的道隆眼中的幻象，名为樱花的幽灵在这个世界上本身就不存在。
樱花相信如果自己继续依赖于道隆的观测，会对道隆造成负面影响，乃至夺走他的性命。因为收集每个人那么多的记忆并展现，负担实在太大了。当大脑承受不住的时候，结果就是死亡，或者是成为废人。樱花提出要以自己消失换取道隆的安全。
这是最后一个选项：
- 若选择接受，樱花与道隆平静地度过了最后的时光，樱花在与道隆享受了最后的生命的大和谐后心满意足地消失了。
- 若选择无法接受，樱花在提议被拒绝后突然消失。道隆开始四处寻找樱花，他相信樱花早已不是仅仅依靠自己而存在了，而是已经扎根于大家的记忆中、真实地存在于这个世界。在众人（）的帮助下，道隆在神社找到了樱花，向她说出了深藏心底的话：“我宁愿为了你存在于世而失去光明，也不愿坐等你消失而失去你的温暖。”
道隆将手伸向构成樱花的核心，释放了塑造她的思念结晶，即留在人体之中的那些记忆。为了将樱花从命运里解放出来，道隆把手伸向能够触及到的世界“记忆”，重新塑造了樱花，让她成为了一个真实存在的人。
手术后，经过数天的失明，道隆失去了看到“色彩”的能力，取而代之的是重新获得了真正的视力，故事迎来真正的团圆结局。
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