- 遊戲時間線之前
汐音的爺爺逝世正舉辦葬禮的那段時間，道隆的眼睛已經治好但是依然無法看見任何東西，他躲在了櫻花莊的書房。年幼的他告訴千歲姐：爺爺說過櫻花莊住着神明，很漂亮也很聰明，什麼都很擅長，性格很溫柔。千歲姐離開後，他祈禱着自己能看見，慢慢睜開了眼。一瞬間，色彩如洶湧的洪水一般湧向他的眼中，他看見了櫻花，之後道隆就昏迷了過去。這就是道隆與櫻花的初次見面。
多年後某天，道隆與汐音來櫻花莊玩時他們在走廊里午睡，千歲就發現櫻花坐在他們旁邊。這是櫻花與千歲的初次相遇。此後櫻花會在沒人的房間寫下紙條來跟千歲交換信件，比如櫻花接下來想看什麼書之類的。但出於「要是知道旁邊的房子裡住着幽靈，肯定會嚇得睡不着覺的」考慮從來沒有告訴汐音櫻花的存在。在第三者在場的情況下，千歲會裝作看不見櫻花。
- 序幕～櫻花莊～
道隆剛剛進入櫻花莊那幾天，他察覺到了櫻花的存在。他四處搜尋的舉動也讓櫻花意識到了他能看到自己，於是索性以一個淑女的形象出現在道隆面前。櫻花自稱是道隆看到的幻影，並且編了一些內容告訴道隆，道隆由於看不到櫻花的「色彩」相信了她說的話。此後道隆看到千歲與櫻花和諧聊天的場面才發現自己被騙了。
- 新學期～第一起事件～、只限大小姐的棄貓事件
櫻花觀察得很仔細，根據道隆的神情就能推測出發生了什麼事件。並且由於自身不能出門，靠着極強的推理能力和道隆對事件的描述就向他給出了合理的解釋並解決了事件。
- 閒談～某一個周日～
道隆被櫻花拉出門散步，中途遇到了涼子。三人來到涼子打工的餐館，道隆向涼子解釋了一下他和櫻花的關係。恰巧隔壁桌美奈和她母親吵架被他們聽見，美奈一氣之下跑出門。道隆想去追，鬆開了櫻花的手。櫻花直接消失在涼子眼前，涼子被嚇了一跳。道隆留下了錢後對涼子說下次見面再解釋，隨後路上遇到了麗奈和汐音也沒有理會，跑回了櫻花莊。
道隆回到家確認櫻花無事後，發現麗奈、汐音和涼子，甚至學生會長雫都到了樓下。因為櫻花的形象大家耳中聽到的各不相同，導致認知出現誤差，道隆沒法再隱瞞下去。他正頭疼怎樣處理之時，櫻花直接在她們面前現身，向她們解釋了一切。
- 義理人情的報復事件
道隆的同桌修平在夜晚打工結束回家的路上，遇見了同校的學生因為一件小事與一群混混起了衝突。修平上去詢問情況卻被小混混抓住了衣領，他反手將那人摁倒在地就離開了。之後那位同校生又遇見了那群混混，於是來班上懇求修平幫忙打架被拒絕。道隆了解了情況被櫻花和汐音提議最好不要插手，但是以道隆的性格放心不下修平的安全，所以櫻花也要幫忙。因為櫻花的能力，她遇險時可以隨時脫身回到櫻花莊。
夜裡櫻花提議出門看看情況，她們在公園裡遇見了那位同校生並跟蹤他到了他家門前。只是這次那個人看起來非常奇怪，就好像喝醉了酒似的，走路搖搖晃晃。第二天早上道隆在與千歲回櫻花莊的路上看見了修平的「色彩」，跟過去發現修平被人打傷躺在神社石階上。處理完傷口修平來到櫻花莊將自己的遭遇告訴了她們：昨晚修平打工完回家，被那幾個小混混追趕，修平沒有回家四處躲藏。櫻花當然也將昨晚和道隆出門的發現說了出來，並且猜測使那個同校生出現那種情況的應該是某種類似藥物的物品，而且修平被圍住時被問過是不是他拿走了「石頭」。櫻花對此有些在意。
此後櫻花一行人去了那位同校生的家，從他母親口中的體驗得知了「石頭」的效果：被它割傷的人會沉浸在過去的記憶之中，就仿佛身臨其境，再一次體驗記憶中的場景。但是櫻花沒有在他家裡找到他，反而發現他坐在公園的樹林裡用「石頭」自殘，並且還叫上了小混混包圍住了櫻花等人。道隆選擇讓汐音先逃走，自己和櫻花留下來對付。出乎意料的是，他們的領頭拿修平的妹妹作人質要挾櫻花。迫不得已，櫻花使出了最後的底牌，就是附身道隆。「鬼上身」後，道隆眼中的世界發生了翻天覆地的變化，所有細節在他眼中被無限放大，無論多久前的「色彩」他都能夠看見。道隆這才明白，為什麼只要自己遇上事件櫻花一眼看穿。聽着櫻花的指揮，那群小混混被悉數放倒，最後趕來的修平與美奈幫忙後那群小混混才落荒而逃。之後櫻花脫離附身時，兩人都暈了過去。
等櫻花與道隆再次醒來，已經是第二天中午。雖然得知了那位同校生是為了報復那群混混不惜把無關人員牽連進來，事件得以解決，但是那塊「石頭」的來歷以及昨晚為什麼道隆可以干涉世界中的「色彩」仍不得而知。
- 戀上櫻花
為了弄清楚「石頭」的來歷，櫻花一行人打算去神社了解。雖然神主不在，但是在與其他人談話中她們還得知了能映出人心的鏡石、能使人進入鏡像世界的手鏡等一系列奇怪的物品，並都出自於70年前山頂上被摧毀的神社。
某天夜裡，借着黯淡的月光，她們靠在了一起。道隆認識櫻花不過一個月，卻好像老相識一般推心置腹，讓他對櫻花說出了自己的感情。
幾天後，櫻花與道隆再一次去神社找到了神主，得知了很多內容：
山頂上被摧毀的神社其實80年前就不再有人供奉了。供奉的對象正是鏡石，鏡石打磨後做成的鏡子能使人看見過去、現在、未來甚至人的內心。
「石頭」也是一件被供奉的物品，與鏡石有類似的效果，出自於比山頂上更早被拆的位於櫻花莊的神社。用「石頭」弄傷人的身體，就能夠讓人沉浸在久遠的記憶中。
一切的起因都是位於山頂上的神社，櫻花與道隆決定上山走一趟。櫻花想確認一件事情：這片土地，這座城市，甚至這個「世界」的真相。
- 五色浮影綻放於花之海洋
周末，道隆背着裝滿用品的登山包與櫻花上了山，費勁千辛萬苦到達了懸崖邊，卻看到了以常識無法理解的風景：一片黑色。不是陰影，也不是充滿黑色的「色彩」，是真正意義上的什麼也沒有。就仿佛世界在此處被一分為二，前面是無盡的虛空。櫻花丟了一塊石頭下去，證實了這片黑色之中一切正常，僅僅只是櫻花與道隆看不見。帶着滿心疑惑，兩人回了家。
下一個周末，兩人再次從櫻花莊出發，只是這次中途修平加入了隊伍。因為上一次的事件，修平一直想找個機會給道隆幫忙。但是，隨着修平的靠近，那片黑色逐漸褪去，變成了人跡罕至的森林。與一頭霧水的道隆不同，櫻花絕望地看着眼前的景色，她明白了一切。
- 願望與真相
從山上回到了櫻花莊後，櫻花將這個「世界」的真相告訴了道隆：
很久以前道隆所遭受的車禍，讓他能夠看見「色彩」。這是由於出事故的卡車上裝有不少神社相關的物品（鏡石），事故發生後不少碎片扎在了道隆眼中，至今仍有部分未取出。現在道隆眼中的「世界」，是除他和櫻花之外的所有人看到的真實世界的景象。這些景象以記憶的形式被映照在鏡石里，再在道隆的腦中重現，被道隆觀測到了而已。道隆的視力從未真正恢復。這也是那片黑色的成因：長時間無人造訪的環境已經發生變化，現在沒有任何人觀測到景象，所以道隆自然什麼也無法看見。
而道隆之所以看不見他自己和櫻花的「色彩」，是因為道隆和櫻花在這個「世界」里本身的存在就是「色彩」。「色彩」就是記憶，道隆當然看不見在記憶之中的自己與櫻花的「色彩」。這處名為櫻花莊的地方，曾經作為神社供奉着對記憶生效的祭器，積累了無數記憶。櫻花只是這些記憶和能夠觀測到記憶的道隆眼中的幻象，名為櫻花的幽靈在這個世界上本身就不存在。
櫻花相信如果自己繼續依賴於道隆的觀測，會對道隆造成負面影響，乃至奪走他的性命。因為收集每個人那麼多的記憶並展現，負擔實在太大了。當大腦承受不住的時候，結果就是死亡，或者是成為廢人。櫻花提出要以自己消失換取道隆的安全。
這是最後一個選項：
- 若選擇接受，櫻花與道隆平靜地度過了最後的時光，櫻花在與道隆享受了最後的生命的大和諧後心滿意足地消失了。
- 若選擇無法接受，櫻花在提議被拒絕後突然消失。道隆開始四處尋找櫻花，他相信櫻花早已不是僅僅依靠自己而存在了，而是已經紮根於大家的記憶中、真實地存在於這個世界。在眾人（）的幫助下，道隆在神社找到了櫻花，向她說出了深藏心底的話：「我寧願為了你存在於世而失去光明，也不願坐等你消失而失去你的溫暖。」
道隆將手伸向構成櫻花的核心，釋放了塑造她的思念結晶，即留在人體之中的那些記憶。為了將櫻花從命運里解放出來，道隆把手伸向能夠觸及到的世界「記憶」，重新塑造了櫻花，讓她成為了一個真實存在的人。
手術後，經過數天的失明，道隆失去了看到「色彩」的能力，取而代之的是重新獲得了真正的視力，故事迎來真正的團圓結局。
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