鋼之鍊金術師/劇情
| “ | 等價交換 | ” |
「我是一個連被變成合成獸的女孩都救不了的凡人」
- - 愛德華·艾爾利克的看法
「能從瓶子中出來就很滿意了」
- - 瓶中小人的理想
萬惡之源
瓶中小人
數百年前，在一個名叫克賽爾克爾斯的沙漠國家裏，有一名叫「23號」的無名氏奴隸被抽取血液進行試驗。因此，誕生了擁有一切知識的「瓶中小人」。因為它很感謝「23號」所提供的血液，所以為他取名為「馮•霍恩海姆」，並教授他文字與鍊金術，使他擺脫奴隸身份。
有一天，年老的國王向瓶中小人詢問長生不老的方法，並按它的方法畫下全國範圍的「國土煉成陣」。想以全國人民的靈魂煉成賢者之石，獲得長生不老愚民還以為國王體察民情。國王派人製造流血事件以此刻下煉成陣所需要的血紋。
瓶中小人
23號
國土煉成
人形賢者之石
煉成當天，瓶中小人說自己欺騙了國王，真正的煉成陣中心點就在霍恩海姆所站的位置上，因此，其他活人（50萬人）的靈魂通通被煉化成兩顆人形賢者之石。
瓶中小人根據霍恩海姆血液中的信息製造了他的身體，所以外表跟霍恩海姆一模一樣。瓶中小人為報答他所給的血液，作為回報，給了他名字、知識和長生不老的身體。
此後：
- 霍恩海姆四處流浪，還把煉丹術傳給新國。直到與朵莉夏•艾爾利克相遇。期間不斷跟體內的靈魂溝通。他還發現了瓶中小人更大的陰謀，因此，離家出走。
- 瓶中小人改叫「父親大人」，並用自己所捨棄的感情與賢者之石製造了以七宗罪為名的人造人。並建立一個國家，進行更大的煉成，成為「完全」的存在。
伊修巴爾殲滅戰
伊修巴爾在亞美斯多利斯的東部邊境。被併入亞美斯多利斯後，其中一部分伊修巴爾人表現出不滿，而這時軍隊誤殺了一個伊修瓦爾的兒童，引發了一場大規模內亂。實際上，是這個溫和派軍官是「嫉妒」扮演的，兒童是他故意殺的，為的就是引發戰爭。
一發子彈把不滿變成憤怒，並波及伊修巴爾全境，經過長達7年的攻防戰後，軍方高層下令殲滅伊修巴爾人。軍隊派出眾多國家鍊金術師，他們成為了大規模殺傷性武器的存在。
羅伊•馬斯坦也才學了鍊金術基礎，而他的老師是莉莎•霍克愛的爸爸。老師因病倒下，囑咐馬斯坦照顧好自己的女兒，並說他研究的最強鍊金術在女兒背後核爆（然後莉莎•霍克愛要求燒掉身上的鍊金術資料）。
馬可所在的研究小組，用伊修巴爾人煉出賢者之石，並把這顆賢者之石交給金布利。
斯卡的哥哥後期拯救世界的學霸還在研究鍊金術和煉丹術，並在兩條手臂上紋上刺青。
- 一條用來分解
- 一條用來重構。
哥哥沒時間收拾行李，捨棄大部分資料，只帶了一本筆記本出來交給斯卡，因為他覺得斯卡是受過專業訓練的武僧，更可能存活下來。突然紅蓮之鍊金術師對他們發起了攻擊。一場大爆炸過後，哥哥把自己的右臂接到了斯卡斷臂上。不知過了多久，斯卡醒過來發現自己的右手是哥哥的，又看到周圍都是亞美斯多利斯人，失去理智，誤殺了救助他的溫莉的父母。從此，斯卡捨棄自己的名字和信仰，走上了復仇之路。
溫莉•洛克貝爾的父母莎拉•洛克貝爾和尤利•洛克貝爾是外科醫生，被迫成為軍醫，死於伊修巴爾（被斯卡所殺）。金布利是一個非常有原則的人，所以他非常敬佩遵從醫德倫理到最後的溫莉父母。
戰爭僅僅因為一顆賢者之石而改變了，金布利爆炸輸出。戰爭結束後，馬斯坦和休斯面對血流成河的戰場，馬斯坦發誓要當上大總統，把這個軍隊控制的國家變成民主制。
金布利與馬斯坦的交流
馬可提煉出賢者之石
兄弟的過去
啟蒙
愛德華•艾爾利克和弟弟阿爾馮斯•艾爾利克一起研究父親霍恩海姆留下的鍊金術書籍，他們的母親朵莉夏•艾爾利克誇他們很有鍊金術天賦，因此，兄弟二人便埋頭研究鍊金術。
朵莉夏•艾爾利克在一場瘟疫中死去，不久後，愛德華與阿爾馮斯為了磨練自己的鍊金術，死纏着伊茲米要求收他們為徒，沒想到等待着兩人的卻是為期一個月的無人島野外求生訓練。
兄弟二人學會了「人體煉成」。以此復活死去的母親。
巨大的代價
幾年後，愛德華認為自己學會了「人體煉成」，並在家中畫好煉成陣。因此，兄弟二人看到了「真理」，通行證是愛德華的左腿和阿爾馮斯的身體。愛德華為了從真理那贖回弟弟，以右手為代價，在一件盔甲上畫上固定靈魂的印記，換回了弟弟的靈魂。
不知過了多久，焰之鍊金術師羅伊•馬斯坦發現愛德華人體煉成的痕跡，認為愛德華很有天賦，已經具備國家鍊金術師的資格。並說出了當國家鍊金術師的好處與壞處。
後來，愛德華進行了機械鎧手術。在與阿爾馮斯的格鬥訓練中，發現自己可以不用煉成陣，拍手即可煉成。
伊茲米·卡迪斯
人體煉成
真理之門
真理之門的知識
國家鍊金術師考試
大總統聽說有12歲小孩參加國家鍊金術師考試，特意前來觀摩，看到愛德華可以不用煉成陣直接煉成發現人柱。不久後，大總統任命他為「鋼之鍊金術師」。成為國家鍊金術師的愛德華，踏上了尋找賢者之石的旅程。他相信，這顆傳說中的石頭可以增強鍊金術的力量，也許能幫助他們找回身體。
里歐爾之雷托教
愛德華與阿爾得知里歐爾有個會使用「奇蹟之術」的教主，因此來到此地。兩兄弟看到這名雷托教教主柯奈洛施展所謂的神力只不過是鍊金術而已，但他居然違背了等價交換的原則。兩兄弟懷疑他身上有賢者之石，為了探查真相，愛德與阿爾在當地認識的少女羅珊的引領下，與柯奈洛見面並打敗了他。
黑暗的角落裏，被鍊金術反噬的柯奈洛去找「色慾」理論，但「色慾」認為教主已經沒有利用價值了，便讓「暴食」吃了他。
亞美斯多利斯出現了專挑國家鍊金術師殺害且神出鬼沒的男人，叫斯卡。一系列事件震撼國內，大總統親自來到現場，判斷此事非同小可。
會說人話的合成獸
愛德華報告工作情況的時候，羅伊•馬斯坦提議他去見見合成獸的專家綴命之鍊金術師塔卡。塔卡曾經成功煉成了聽懂人話的合成獸因窮而離婚，然後偷偷把老婆煉了，也因此得到了國家鍊金術師的資格。不過那隻合成獸只會說一句話——我想死。
愛德華來到塔卡家中查閱資料，但沒看多久，就跟塔卡的女兒妮娜和一條大白狗玩了起來。塔卡因為要通過國家鍊金術師的績效考核，所以想要把女兒和白狗煉成合成獸。
第二天，愛德華發現這隻合成獸會喊愛德華的名字，讓兄弟二人頗為驚訝。但當合成獸說出「大哥哥，一起玩吧」時，愛德華震驚地認出合成獸的真面目。他差點把塔卡打死，並悔恨自己沒有能力把他們變回原樣。
夜裏，國家鍊金術師殺手斯卡用他的「破壞右手」殺死了塔卡，並用沒有痛苦的方式，結束了合成獸的生命。
另一邊，負責調查斯卡殺人案的休斯中校跟他的好友羅伊•馬斯坦談話，他警告馬斯坦要小心，因為斯卡已經殺了10個國家鍊金術師，實力不容小覷。同時，在雨中，斯卡對愛德華發起攻擊，沒過多久，就把兄弟二人逼上了死路。關鍵時刻馬斯坦救了愛德華的命然而在雨中馬斯坦無法發動鍊金術，差點掛了。豪腕之鍊金術師亞力克斯•路易•阿姆斯特朗也來幫忙，打掉斯卡的眼鏡，發現他是伊修瓦爾人。而斯卡寡不敵眾，直接逃走。
事後，馬斯坦跟兄弟二人說起伊修瓦爾人對這個國家的恩怨，13年前的歷史。
被隱藏的賢者之石
馬可醫生
為找溫莉修復損毀的機械鎧，兄弟二人準備回到故鄉利塞布爾。而阿姆斯特朗則負責護送並保護他們。
當他們在中途的車站休息時，阿姆斯特朗湊巧看到一名男子。這名男子是結晶之鍊金術師提姆•馬可，他過去曾在軍方的研究所研究鍊金術的醫療應用，伊修巴爾內亂後卻突然失蹤。
愛德華一行人前往探訪馬可，馬可爆出驚人的事實——軍方高層讓他參與煉成賢者之石的秘密研究。但馬可認為這項研究奪走了大量生命，自己罪孽深重，所以，他才從軍隊偷走賢者之石和研究資料，躲到小鄉村里當醫生，通過治療病人的方式贖罪。馬可把藏有資料的地點告訴了愛德華，並認為愛德華能找到背後的真相。
沒過多久，「色慾」就出現在馬可家中，並帶回他們的大本營囚禁。
溫莉通宵趕工修好了愛德華的機械鎧，愛德華便離開前往馬可存放資料的圖書館，但是被「色慾」燒掉了。但在羅斯少尉的安排下，，找到了曾在那個圖書館工作的管理員榭絲卡，她的記憶力驚人，只用了五天時間就默寫出馬可的資料。愛德華經過10天的破譯，終於明白為什麼馬可把煉成賢者之石稱為魔鬼研究——需要大量的活人當材料。
第五研究所
愛德華得知馬可曾經在第三研究所工作，而被封禁的第五研究所旁邊有監獄，愛德華猜測當年軍方很可能用囚犯來煉賢者之石。愛德華當晚暗中調查，與死囚交戰，最後遭遇「色慾」和「嫉妒」兩名人造人。人造人直接摧毀第五研究所，愛德華進院醫治，並叫溫莉過來維修機械鎧。
愛德華正和休斯等人探討這幾天發生的事情，恰好大總統也來到病房探病，告訴愛德華要小心，軍隊內也有敵人，繼續調查恐怕有危險。
此後：
- 愛德華一行人前往南部見他們的師傅伊茲米•卡迪斯。順便陪溫莉前往機械鎧技師的聖地「拉修巴雷」。
- 休斯仍在調查，得知東部里歐爾在暴亂，西部和北部也出現了內亂。休斯看出其中的關聯，把全國各地的流血事件連起來，在地圖上發現了「國土煉成陣」，打電話給馬斯坦時被變成休斯老婆的「嫉妒」所殺。
人造人登場
達普利斯
愛德與阿爾抵達達普利斯後，與師父伊茲米久違地重逢。從伊茲米口中得知父親霍恩海姆的消息。當晚，愛德想起了第一次見到伊茲米時發生的事。伊茲米說阿爾馮斯失去的是整個身體，所以看到的知識比愛德華多，需要找回真理之門的記憶才能使用鍊金術。
而「貪婪」派出一隊人形合成獸綁架了正在伊茲米家中回憶的阿爾馮斯。「貪婪」想要跟他交易，用「人造人的製作方法」交換「固定靈魂」的方法。隨後愛德華找上門，跟擁有「最強之盾」的貪婪打了起來，發現了他能力的秘密，及時趕到的伊茲米打跑了「貪婪」。
「貪婪」與手下會和，打算派部下抱着阿爾逃走，結果卻遭到大總統金‧布拉德雷的阻擋，大總統向「貪婪」發動壓倒性的猛攻。在這場戰鬥中，大總統說出自己是擁有「最強之眼」（最強動態視力）的人造人「憤怒」。大總統把「貪婪」抓走並殺死了他的手下。阿爾也因血液刺激印記，恢復了記憶。
人造人
五名人造人匯聚一堂，「父親大人」把叛逃的「貪婪」投入熔爐中，煉成賢者之石喝了下去。
東方的使者
新國人
當斯卡與尤基準備出發前往中央時，來自東方新國的少女「梅」突然出現在他們的面前，使用煉丹術治療了斯卡的傷。她來亞美斯多利斯的目的是為了尋找長生不老的方法，並覺得只有傳說中的天才鍊金術師愛德華可以做到。
另一方面愛德華和阿爾，認識了一名餓暈在路上的新國皇子「麟」，目的是為了得到賢者之石。跟愛德華不打不相識。
馬斯坦與巴利接觸後，漸漸掌握休斯遭到殺害的事件真相。
此時，愛德、阿爾和溫莉一起來到中央找休斯，而姚麟走散，在路上因偷渡的罪名關進監獄。愛德華在軍部見到的瑪麗亞‧羅斯，得知休斯已死的震驚消息。前往休斯家，休斯老婆選擇諒解。
一夜之間被毀滅的王都
第二天，軍隊把殺害休斯的罪名扣給瑪麗亞‧羅斯身上，巴利襲擊了拘留所救出了羅斯和姚麟，隨後馬斯坦自導自演了一場戲，假裝把羅斯殺了。因為法醫是馬斯坦的老搭檔，所以沒有拆穿。
在馬斯坦的暗中命令下，阿爾被獨自留在中央，愛德華則與阿姆斯特朗一起前往利塞布爾。沒想到抵達不久就在布萊達的安排下，暗中前往傳說中一夜之間被摧毀的王都‧克塞魯克塞斯的遺蹟。愛德經過一番努力才跨越大沙漠，並在該處與福爺重逢。愛德一行人在福爺的帶領下前往遺蹟的內部，沒想到卻在這裏意外地遇見了羅斯。羅斯只好跟着福爺前往新國避難。
愛德華來遺蹟內的一塊石板前，發現上面的圖案和賢者之石的煉成陣很像。
人造人作戰計劃
拉斯特之死
馬斯坦對人造人策劃的作戰，即將進入最後關鍵。巴利為了尋找自己的肉體而潛入第三研究所的地底，馬斯坦也與哈勃克、阿爾等人一起進入。哈勃克與馬斯坦分成兩路前進，卻在途中遇見打算來收拾他們的「色慾」，馬斯坦在此時才得知人造人的真實身份與秘密。
大總統也來到了第三研究所。
一番戰鬥後，馬斯坦不斷地發動鍊金術，把「色慾」燒死了。大總統在牆後得知阿爾是人柱，而沒有下殺手。
墓前的父親
霍恩海姆久違地回到了利塞布爾。但愛德華因為不滿他讓母親朵莉夏受苦，因此，對他也相當不客氣。夜裏，霍恩海姆旁敲側擊地跟比拿可（和假睡的愛德華）說「愛德華煉成的真的是朵莉夏嗎？頭髮、眼睛顏色能不能對上？」。
隔天，霍恩海姆忠告比拿可離開這個國家，不然有生命危險，然後便離開了村子，愛德華與比拿可前往老家的跡地，目的是為了挖出被埋於該處的自己的罪孽證據，由人體煉成做出的母親遺體。結果發現自己煉出的是不相關的男人，而不是自己的母親是阿爾的靈魂。隨後他打電話跟師傅說，她煉出的應該也不是自己的孩子。愛德華臨走前，比拿可讓他轉告他母親臨終前的話給自己的父親聽。
（得知結論是「人體煉成」並沒有錯，而是死者復生根本不可能。師徒三人都釋懷了。）
愛德華與阿爾來到醫院探訪負傷住院的馬斯坦與哈勃克，他們在此得知人造人的大本營居然也是在大總統官邸，開始猜測大總統跟人造人有關。當兩兄弟正打算前往探尋人造人的秘密時，突然又接到斯卡現身於中央的情報。就以人柱力陷入危機，人造人救場的歸納，引人造人出來。姚麟聽說人造人不老不死，便提出與愛德華合作。
追逐戰
第二天，愛德華四處招搖，引出了斯卡。馬斯坦為了避免斯卡在人造人出現之前被軍隊射殺，就發出了大量假情報。不久，「暴食」和大總統都出動了。姚麟和蘭芳感到異樣的氣息，攔截了他們。蘭芳遭到布拉德雷砍傷秒殺，雖然麟即時趕來救助，但最後仍被逼到無路可退。
另一方面，與格蕾西亞一起來到休斯墓前掃墓的溫莉，在回程的路上得知愛德與阿爾正與斯卡戰鬥中。溫莉急忙趕到現場，沒想到卻湊巧聽到斯卡正是殺害自己父母的犯人之事實。
愛德華與阿爾為了緝拿人造人，將傷心的溫莉交給軍方保護後，打算與斯卡再戰一場。馬斯坦與霍克艾為了支援愛德兩兄弟，也同時趕往現場。此時，麟一邊抱着蘭芳，一邊設法躲過布拉德雷的猛烈攻勢。雖然姚麟勉強躲過眼前的危機，但最後仍無法甩掉奉布拉德雷之命前來追殺兩人的格拉托尼。蘭芳認為自己拖累了麟，最後居然持刀砍斷了自己的手。把手綁在一條狗上，躲避了大總統的追殺。大總統評價：「此計甚高。」
失敗的真理之門
斯卡被偷襲，愛德華和姚麟抓住了「暴食」，斯卡被「梅」救走。夜裏，「暴食」聽到是馬斯坦殺了「色慾」便失控了。愛德、阿爾與麟雖然設法想阻止失控的格拉托尼，但格拉托尼能把所有東西吞下的能力，讓三人完全無計可施。在這場戰鬥當中，麟又感覺到存在着某些詭異的氣息——「嫉妒」。
「嫉妒」聽說姚麟能和大總統正面過招，決定親自幹掉他，不過變身和再生也不能彌補體術上的差距。隨後，愛德華、姚麟和「嫉妒」都被「暴食」吞下去了。愛德雖然在這裏遇見了麟，但兩人仍找不到逃出去的方法，最後他們又遇到了被一起吞進來的「嫉妒」。他告訴愛德華，這裏是格拉托尼的肚子裏，同時也是父親大人做失敗的真理之門，而且一旦進來就無法出去。「嫉妒」顯露出他真正的模樣，並朝着愛德與麟發動攻擊。眼看愛德就要被恩維吞進去了，意識朦朧的愛德華在此時突然想起克塞魯克塞斯的煉成陣，並想到了從格拉托尼肚子裏逃出的方法。
愛德華得出為什麼400年前一個繁榮昌盛的國家會在一夜之間毀滅的結論，那就是父親大人把整個國家的人都煉成了賢者之石。
給我等着！Alphonse
大總統的過去
另一邊，馬斯坦回到中央，向雷文中將暗示大總統是人造人，結果發現軍部高層已被人造人控制，身陷賊窩。大總統把馬斯坦小隊的人調開，留下霍克愛在在中央當人質。大總統對着馬斯坦說出自己的過去，金•布拉德雷從嬰兒開始，就在研究所里接受各種教育和訓練，到了青年時期，研究人員把包含父親大人「憤怒」的賢者之石注入了他的身體裏。之前已經有11個人因此喪命，但他活了過下來，成為現在的大總統。
父親大人
阿爾與小梅為了去見父親大人，與格拉托尼一起前往人造人的大本營。一行人在前往的途中湊巧被出來找小梅的梅與斯卡撞見，梅與斯卡也決定跟蹤他們一起潛入地底。
在格拉托尼的帶領下，阿爾與小梅來到了父親大人的所在處。此時格拉托尼的肚子突然裂開，愛德、麟、恩維從中冒了出來。兩兄弟雖然對重逢感到開心，但馬上卻被父親大人的長相給嚇到，因為他居然跟兩兄弟的父親霍恩海姆長得極為相似。父親大人雖然給予兩兄弟款待，但卻下令人造人殺了麟。雖然兩兄弟試圖反抗，卻因為父親大人的神奇力量而無法使出鍊金術，與麟一起遭到了制服。接着把「貪婪」的賢者之石注入姚麟的體內。
而被恩維等人抓到的愛德與阿爾，在父親大人的指示下被帶去移交給中央司令部的布拉德雷。大總統告訴愛德華，溫莉已經被監視。愛德華歸還跟霍克艾借的槍，因此來到霍克艾的住處找她。接着愛德又問了霍克艾奉命前往參加的伊修巴爾殲滅戰所發生的事。愛德也告訴阿爾在與父親大人戰鬥的時候，地面的人也無法使出鍊金術的事。愛德與阿爾對於當時仍能發揮力量的煉丹術感到期待，隔天早上馬上跑去找梅打算詳細詢問關於煉丹術的事。
同時，被關在中央司令部地底的馬可，正打算將軍部在伊修巴爾所干下的種種恐怖行為告訴斯卡。
釋放金布利
古拉曼與馬斯坦在休斯的墓前密會，馬斯坦將過去發生的事全都告訴古拉曼，希望得到他的協助。
愛德一直找不到梅的行蹤，此時阿姆斯特朗前來探訪，並告知梅他們已經往北方去了。聽到此事後，愛德打算馬上出發去找他們。阿姆斯特朗給了愛德一封親筆介紹信，並要他抵達北方後首先去找一名素有「布里克茲的北壁」之稱號的布里克茲要塞駐守將軍。
因為賢者之石而殺了5名軍官而入獄的佐爾夫•J•金布利被軍部高層下令釋放了，因為父親大人有任務派給他。金布利與搜索隊一行人，為了搜尋斯卡與馬可的行蹤而往西走去。在情報混亂的狀況下，金布利猜測斯卡打算經由西方往北前進。當晚，斯卡果真潛伏於往北行駛中的貨物列車中。此時，金布利突然現身，並與曾在伊修巴爾戰交手的斯卡重逢。斯卡差點把金布利殺了。
布里克茲的北壁
抵達布里克茲要塞的愛德與阿爾，馬上對當地的指揮官‧奧利維亞表明自己前來的原委與目的，並希望能得到協助尋找梅。愛德與阿爾也被要求在找到梅之前，得在要塞內幫忙工作。奧利維亞的輔佐官，同時也有着伊修巴爾血統的軍人邁爾茲除了幫兩人帶路，還告訴他們奧利維亞的行事作風，以及這個要塞的規則就是「弱肉強食」。兩兄弟在途中還遇見了被降職調到布里克茲要塞的法爾曼，沒想到此時卻遇到了襲擊要塞的人造人「懶惰」。奧利維亞對於襲擊，展開了「布里克茲風格」的反擊，那就是利用能將一切東西冰凍起來的布里克茲的自然環境。
隔天，邁爾茲得知金布利住進附近的醫院，因此前往探望。
雪之女王奧利維亞
國家的真相
此時，愛德與阿爾在斯洛斯挖掘的隧道內，將人造人和軍方上層的秘密告訴奧利維亞，並請求能協助自己對抗敵人。他們也在對話中察覺到這個國家的成立，似乎有些詭異之處。便核對了這個國家建國至今的大事件，發現幾個發生戰爭和暴亂的敵方，加上「懶惰」挖的地道，正好可以在地圖上畫出一個巨大的賢者之石煉成陣。而這一系列事件，都有軍隊的參與。
（休斯正是因為發現這一真相，慘遭殺害）
最初的人造人
當奧利維亞正打算問出軍方的企圖而配合雷文談笑之時，突然有人回報在斯洛斯挖掘的隧道內進行搜索的成員失去聯絡。在布拉德雷的策劃下，溫莉被帶來了布里克茲要塞。這也讓愛德與阿爾深深感到自己的存在完全掌控在那些人造人以及敵人手中。另一方面，為了搜尋失蹤的搜索隊，巴卡尼亞率領另一支隊伍進入斯洛斯挖掘的隧道救出了兩名生還者。與此同時，來到布拉德雷家中的霍克艾也察覺到背後有種詭異的氣息，沒想到出現在那裏的竟是大總統的兒子，人造人「傲慢」。
奧利維亞在布拉德雷的命令下，被召回了中央司令部。為了尋找突破的機會，她刻意接近布拉德雷，並轉調至軍方高層。透過霍克艾轉告的暗號得知大總統之子塞利姆的真實身份。
達成共識
為了緝捕斯卡，愛德、阿爾、溫莉與金布利、邁爾茲等人一起來到巴茲庫爾這個城鎮。當大家分頭開始找斯卡時，愛德與阿爾甩掉軍方的監視，試圖靠自己找出斯卡以及跟他一起行動的梅。
沒想到他們沒花費多久時間，就與梅、馬可、尤基等人重逢，愛德與阿爾也終於聯手抓到了斯卡，沒想到溫莉卻幫這個殺死父母的仇人療傷。
在馬可等人的懇求下，邁爾茲最後決定暫時釋放斯卡。因為必須留下斯卡的性命，解讀他哥哥的筆記。
當他們正在思考如何才能瞞過金布利的監視將溫莉與斯卡等人一起藏匿在布里克茲要塞之時，溫莉主動提出讓斯卡挾持自己，這樣人造人就無法威脅愛德華了。
另一邊，伊茲米•卡迪斯遇到馮•霍恩海姆，他發現她身體的異樣，便幫她理順內臟和血液循環。
螻蟻的反擊
逆國土煉成陣
愛德華得知布里克茲已被中央軍掌控，但暴風雪來了，只能讓阿爾去通知溫莉等人。暴風雪結束後，溫莉等人行進中碰到了阿爾，抱着昏迷的阿爾，來到途中的山間小屋。他們在此一邊休息，一邊試着解讀斯卡哥哥的書。梅在聽到醒來後的阿爾與馬可的對話後，像是得到線索似的對斯卡哥哥的書做了一些動作，最後成功找出隱藏於其中的煉成陣。沒想到，這個煉成陣居然就是逆國土煉成陣。
金布利早已經看穿了一切，要去追殺溫莉等人。受到愛德華的阻擋，金布利用一場大爆炸瞬間結束戰鬥。愛德華被一根鋼管插中重傷，合成獸感覺自己差點被金布利害死，就索性站在愛德華這邊。
愛德華把自己的靈魂當作能量體，代替賢者之石，想起那種使用人命的感覺，自我煉成把傷口封住然而旁邊就有一顆賢者之石。
另一方面，金布利在斯洛斯挖掘的洞窟與「傲慢」相遇，「傲慢」命令金布利反過來利用布里克茲士兵的團結，在布里克茲刻下血紋。
馬可醫生的憤怒
馬可等人躲在「阿斯別克」這個伊修瓦巴人的貧民窟，「嫉妒」從贊帕諾口中得知這個消息後也隨即前往。雖然馬可與傑爾索等人試圖反擊，但馬可仍被巨大化的恩維抓住。恩維說出馬可過去的部下，已經全被做成賢者之石之事。馬可在得知此事之後表示自己能製作賢者之石，也能分解賢者之石。然後只用一擊就把「嫉妒」的賢者之石分解了，無數靈魂四散而去秒殺。眾人讓張梅把「嫉妒」的真身帶回新國，但過程中被「嫉妒」蠱惑，返回中央。
格利德再次叛變
格利德的手下彼得為了尋找格利德而潛入中央軍司令部的地底，發現「不死軍團」的秘密，並在此遇見外表已變成麟的格利德。彼得死後，格利德想起了前任「貪婪」的記憶，抱着小蜥蜴的屍體，發出了撕心裂肺的呻吟。跑到大總統家中，要為自己的手下報仇。但是大總統又一次用實力證明了雙方的實力差距。
阿爾等人在里歐爾與霍恩海姆重逢，阿爾告訴霍恩海姆至今發生的事，以及愛德目前下落不明。塔利烏斯出現在北都的銀行，並領走愛德帳戶中的錢，他在領完錢後直接回到鎮上的醫院，沒想到卻被軍方人士暗中跟蹤。
另一方面，愛德與達利烏斯為了尋找阿爾而來到羅伊在中央的藏身之處，結果在此遇見了暫時取回身體主導權的麟，麟把父親大人打開真理之門的日子告訴愛德華。愛德華變把這一情報告訴所有人，讓他們有所準備。
傲慢登場
溫莉在「約定之日」到來的前夕回到了利塞布爾的老家，沒想到卻意外地與愛德重逢。
大總統親自視察北方軍和東方軍的聯合演習。大總統的手下報告，這可能是調虎離山之計，因為伊修瓦爾人在中央活動。便匆匆乘上火車，趕回中央。在一座橋中央，古拉曼中將的部下引爆了炸彈，炸毀了列車下方的橋樑。但在橋下搜尋了一天，都沒有找到大總統的屍體。
另一方面，與邁爾茲一起暗中來到東部的阿爾，在藏匿處突然又產生了靈魂似乎要被扯回原有肉體的感覺，由於這種感覺發生的間隔越來越短，這也讓阿爾感到相當不安。
此時，阿爾的行蹤被「暴食」發現，雖然阿爾想要逃走，但此時靈魂又開始遭到肉體的拉扯，最後讓阿爾陷入昏迷，「傲慢」趁機綁架。愛德一行人在卡納馬這個部落與霍恩海姆重逢，霍恩海姆也告訴愛德關於他身體的秘密，以及父親大人將利用在隔天發生的日蝕開啟真理之門等事。接着，愛德將比拿可要他轉達的母親朵莉夏的遺言告訴霍恩海姆。當愛德等人稍做休息，正打算啟程前往中央時，阿爾突然出現在他們的面前，雖然愛德很高興能與阿爾重逢，但格利德體內的麟卻察覺到一股詭異的氣息，阿爾被「傲慢」控制了。「傲慢」幾下就把格利德制服了，但愛德華看出他的弱點，用鍊金術毀掉電線，滅掉附近村落的光源。
愛德等人在重新復出的蘭芳的幫助下，一口氣逆轉了戰局。但在此時，在另一個地點與「傲慢」對戰的海因凱爾，卻因為不論怎麼攻擊都無法擊倒而陷入苦戰。最後周圍的燈光也漸漸亮起，讓原本被封住的「傲慢」的影子得以復活。 馬斯坦的養母查出了塞利姆的真實身份——確實是人造人。
格拉托尼之死
「傲慢」把「暴食」吃了，取得了他的能力。愛德等人對他的這種能力束手無策，沒多久就被逼到無路可退。此時，被帶到其它地方的阿爾總算醒來，當他知道哥哥等人是因為自己而身陷險境時，主動向霍恩海姆提出一個計劃。阿爾假裝被「傲慢」抓住，然後霍恩海姆趁機煉成困住「傲慢」。確保他在約定之日之前不能自由行動，無法使用暗影的「傲慢」根本無法擊碎土牆。因此，抓起阿爾的頭，敲打求救信號（阿爾全然不知，還以為在玩）。
全面反叛
馬斯坦挾持布拉德雷夫人作為人質，對中央司令部展開全面反叛，原以為這場叛變會馬上遭到鎮壓，沒想到在查理小隊等布里克茲軍的助陣下，讓這場叛變演變為擴及中央全域的激烈巷戰。此時去新國避難的羅斯帶來了大量彈藥，而暗中經營軍械商店的是受傷退役的哈勃克。
布萊達等叛軍成員佔領了中央的廣播電台，他們並將其實真正想發動政變的是軍方高層，自己只是為了阻止而行動的這種捏造理由透過電台告訴國民。
不死軍團
在軍方高層的指使下，人偶士兵終於被大量放了出來，這群不畏死亡的不死之身，甚至把理應聽令遵從的軍方高層人士也加以啃食，接着又襲擊了愛德等人。這些人造人雖然沒有再生能力，但是極難殺死。而張梅也來到了中央地底，「嫉妒」逃了出來吸收了人造人士兵體內的賢者之石，恢復實力。
公然反叛軍方高層的奧利維亞，遭到奉命前來剷除她的「懶惰」的攻擊。面對人造人的再生能力，奧利維亞陷入了生命危險。這時候她的弟弟阿姆斯特朗前來支援，讓奧利維亞對「懶惰」出現了些微的勝機。沒想到「懶惰」認真使出了全力，展現出驚人的速度。中央軍在奧利維亞的說辭下，達成共識先殺人偶士兵。
此時，與被封閉在土堆中的阿爾一起留在卡納馬部落附近的海因凱爾，察覺到「傲慢」在土堆內不斷敲着阿爾頭部的行為其實是軍隊的通訊密碼。但為時已晚，密碼傳到地底下的父親大人的耳中，派金布利去支援。一番戰鬥後，阿爾因為海因凱爾的一番話，決定使用賢者之石的力量。他利用被封閉在石頭中的眾多靈魂的力量展開激烈的戰鬥，絲毫不輸給他們兩人，但還是敵不過。馬可醫生早已拿着阿爾給賢者之石治好了海因凱爾，海因凱爾背後偷襲咬死了金布利。阿爾等人成功逃走，「傲慢」便吞下了金布利。
恩維之死
馬斯坦及時來到了愛德華那邊，用火焰秒殺了人偶士兵。剛好一直追殺張梅的「嫉妒」也出現了，第一次見到恩維的馬斯坦，問他是不是他親手殺了休斯。恩維通過變成休斯老婆的樣子，給出答案。馬斯坦被激怒了，宣言要親手燒死「嫉妒」。馬斯坦把「嫉妒」燒得喘不過氣，這時他才想起馬斯坦就是燒死「色慾」的人，趕緊轉身逃。
馬斯坦與霍克艾利用兩人絕妙的默契，戳破了恩維設下的卑劣陷阱。快用完賢者之石的恩維再次變回宛如小蜥蜴般的模樣。
馬斯坦堅持要親手殺死恩維，但是，霍克艾卻在此時將槍口朝向羅伊，試圖阻止他。就在同時，愛德與斯卡也因為擔心羅伊而趕回現場阻止了他。馬斯坦想起昔日的朋友休斯和霍克艾的表白，放棄親手殺死恩維。
「嫉妒」再次挑撥眾人的關係，但是眾人不為所動，愛德華指出恩維是在嫉妒人類。恩維爬出愛德華的手心，他覺得被人類弄成這幅下場，而感到恥辱，同時，又被愛德華理解而感到欣慰，最後掏出自己的賢者之石，自殺了。
斯洛斯之死
巴卡尼亞等人率領的布里克茲軍終於佔領了中央司令部本部。此時，奧利維亞與阿姆斯特朗正率領着倖存的中央軍士兵與大量的人偶士兵戰鬥，沒想到原本被封住行動的斯洛斯又動了起來，並讓他們受到瀕死的重傷。即使如此，阿姆斯特朗仍不願逃走，堅持要留下來替在場的士兵們戰鬥。關鍵時刻，愛德華的師傅和師公來到，齊心協力把「懶惰」的賢者之石耗盡。
約定之日
霍恩海姆vs父親大人
霍恩海姆來到父親大人面前，他覺得過去的瓶中小人更有趣點，因為現在的他抽出情感，製造了7個孩子。一陣交戰後，父親大人從背後偷襲，吸取一部分賢者之石，但他意識到有點不對勁，便收回手。霍恩海姆說自己已經結束與在他體內的53萬6329人的靈魂對話，決定使用他們破壞父親大人的皮囊。但是這並不足以殺死父親大人，因為這整個房間就是父親大人的皮囊。
大總統歸來
與此同時，失蹤已久的大總統殺了回來，原本群龍無首的中央軍重新團結起來，布里克茲軍雖然對回到中央司令部正面入口的布拉德雷展開全面射擊，但布拉德雷卻單靠自己一個人就加以擊破，巴卡尼亞也在戰鬥中受到瀕死的重傷。即使身處這種生死關鍵，法爾曼仍拼命地將槍口朝向大總統。格利德及時出現，但仍不是大總統的對手。福爺前來幫忙，但縱使兩人聯手仍無法擊倒布拉德雷，福爺甚至還被布拉德雷砍傷。
在福爺與巴卡尼亞賭上性命的聯手作戰大總統太浪，被偷襲刺傷身體和刺瞎最強之眼，戰力暴跌，以及蘭芳與布里克茲士兵的協助下，格利德終於成功將布拉德雷從城牆上擊落至壕溝內。
巴卡尼亞由於曾經幫助福爺，麟為了實現自己在巴卡尼亞死前答應的承諾，因而藉助格利德的力量獨自對中央軍發動猛攻。
愛德華與馬斯坦等人為了找出父親大人的下落而進入地底，並於途中的廣場遇見一名裝有金假牙的醫生。這名自稱是「調教出金‧布拉德雷的男人」的醫生，隨即從身邊叫出一群「大總統候補」的中年男子，對愛德等人發動襲擊。但金假牙醫生趁着手下和愛德華交戰之際，在地上畫好煉成陣，把人柱拉進真理眼中再扔進父親大人的房間。但是人柱還差一個，便用劍劃破了霍克愛的脖子，拿出賢者之石逼迫馬斯坦進行人體煉成，但馬斯坦拒絕了。梅與桑巴諾等人也趁機發動攻擊。眼看局勢就要逆轉，沒想到「傲慢」與原被認為已死亡的布拉德雷再次出現。
第五人柱
重傷的大總統仍然輕易地制服了馬斯坦，並直接將羅伊的手掌刺穿於地面。「傲慢」用影子畫出煉成陣，拿金牙醫生做為犧牲品，開始強制進行人體煉成。大總統開始與斯卡展開戰鬥，雖然布拉德雷身負重傷，但他的動作仍勝於斯卡，並將斯卡逼到無路可走。斯卡的左手發出煉成光，並從地面發出尖刺般的石柱將布拉德雷彈開。
五個人柱終於聚集於父親大人面前，馬斯坦的代價是失去視力。但是愛德等人仍未放棄，並試圖趕在國土煉成陣發動前打倒父親大人與「傲慢」。但是月球與太陽重合，父親大人壓制全場，準備發動國土煉成陣。突然格利德出現攻向父親大人，企圖佔據中心，奪取世界（但是中心並不在那裏）。
神的力量
父親大人發動國土煉成陣，五個人柱上出現真理之門，國家五千多萬民眾都被吸走了靈魂，吞噬了「神的力量」。幾個人柱醒來，發現父親大人可以隨手創造一個太陽。然而霍恩海姆長年累月在某些地方埋下了賢者之石，而日蝕投射到大地上的月影，構建了煉成陣的圓環，煉成陣突然啟動。成功讓父親大人的身體失去亞美斯多利斯國民的靈魂。父親大人一怒之下發起攻擊，只有張梅的煉丹術和霍恩海姆的賢者之石能擋住父親大人的攻擊。
大總統之死
與此同時，在大總統將要擊殺斯卡時，日蝕後的第一縷陽光閃到了大總統的眼睛，斯卡抓住機會，伸出右臂毀掉大總統的雙手。但是大總統用嘴叼其劍刃，刺穿了斯卡腹部。蘭芳問將死的大總統有什麼遺言，大總統毫無疑問地說沒有。 蘭芳在大總統身上找到一小瓶賢者之石，幫助重傷的斯卡來到這一帶的中心，代表分解和重構的雙臂同時排在煉成陣上，組成斯卡哥哥研究出來的反國土煉成陣。鍊金術封印被解除，父親大人為了繼續保有體內的神力，開始襲擊身邊的人們試圖藉此取得靈魂。眾人追上攔截，但愛德華被「傲慢」攔住。
金布利攪局
「傲慢」因為之前人體煉成的劇烈消耗，容器已經支撐不住了，準備奪取愛德華的身體。但沒想到他體內的金布利覺得他沒有原則，嘴上說着人造人的驕傲和尊嚴，可一旦自身難保就想逃進被貶為下等生物的人類容器里。「傲慢」被分了心，愛德華趁機抓住他的頭部，把自己的靈魂煉化陳賢者之石，進入他的體內，把「傲慢」變成一個嬰兒狀的本體。
格利德之死
為了消滅父親大人體內的賢者之石，眾人使出渾身的力量，不斷發動攻擊。但在父親大人的反擊下，阿爾失去了身體，霍恩海姆的賢者之石即將耗盡，沒有力量繼續作戰了。
父親大人正要煉化愛德華和伊茲米•卡迪斯的靈魂的時候，被周圍的雜兵一槍爆頭打斷了施法。 馬斯坦開始參與戰鬥，雖然失明，但有霍克愛可以報方位。此時，格利德想要得到這股力量，向父親大人發起偷襲，成功命中。但父親大人反手要吸取格利德的賢者之石，被愛德華中斷。
因為父親大人的賢者之石即將耗盡，無法壓制體內的神，掀起劇烈爆炸。愛德右手臂的機械鎧也遭損毀。眼看父親大人就要奪走愛德的靈魂，阿爾為了拯救哥哥而不惜做出殘酷的決定——以自己的靈魂印記換回愛德華的右手。愛德華開始向父親大人發起猛攻，孤注一擲，徹底奪取格利德的賢者之石。他利用自己的能力碳化能力把父親大人的身體變成脆弱的炭塊。
門的另一面
愛德華趁機一拳打穿了容器，剩餘的靈魂從缺口噴涌而出，然後真理把瓶中小人送回了真理之門。
真理對瓶中小人說「我其實就是你，為了告誡自高自大，以正確方式給眾生絕望，這就是真理。所以我也要給你絕望。」
旅途的盡頭
阿爾馮斯回歸
愛德華不願用賢者之石和霍恩海姆的生命取回阿爾馮斯的身體。突然想到有一個可以換回弟弟身體的方法——自己的鍊金術。
愛德華來到真理之門，真理問他準備拿什麼代價換回弟弟。愛德華指向自己的真理之門，並說「我只是一個連小女孩都救不了的普通人，就算沒有鍊金術，也還有周圍的許多夥伴」
因為真理給予狂妄之人以絕望，但愛德華一直明白自己只是個普通人，所以真理說「回答正確，鍊金術師！你戰勝了我，把一切都拿去吧！」自高自大者理應當獲得絕望
然後和弟弟一起回到了現實世界。愛德華把「傲慢」的本體還給總統夫人，媒體也沒有公佈大總統是人造人勢力，所有的黑鍋都被扣到了中央軍官的頭上。
霍恩海姆之死
夜裏，霍恩海姆回到妻子墓前，滿足地死去。天亮後，比拿可發現了已經離世的霍恩海姆，而他的臉上露出了難得一見的笑容。
不同的道路
馬斯坦認為只有解決了伊修巴爾的事情，才有資格就任總統位置。馬可醫生用剩餘的賢者之石治療馬斯坦的視力和哈勃克的身體。
阿爾馮斯準備去東方向張梅學習真正的煉丹術，而他的合成獸夥伴希望能一路跟着他，找到恢復人類身體的方法。
愛德華前往西方，掌握另一些知識，臨走前，愛德華向溫莉展開鍊金術式告白。
大結局
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