名侦探柯南/主线剧情
另请编辑者注意：请不要在人物历程等相关内容中悬挂此模板。具体使用方法详见模板说明文档。
补番专区
为照顾新入坑的柯迷，特开设无剧透专区。这里仅列出主线的标题和简单的介绍，可按表索骥来直接追柯南主线剧情。
- 备注：
-
- 黑衣组织成员出场集数，采用红色标注；
- 三选一篇章中嫌疑人出场集数以及非三选一篇章中立场未定的角色出场集数，采用紫色标注；（注：在同时有明确的组织成员和三选一嫌疑人出场的篇章，除部分特殊篇章如身份揭晓、与组织对决的篇章外，以嫌疑人出场为优先）
- 重要人物出场与重大事件发生的集数，采用绿色标注；
- 与主线无关但精彩的集数，采用蓝色标注；
- 黑色字体表示案件本身与主线有轻微的联系（换言之，不看也无所谓）；
若遇其他颜色，就是卖萌标记，可以无视。
篇章1：变小的名侦探篇
| 原版集数 | 海外版集数 | 标题 | 备注 |
|---|---|---|---|
| 1 | 1 | 云霄飞车杀人事件 | 黑衣组织成员琴酒和伏特加登场 |
| 2 | 2 | 董事长千金绑架事件 | 工藤新一变成柯南 |
| 3 | 3 | 偶像密室杀人事件 | 柯南获得蝴蝶结变声器 |
| 4 | 4 | 大都会暗号地图事件 | 少年侦探团成立 |
| 5 | 5 | 新干线大爆破事件 | 漫画中，柯南通过窃听得知了琴酒和伏特加的代号；动画剧情被魔改为事件与黑衣组织无关，详见漫画Vol.4 File.4-6（总File.33-35）。脚力增强鞋在动画中也在该集初次登场。 |
| 6 | 6 | 情人节杀人事件 | 柯南获得手表麻醉枪 |
| 7 | 7 | 每月一件礼物威胁事件 | 小兰首次怀疑柯南的真实身份 |
| 10 | 10 | 足球选手恐吓事件 | 吃醋的女人真的很可怕 |
| 11 | 11-12 | 钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件 | TV版首个特别篇，柯南遇到了第一个死在自己面前的犯人，破案心态受到了重大影响 |
| 12 | 13 | 步美绑架事件 | 柯南打赌输了拜托阿笠博士为少年侦探团做的徽章在本集首次亮相；柯南首次使用博士给的涡轮引擎滑板 |
| 13 | 14 | 奇怪的寻亲杀人事件 | 漫画版宫野明美初登场，首次出现宫野志保的剪影；动画结尾部分被魔改，详见漫画Vol.2 File.7（总File.16）。由于本集结尾宫野明美未死导致宫野志保无法登场，后动画组为弥补由此带来的剧情BUG而原创了TV 128。 |
| 22-23 | 23-24 | 豪华客轮连续杀人事件 | |
| 27-28 | 28-29 | 小五郎同学会杀人事件 | |
| 32 | 33 | 咖啡厅杀人事件 | 妃英理初登场 |
| 34-35 | 35-36 | 山庄绷带怪人杀人事件 | 据说这集是很多人的童年阴影 |
| 42 | 43 | 卡拉OK厅杀人事件 | |
| 43 | 44 | 江户川柯南诱拐事件 | 新一的 |
| 48-49 | 49-50 | 外交官杀人事件 | 新一的 |
| 50 | 51 | 图书馆杀人事件 | 又一个童年阴影。柯南意图大量饮用白干变回新一，失败。 |
| 52 | 53-54 | 雾天狗传说杀人事件 | 这集片头柯南毫无征兆地得知了琴酒和伏特加的代号 |
| 54 | 56 | 电玩公司杀人事件 | 组织成员龙舌兰登场。倒回去看看，你会发现毛利小五郎提到了波本，以及千年大坑——中岛秀明想卖给组织的名单。 |
| 57-58 | 59-60 | 福尔摩斯迷杀人事件 | 柯南的真实身份被服部平次知晓 |
| 68-70 | 70-72 | 暗夜男爵杀人事件 | 活动的组织者提出要给参加活动的优胜者一种令所有人都束手无策的电脑病毒“暗夜男爵”作为奖励，柯南感到有一双有杀气的眼睛（至今青山都没有说明是谁）盯着自己。破案后才发现组织者不知道手中并没有这种病毒（组织者甚至认为这个病毒是不存在的），只是希望以此为诱饵钓出被害人将其杀害罢了 |
| 76 | 78-79 | 柯南VS怪盗基德 | 怪盗基德登场 |
| 81-82 | 84-85 | 当红艺人绑架事件 | 官方玩梗 |
| 96 | 99-102 | 走投无路的名侦探！连续两大杀人事件 | 小兰第二次怀疑柯南的真实身份 |
| 112 | 118 | 帝丹小学7大不可思议事件 | 小林澄子初登场 |
| 118 | 124-125 | 浪花连续杀人事件 | 远山和叶登场 |
篇章2：雪莉篇
| 原版集数 | 海外版集数 | 标题 | 备注 |
|---|---|---|---|
| 128 | 135 | 黑衣组织十亿元抢劫事件 | TV版宫野明美登场 |
| 129 | 136-139 | 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件 | 灰原哀登场，注意看A药服用者名单，记住里面的名字，柯南、阿笠、灰原三人在案件结束后获得包含APTX4869资料的软盘，但该软盘上的资料随即被组织的病毒“暗夜男爵”彻底销毁。由于国内代理片源问题，139集ED后的关于软盘资料被销毁的正片被删减。 |
| 130 | 140 | 竞技场一视同仁胁迫事件（上集） | “工藤君，你大概还不知道吧，你早就已经深深介入我们组织半个世纪前开始的计划中了”（灰原语） |
| 132-134 | 142-144 | 魔术爱好者杀人事件 | 联动剧场版世纪末的魔术师 |
| 136-137 | 146-147 | 蓝色古堡探索事件 | 柯南电视动画收视率最高记录保持者。据说这集也是很多人的童年阴影 |
| 144-145 | 154-155 | 上野出发的北斗星三号 | |
| 153 | 163 | 园子的危险夏日物语（前篇） | 京极真初登场 |
| 162 | 172-173 | 飞天密室 工藤新一最初的事件 | 传说这个事件另有玄机 |
| 163-164 | 174-175 | 月亮、星星与太阳的秘密 | 动画组改编失误，但不影响观感，传说这个事件另有玄机 |
| 166-168 | 177-179 | 鸟取蜘蛛之家的古怪 |
篇章3：贝尔摩德篇（满月篇）
| 原版集数 | 海外版集数 | 标题 | 备注 |
|---|---|---|---|
| 170-171 | 181-182 | 黑暗中的死角 | 新出医生登场 |
| 174 | 185-188 | 二十年的杀机 交响乐号连续杀人事件 | 伏笔“危命的复活”系列，表示小兰已经开始第三次怀疑柯南的身份 |
| 176-178 | 190-192 | 与黑暗组织再次重逢 | 皮斯克登场，发现雪莉变小但来不及报告就被琴酒枪杀；贝尔摩德登场，以克丽丝·温亚德（Chris Vineyard）身份出现 |
| 188-193 | 203-208 | 生死一瞬间 （危命的复活系列） |
小兰第三次怀疑柯南的身份，APTX4869解药初次亮相；茱蒂老师首次出现在台词中，但未提及姓名。柯南第二次恢复成新一。 |
| 219 | 235-238 | 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德 | CONFIDENTIAL |
| 220-221 | 239-240 | 满口谎言的委托人 | 服部静华出场 |
| 222-224 | 241-243 | 人鱼失踪记 | 人鱼岛名册上出现了宫野志保，和疑似琴酒、伏特加的内定姓名黑泽阵、鱼冢三郎 出现了“若狭湾”；传说在暗示本篇章的发展和组织的真实目的 |
| 226-227 | 245-246 | 战斗游戏的陷阱 | 茱蒂·圣提米利翁登场“我已经掌握到了其中一个目标了…改变了容貌，光明正大地去学校…”（茱蒂语） |
| 230-231 | 249-250 | 神秘乘客 | 灰原的组织雷达正式上线，赤井秀一登场（这集的劫匪抢了一车的怪物）；贝尔摩得三选一正式开始 |
| 238-239 | 257-258 | 大阪3K事件 | |
| 242 | 261 | 元太的灾难 | 提到琴酒是左撇子 |
| 246-247 | 265-266 | 陷入网中的谜团 | |
| 253-254 | 272-273 | 本厅刑事恋爱物语4 | 如果第一遍没看懂，请在看完TV 345后回来再看一遍 |
| 258-259 | 277-278 | 来自芝加哥的男人 | 詹姆斯·布莱克登场“我会让我的恋人因甩了我而后悔的…用血和泪作为代价…”（赤井秀一语） |
| 266-268 | 288-290 | 情人节的真相 | |
| 269-270 | 291-292 | 犯罪的纪念品 | 警视厅内毛利小五郎参与破案的卷宗被盗，之后又被原封不动地送回 |
| 271-272 | 293-294 | 情急之下的应变之道 | 贝尔摩得的房间内有柯南和小兰的照片，分别写着“cool guy”和“angel” |
| 274-275 | 296-297 | 幽灵鬼屋的真相 | 动画组改编失误，原作时间线应为紧跟“纽约篇”之后 |
| 277-278 | 299-300 | 英文老师VS关西名侦探 | 柯南认为除了茱蒂老师外还有两个人也很可疑 |
| 279-280 | 301-302 | 疯狂足球迷 | 比护隆佑登场；提到克丽丝·温亚德出席了莎朗·温亚德的葬礼“A secret makes a woman woman.”（克丽丝·温亚德语） |
| 284-285 | 306-307 | 中华街的雨中幻影 | 紧接“工藤新一的纽约事件” |
| 286-288 | 308-310 | 工藤新一的纽约事件（详） | 在身份揭晓篇前的最关键篇章。据说最早可以在这集推出三选一的正确答案 |
| 289-290 | 311-312 | 光彦森林迷失记 | 沼渊己一郎再度登场，首次提到他是个组织基层成员 |
| 301-302 | 323-324 | 恶意与圣者的游行 | |
| 304 | 326-329 | 撼动警视厅 1200万人质 | 提到松田阵平 |
| 307-308 | 332-333 | 残留下来的无声证言 | 板仓卓登场 |
| 309-311 | 334-336 | 接触黑色组织 | 千年大坑——板仓卓的软件 |
| 312-313 | 337-338 | 沾染夕阳的女儿节娃娃 | 提到了灰原的父亲宫野厚司 |
| 329-330 | 354-355 | 用钱买不到的友情 | 提到了灰原的母亲宫野艾莲娜 |
| 333-334 | 358-359 | 相似的两位公主 | 暴风雨来临之前的最后平静 |
| 335-336 | 360-361 | 东都现像所的秘密 | |
| 338-339 | 363-364 | 四辆保时捷 | |
| 340-341 | 365-366 | 隐藏在厕所中的秘密 | 千年大坑——艾莲娜的录音带 |
| 343-344 | 369-370 | 便利商店的陷阱 | |
| 345 | 371-375 | 与黑衣组织面对面 满月之夜的两起神秘事件【揭晓篇】（详） | 直到下一篇章前的内容均为余波 |
| 346-347 | 376-377 | 寻找臀部上的印记 | |
| 350-351 | 380-381 | 被遗忘的移动电话 | |
| 361-362 | 392-393 | 帝丹高中校园灵异事件 | |
| 371-372 | 402-403 | 无言的航线 | |
| 374-375 | 405-406 | 星星与香烟的暗号 | |
| 385-387 | 419-421 | 斯托拉蒂巴利欧斯不协调的和音 | Boss邮箱地址的最终揭晓；漫画最后有一段重要详解未被漫改，详见Vol.46 File.6（总File.474） |
| 394 | 428 | 诡异宅院大冒险（封印篇） | “…弄清那个邮箱地址，说不定会找出一个令人难以置信的人物…这个邮箱是绝对不可以打开的潘多拉魔盒…”（灰原语） |
| 398-402 | 432-436 | 诡谲家族的委托·满腹疑惑的小兰·珠宝强盗现行犯 | 小兰第四次怀疑柯南的真实身份 |
| 421-422 | 455-456 | 银杏色的初恋 | 芙莎绘·坎贝尔·木之下登场 |
篇章4：基尔篇（红黑篇）
| 原版集数 | 海外版集数 | 标题 | 备注 |
|---|---|---|---|
| 425 | 459-463 | 黑色冲击！组织之手逼近的瞬间 | 水无怜奈（基尔）、基安蒂、科恩登场 |
| 427-428 | 465-466 | 超机密的上学路 | 柯南错过关键主线信息 |
| 429-430 | 467-468 | 无法回头的两人 | 本堂瑛祐登场 |
| 435-436 | 473-474 | 侦探团特别专访 | 啊咧咧名场面 |
| 446-447 | 484-485 | 被封死的窗户 | |
| 462-465 | 502-505 | 黑暗组织之影 | 本堂瑛祐开始向毛利小五郎打听水无怜奈的事 |
| 466 | 506 | 打不破的雪人（上集） | |
| 472-473 | 512-513 | 工藤新一少年冒险 | “你只不过是看了小说开头的概要而已……就不打算读完整本书了吗？”（黑羽盗一语） |
| 479 | 519-522 | 与服部平次共度的三天 | |
| 484-485 | 527-528 | 黑色照片的下落 | |
| 491-504 | 538-551 | 红与黑的撞击【揭晓+决战篇】 （详） | “请相信我，也请相信她…”（赤井秀一语） |
| 507-508 | 554-555 | 卡拉OK包厢的死角 | “红与黑的碰撞”系列的余波，“红黑篇”的尾声 |
篇章5：波本篇
| 原版集数 | 海外版集数 | 标题 | 备注 |
|---|---|---|---|
| 509 | 556 | 红白黄色和侦探团 | 柯南得到波本出动的情报 |
| 510-511 | 557-558 | 柯南VS双重暗号之谜·推理对决！新一VS冲矢昴 | 冲矢昴登场 |
| 516-517 | 564-566 | 风林火山 | 大和敢助、上原由衣登场 |
| 521-523 | 570-574 | 杀人犯 工藤新一·新一的真实身份与小兰的眼泪·真正想知道的事 | 传说在暗示本篇章的发展柯南第四次恢复成新一（第三次在剧场版迷宫的十字路口） |
| 524-525 | 575-576 | 憎恨的蓝色火花 | |
| 542-543 | 593-594 | 鱼儿消失的一角岩 | |
| 557 | 608 | 危险的二人组 | |
| 558-561 | 609-612 | 死亡之馆 赤壁 | 诸伏高明登场诸伏高明说出了那句“高情商”发言：“之所以没有说出这些推理，是因为觉得这么简单没必要说吗”。 |
| 563-564 | 614-615 | 侦探团VS抢匪团 | 伤疤赤井登场 |
| 568-569 | 619-620 | 白鸟警官 樱花的回忆 | |
| 571 | 622 | 妖怪仓库的寻宝（上集） | |
| 578-581 | 629-632 | 引发危机的红色前兆·黑色13的暗示·步步逼近的黑色期限·摇曳的红色目标 | |
| 583-585 | 634-636 | 小林老师的恋情·白鸟警官的失恋·跨越时空的樱花之恋 | |
| 586-587 | 637-638 | 消失在黑暗中的麒麟角·基德VS四神侦探团 | |
| 616-621 | 667-672 | 福尔摩斯默示录（详） | 据说这集有隐藏主线柯南第六次恢复成新一（第五次为OVA9“十年后的陌生人”。本次与OVA11“来自伦敦的绝密指令”为同一次） |
| 622-623 | 673-674 | 紧急事态252 | |
| 624 | 675 | 初恋的录影信 | |
| 627-628 | 678-679 | 柯南基德的龙马宝物攻防战 | |
| 646-647 | 697-698 | 幽灵饭店的推理对决 | 世良真纯登场 |
| 648-650 | 699-701 | 侦探事务所挟持事件 | |
| 651 | 702-703 | 柯南VS平次 东西侦探推理对决 | |
| 652-655 | 704-707 | 毒和幻的设计 | |
| 656-657 | 708-709 | 博士的影音网站 | |
| 659-660 | 711-712 | 初恋情人的共同调查 | |
| 661-662 | 713-714 | 小五郎先生是一个好人 | |
| 667-668 | 719-720 | 婚礼前夕 | 安室透登场 |
| 671-674 | 723-726 | 侦探们的夜想曲 | |
| 675-676 | 727-728 | 一丁点都不原谅 | |
| 681-683 | 733-735 | 以性命为赌注的恋爱转播 | |
| 684-685 | 736-737 | 泡沫 热气与烟 | |
| 690-691 | 742-743 | 工藤优作的未解决事件 | |
| 699-700 | 751-752 | 迫近灰原秘密的黑影 | |
| 701-704 | 753-756 | 漆黑的特快列车【第一阶段揭晓篇】 （详） | |
| 705-706 | 757-758 | 密室中的柯南·推理的波本 | |
| 722-723 | 774-775 | 又甜又冰的宅急便 | |
| 724-725 | 776-777 | 怪盗基德与赤面人鱼 | |
| 727-728 | 779-780 | 装满水果的宝箱 | |
| 731-732 | 783-784 | 现场的邻居是前男友 | 羽田秀吉登场 |
| 734 | 786-787 | 茱蒂的追忆与赏花的陷阱 | |
| 739 | 792 | 小五郎在酒吧里（下集） | |
| 740-741 | 793-794 | 小兰也倒在浴室里了 | 世良提到了自己有个二哥 |
| 744-745 | 797-798 | 嫌疑犯是京极真吗 | |
| 746-747 | 799-800 | 怪盗基德VS京极真 | |
| 751 | 804 | 招财三毛猫事件（前篇） | |
| 754-756 | 807-809 | 赤女的惨剧 | “领域外的妹妹”登场 |
| 759-760 | 812-813 | 结局惊人的恋爱小说 | |
| 763-764 | 816-817 | 柯南与平次 恋爱的暗号 | |
| 770-771 | 823-824 | 气氛僵硬的茶会 | |
| 772-773 | 825-826 | 工藤新一水族馆事件 | 万恶之源：那一天，新一弄掉了小兰的手机…… |
| 779-783 | 832-836 | “绯色”系列【第二阶段揭晓篇】 | 千年大坑——贝姐与Boss的关系 |
篇章6：朗姆篇
| 原版集数 | 海外版集数 | 标题 | 备注 |
|---|---|---|---|
| 783 | 836 | 绯色的真相 | 柯南得到朗姆出动的情报 |
| 785-786 | 838-839 | 太阁之恋名人战 | 本事件中的解谜暗号、思路等被怀疑是在影射主线剧情 |
| 787-788 | 840-841 | 盛夏里沉入泳池的谜 | |
| 792-793 | 845-846 | 三名第一发现人（详） | 柯南得到关于朗姆的重要情报 |
| 808-809 | 863-864 | 镰鼬旅馆 | 柯南不愿将服部平次牵扯进对朗姆的调查，并怀疑大和敢助是朗姆 |
| 810-812 | 865-867 | 县警的黑暗（详） | 黑田兵卫登场 |
| 813 | 868 | 悄悄靠近安室的黑影 | 名场面：那个人为什么在早餐时点火腿三明治？ |
| 814-815 | 869-870 | 博客女明星的密室事件 | |
| 822-823 | 877-878 | 嫌犯是热恋情侣 | 灰原哀认为黑田兵卫不是朗姆 |
| 827-828 | 882-883 | 好吃得要死的拉面2 | |
| 836-837 | 891-892 | 关系恶劣的女子乐队 | 提到诸伏景光 |
| 843-844 | 898-899 | 侦探团的各执一词 | |
| 847-848 | 902-903 | 千叶的UFO疑难事件 | 家庭伦理大戏的万恶之源 |
| 849-850 | 904-905 | 结婚申请表的密码 | 提到羽田浩司 |
| 853-854 | 908-909 | 樱花班的回忆 | |
| 861-862 | 916-917 | 与17年前一样的案发现场（详） | 提到浅香、阿曼达·休斯，羽田浩司被害案开始浮出水面 |
| 863-864 | 918-919 | 灵魂侦探凶杀案（详） | “不明真相，必有暗鬼。”（“领域外的妹妹”&琴酒语） |
| 866-867 | 921-922 | 背叛的舞台（详） | 以上三个剧集均为羽田浩司被害案相关，并且有可能涉及了两名朗姆嫌疑人的登场，建议重点关注 |
| 872-874 | 927-929 | 柯南与平次的鵺传说 | 小兰和园子确认了背叛的舞台事件中榎本梓并非本人，平次第二次告白失败，大冈红叶登场 |
| 878-879 | 933-934 | 试衣间的死角 | |
| 881-882 | 936-937 | 涟漪上的魔法师（详） | “我叫工藤新一，是夏洛克·福尔摩斯的弟子！”（工藤新一语） |
| 885-886 | 940-941 | 解谜就在白罗咖啡厅 | 平次第三次告白失败，伊织无我登场 |
| 889-890 | 944-945 | 新老师的骸骨事件（详） | 若狭留美登场 |
| 894-895 | 949-950 | 隔壁的江户式推理秀（详） | 胁田兼则登场 |
| 896-897 | 951-952 | 手臂白皙的女人 | |
| 902 | 957 | 妃律师的求救信号（后篇） | 小兰第N次怀疑柯南的真实身份 |
| 909-910 | 964-965 | 燃烧帐篷的怪物（详） | |
| 916-917 | 971-972 | 恋爱与推理的剑道大赛 | 传说对主线有提示作用 |
| 919-920 | 974-975 | 女高中生三人组的秘密咖啡馆 | |
| 925-926 | 980-981 | 饱含心意的手机挂件 | 风见裕也登场 |
| 927-928 | 982-985 | 红色的修学旅行（详） | 柯南第七次恢复成新一 |
| 941-942 | 998-999 | 寻找玛丽亚（详） | 揭晓Boss身份，想不起Boss是谁的人建议回看TV 219 |
| 952-954 | 1009-1011 | 充满谜团的鸡尾酒（详） | |
| 971-974 | 1028-1031 | 目标是警视厅交通部 | |
| 983-984 | 1040-1041 | 基德VS高明 被盯上的嘴唇 | 奇怪的cp增加了 |
| 993-995 | 1050-1052 | 替身京极真 | 偷偷告诉你，伦敦篇是主线 |
| 997 | 1054 | 微笑之乡的阴谋 | 癫 疯 之 作 |
| 1000-1001 | 1057-1058 | 钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件 | 经典重制，原版指路TV11 |
| 1002 | 1059 | 米花商业街的垃圾之谜 | M24绯色的子弹前传 |
| 1003-1005 | 1060-1062 | 36宫格的完美犯罪 | |
| 1011-1012 | 1068-1069 | 挖野菜与四叶草 | |
| 1018-1020 | 1075-1077 | 藏不住的古董盘 | 揭晓“领域外的妹妹”深层身份，赤井一家都是怪物 |
| 1024-1025 | 1081-1082 | 大冈红叶的挑战书 | 提到羽田家的状况 |
| 1029 | 1086 | 警察学校篇 Wild Police Story CASE.松田阵平 | 揭露了松田和降谷到警校学习的原因；鬼冢提及毛利小五郎在警校时是射击冠军，20发子弹全部命中靶心 |
| 1033-1035 | 1090-1092 | 太阁名人的将棋盘 | |
| 1038 | 1095 | 警察学校篇 Wild Police Story CASE.伊达航 | 伊达航的父亲与萩原千速初登场；伊达航交代了总是叼着牙签的原因，并重新认清了父亲的强大；首次出现伊达航的女友娜塔莉·来间的台词；诸伏景光父母遇害案新线索：凶手是某家摩托车店的常客 |
| 1042 | 1099 | 警察学校篇 Wild Police Story CASE.萩原研二 | 萩原和松田加入爆炸物处理班过程；鬼冢教官首次透露与佐藤正义有好友关系；佐藤美和子中学时代的形象首次出现 |
| 1045-1046 | 1102-1103 | 天罚降临的生日派对 | 揭晓玛丽变小的真相（奇怪的cp又增加了） |
| 1053-1054 | 1110-1111 | 坠落于牧场的火种 | 风见裕也险些在小林面前暴露安室透的真实身份。若狭留美不慎遗失身上的将棋，被安室透捡到。元太向若狭留美透露安室透捡到将棋一事。安室透认为谁拿着这个将棋，谁就是羽田浩司案的凶手。柯南让小哀小心若狭留美。若狭留美袭击安室透并夺回将棋。小哀注意到若狭留美裤子口袋中的将棋。 |
| 1060 | 1117 | 冲野洋子与阁楼密室（后篇） | 胁田兼则称赞柯南非常聪明，并主动向柯南提及将棋。安室透看着屏幕上若狭留美的照片，若有所思。 |
| 1061 | 1118 | 警察学校篇 Wild Police Story CASE.诸伏景光 | 小学郊游时，常与诸伏景光一起玩的女孩有里突发急性阑尾炎，不治身亡。7岁时，父母被杀，诸伏景光患上失语症及轻度失忆。景光被东京亲戚收养，高明被长野亲戚收养。后遇降谷零，情况有所好转。自称进入警校的原因是为了从警察的角度判断当年的情况并抓住犯人。26岁（三年前），诸伏景光卧底身份暴露，在向降谷零致歉后意图自杀，但赤井秀一表明自己的卧底身份试图制止其自杀，最终失败，诸伏景光成功自杀并打穿了存有亲友信息的手机，降谷零认为是赤井秀一逼迫其自杀而怨恨赤井秀一。 |
| 1071-1072 | 1128-1129 | 工藤优作的推理秀 | 贝尔摩德假扮基德假扮优作帮助柯南完成推理秀，意在探查优作回国原因；优作反计成功骗过贝尔摩德。万物皆可贝尔摩得.jpg黑羽快斗，你也有今天.jpg |
| 1076.5(注)未算入总集数 | 1134 | 警察学校篇 Wild Police Story CASE.降谷零 | 警察学校篇的总集篇。降谷等五人终于从警察学校毕业了，毕业典礼后，携带着诸多回忆的五个人走向了各自的明天。七年后，在波洛咖啡店打工的安室透依次回忆起警校时代的四人，他背负着好友们的意志独自前行：从景光那里学会了料理，从班长那里学会了正义，从萩原那里学会了飙车，从松田那里学会了拆弹。故事的最后就只剩他一个人了。 |
| 1077-1079 | 1135-1137 | 黑衣组织的谋略 | 揭晓朗姆真实身份为胁田兼则。FBI连续失误，损失惨重，主角团各种马后炮- - |
| 1085-1086 | 1143-1144 | 不祥的缘分 | 平次告诉柯南有关变位词的线索。动画组ooc+1 |
| 1093-1094 | 1151-1152 | 宫野明美的时间胶囊 | 胁田兼则登场并触发灰原雷达反应。 |
| 1098-1099 | 1156-1157 | 风之女神·萩原千速 | M25预热之萩原研二 |
| 1105-1106 | 1163-1164 | 基德对决安室 王妃的刘海 | 基德是不是要和每个主角团的人都对决一次 |
| 1109-1110 | 1167-1168 | 高木与伊达与手账中的约定 | M25预热之伊达航 |
| 1115-1116 | 1173-1174 | 千速与重悟的相亲派对 | M25预热之松田阵平 |
| 1123-1124 | 1181-1182 | 群马与长野 县界上的遗体 | M25预热之诸伏景光，长野三人组和山村操登场 |
- 尚未改编成动画
| 总话数 | 标题（暂拟） | 说明 |
|---|---|---|
| 1088-1090 | 舞台剧拍摄杀人事件 | 结尾登场神秘呼吸罩老人，揭晓伊织无我身份为公安，曾用化名“榊原” |
| 1091-1093 | 家庭餐馆毒杀事件 | Danny's餐厅二进宫 |
| 1094-1096 | 酒店爆炸预告事件 | 朱蒂、真纯、玛丽、黑田兵卫齐聚酒店；篇末呼吸罩老人第二次登场，因其言论有网友猜测为羽田康晴。真纯和玛丽住的酒店必出事系列以理服人赤井玛丽，偷窥狂魔黑田兵卫 |
| 1097-1099 | 海之家杀人事件 | 若狭留美、冲矢昴联合带娃；珊瑚头主场。本篇基本石锤若狭留美为浅香，且透露浅香曾在17年前的事件中被赤井务武护在身后；若狭留美从冲矢昴身上看到了赤井务武当时的影子，同时也展现出部分实力以保护柯南等人。直男语录：步美还是小孩子，穿着空空荡荡的 |
| 1100-1102 | 怪盗基德与海妖的水花 | 篇末出现不明新角色，为长胡子老者形象。日本公安教你如何识别阿梓和基德：阿梓小姐，我喜欢你.jpg |
| 1103-1105 | 国际象棋大赛杀人事件 | 朗姆三名嫌疑人全部出场。柯南在若狭和黑田面前公然提及新一，疑似认为二者并非朗姆。柯南黑田联手，准备着手重新调查17年前的事件。胁田兼则准备对若狭动手。 |
| 1106-1109 | 十七年前的回忆 | 黑田向柯南讲述十七年前羽田浩司案的细节，真相逐步解密。朗姆带人狙击若狭未果反被制。 |
| 1110-1112 | 帝丹小学校园怪谈 | 片尾朗姆盯着学校里的若狭，因怕误伤师生而没有动手。比起冷血的琴酒，朗姆他真的，我哭死 |
| 1113-1115 | 管家和侦探们 | 伊织的前公安身份实锤，大冈红叶的身份为前首相的孙女，安室透与某大人物接触（疑似前首相）。 |
| 1116-1118 | 服部平次又一次大失败 | 深山，寺庙，服部特意支开红叶，准备在美景下向和叶表白，结果…… |
| 1119-1122 | 怪盗基德VS白马探 | 基德是不是要和每个名侦探都对决一次 老贼你终于想起白马探了…… |
| 1123-1125 | 诗织拯救行动 | 萩原千速主场。片尾柯南发现了安室透在光彦身上安装的窃听设备。 |
时间线
- 故事中很多发生在同一年内的事件暂时无法确定先后顺序的，暂时按漫画发行顺序排序。非主线剧情用斜体表示，目前似乎与主线无直接关联但存在争议的并且将来可能会和主线产生关联的剧情用蓝色斜体表示
- 故事中出现的年份、季节与月份大都会与漫画连载时的时间相近，改编动画时有时也会修改为与动画播出的时间相近，季节与月份都有多次循环，因此不能单靠年份、季节与月份判断先后顺序。虽然不能用于判断时间先后，但故事中诸如情人节、白色情人节等节日和包括甲子园、温网、学校文化祭等活动基本只出现过一次[注 1]
- 从File.1050的信息来看，从工藤新一服药变小到在伦敦大本钟下向小兰告白，中间过了半年时间，据此推测自工藤新一服药变小以来，故事中的时间大概流动了10~12个月
| 时间 | 漫画 | 动画集数 | 剧情 |
|---|---|---|---|
| 半个世纪前 | File.189 | 130 竞技场无差别胁迫事件（上篇） | 组织的秘密计划开始实施 |
| File.300 | 219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德 | 传闻大富豪乌丸莲耶离奇死亡 | |
| 40年前 | File.302 | 千间降代的父亲千间恭介和一些学者被乌丸莲耶邀请来到黄昏之馆寻找据说是乌丸母亲留下的宝藏后失踪，据说此时乌丸时日无多，为杀鸡儆猴开始杀害学者们 | |
| 30年前 | File.595 | 495 红与黑的碰撞 昏睡 | 伊森·本堂加入CIA |
| File.1025 | 宫野厚司和宫野艾莲娜加入白鸠制药的研究院 | ||
| File.423 | 340 厕所里隐藏的秘密（上篇） | 宫野厚司将自己的房子借给朋友出岛胜平开设计事务所 | |
| 27年前 | File.595 | 495 红与黑的碰撞 昏睡 | 伊森·本堂来到日本结婚并就此潜伏，后开始调查黑衣组织的事（开始时间不详） |
| 25年前 | File.1025 | 白鸠制药因被乌丸集团并购失败而破产，宫野夫妇回老家开了一家宫野诊所 | |
| 二十几年前 | File.286 | 218 目暮警官尘封的秘密 | 目暮警官和自己未来的妻子目暮绿因作为引诱歹徒出动的诱饵一事而相识 |
| 20年前 | File.225 | 174 二十年的杀意 新佛尼号连续杀人事件 | 四亿元抢案事件主谋影子设计师叶才三疑似被同伙枪杀身亡 |
| File.260 | 193 危命的复活 约会的地点 | 工藤优作在米花中央大楼的旋转餐厅解决案件后向藤峰有希子求婚 | |
| File.302 | 219 被召集的名侦探！ 工藤新一VS怪盗基德 | 千间降代发现千间恭介信中留下的信息，此时乌丸莲耶已死，乌丸家家道中落，黄昏之馆已经变卖他人 | |
| File.350 | 286 工藤新一纽约事件（事件篇） | 莎朗•温亚德与藤峰有希子拜魔术师黑羽盗一为师学习易容术，两人结识并成为了朋友 | |
| File.379 | 308 遗留的无声证言（后篇） | 板仓卓时为一名默默无闻的游戏工程师，立誓将来要设计出能够打败名人的将棋软件 | |
| File.413-416 | 333-334 相似的两位公主 | 帝丹高中举办选美比赛，决战双方为藤峰有希子和妃英理，最终结果为平票 | |
| File.433 | 345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案 | 贝尔摩德刺杀了调查组织的FBI搜查官，茱蒂·斯泰琳的父亲，并放火焚毁了茱蒂家，仅茱蒂一人幸免于难，接受了FBI的证人保护计划 朱蒂对贝尔摩德的口头禅“A secret makes a woman woman.”印象深刻 贝尔摩得在茱蒂父亲的眼镜上留下了自己的指纹，被FBI保存下来作为证物 | |
| File.667 | 532 初恋的伤痕 | “口哨男”案，松本清长的左眼被砍伤 | |
| File.670 | 534 新的伤痕和吹口哨的男人 | ||
| 19年前 | File.889 | 771 气氛僵硬的茶会（后篇） | 降谷零经常因打架受伤来到宫野诊所治疗，对宫野艾莲娜心生眷恋之情 宫野厚司犹疑着是否加入乌丸集团完成某研究[注 2]，得知艾莲娜怀孕后决定重新考虑 |
| File.1011 | 953 充满谜团的鸡尾酒（中篇） | ||
| File.423 | 341 厕所里隐藏的秘密（前篇） | 宫野夫妇加入了乌丸集团，开始从事药物研究。之后曾在组织监视下和明美回到出岛设计事务所住过一晚 | |
| 18年前 | 魔术快斗 怪盗淑女之卷 |
魔术快斗1412 9 怪盗淑女 登场 魔术快斗1412 10 怪盗淑女与龙马的秘宝 |
黑羽盗一与黑羽千影在巴黎相遇 |
| File.179 | 129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件 | 宫野志保出生 | |
| File.267 | 205 本厅刑事恋爱物语3（前篇） | “愁思郎”一案，佐藤正义殉职 | |
| 17-18年前 | File.425 | 341 厕所里隐藏的秘密（后篇） | 宫野艾莲娜为志保录制了1岁到20岁的生日录音带 |
| 17年前 | File.948 | 861 与17年前相同的案发现场（前篇） | 在朗姆的主导下，羽田浩司与阿曼达·休斯在美国同一天同一酒店内被害，死因均不明，并且A药服用者名单上有羽田浩司的名字；羽田浩司在镜子上留下“P T O N”的暗号，并且随身携带的将棋护身符丢失，其遗属认为是落在了凶手手中 阿曼达的保镖浅香（Asaka）失踪，被列为最大嫌疑人，而浅香曾带着手镜现身，被怀疑是女性 |
| File.953 | 864 灵魂侦探被害事件（后篇） | ||
| File.1052 | |||
| File.972-974 | 881-882 涟漪上的魔法师 | 赤井务武受朋友羽田康晴委托赴美国调查羽田浩司一案，不久之后疑似被黑衣组织追杀，给赤井玛丽发送“当我从来没有存在过”的邮件不久后失踪。遗体一直没能被找到 怀着世良真纯的赤井玛丽、赤井秀一和赤井秀吉遵从赤井务武的嘱托从英国前往日本生活，并隐藏自己的英国人身份 | |
| File.1037 | |||
| File.972-974 | 881-882 涟漪上的魔法师 | 赤井秀一留学美国，为了调查父亲的失踪而决心加入FBI | |
| File.872 | 754 赤女的惨剧（雾气） | 赤井秀吉更名世良秀吉 | |
| 约17年前 | 宫野夫妇传言死于一场实验室火灾中 | ||
| 宫野明美被迫带着宫野志保加入组织 | |||
| 十几年前[注 3] | File.1030 | 诸伏景光把自己的朋友降谷零介绍给哥哥诸伏高明 | |
| 13年前 | File.921-924 | 853-854 樱花班的回忆 | 新一、小兰在米花幼稚园相识 |
| File.1070 | 宫野明美在帝丹小学就读六年级，在毕业仪式前埋下时间胶囊 | ||
| 10年前 | File.570-573 | 472-473 工藤新一的少年冒险 | 小学一年级的新一与小兰在学校中冒险时与黑羽盗一相遇 |
| File.972~974 | 881~882 涟漪中的魔法师 | 赤井秀一回到日本度假，赤井一家在海边新一、小兰初次见面，赤井玛丽最终同意赤井秀一加入FBI，新一给世良真纯留下深刻印象 | |
| File.812~814 | 690~691 工藤优作的未解决事件 | 工藤优作解决“死”字血字案件 | |
| File.107 | 32 咖啡店杀人事件 | 毛利小五郎辞去警察职务，不久后和妻子英理分居 | |
| N/A | M 2 第14个目标 | ||
| File.225 | 174 二十年的杀意 新佛尼号连续杀人事件 | ||
| File.872 | 754 赤女的惨剧（雾气） | 世良秀吉高中毕业后过继到羽田家，更名为羽田秀吉，之后往一名将棋棋手方向发展 | |
| File.972 | 881 涟漪上的魔法师（前篇） | ||
| File.847 | 731 现场的邻居是前男友（前篇） | 羽田秀吉与宫本由美在电车上相识，不久之后两人开始交往 | |
| 约10年前 | File.596 | 596 红与黑的碰撞 侵入 | 本堂瑛祐患白血病后接受了手术 |
| File.587 | 588 红与黑的碰撞 血缘 | 瑛海和瑛祐的母亲过世，之后伊森·本堂带瑛祐来到大阪 | |
| File.582-584 | 484-485 黑色照片的去向 | 伊森·本堂潜入黑衣组织 | |
| File.585 | 491 红与黑的碰撞 开端 | 本堂瑛海给受伤的瑛祐输血，不久后不告而别 | |
| 8年前 | 魔术快斗 1 | 魔术快斗 1 复活的怪盗 魔术快斗1412 1 复活的怪盗 |
黑羽盗一在魔术表演中失踪，传言已死 |
| 7年前 | 警察学校篇 | 降谷零、松田阵平、萩原研二、伊达航、诸伏景光五人在警察学校就读 | |
| File.369 | 304 震动的警视厅 1200万人质 | 萩原研二[注 4]在处理炸弹时殉职 | |
| 6年前 | File.614 | 516 风林火山 迷宫的铠甲武士 | 巡警甲斐玄人被虎田达荣害死，大和敢助和上原由衣立誓要解开甲斐的死亡真相 |
| File.618 | 517 风林火山 阴与雷霆的对决 | ||
| 5年前 | File.599 | 497 红与黑的碰撞 觉醒 | 赤井秀一化名“诸星大”与宫野明美交往，并通过其妹妹宫野志保进入黑衣组织，并很快崭露头角，获得代号“黑麦威士忌/Rye” |
| 4年前 | File.595 | 495 红与黑的碰撞 遗言 | 本堂瑛海为了帮父亲介绍新的CIA联络人而潜入组织 |
| 伊森·本堂为掩护瑛海而自杀，伪装被瑛海杀死，事后瑛海得到赏识，获得代号“基尔/Kir” | |||
| File.956~957 | 866~867 背叛的舞台 | 卧底身份曝光的日本公安苏格兰威士忌（诸伏景光）准备自杀，赤井秀一上前阻止并表明自己FBI的身份以协助他脱逃 但苏格兰威士忌听到同为日本公安的卧底波本（降谷零）上楼的脚步声以为被其他组织成员发现开枪自杀 波本检查现场后怀疑是赤井逼迫苏格兰威士忌自杀，因此开始痛恨赤井 | |
| 3年前 | File.369 | 304 震动的警视厅 1200万人质 | 松田阵平在处理炸弹时殉职 |
| File.377 | 307 遗留的无声证言（前篇） | 板仓卓的视力开始减退，于是退出了CG行业；不久之后因为视力减退以及为了全人类着想这两个原因，停止了手头上某个软件的开发 | |
| File.380 | 309 与黑衣组织的接触（交涉篇） | ||
| File.518-522 | 490 服部平次VS工藤新一 滑雪场的推理对决 | 服部平次与工藤新一在互不相识、没有正式谋面的情况下进行了初次推理对决 | |
| File.1049 | 贝尔摩德假扮为赤井务武在伦敦出现并让SIS注意到自己，意图把玛丽吸引到英国并清除后以务武的身份卧底SIS | ||
| 得到SIS传来的消息的赤井玛丽和世良真纯回到英国 | |||
| 2年前 | File.377 | 307 遗留的无声证言（前篇） | 龙舌兰找到板仓卓，想要收购他之前正在开发的那个软件，但在得知后者因视力衰退而放弃开发后便离开了。之后，板仓卓开始受到组织成员的长期骚扰 |
| File.599 | 497 红与黑的碰撞 觉醒 | 赤井秀一向宫野明美坦白自己的FBI身份，不料宫野明美早已发现 第二天，在FBI对琴酒的抓捕行动中，赤井秀一的卧底身份因安德雷·卡迈尔暴露，赤井被迫离开组织 | |
| File.607 | 503 红与黑的碰撞 决死 | ||
| 1年前 | File.204~207 | 162 飞天密室 工藤新一最初的事件 | 在飞往美国洛杉矶的飞机上，新一首次独立侦破案件 |
| File.350-355 | 286-288 工藤新一的纽约事件 | 新一与小兰受有希子之邀前去纽约观看音乐剧“Golden Apple”，结识了美国明星莎朗·温亚德 | |
| 贝尔摩得杀死了真正的纽约杀人魔并将其伪装成自杀，之后假扮成他去刺杀赤井秀一，不料反被他用枪击中腹部，受了重伤，藏身在一处废弃大楼中 | |||
| 小兰邂逅赤井秀一（两人都早已不记得对方是谁） | |||
| 假扮成纽约杀人魔的贝尔摩得遇见了小兰与新一，打算开枪灭口却因栏杆损坏险些从楼上跌下去，被新一与小兰救起。贝尔摩得被两人感化 | |||
| 美国警方对外通报了杀人魔自杀的信息，但发现了证明杀人魔并非自杀的疑点，开始追查但没有查出结果 | |||
| File.380 | 309 与黑衣组织的接触（交涉篇） | 板仓卓因不堪其扰选择向组织妥协，之后与其联络的是贝尔摩得（变声后与其通话），要求他继续之前那个软件的开发并在一年内完成。当板仓卓由于受不了对方的态度质问对方的身份和目的时，贝尔摩得用“We can be both of God and the devil. Since we're trying to raise the deadagainst the stream of time.”回应了他，随后电话那头传来猫叫声，贝尔摩得慌忙挂断了电话[注 5] | |
| File.398 | 329 金钱买不到的友情（前篇） | ||
| File.433 | 345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案 | 贝尔摩得对外宣称莎朗·温亚德已去世，从此抛弃了这个身份。她以克莉丝·温亚德的身份出席了莎朗的葬礼，这也是克莉丝首次曝光在媒体面前，并在葬礼上当着记者们的面说出了“A secret makes a woman woman”，引起了FBI的注意。工藤有希子也出席了莎朗的葬礼 | |
| File.344 | 279 疯狂足球迷（前篇） | ||
| File.646 | 521 杀人犯，工藤新一 | 工藤新一来到东奥穗村，侦破日原村长灭门案 | |
| File.804 | 681 以性命为赌注的恋爱转播（转播开始） | 伊达航因车祸而死 | |
| 约1年前 | File.433 | 345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案 | 通过眼镜上的指纹对比，FBI确认了克莉丝就是20年前杀害茱蒂一家人的凶手，但由于其年龄不符合条件，又比对了莎朗的指纹，最终发现母女俩竟是同一个人 |
| 魔术快斗 漆黑之星篇 |
219 被召集的名侦探！ 工藤新一VS怪盗基德 魔术快斗1412 6 漆黑之星 |
怪盗基德与工藤新一的初次对决，但此时两人都不认识对方 | |
| 半年前 | File.617-618 | 517 风林火山 阴与雷霆的对决 | 大和敢助在追捕逃犯时进入了深山中遭遇雪崩，被送往医院救治后依然左眼失明、左腿受伤 |
| 上原由衣以为大和殉职，为了解开甲斐之死的真相而辞去刑警工作嫁入虎田家，更名虎田由衣 | |||
| 约一个月前 | Episode"ONE" 变小的名侦探 | 宫野志保在实验中发现有小白鼠在服用APTX4869后没有死亡而是幼儿化存活 | |
| File.179 | 129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件 | ||
| 一周前 | File.884 | 773 工藤新一水族馆事件（下集） Episode"ONE" 变小的名侦探 |
工藤新一答应若毛利兰在空手道都大会上取胜就和她到多罗碧加乐园玩 |
| 两天前 | File.1 | 1 云霄飞车杀人事件 2 董事长千金绑架事件 Episode"ONE" 变小的名侦探 |
工藤新一解决濑羽别墅的杀人案 |
| 故事开始 | 工藤新一与毛利兰来到多罗碧加乐园，新一因目睹黑衣组织交易现场被琴酒敲晕并被灌下APTX4869变小 | ||
| File.2 | 工藤新一在阿笠博士的劝说下为了不连累身边的人，化名“江户川柯南”住进以侦探为生的毛利小五郎家 | ||
| File.33 | 52 雾天狗传说杀人事件[注 6] | 柯南借由窃听得知琴酒和伏特加的代号 | |
| File.92~96 | 48~49 外交官杀人事件 | 借由服部平次给的白干，柯南第一次变回工藤新一 | |
| File.114~116 | 54 电玩公司杀人事件 | 柯南偶遇组织成员龙舌兰，但龙舌兰很快被意外炸死，最后只得知组织在网罗世界杰出的程序设计师 | |
| File.121 | 58 福尔摩斯迷杀人事件（后篇） | 服部平次得知了柯南的真实身份并得知了黑衣组织的事情 | |
| File.156-159 | 76 柯南VS怪盗基德 | 柯南与怪盗基德进行首次交手 | |
| 十亿元抢案一周前 | File.425 | 341 厕所里隐藏的秘密（后篇） | 宫野明美将母亲艾莲娜生前留给志保的录音带藏在出岛设计事务所的厕所内 |
| 十亿元抢案一天前 | File.599 | 497 红与黑的碰撞 觉醒 | 明美向秀一发送邮件 |
| File.13-16 | 13 奇怪的寻亲杀人事件 128 黑衣组织10亿元抢劫事件[注 7] |
明美为让自己与妹妹脱离组织，化名“广田雅美”完成十亿元银行抢劫案的任务 | |
| 由于一个同伙试图私吞所有的赃款潜逃，明美委托小五郎等人协助找人，与柯南结识 | |||
| File.180 | 129 黑暗组织来的女子 大学教授杀人事件 | 志保对明美的事情略有所闻，感到非常不安，很担心姐姐，明美则和志保提到了柯南 | |
| Episode"ONE" 变小的名侦探 | |||
| 故事开始 约一个月后 |
File.179 | 129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件 | 雪莉协同一些组织成员第二次来到工藤宅中调查，发现原本还在的新一幼时的衣服消失而怀疑其变小，联想到明美提过的江户川柯南，怀疑新一与柯南为同一人。由于对新一这个实验对象很感兴趣，又怕他被组织灭口，便将APTX4869服用者名单中新一的情况由“不明”改为“死亡” |
| Episode"ONE" 变小的名侦探 | |||
| 十亿元抢案 约一周后 |
File.13-16 | 13 奇怪的寻亲杀人事件 128 黑衣组织10亿元抢劫事件 |
明美成功找到了那个同伙。之后两名同伙相继被杀害 |
| 明美意识到自己被组织欺骗，想反抗但还是被琴酒枪杀 | |||
| 柯南告诉明美自己的真实身份，并从奄奄一息的明美口中得知了组织的事情 | |||
| File.176~181 | 129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件 | 雪莉得知宫野明美死讯后对抗组织，被监禁后服用APTX4869变小逃脱 变小的宫野志保在工藤家前被阿笠博士收留，化名“灰原哀”转入帝丹小学，并向柯南表明身份 柯南从宫野明美的教授处成功获得存有APTX4869资料的软盘，但被电脑病毒“暗夜男爵”全部销毁 | |
| File.234-237 | 170-171 黑暗中的死角 | 柯南结识新出智明，并得知新出将在下个月离家前去青森的医院，而他的祖母对此似乎非常不满 | |
| 新出的父亲被继母所设的机关所杀，而触动机关的人则是对此一无所知的帮佣保本光。柯南建议继母录假口供以保护保本光，新出也听到了这一切 | |||
| File.242 | 178 与黑衣组织的再会（解决篇） Episode"ONE" 变小的名侦探 |
贝尔摩德（克莉丝·温雅德）为协助皮斯克与调查某些事（工藤新一失踪一事）回到日本 | |
| File.238-242 | 176-178 与黑衣组织的再会 | 柯南和灰原偶遇琴酒的保时捷356A。柯南在车上安装了窃听器和发信器，得知皮斯克在杯户城市饭店的暗杀计划 | |
| 琴酒发现车上灰原的茶色头发，随后发现了窃听器并予以销毁，认为是雪莉安装的，告诉皮斯克雪莉可能会去到现场。贝尔摩得也被琴酒请来以女明星克莉丝·温亚德的身份去往现场协助皮斯克 | |||
| 灰原被皮斯克发现并认出，被其迷晕并锁在了酒窖中。柯南让警方把嫌疑人（包括皮斯克和贝尔摩尔）留下讯问，阻碍了皮斯克通知琴酒。但贝尔摩得利用自己的手帕洗清了皮斯克的嫌疑 | |||
| 灰原将酒窖中的组织电脑内的APTX4869资料存入MO中，之后在柯南指示下喝下白干，暂时恢复成年形态，爬出烟囱来到房顶却遇见了因联络不上皮斯克和贝尔摩得而赶来的琴酒和伏特加，身中数枪 | |||
| 柯南协助灰原重新逃回酒窖，之后设计在皮斯克的枪下保护了灰原并点燃了酒窖。皮斯克因身份暴露，未来得及说出灰原身份就被琴酒灭口。灰原自称MO被落在酒窖中烧毁了 | |||
| 贝尔摩得告诉琴酒和伏特加自己还要在日本留一段时间，调查一些事情 | |||
| File.433 | 345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案 | 贝尔摩得开始频繁出入新出诊所，FBI怀疑贝尔摩德将会假扮新出 | |
| File.251 | 188 危命的复活 洞窟中的侦探团 | 灰原拒绝与小兰接触。她的电脑桌面上放着一块MO，上面有疑似火烧的痕迹 | |
| File.254-260 | 189 危命的复活 负伤的名侦探 | 柯南受到枪击而大量出血，小兰主动提出给柯南输自己的血[注 8]，柯南就此意识到小兰即将看穿自己的真实身份 | |
| 190 危命的复活 第三种选择 | 在灰原的提议下，柯南服用APTX4869解药试验品以暂时恢复成新一参加学园祭，灰原则假扮成柯南，让新一和柯南同时出现以打消小兰的疑虑 | ||
| 191 危命的复活 黑衣骑士 | |||
| 192 危命的复活 新一回来了 | （初次提到）FBI探员茱蒂·斯泰琳化名茱蒂·圣提米利翁，来到帝丹高中担任英语教师 | ||
| 193 危命的复活 约定的场所 | 新一在米花中央大楼的旋转餐厅约见小兰，想向她表白，但用餐中途发生案件，新一在解决案件之后解药药效也到了，只能作罢 | ||
| [注 9] | File.433 | 345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案 | FBI制造假车祸让贝尔摩得以为新出一家已死，实际将新出一家暗中送至美国保护起来 |
| 贝尔摩得开始假扮新出，中了FBI的圈套。之后茱蒂潜入贝尔摩得的房间中，发现了房间内被飞镖钉住的宫野志保照片以及柯南和小兰的照片，柯南的照片行写有“cool guy”，小兰的照片上写有“angel” | |||
| File.500 | 425 黑色冲击！组织魔爪伸来的瞬间 | 女主播水无怜奈开始频繁出入新出诊所，引起了FBI对其的关注 | |
| File.267-269 | 205-206 本厅刑事恋爱物语3 | “愁思郎”案的嫌疑人被逮捕归案 | |
| File.270-272 | 226-227 格斗游戏的陷阱 | 柯南结识茱蒂，茱蒂格外关注贝尔摩得房间内照片上的这个男孩。茱蒂与柯南等人分别时望着柯南的背影轻声用贝尔摩得的称法称呼他为“cool guy” | |
| 茱蒂将贝尔摩得的目标代号定为“Rotten Apple” | |||
| File.276-278 | 220-221 满口谎言的委托人 | 柯南结识服部平次的母亲服部静华 | |
| File.281 | 242 人鱼失踪记（推理篇） | 柯南在人鱼岛名册上发现了“宫野志保”的名字 | |
| File.287-289 | 230-231 神秘的乘客 | 灰原首次提到自己的“组织雷达”，并正式提到在杯户城市饭店时，现场似乎还有一位组织成员，之后灰原出现强烈的“组织反应”，当时上车的乘客有朱蒂、新出医生和赤井秀一 | |
| File.336-337 | 270 犯罪的遗物（后篇） | 同天，为混淆FBI视线、以及伪装新出在法庭上作证，贝尔摩得偷走警视厅内小五郎参与调查的所有案子的案卷 | |
| File.313 | 247 陷入网中的谜团（后篇） | 灰原开始尝试主动接触小兰 | |
| File.325-327 | 258-259 来自芝加哥的男人 | 少侦团邂逅了英裔美国人詹姆斯·布莱克。柯南因为秀一的出现而感到不安，并怀疑秀一和灰原有某种关联。詹姆斯在秀一的车上，秀一跟他提到自己要向“恋人（指组织）”复仇 | |
| File.328-330 | 253-254 本厅刑事恋爱物语4 | 佐藤美和子警官在母亲的要求下去相亲，相亲对象却是白鸟任三郎警官，小兰、园子、柯南和新出医生也跟随前去现场 | |
| 秀一出现在了佐藤相亲的酒楼，似乎是得到了“一个茶发女高中生上了新出医生的车”的情报，但发现自己认错了人 | |||
| 新出配合柯南演戏，被柯南察觉到了不对劲 | |||
| File.336-337 | 270 犯罪的遗物（后篇） | 贝尔摩得将所有偷来的案卷完整地寄回了警视厅，没有署名 | |
| FBI误认为贝尔摩得的目标是毛利小五郎，赤井秀一开始监视毛利侦探事务所 | |||
| File.341-343 | 277-278 英语教师VS关西名侦探 | 柯南回想杯户城市饭店那次的疑点，怀疑皮斯克作案时有其他组织成员相助，开始怀疑在那之后销声匿迹的克莉丝·温亚德，并拜托阿笠博士到她的粉丝网站收集资料 | |
| 服部和柯南来到茱蒂家试探，发现她暗中偷拍后设计拿走了胶卷，服部还识破了茱蒂的口音为刻意伪装。茱蒂将从贝尔摩得那儿复制到的照片和自己拍摄的照片藏在了浴室内的镜子后面 | |||
| 柯南初次提到除茱蒂外可疑人物还有两人（指新出智明和赤井秀一） | |||
| File.344-346 | 279-280 疯狂足球迷 | 柯南从阿笠博士那儿得到了关于克莉丝及其母莎朗·温亚德的少量情报 | |
| 灰原开始关注与自己有相似境遇的足球球星比护隆佑 | |||
| File.354 | 288 工藤新一的纽约事件（解决篇） | 小兰想起了在纽约当天发生的事，也想起了赤井秀一旁边的人的衣服上印着FBI，认为秀一是FBI搜查官 | |
| File.355 | 274 幽灵鬼屋的真相（上篇） | 新出医生表示自己的家人都已经搬去了青森 | |
| File.358-360 | 289-290 光彦森林迷失记 | 少侦团邂逅了沼渊己一郎，灰原提到沼渊曾为组织基层成员，因要被送去做人体实验而从组织脱逃 | |
| File.377-379 | 307-308 遗留的无声证言 | 柯南意外发现软件工程师板仓卓曾与龙舌兰接触，便想办法取得了板仓卓的日记 | |
| File.380-383 | 309-311 与黑衣组织的接触 | 柯南和小兰在街上遇见赤井秀一，小兰告诉了柯南秀一是FBI搜查官。柯南想起了伪装成自杀的纽约杀人魔，怀疑是秀一所为，没有放弃对他的怀疑 | |
| 柯南阅读板仓卓的日记，得知了板仓卓与组织接触的全程，并得知板仓卓在两个月前再次放弃了软件开发，但不明白软件的内容和用途 | |||
| 柯南与博士赶到板仓卓在群马县的别墅，伪装板仓卓本人与伏特加进行交涉，更改了交易时间，并取得了未完成的软件，但软件被设了密码，无法打开和复制 | |||
| 柯南在贤桥车站埋伏，想要得到组织的线索，不料琴酒出现，柯南躲在置物柜中险些被发现。后由于柜内氧浓度降低而昏睡过去，被灰原用备用的追踪眼镜找到 | |||
| 秀一注意到了人群中的灰原，十分震惊，灰原也察觉到了什么 | |||
| File.384 | 312 夕阳染红的女儿节娃娃（前篇） | 灰原向柯南提到了自己的父母，并提到了组织的目的之一是使人死而复生，但又表示这不是自己的研究目的 | |
| File.398 | 329 金钱买不到的友情（前篇） | 博士告诉柯南板仓卓日记的剩余部分和猫叫后女人慌忙挂断电话。柯南告诉了博士灰原父母的事情 | |
| File.410-412 | 421-422 银杏色的初恋 | 阿笠博士与自己的初恋芙莎绘·坎贝尔·木之下重逢 | |
| File.417-419 | 335-336 东都显影所的秘密 | 赤井秀一怀疑灰原就是宫野志保，并派人跟踪灰原，但被柯南发现并设计甩掉跟踪 | |
| File.420-422 | 338-339 四辆保时捷 | 博士求助新出医生来到家中照顾重感冒的灰原，从而使贝尔摩得确认了雪莉的身份与下落 | |
| 茱蒂确认了灰原就是贝尔摩得的目标，跟随新出来到博士家，假意照顾灰原，实际上借机监视贝尔摩得。秀一开始监听博士家 | |||
| File.423-425 | 340-341 厕所里隐藏的秘密 | 柯南与灰原在出岛设计事务所的厕所里找到宫野明美藏起来的录音带 | |
| 贝尔摩德与组织成员卡尔瓦多斯通话，让他来协助自己 | |||
| File.426-428 | 343-344 便利商店的陷阱 | 茱蒂辞去帝丹高中老师的职务 | |
| 小兰发现了茱蒂家浴室镜子后边隐藏的照片，怀疑起茱蒂的身份 | |||
| 灰原在标号为“18”的录音带中得知父母当时在制作一种很可怕的药，实验室伙伴们称之为一种很梦幻的药物，而宫野夫妇则称之为“Silver Bullet”（银色子弹），对它寄寓了希望 | |||
| File.821 | 702 漆黑的特快列车（隧道） | ||
| File.429-434 | 345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案 | 贝尔摩得利用一场幽灵船活动，向工藤宅寄了一封邀请函，并在信中暗示自己已经知晓柯南的真实身份，以便调开柯南、刺杀灰原。小五郎等人也受到了同样的邀请函。灰原竭力阻止柯南前去但被柯南用麻醉针射晕，并把她安顿在了上锁的地下室中 | |
| 已经对贝尔摩得的身份有了初步猜测的柯南联系服部，并发现有希子悄悄回到了家中，便请两人同阿笠博士一起协助自己，服部打扮成新一去幽灵船活动，有希子一同前去，自己则打扮成灰原，在身上装上连接着心电仪的录音机，留在阿笠博士家中伺机而动。柯南告诉了有希子克莉丝·温亚德和莎朗·温亚德为一人分饰两角的推测 | |||
| 对茱蒂身份产生疑虑的小兰单独去找茱蒂，并藏身在了她的汽车后备箱中 | |||
| 伏特加接受了上级的命令去幽灵船上刺探线索，以探知贝尔摩得的目的，在得知新一还活着时大为惊诧 | |||
| 以新出的身份出现的贝尔摩得以送她去大医院检查为由主动联络“灰原”，不过茱蒂抢先一步来到了阿笠博士家带走了“灰原”。“灰原”发现了新出的车紧随其后，意识到了两人分属不同的阵营 | |||
| 贝尔摩得利用一名参与者借刀杀人解决了幽灵船活动的主办者，虽然留下了“Vermouth”的名称，但没有留下指认的证据。服部利用新一的身份解开案件后卸下了伪装，这让伏特加困惑不已 | |||
| “灰原”要求茱蒂用新出继母的案件真相来揭穿假新出的伪装，以便取得他的信任。茱蒂按照FBI的计划把贝尔摩得引到码头埋伏区，揭穿了后者的身份，但在两者对峙时茱蒂被事先埋伏的卡尔瓦多斯击伤，原来贝姐早就已经调开了埋伏在此的FBI。不得已之下，柯南改变了原先的计划撕下了自己的伪装，想要用手表麻醉枪和贝尔摩得对峙 | |||
| 由于害怕连累柯南，灰原强行撬开了地下室的锁，并通过事先藏好的备用追踪眼镜找到了码头。贝尔摩得趁柯南分神之际用柯南的手表麻醉枪麻晕了他，之后想要杀死灰原，但听到了枪响的小兰从后备箱中跳出来保护灰原，贝尔摩得阻止同伴对小兰开枪。两人虽然未中枪但都因惊吓陷入了昏迷，灰原把小兰代入了自己的姐姐 | |||
| 贝尔摩得和卡尔瓦多斯被随后赶到的赤井秀一重伤。贝尔摩得劫持了柯南并借用茱蒂的车逃离，卡尔瓦多斯自杀。秀一表示自己现在还不能和灰原见面 | |||
| 贝尔摩得给Boss发邮件时的按键音被柯南听到。柯南以发送邮箱地址威胁贝尔摩得，贝尔摩得承诺放弃追杀灰原后释放了催眠瓦斯，迷晕了柯南后用刀刺伤大腿以保持清醒，之后拆毁了录音设备，弃车离开 | |||
| 阿笠博士找到了昏睡的柯南。贝尔摩得与琴酒通话向其求助，提到了赤井秀一被Boss称为“银色子弹”，当琴酒询问她是否知道工藤新一时，她立刻做出了否定的回答，并默想着认为新一才是那颗“银色子弹” | |||
| File.445~449 | 383 甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔 | 《四号三垒》角色长岛茂雄、稻尾一久客串登场 | |
| File.474 | 387 斯特拉迪瓦里琴的不和谐音（尾奏曲） | 柯南询问有绝对音感的羽贺响辅得知那位先生邮箱号码按键音的旋律是《七个孩子》 | |
| File.475 | 394 奇异屋宇大冒险（封印篇） | 柯南推理出那位先生的邮箱号码是#969#6261[注 10]，但被灰原称为“绝对不能开启的潘多拉宝盒”，阻止他进一步调查 | |
| 故事开始半年内[注 11] | File.483 | 400 满腹疑惑的小兰 | 小兰第四次、也是最后一次怀疑柯南的真实身份 |
| File.499~504 | 425 黑色冲击！组织魔爪伸来的瞬间 | 女主播水无怜奈委托小五郎调查事件，柯南通过黏在水无鞋底的窃听器与发信器意外发现水无是组织成员基尔 柯南窃听并推理出组织计划暗杀众议员候选人土门康辉，因下雨暗杀中止。柯南想拿回水无鞋底的窃听器但失败 组织进行下一步暗杀，FBI准备驱车夹击贝尔摩德却发生车祸，才发现车上的是基尔。FBI把昏迷的基尔带走 琴酒发现基尔鞋底的窃听器与发信器，经那位先生同意决定狙杀毛利小五郎，还因为窃听器款式类似怀疑他和雪莉的关系 赤井秀一狙击了琴酒和他手中的窃听器，迫使组织撤退，但琴酒仍然怀疑小五郎。FBI将基尔藏在杯户中央医院 | |
| File.550~555 | 462 黑衣组织的影子 年幼的目击者 463 黑衣组织的影子 奇妙的照明 464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬 465 黑衣组织的影子 珍珠流星 |
柯南察觉到本堂瑛佑的诸多疑点，发现他在试图打探水无怜奈的消息 经瑛佑诱导，柯南来到导致并目击水无发生车祸的船本透司的家，得知贝尔摩德已经与他接触并知晓水无被FBI带到医院 | |
| File.559 | 479 与服部平次共度的3天 | 柯南在水无怜奈的粉丝网站上发现一张以通天阁为背景、出现相貌酷似水无的女子的照片，请服部在大阪协助调查 | |
| File.562~566 | 侦探甲子园事件 | ||
| File.582~584 | 484~485 黑色照片的去向 | 服部发现了通天阁附近十年前本堂瑛佑曾出现过的什锦烧店 柯南等人由此从店长孙子处找到拍到本堂和他父亲的照片，得知本堂的父亲受雇于COMPANY | |
| File.585~590 | 491 红与黑的碰撞 开端 492 红与黑的碰撞 血缘 493 红与黑的碰撞 绝叫 494 红与黑的碰撞 冥土 |
本堂瑛佑在多家医院打听姐姐瑛海的下落，虽然她和水无容貌相同，但水无是AB型血，而瑛海曾给O型的瑛佑输过血[注 12] 之后瑛佑在母亲雇主家找到自己的出生手册，确认自己出生的血型是O型 | |
| 十亿元抢案数月后 | File.595~599 | 495 红与黑的碰撞 昏睡 496 红与黑的碰撞 侵入 497 红与黑的碰撞 觉醒 |
瑛佑在水无藏身的杯户中央医院失踪。朱蒂、赤井调查得知本堂的父亲伊森·本堂来自CIA，水无曾杀掉了伊森 柯南等人得知组织成员已经潜入杯户中央医院和瑛佑儿时前往大阪前得过白血病。水无醒来后装睡，但被柯南发现 柯南、赤井从近期入院的病人中通过是否捡手机判断楠田陆道是黑衣组织成员。楠田败露后逃脱，看到赤井后开枪自杀 组织因楠田停止联络得知基尔下落。柯南得知赤井过去后与他商讨计划。瑛佑来到水无病房准备逼她坦白，被其阻止 瑛佑得知水无就是瑛海和瑛海是CIA探员后被带走，随后瑛海和柯南、赤井制定了重返组织的计划 |
| File.604 | 500 红与黑的碰撞 遗言 | ||
| File.600~604 | 498 红与黑的碰撞 搅乱 499 红与黑的碰撞 伪装 500 红与黑的碰撞 遗言 |
FBI计划用三辆车作为掩护运走水无，卡迈尔虽然不赞同但愿意开车 组织在杯户同时制造了食物中毒、毒气、火灾事件，使杯户中央医院人满为患，大厅的FBI无法进行例行搜查 组织同时寄给FBI大量装有炸弹的物品并在电视上播出水无复出的画面，逼迫FBI赶回水无房间 组织通过炸弹上的发信器确定了水无的位置，FBI被迫立即转移水无。运送水无的卡迈尔假装被击晕，按计划将水无送回组织 | |
| 黑色星期五 | File.604-609 | 501 红与黑的碰撞 嫌疑 502 红与黑的碰撞 洁白 503 红与黑的碰撞 决死 504 红与黑的碰撞 殉职 |
赤井向FBI表示将水无怜奈送回组织是他和柯南一起拟定的战略，琴酒怀疑如此轻松背后有内情 柯南提到FBI正在说服瑛祐答应“证人保护计划”，不愿向灰原透露有关赤井的信息 茱蒂因卡迈尔涉嫌案件被拖住，水无接到来自Boss“杀死赤井秀一”的任务，约赤井一人到来叶山见面 詹姆斯欲叫茱蒂回来讨论对策，却被赤井用左手阻止下来，并向发现手掌异常的詹姆斯透露完整的计划 在琴酒的监视下，水无先开枪击中赤井的右胸，又击中其头部，随后引爆炸弹 茱蒂通过焦尸的指纹与柯南手机的指纹一致，确信赤井已死。黑衣组织通过贝尔摩德也确认赤井已死 |
| File.898 | 783 绯色的真相 | ||
| File.613-618 | 516-517 风林火山 | 小五郎、柯南、小兰、服部、和叶等人在长野县结识了大和敢助和虎田由衣。两人也看出了柯南的过人智慧 | |
| File.622~624 File.638~640 |
509 红白黄色与侦探团 510 柯南VS双重暗号之谜 511 推理对决！新一VS冲矢昴 |
水无传回消息，组织成员波本已经出动。自称东都大学工科研究生的冲矢昴首次登场，事件后借住工藤家 应新一要求，小兰对冲矢保密与新一有关的事情，假称屋主是金一 | |
| File.646 | 521 杀人犯，工藤新一 | 柯南误服APTX4869解药试验品，第三次变回真身 | |
| File.652 | 523 真正想问的事 | 柯南为避免药效过后被发现真实身份又服了一颗，第四次变回真身 | |
| File.824 | 704 漆黑的特快列车（终点） | 波本为确认赤井的生死，让贝尔摩德协助自己假扮为伤疤赤井，以观察赤井周遭人的反应 | |
| File.677-679 | 563-564 侦探团vs强盗团 | 卡迈尔提到赤井喜欢喝波本酒。茱蒂在米花町帝都银行抢劫案中遇上了伤疤赤井。伤疤赤井用右手开枪击伤强盗救了柯南 | |
| File.680-681 | 557 与危险的二人同行 | 上原由衣已经复职刑警并改为原姓，与大和敢助一同前去毛利侦探事务所求助小五郎去长野协助他们破案 | |
| File.682-686 | 558-561 死亡之馆 赤壁 | 柯南了解到了两人实际上的求助对象是自己而非小五郎，并结识了诸伏高明警部。诸伏高明也看出了柯南的过人智慧并给予了他很高的赞誉 | |
| File.699-704 | 578 引发危机的红色前兆 579 黑色13的暗示 580 步步逼近的黑色期限 581 摇曳的红色目标 |
少年侦探团向柯南提及银行劫案中的伤疤赤井，柯南大惊失色 | |
| 白色情人节 | File.725~727 | 608~609 背叛的白色情人节 | |
| 故事开始半年后[注 13] | File.743~752 | 616~621 福尔摩斯默示录 | 柯南因有机会到伦敦又没有护照，服用APTX4869解药试验品，第五次、第六次、第七次变回真身，期间向小兰表白 柯南在温网决赛自称是“福尔摩斯的弟子” |
| File.1047~1050 | 温网决赛当天，赤井玛丽在沃克斯豪尔桥上与假扮为务武的贝尔摩德对峙，被喂下杀人的胶囊后掉下桥，随后变小 变小的玛丽和世良在录播的温网决赛上看到自称“福尔摩斯的弟子”的男孩。玛丽从MI6同事处得知新一入境英国，但半年前消失 为确认小男孩和10年前自称“福尔摩斯的弟子”的新一是否为同一个人，两人从伦敦返回日本 | ||
| File.1025 | |||
| File.768~770 | 646~647 幽灵旅馆的推理对决 | 自称侦探的世良真纯首次登场，事件后转入帝丹高中 | |
| File.793~795 | 677~678 婚礼前夕 | 自称侦探的安室透首次登场，事件后拜毛利小五郎为师 | |
| File.816~817 | 700 迫近灰原秘密的黑影（下集） | 灰原与少年侦探团被困于燃烧的木屋内，为脱困被迫服用APTX4869解药试验品，第二次变回真身 光彦拍下了宫野志保的视频，世良、安室、冲矢均看到这段视频并得知她将登上神秘列车 | |
| File.818~824 | 701 漆黑的特快列车（发车） 702 漆黑的特快列车（隧道） 703 漆黑的特快列车（交叉） 704 漆黑的特快列车（终点） |
黑衣组织得知雪莉将登上神秘列车，琴酒和伏特加在终点等候，波本计划活捉雪莉，贝尔摩德计划直接炸死 世良叫了贝尔摩德假扮的伤疤赤井“秀哥”随后被其击昏，之后由冲矢带回 贝尔摩德与工藤有希子对峙，有希子提到了贝尔摩德委托板仓卓制作软件一事 柯南让怪盗基德假扮为宫野志保的曝光波本身份的安室透对峙，随后装作被炸死，除贝尔摩德以外的黑衣组织均以为雪莉已死 | |
| File.827 | 706 推理的波本 | 安室透发现柯南使用手表型麻醉针。虽然贝尔摩德劝他离开毛利小五郎，但安室拒绝并表示对“沉睡小五郎”产生兴趣 | |
| File.850~852 | 734 茱蒂的追忆与赏花的陷阱 | 柯南告诉朱蒂有关伤疤赤井就是波本（安室透）的事，灰原怀疑赤井就是诸星大 波本借助贝尔摩德假扮为弁崎桐平与朱蒂接触，自称见过伤疤赤井，并趁机在朱蒂身上安装窃听器 虽然被柯南打断，但波本仍窃听到在杯户中央医院里柯南、赤井调查组织成员的事，并称柯南为“可怕的男人” | |
| File.855 | 739 小五郎在酒吧（下集） | 柯南通过高木警官发现之前遇到的弁崎桐平及其妻子可能为波本和贝尔摩德假扮 | |
| File.888~890 | 770~771 气氛僵硬的茶会 | 安室透调查楠田陆道之死，提到自己幼年的外号“零” 安室透与贝尔摩德设计让卡迈尔透露出有关楠田陆道自杀的情报 安室透推理出赤井秀一利用楠田陆道诈死的方法，来到工藤家试图揭穿冲矢的假身份（此时的冲矢昴为工藤优作假扮） 茱蒂和卡迈尔为调查赤井死亡的真相开车前往来叶山，通过两人的口头禅猜出冲矢是赤井假扮，随后遭到日本公安的追堵 赤井在卡迈尔的车上现身，揭穿安室透的身份为日本公安降谷零，并劝告“不要搞错了真正敌人” 表示对他的死很抱歉，并交楠田自杀的手枪交给公安。水无怜奈传回消息，组织成员朗姆已经出动 | |
| File.891~898 | 779 绯色的序章 780 绯色的追寻 781 绯色的交叉 782 绯色的回归 783 绯色的真相 | ||
| File.906~908 | 792~793 三人是第一发现者 | 灰原提到朗姆的特征为有人说他是个老人、有人说他是个女性化的男人、有人说他的体格相当健壮，其中一只眼睛为义眼 | |
| File.913~917 | 810~812 县警的黑暗 | 长野县警搜查一课课长黑田兵卫首次登场，失去了右眼，据说在一场事故后昏迷了近十年 长野县警中存在一个名为啄木鸟会的组织，将赃物的手枪卖到黑市 | |
| File.920 | 815 博客女演员的密室事件（下集） | 黑田兵卫来到东京担任警视厅搜查一课管理官 | |
| File.941 | 844 不明真相的侦探团（下集） | 柯南意外发现灰原有着与领域外的妹妹相似的眼神 | |
| File.947 | 849 结婚申请书的密码（下集） | 灰原得知羽田秀吉的义兄是羽田浩司，告知柯南羽田浩司也在APTX4869服用名单上 | |
| File.948~950 | 861~862 与17年前一样的案发现场 | 柯南调查羽田浩司案，灰原提到APTX4869原先可能是其父母所研发，后来参考残留资料才得以重现 柯南知道羽田浩司案也是赤井加入FBI的动机。借由犯人手法，柯南与赤井得知羽田浩司遗留的死亡讯息“ASACA RUM” | |
| File.951~952 | 863~864 灵魂侦探杀害事件 | 柯南拍到躲起来的领域外的妹妹，并听到世良叫她妈妈。得知浅香为女性。琴酒对沉睡小五郎的再度介入起疑心 | |
| File.966 | 889 新任教师的骸骨事件（上集） | 帝丹小学1年B班新副班主任若狭留美首次登场 | |
| File.975~977 | 894~895 隔壁的江户前推理秀 | 惠比寿寿司店厨师胁田兼则首次登场，左眼被眼罩遮盖，事件后拜毛利小五郎为师 | |
| File.988~989 | 909~910 燃烧帐篷的怪物 | 灰原与柯南都发现若狭留美的右眼可能看不见。虽然柯南有所怀疑，但灰原却反驳说很喜欢若狭。若狭的裤子后兜里有将棋棋子 | |
| File.990~993 | 916~917 恋爱与推理的剑道大会 | 《城市风云儿》角色冲田总司客串登场 | |
| File.1000~1008 | 927 红色的修学旅行（鲜红篇） 928 红色的修学旅行（恋红篇） 941 寻找玛莉亚！（上集） 942 寻找玛莉亚！（下集） |
柯南为参加帝丹高中前往京都的修学旅行，服用了APTX4869解药试验品，第八次、第九次变回真身，期间与小兰正式交往 世良确信有能让变小的母亲恢复原状的解药。工藤新一在京都的消息大为流传，后得到工藤夫妇的平息 但黑田、胁田、若狭均得知了此事，胁田、若狭还主动探听了有关新一的事情。朗姆要求波本提供工藤新一的情报 若狭背上有伤，拥有APTX4869的服药名单和一颗带伤痕的角行。工藤优作与赤井秀一认为羽田浩司遗留暗号其实是“CARASUMA” | |
| File.1009~1012 | 952~954 充满谜团的鸡尾酒 | 朗姆要求波本提供工藤新一的情报。安室透进入工藤家，与赤井秀一、工藤夫妇进行红茶会 | |
| File.1016~1017 | 973 目标是警视厅交通部（三） 974 目标是警视厅交通部（四） |
羽田秀吉知道哥哥秀一未死且二人还有联系 黑田兵卫称呼安室透为“波本” | |
| File.1023~1025 | 993~995 替身京极真 | 世良向小兰与园子询问柯南和新一是否没有同时出现过，得到否认后，之后确定了灰原举止成熟 | |
| File.1029~1031 | 1003~1005 36宫格的完美犯罪 | 安室透露朗姆的性子非常急。诸伏高明认出安室是弟弟景光曾介绍过的朋友降谷零，但在接过黑田的电话后并未相认 | |
| File.1033 | 1011~1012 挖野菜与四叶草 | 若狭留美回想羽田浩司生前与死后的场景，柯南再次确认若狭的右眼有问题 | |
| File.1035~1038 | 1018~1020 藏不住的古董盘 | 世良监视阿笠博士家，屡次试探灰原希望拿到APTX4869的解药，冲矢解围并从世良的话语中确认两人的母亲还活着但可能变小 柯南认为领域外的妹妹可能是MI6成员 | |
| File.1046 | 1035 太阁名人的将棋盘 | 羽田秀吉与母亲有联系，但不知道她变小，并向她隐瞒秀一还活着的消息 | |
| File.1050 | 1046 天罚降临的生日派对 | 世良试图偷柯南的APTX4869解药，最终只偷到没有解药的药盒 | |
| File.1051~1054 | 1053~1054 坠落于牧场的火种 | 若狭弄丢了棋子，被安室捡到。安室认为这是羽田浩司的棋子并回忆起警校讲解案件时提到浩司的家人认为拿走棋子的人是凶手 柯南提醒灰原要注意若狭。若狭在黑暗的地下室里击晕安室拿回了棋子 | |
| File.1057 | 1060 冲野洋子与阁楼密室（后篇） | 胁田兼则提到本该在那里的将棋的棋子不见了令人在意。安室透暗地里看若狭留美的照片 | |
| File.1058-1060 | 1071~1072 工藤优作的推理秀 | 贝尔摩德假扮基德假扮优作帮助柯南完成推理秀，意在探查优作回国原因；优作反计成功骗过贝尔摩德。 | |
| File.1061-1066 | 1077~1079 黑衣组织的谋略 | 大量FBI驻日本人员遭到黑衣组织枪击死亡，随后FBI总部召回绝大部分驻日人员。揭晓朗姆真实身份为胁田兼则。 | |
| File.1067-1069 | 平次告诉柯南有关变位词的线索。 | ||
| File.1070-1072 | 寻找宫野明美的时间胶囊，胁田兼则登场并触发灰原雷达反应。 | ||
| File.1088-1090 | 结尾疑似乌丸莲耶的黑影出现，揭晓伊织无我身份为公安。 | ||
| File.1094-1096 | 朱蒂、真纯、玛丽、黑田兵卫齐聚酒店；篇末出现看向玛丽等人、戴氧气面罩的未知黑衣人，疑似组织人士（boss）。 | ||
| File.1097-1099 | 基本石锤若狭留美为浅香，且透露浅香曾在17年前的事件中被赤井务武护在身后；若狭留美从冲矢昴身上看到了赤井务武当时的影子。 | ||
| File.1100-1102 | 篇末出现不明新角色，为长胡子老者形象。 | ||
| File.1103-1105 | 朗姆三名嫌疑人全部出场。柯南黑田联手，准备着手重新调查17年前的事件。胁田兼则准备对若狭动手。 | ||
| 现在的时间点 | |||
| 三年后[注 14] | File.78~80 | 18 六月新娘杀人事件 | 松本小百合结婚 |
- 注：
- ↑ 但动画原创集数里可能会出现多次，如动画第6集原创的情人节杀人事件
- ↑ 因为艾莲娜的姐姐认为该集团不可靠
- ↑ 现年35岁的诸伏高明在东都大学上学时。
- ↑ 漫画里只出现了姓。
- ↑ 此处的猫叫声常被认为与主线剧情密切相关，一般称为“猫梗”或“猫叫梗”，曾与人鱼岛姓名册、板仓卓等主线线索一起出现在OP50《ANWSER》中，关于此的猜测有贝尔摩德打电话时有人进入房间、房间里有婴儿哭闹听起来像猫叫等。
- ↑ 由于动画前期出于低龄受众考虑，将黑衣组织改为其他无关组织，漫画对应的第5集新干线大爆破事件中窃听代号内容被删除，后在动画第52集雾天狗传说杀人事件片头回顾时直接说明了代号。
- ↑ 由于动画前期出于低龄受众考虑，将黑衣组织改为其他无关组织，TV 13除结局外均改编自漫画，而前半段剧情为原创的TV 128的结局则为主线剧情中的真实结局，但与漫画相比有细节上的改动。
- ↑ 新一与小兰血型相同
- ↑ 贝尔摩德假扮新出智明的时间在神秘乘客巴士劫案之前，确切时间有争议，具体来说危命的复活篇中的新出智明是真是假有争议，主要争议点在于新出智明是否从一开始就为帝丹高中的校医（在确定为本人出场的初登场篇章中未提到；在新出最后一次登场时，提到两年前一个学生从楼梯上跌下来后，第一个来到现场的就是新出，但表述为医生，并未明确点明是否为校医）。由于在漫画中真假新出的眼镜不同（动画未体现），通常认为危命的复活中的新出为本人。
- ↑ 现实中的日本的电话号码没有“＃”。
- ↑ 这里的时间点是动画原创。
- ↑ 拥有O型血的人不能接受AB型血。
- ↑ 是File.1047时间点的几个月前。
- ↑ 是File.80时间点的三年后。
剧情详解
本节大部分内容改编自APTX事务所网友penghoo的总结贴（见参考资料），向原作者表示感谢。
第一阶段：变小的名侦探！搜寻黑衣组织的历程
- 时间线：001.云霄飞车杀人事件 ~ 128.黑暗组织10亿元抢劫事件
知名高中生侦探工藤新一在游乐园被神秘黑衣组织成员灌下毒药，缩小了身体。然而新一身残志坚，发誓要将此邪恶组织彻底铲除。他化名江户川柯南，寄宿在女友毛利兰家，一边解决日常案件，一边秘密寻找着组织的蛛丝马迹。
与组织对抗的初期，是柯南一个人艰难地搜寻线索，他的主要目的是APTX4869的解药。果然先把自己变大才是最重要的
- 001.云霄飞车杀人事件
新一和青梅竹马的毛利兰一起去多罗碧加游乐场玩，在乘坐云霄飞车时遭遇了杀人事件。
成功解决案件后，新一跟踪两个神秘的黑衣男子，并目击了一名黑衣男子进行现金交易的现场，正当他全神贯注的时候，不料另一名黑衣男子突然从背后出现给了新一一闷棍，并灌下了组织新开发的毒药，新一感觉自己的身体像水一般滑落，全身的骨头仿佛都在重组……
- 002.董事长千金绑架事件
在被警察救醒后，新一发现自己的身体竟然退化到了幼年时期。新一在家门口遇到了阿笠博士，并使他相信自己就是变小了的新一。为了隐瞒新一还活着的事实和不连累身边的人，新一听从了博士的忠告，决定隐姓埋名。正巧这时小兰来访，在被问及名字时新一灵机一动，自己取名为江户川柯南蒙混了过去。为了获得黑衣组织的情报，柯南借着小兰父亲是侦探之便，以寄养的身份住进了小兰的家里。谁知道毛利小五郎是个糊涂侦探，已经好久没有生意上门了，还埋怨新一抢了他的风头。正巧这时有人来报案说董事长的女儿被黑衣男子绑架，柯南立刻跟了过去，并暗中帮助小五郎解决了这件案子，却发现和黑衣组织并没有什么关系。
从此柯南在毛利事务所潜伏了下来，一边帮助毛利解决案件，一边寻访着黑衣组织的蛛丝马迹。
- 005.新干线大爆破事件
柯南在火车上遇到了第一集将自己变小的两名黑衣男子，阻止了两人引爆新干线列车杀人灭口的计划，并成功得知了两人的代号：Gin和Vodka。（动画魔改之为两神似的路人，与主线无关，在后续中莫名其妙得到了两人的代号）
- 013.奇怪的寻亲杀人事件
组织成员宫野明美（化名广田雅美）为了助妹妹宫野志保脱离组织，策划了十亿元抢劫事件，得手后却不幸被Gin枪杀，但她只是组织的一名底层成员，临终前她向柯南透露这是一个笼罩着重重迷雾的庞大组织，而组织的代表颜色是黑色。（这一集同样被动画魔改，结果动画组被打了脸）
- 043.江户川柯南诱拐事件
新一的父母从博士处得知其变小，他们联手将柯南狠狠地戏弄了一番。绝对是亲生的……
- 054.电玩公司杀人事件
在参加满天堂游戏公司的新作发布会时，柯南意外听见黑衣组织成员之一的Tequila给Vodka打电话。不过随即案件发生，Tequila被误炸身亡。案件结束后，柯南得知了Tequila本来的目的是想与电玩公司职员中岛交易而获得全世界最有才华的程序设计师的名单，所以柯南迅速赶往中岛经常与之见面的酒吧，不料即将到达时那里却忽然发生了爆炸，线索也随之灰飞烟灭。
- 118.浪花连续杀人事件
连续杀人犯沼渊已一郎登场，后来柯南得知他只是组织里的小角色，是组织培养杀手的失败作品。
- 128.黑暗组织10亿元抢劫事件
因为之前与漫画对应的“013.奇怪的寻亲杀人事件”被改编，因此动画在这里为自己当初的魔改收拾烂摊子，重新讲述了灰原的姐姐宫野明美被琴酒所杀的情节，为之后灰原的出现作铺垫。通过GIN与宫野明美的对话我们得知，与仅仅是组织小卒的姐姐不同，宫野志保是组织里“少数有头脑的人之一”。
第二阶段：两个黑衣组织的女子！满月之夜的推理对决
- 时间线：129.来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 ~ 361.帝丹高中的学校怪谈（前篇）
身为科学家的组织成员宫野志保吃下APTX4869变小逃出，在投奔工藤新一的路上被阿笠博士收留，化名灰原哀。于是琴酒等人又开始四处搜寻叛徒，而FBI也因追踪组织成员贝尔摩德而来到了日本，从此本剧就正式成为了一部三方对决的大戏。在此期间，柯南逐渐得知了组织是有一项危害世界的庞大邪恶计划的，因此他与组织的对决也就不再仅限于寻找能使自己恢复原状的APTX4869的解药，而是成为了一场一边隐藏身份躲避组织追捕宫野志保的触角，一边窥测组织计划加以阻止的危机四伏的旅途。（两个黑衣组织的女子指灰原和苦艾酒）
- 129.来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
组织研究员，代号为Sherry的宫野志保因姐姐宫野明美被组织所杀，以停止APTX4869研究的方式表示抗议，结果被组织囚禁在瓦斯室。绝望的她服下了藏着的APTX4869想要自杀，没想到与新一一样没被毒死，反而身体缩小成儿童时期模样，得以挣脱手铐从垃圾信道逃了出来。
因为她之前已经从对新一家的调查中发现新一也变小了，所以她将新一作为了唯一可以理解她处境的人，于是就去寻找工藤新一。最后疲惫的她倒在新一家门口，被隔壁的阿笠博士所救。她向博士将自己的身份和盘托出，也就得以寄住在了博士家里，以一名转校生的身份成为了柯南的同班同学和少年侦探团成员，并拥有了“灰原哀”这个新名字。
博士收留灰原后，柯南也因此得知了导致他变小的药的名字和大概信息，不过灰原却暗示此药原本的用途不是毒药。另一边，琴酒他们还在加紧追查雪莉的下落，柯南与灰原也就从此卷入了对组织侦查与反侦察的大戏中。不过此时的灰原对组织有着极度的恐惧感，不愿透露更多组织的情报。
- 130-131.竞技场无差别胁迫事件
剧情本身与组织无关，但是灰原很莫名其妙地对柯南说过一句话，她说组织有一个始于半个世纪前的庞大计划，而柯南已经陷入了这个计划里了。但究竟是什么却不得而知。她肯定知道，但就是不说后来又表示，“人是不能违逆时光洪流的”，仿佛暗示着组织的研究与违逆时光规律有关。
- 170-171.黑暗中的死角
米花高中校医新出智明的父亲被其继母杀害，破案后的剧情却突然犀利了起来。原来这是真正的新出智明在345集三方对决前唯一的一次出场，为保护无辜的女佣，警方修改的了案件的纪录，隐瞒了真实的作案手法，这一点只有真正的新出知道，而后来假扮新出的贝尔摩德只通过偷来的警方笔录知道了伪造的案情，所以这一点日后也被朱蒂用来指证贝尔摩德假扮的新出智明。此乃青山历时两年打造的一个大伏笔
其实这时候的新出只是帝丹高中篮球队的临时教练，真新出本来是要去青森的医院工作而不是当校医，贝尔摩德假扮成新出后为了调查新一才当上了米花高中的校医。这一点从《361帝丹高中的学校怪谈（前篇）》中的柯南的话可以得到佐证。
也在这一集里，因为新出智明和小兰的关系“亲密”，柯南醋缸翻了
- 176-178.与黑暗组织的再会
柯南和灰原意外发现了GIN停在路边的车子，于是柯南在车上装上了发信器与窃听器想获得组织的情报，然而窃听器还是被琴酒发现并毁掉，并以为是雪莉安装的，使得灰原的安全受到极大威胁！
柯南与灰原潜入宴会不久，灰原不幸被组织元老皮斯可识破身份，囚禁在酒窖中。柯南一方面利用警察做笔录的理由拖住嫌疑犯皮斯可，一方面让酒窖中的灰原喝下白干成功恢复真身从壁炉逃出。然而琴酒正在屋顶守株待兔，危机时刻，柯南携变声器出现用麻醉针射中了琴酒，宫野志保也得以逃脱，并又恢复成了灰原。柯南引燃酒窖后，带着灰原成功逃生。而留在酒窖的皮斯可被愤怒的琴酒灭口，因剧情需要死前甚至都没来得及说出灰原=雪莉的秘密。
这一集信息量很大，首先灰原研究的药不是单纯的毒药（“进展到了这个阶段”，证明是一个庞大的药品研制计划，而非简单的杀人毒药），而且她是继承了父母的研究。其次贝尔摩德就是当时在场的美国超人气女星克里斯·温亚德，她将紫色手帕分给皮斯可想替他掩盖罪行。贝尔摩德在事件后在日本隐居下来，不过从她的话中却看不出是接受了组织寻找灰原的任务，而是要“弄清楚一直担心的事”。
- 188-193.危命的复活
这个事件中，柯南经历了第二次变大。这时候，贝尔摩德假扮的新出已经当上了帝丹高中和帝丹小学的校医。吃了灰原研制的解药后柯南短暂的变回了新一，并化妆成黑衣骑士与兰见面，却被化身为新出的贝尔摩德发现，贝尔摩德确认了新一没有死，但是由于当时灰原假扮的柯南也在场，因此还没猜到柯南就是新一。
- 222-224.招致死亡的人鱼传说
剧情本身与主线无关，但是在这个宣传长生不老的人鱼小岛上，签名册里竟然有宫野志保的名字，暗示着APTX4869并不是简单的毒药，它的研究无疑与长生有着千丝万缕的联系。此外，在宫野志保名字的旁边，还写着两个人名，有可能是琴酒（黑泽阵）和伏特加（鱼冢三郎），但因为名字的读音和他们的代号相似度过于高，反而假名的可能性更大一点，几乎不可能是真名。
- 226-227.格斗游戏的陷阱
茱蒂老师登场！与柯南相识后注意到他借助园子破案，因此她发现了柯南不简单，在临走时抄袭了贝尔摩德在照片上对柯南的称呼――COOL GUY。（茱蒂在监视贝尔摩德的房间）
事后朱蒂打电话给同伴时，给贝尔摩德取了“腐烂的苹果”的代号。但她表示她的监视对象“换了个身份，正在上学”在当时也给了我们她监视的就是柯南的误导。
- 230-231.迷一样的乘客
这一集中赤井秀一以路人姿态低调登场。另外可看出贝尔摩德精于易容术，而且她的目的是在日本寻找什么人，以及她的口头禅。
少年侦探团在车上说，感谢新出医生前几天帮他们做内科检查，但是灰原缺席。（新出医生可能通过这次身体检查，确认了柯南就是新一的事实。而且证明了假新出最初的目的是新一而不是到哀，否则哀的身份早就被她发现了，这一点可以从“361帝丹高中的学校怪谈”得到印证。）当被制服的劫匪问朱蒂到底是谁时，她竟然也爆出了和贝尔摩德一样的口头禅。又给观众扔烟雾弹
- 233.无法消失的证据
柯南和灰原回忆当天公车的事件，灰原很担心，但柯南肯定的说她的身份没有暴露，因为像灰原能感觉到组织成员一样，侦探也具有感觉到杀气的本领。
- 242.元太的灾难
结尾处提到琴酒是左撇子。貌似是设定左撇子的人智商高
- 253-254.本厅刑事恋爱物语Ⅳ
佐藤警官去和白鸟相亲，柯南让新出假扮成高木成功阻止，发现其演技高超，有可能开始对其产生了怀疑。秀一出现，被小兰看见，觉得似曾相识。
- 258-259.来自芝加哥的男人
柯南等人认识了来自芝加哥的老男人“詹姆士·布莱克”，布莱克利用一起绑架事件将计就计，想试试柯南的本事。其实他是FBI首领级人物。柯南说布莱克先生不是坏人，只是对詹姆斯这个名字与莫利亚蒂教授相同有些在意（与詹姆斯·莫利亚蒂――福尔摩斯的宿敌同名），同时柯南由于灰原的奇怪反应开始怀疑赤井。
- 266-268.情人节的真相
京极真也带着黑色针织帽，被人看见，柯南以为是赤井，十分紧张。而小兰则说她可能认识这个带黑色针织帽的男人，引起了柯南的注意。
- 269-270.犯罪的纪念品
破获录像带杀人事件的时候，从高木那里得知公车劫持案那天，毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。（后来据VERMOUTH说，偷窃毛利小五郎相关的所有案卷是让人不知道她其实是在找新出一个案子的记录，她找新出案件的资料是为了瞒柯南等人，虽然FBI已经知晓她的真实身份，但为了不在与小兰，柯南等历经了案件的人的接触中露出马脚，她还是要掌握案件的资料，但没想到是被改过的。再送回来是误导FBI让他们以为她留在日本的目的是与毛利侦探有关，从而让FBI监视毛利事务所来暴露身份。）
- 271-272.急忙掩饰的忽略
柯南又一次在朱蒂面前破案。案卷被窃引起了FBI的警觉，朱蒂怀疑黑衣组织将对毛利不利。朱蒂在谈话中用鸵鸟一词来形容柯南小孩却有大人的智慧，并且提到了bureaus（事务所）代指FBI。（和后面出来的COMPANY代指CIA有点对应）本集结束时朱蒂说到了收割苹果的时候了，暗示FBI要对VERMOUTH采取行动了。VERMOUTH发邮件给GIN，提到了“久藏”雪利酒，并且向打了叉的宫野志保的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。（本人推测此时VERMOUTH已经通过在《188-193危命的复活》系列中柯南暂时恢复新一这一事实联想到志保可能就在附近给柯南配置解药，并且决定将其找出来加以消灭，她借助FBI监视诊所的机会贴出了SHERRY的照片作为靶子，希望FBI帮她找出SHERRY。）
- 274-275.幽灵屋的真相
VERMOUTH假扮的新出在本集开头出场，剧情提示他的佣人亲人都不见了，他说是去了青森，还有回顾了真新出是知道触电案件实情的，留下来是为了出庭作证。
- 277-278.英语教师VS西部名侦探
博士得知毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，于是请来平次帮助柯南。两人分析偷盗案卷的人是想把某个人引出来的圈套，然后柯南又回顾了PISCO案件，怀疑克里斯是他的同伙，并进一步怀疑朱蒂=克里丝。虽然两人长相完全不同，但柯南知道克里斯精于易容。于是两人去朱蒂的公寓试探，并拜托博士在网上调查克里斯的资料。在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。这一集的重点就是最后在朱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南，兰和舞会上的新一的照片，并且照片上的字迹和VERMOUTH的一模一样。按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出医院，发现相关的照片后复制的。不过当时这些照片的出现，显然给了我们朱蒂=贝尔摩的很大的误导，还有她最喜欢喝雪莉酒的提示更是使之雪上加霜。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。
- 279-280.迷宫的阴暗
博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息，发现她就是美国已故大明星莎隆宾亚德的女儿。在母亲的葬礼上，她才第一次面对媒体。面对记者的追问，克里斯曾神秘的回答道：A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。另外，日本的前超人气女明星也出现在了莎隆的葬礼中，从画面看正是有希子。（正是基于这个证据，柯南推理出了莎龙和克里斯其实是一个人。）
- 284-285.中华街雨中的似曾相识
- 286-288.工藤新一NY事件
承接前面兰回忆起的“带黑色针织帽的男子”，通过兰在发烧病倒时的回忆倒述了去纽约经历的黄金苹果事件。还交代了新一和兰和莎龙的初次见面，以及他们对银发杀人魔的救命之恩。 最后新一提到真杀人魔其实是被别人灭口的，后来得知假杀人魔正是VERMOUTH所扮，这次计划本来是将秀一引出并杀死，但是没有成功。
- 289-290.迷途森林的光彦
讲述少年侦探团成员去森林中寻找光彦，本集中提到哀对组织气味已经不敏感了，和沼渊已一郎是组织一员的事。其实此人在浪花连续杀人事件就曾出现，而且不过是一个组织培养杀手的失败作品而已。
- 307-308.没有留下声音的证据
小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员tequila接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记。
- 309-311.与黑暗组织接触
案子的开头柯南和兰遇到了赤井秀一，在谈话中赤井提到了一个表面坚强、暗地流泪的女孩。（估计应该是指宫野明美，他的女朋友。赤井觉得两人很像，而后来345集中灰原对着舍身在枪口下保护自己的小兰的身影，也想起了姐姐。） 赤井说兰又在哭，其实上次是指在NY事件中看见兰在哭泣。 另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇的事情，并获知了赤井FBI的身份。但柯南仍有些怀疑，并想起了布莱克绑架事件时哀对于赤井的奇怪反应。 通过阅读板仓的日记得知，黑衣组织委托其开发一种危害人类的软件，但他并未最终完成。 柯南诱骗VODKA改时间交易，试图冒充板仓与VODKA接头，从而想得到他的指纹和行踪的情报，不料即将成功之际，却由于GIN的忽然出现而功亏一篑，形势瞬间逆转，而柯南还险些被发现，最后躲在储物柜里才侥幸得脱。 最后柯南和哀离开的时候，在附近的赤井和哀好像对彼此都有所感觉。
- 312.染上夕阳的布偶
哀第一次提及自己的身世。她提到自己的父亲叫做宫野厚司，原来是化学领域非常有名的科学家，但被称为“被科学界放逐的疯狂科学家”，母亲则是个很神秘的女人。 两人在组织中一起进行“秘密药物”的研究，但在生下她不久就去世了，据说是研究事故。 她在懂事之前就被送到美国留学了，回来继承了父母的研究，并且说她的研究是神秘的可以操纵生死的药物，是地球人都无法认识其价值的可怕的东西。
- 329.被挑拨的友情
本集开始柯南和博士聊天讲到上次没有看完的板仓的日记，和里面提到了打电话给板仓的女人讨厌猫这一细节。 阿笠博士提到他早就认识哀的父亲宫野厚司，并且说他待人和气有礼，不像是什么“疯狂科学家”。（估计是他的研究观点比较激进吧）而且博士提到他的夫人爱利娜身份是一个英国留学生。但碰面的几次宫野教授一次都没提到自己在研究什么。
- 335-336.东都显影所的秘密
有希子回到日本，接侦探团去东都显影所看电影。在路上有希子和柯南发现他们正在被人跟踪，柯南认为跟踪者不是冲着他就是冲着灰原来的，并且很有可能就是黑衣组织的人。 其实后来得知是赤井手下的人在监视柯南等人，结尾处赤井还拍下了少年侦探团的照片，还看着哀说太像了，说明了FBI已经中了VERMOUTH的圈套，帮助她找到了变小的SHERRY。但是当时却让人觉得赤井很可疑。
- 338-339.4辆保时捷
开头处柯南奇怪的骗博士说新出不在家，因为无法解释为什么柯南不对博士老实说出对新出的怀疑，所以也成了博士BOSS论的一个证据。 后来不明情况的博士还是找来了新出给小哀看病，通过身体检查和直接接触，VERMOUTH假扮的新出此时正式确认了哀=SHERRY，并且在博士家装了窃听器（345集就用到了），但是朱蒂同时也在场，所以那时我们将所有的怀疑都加到了朱蒂身上。 本集结尾处VERMOUTH冷笑着用打火机烧掉了SHERRY的照片，并得意地自言自语道：“找到了……你准备好了吗？我来找你了！”VERMOUTH要准备采取行动了。
- 340-341.厕所隐藏的秘密
柯南、灰原和博士去了灰原的父亲宫野博士生前工作过的事物所，想从那里得到一些黑衣组织的资料以及灰原父母的行踪。结果他们在抽水马桶水箱的浮球上找到了宫野明美放在那里的灰原妈妈留给灰原的磁带。 这一集透露了很多内容，开头处柯南说了句“如果我的推理正确的话，我们应该已经不在人世了”，证明他已经知道不论茱蒂还是新出是克里斯宾亚德假扮的，通过上一集的身体检查，黑暗组织都已经得知了灰原=SHERRY的事实，两人的身份毫无疑问已经暴露，只是不知道她为什么还没有采取行动。 灰原找到了明美藏起来的录音带，她的母亲的面目也浮出水面，“Hell Angle”由此而来。在她母亲留给她的18岁生日末尾的话语中应该提到了某件惊人的事情，但是青山并没有给读者说明。 结尾处，VERMOUTH边从飞机场出来边用手机打着电话，从谈话中我们得知，她找来了一个叫Calvados（苹果酒）的组织成员，似乎是为她下一步要采取的行动做的一个重要部署。 另外值得一提的是，在灰原的梦中，青山已经给出了VERMOUTH究竟装扮成了何人的暗示。
- 343-344.便利店的阴谋
柯南发现工藤宅子有人来过的痕迹，而且不是小兰。 朱蒂老师突然间辞去了帝丹高中英文教师的工作，说是想回美国了。（其实是FBI要对VERMOUTH采取行动了）在告别派对上，小兰无意间在朱蒂的卫生间的镜子后面发现了朱蒂藏着的自己与柯南，灰原等人的照片，不禁疑云顿生。这也促使她下一集中偷偷躲在朱蒂车子的后背厢里想调查她究竟想做什么。
- 345.与黑衣组织直面对决 满月之夜的二元推理
柯南收到了VERMOUTH寄来的邀请新一去参加化妆舞会的信件，信封写着工藤新一，信纸上的称呼竟然是江户川柯南！ 柯南知道自己的身份已经暴露并且决定开始行动，他一方面邀请服部假扮新一去参加化妆舞会，另一方面用麻醉针麻醉灰原后假扮成她的样子准备单独去跟组织对决。 结果来接他的并不是VERMOUTH假扮的新出，而是朱蒂！原来FBI也有自己的计划，他们准备先VERMOUTH一步接走灰原，引诱VERMOUTH跟踪至码头，然后实施抓捕。（柯南这时应该不确定朱蒂和新出谁是VERMOUTH，而且她俩还有可能是一伙的，所以他带上了窃听器） 朱蒂在车上向化妆成灰原的柯南表明了FBI的身份后，柯南告诉了她新出一案（170-171黑暗中的死角）的真相，要求她利用此来揭穿VERMOUTH，以取得自己的信任。 引诱假新出的车子尾随到码头后，朱蒂揭穿了VERMOUTH假扮新出，而且同时是克里斯宾雅德和莎龙宾雅德的身份，宣布将她逮捕。此时FBI仿佛已经取得了对黑暗组织的完胜！ 不料正在茱蒂招呼同伴要抓捕VERMOUTH时，忽然被埋伏在暗处的VERMOUTH的同伙Calvados（苹果酒）击伤！而此前埋伏在码头的FBI竟然集体失踪！ 原来VERMOUTH棋高一着，她早就知道了FBI的抓捕计划，几小时钱她化妆成朱蒂来到码头，告诉埋伏的FBI探员今晚的抓捕计划取消。然后又故意配合茱蒂的计划追到码头，在这个最后时刻让她功亏一篑。 而且VERMOUTH对FBI暗中监视新出诊所的事情也早已知晓，她偷走案卷其实是为了引诱FBI暴露身份，贴出宫野志保的照片也是为了利用FBI实现自己寻找SHERRY真身的目标。 VERMOUTH得意的讲完自己的计划，然后将手枪对准了茱蒂的额头，难道黑暗组织将成为今晚的赢家？ 正当朱蒂形势万分危急时，另一边化妆的服部解决了舞会上的案子扯下了露出了工藤新一的面容，而这边厢柯南也在此时撕下假扮灰原的面具，用麻醉针控制住了VERMOUTH。柯南的筹划终于笑到了这个三方对决大戏的最后！ 不料这时风云突变，横生枝节，担心柯南安危的灰原利用备用的追踪眼镜忽然找来，反而破坏了柯南的大好计划。VERMOUTH趁柯南分神之机，猛然动手夺过麻醉手表射中了柯南，并用手枪对准了灰原！局势又再度落入了VERMOUTH的掌控中！ 就在这形势失控的时候，对茱蒂老师有所怀疑而一直躲在车子后备箱里跟踪而来的小兰，忽然跳出在VERMOUTH的枪口下挺身保护了灰原！而VERMOUTH因为小兰在《工藤新一NY事件》里对自己的救命之恩，亦无法对两人痛下杀手，局面顿时陷入僵持！三方对决的大戏也因为小兰这个“第四方”的突然出现而呈现了令各方完全无法意料的惊人转折！ 正当各方骑虎难下时，FBI的赤井秀一及时出现，击伤了Calvados和VERMOUTH，迫使VERMOUTH不得不以柯南为人质逃离了码头。 落荒而逃的VERMOUTH在向BOSS发邮件报告时，忽然发现柯南身上有发信器，原来柯南留了一手，他早料到VERMOUTH找到灰原后一定会向BOSS报告，所以利用发信器来定位组织BOSS的通信方式。 面对柯南的步步紧逼，VERMOUTH不得不承认放弃SHERRY。为了避免BOSS的邮件地址和身份泄露，VERMOUTH不得不使用了催眠瓦斯，同时迷昏自己和柯南，并且朝自己开了一枪以保持清醒，毁掉发信器后狼狈逃离了现场。
- 346-347.寻找屁股上的印记
上集案件的扫尾，在小兰面前，朱蒂用救援被绑架的柯南和小哀的理由将这次惊险的对决瞒了过去。而哀经过步美等人的间接鼓励，终于鼓起勇气面对自己的命运，决定与黑暗组织抗争，并拒绝了FBI的证人保护计划。此时的小哀，开始逐渐鼓起了和组织抗争的勇气，成为和柯南并肩作战的坚强伙伴，而不像开始时那样充满恐惧感的一味逃避。
- 361.帝丹高中的学校怪谈
VERMOUTH的身份暴露后，为了不引起大家的注意，真正的新出老师回到学校重新工作。柯南回忆起VERMOUTH什么时候潜入学校的，并疑惑她为什么在小学没有早发现灰原的身份。这正表明了她最初的目标是寻找新一而不是SHERRY，所以开始并没有联想到宫野志保也变小潜伏在小学里。
第三阶段：魔鬼之音！银色子弹的镇魂曲
- 时间线：371-372.沉默的航线 ~ 508.卡拉OK厅的死角（后篇）
围绕本堂瑛佑和水无怜奈姐弟的神秘身世展开，讲述了柯南在满月之夜的对决中掌握了BOSS邮箱地址的手机按键旋律，经过确认后得知这是儿歌《七个孩子》，后来通过它偶然发现了电视台主播水无怜奈是黑衣组织成员，经过对决后水无受伤，并落入了FBI的掌握。柯南和FBI后来通过一系列事件得知水无原来是CIA在组织的卧底，并与之达成了帮FBI探听情报的君子协定，但是黑衣组织很快也得知水无被FBI隐藏的地点，双方又展开了激烈的对决，最终水无按计划被救回组织而成为“永不脱落的钢楔”，但FBI付出的沉重代价却是银色子弹赤井陨落其实没死。这期间出场人物更加纷杂，赤井逐渐走向前台，展示出强大实力，并成为和柯南并肩作战的重要人物，而CIA的卷入也使得组织的计划更加扑朔迷离。
- 371-372.沉默的航线
柯南对冲绳事件中本山先生打电话的手机按键音有奇怪的反应。这个旋律无疑和345集中VERMOUTH拨给组织BOSS的手机按键音有某种相似之处。
- 375.星星和香烟的暗号
结尾处山村警官给在鸟取县的祖母打电话的手机按键音也使柯南产生了奇怪的反应。这个旋律无疑和345集中VERMOUTH拨给组织BOSS的手机按键音有某种相似之处。
- 385-387.斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音
通过对前两次熟悉的手机按键音的分析，柯南确认了组织头目的邮件地址中前四位与鸟取县的区号相同，是0858，在询问了拥有绝对乐感的羽贺响辅后，柯南得知了有这个曲调的歌曲正是《七个孩子》！
- 394.奇异屋宇的大冒险
开始阶段柯南分析黑衣组织是通过儿歌《七个孩子》记忆BOSS的邮件地址的，这样就可以避免储存在手机里了，并且根据按键音的曲调推测出了被灰原成为潘多拉的魔盒的黑衣组织BOSS的真实邮件地址，却因无法深入被灰原哀劝止。 也许灰原早已知道了这个邮件地址，甚至BOSS的真实身份。
- 425.Black impact！被组织的魔掌触碰的瞬间
小五郎接到电视台主播水无怜奈的委托，调查“门铃怪人”事件，后来证明是一场小孩子的闹剧。不料因为忘记回收放置的窃 听器，柯南却发现了惊天的大秘密！原来水无怜奈也是黑衣组织的成员，柯南窃听到了她和GIN等人配合的暗杀候选人计划，并和FBI的茱蒂一起成功阻止。 不料GIN发现了水无鞋底的窃听器，使得之前被水无委托调查“门铃怪人”事件的小五郎反而受到了组织的怀疑，命在旦夕。 好在秀一及时出现，用狙击枪打伤了GIN，将装窃听器的勾当揽到了FBI身上。 VERMOUTH也又再次找理由保护了毛利等人。 代号KIR的水无怜奈在行动中受伤昏迷，被FBI送入杯户中央医院控制了起来。 另外这一集中柯南得知了布莱克也是FBI的人，还是茱蒂的上司。
- 429-430.无法回到从前的两个人
小兰的倒霉同学本堂瑛佑出场，他的眼睛长的和水无很像，而且好像注意到了柯南通过毛利破案，这让柯南感觉很不安，也对本堂的身份产生了怀疑。
- 446-447.封印的洋窗
本堂在案件侦破中偷偷监视柯南，柯南因为担心本堂发现不敢亲自破案。
- 462.黑衣组织的影子
年幼的目击者，一个孩子目击某歌星被人从桥上扔下，本堂用和水无一样的摸脉搏测谎术，引起了柯南的怀疑。
- 463.黑衣组织的影子 奇怪的照明
本堂数次想让毛利等人想起水无怜奈的事情来获取信息，但是都被柯南看出并把话题岔开。
- 464.黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
本堂故意引诱毛利注意到一个小孩家发生的奇怪事件，这个小孩正是目击水无怜奈受伤昏迷的小孩，他说他的母亲生前曾经和奇怪的外国女人对话，打听水无怜奈的去向。
- 465.黑衣组织的影子 珍珠流星
在那个小孩就要说出摔下摩托车的就是主持人水无怜奈时，柯南及时用假面超人将话题岔了开去。柯南通过外国女人对孩子的回答"A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN"推测出这个奇怪的外国女人就是黑暗组织的VERMOUTH。 另外本集GIN所说的水无取得BOSS信任的事件也表明她的得宠与一个叫本堂的卧底的死有很大关系。
- 466.分不开的雪人
开头处柯南推测到组织已经知道水无受伤住院的事实了，并分析黑暗组织不会对孩子进行报复，而且对本堂瑛佑的真实身份很疑惑。
- 479.与服部平次共度的3天
柯南推测水无可能是杀了本堂瑛佑的亲属然后整容成她的模样的，因此让服部根据一张网上照片去调查一个很像水无的女子年轻时在大阪的事情。
- 484-485.黑色照片的去向
服部调查水无未果，但意外发现本堂及其父亲在大阪生活的情况，因为瑛佑小时候曾经和父亲一起去大阪的烧烤屋吃烧烤，其父和店长很谈得来。然而店长已经去世，所以柯南、阿笠博士和灰原决定造访住在东京的店长的孙子家，想从他那里得到些本堂及其父亲的情报。不料在这个模型爱好者西郡家里遭遇了盗窃案件，成功解决案件后柯南他们终于看到了一张瑛佑无意间照的照片，照片上有瑛佑父亲的面容，并了解到瑛佑的父亲常和黑西装的外国人打交道，在Company（＝CIA）工作，并曾打入过黑衣组织。
- 491-494.红与黑的碰撞 开端 血缘 绝叫 冥土
兰和园子去医院看望初中同学，遇到了正在医院拿着水无照片打听的本堂瑛佑，他辩解说他是在寻找长的和水无十分相似的姐姐。为了弄清本堂的姐姐到底是不是水无，兰找到了水无的超级Fans，看了水无早期的录像，得知水无的血型是AB型，可是瑛佑用姐姐曾给自己输血的例子说明自己和姐姐的血型都是O型，这让柯南了解到，水无和瑛佑的姐姐不是一个人。瑛佑为了证明自己的血型，和毛利等人一起来到了其母亲曾经服务过的宅子。看到了母子健康手册的柯南等人确定，瑛佑的血型确实是O型，那么这个水无为什么和瑛佑的姐姐长的这么像呢？
- 495.红与黑的碰撞 昏睡
兰说瑛佑突然失踪了，并且失踪之前曾说过他在医院打听姐姐消息的时候，碰到了疑似父亲同事的人，辨别方式是通过和他父亲发邮件时相似的手机按键音。柯南经过推理认定这个同事不是他在CIA的同事而是在组织的同事，并且此人已经潜入了水无所在的医院，于是柯南急忙前往医院与FBI商量对策。通过询问医生，柯南确认了黑衣组织的人还没有在医院发现水无的踪迹，并锁定了三个嫌疑人。
- 496.红与黑的碰撞 侵入
通过柯南的试探，FBI找出了黑衣组织派来的成员楠田陆道，还意外在与医生的交谈中得知了本堂瑛佑曾经做过白血病的骨髓移植手术。
- 497.红与黑的碰撞 觉醒
FBI在对待楠田偷拍患者名单一事上处理不当，不幸打草惊蛇，虽然楠田在其逃亡过程中自杀身亡，但是同时GIN等人也已经获知了水无所在的医院，正在赶往医院的路上。 本集中柯南向朱蒂老师等人了解到了赤井悲惨的过去，原来他曾是宫野明美的男友，利用其妹宫野志保的关系，以诸星大的化名潜入了组织。由于表现出色，不但得到了RYE的代号，而且获得了和组织的高级干部GIN一起行动的资格。正当他跟FBI要借此机会诱捕GIN以将组织连根掘起时，却由于手下一个搜查员的失误而功亏一篑。结果明美被组织所杀，志保也被迫逃离组织。
- 498.红与黑的碰撞 搅乱
为了救出水无，GIN策划了医院附近相继发生的集体食物中毒，奇怪气味引发的人员骚动，火灾等3大事件，一时间大量患者涌向杯户中央医院。在这里我不得不对GIN的谋划报以赞叹，这样不但能不露痕迹的将人员安插进杯户中央医院，而且却不带任何针对杯户中央医院的意思，还让FBI全无还手之力。与此同时，在医院的问讯处忽然接到了一个寄给詹姆斯的署名为楠田的包裹。这朵名叫楼斗草的花，花语竟然是“旗开得胜”！可是令人惊诧的不止这个开战宣言而已，赤井还发现了花盆中被放置了炸弹！ 卡梅尔大叔终于有了一把飚车技的机会，他和朱蒂惊险的将炸弹带到安全地带引爆了，可是FBI却发现医院里竟然同时受到了大量署名楠田陆道的包裹，其中也有炸弹！
- 499.红与黑的碰撞 伪装
FBI的搜查官们为了寄来的炸弹包裹忙的焦头烂额，正在大家收缴炸弹的时候发现正在播出的电视节目上居然出现了穿着住院服接受采访的水无怜奈！搜查官们急忙奔向怜奈的病房，却看到的是安静的躺在床上的水无怜奈。原来电视上的影像是组织利用以前的资料进行剪辑处理合成的，大家匆忙的涌入导致导致组织已经根据炸弹的中放入的发信器信号，锁定了怜奈的病房。 此时的FBI已经被闭上绝境，只得采取最终手段——三车齐出，转移水无！神秘的卡梅尔承担了运送水无本尊的任务，朱蒂觉察其行踪诡秘想要阻止他，却被他一拳击晕，难道这个卡梅尔其实是？这时GIN也派出VODKA，CHIANTI，KORN三人分别盯上了三辆车，并成功的判断出水无本尊就在卡梅尔的车内！
- 500.红与黑的碰撞 遗言
面对GIN和众手下的迫近，卡梅尔打算凭借车技甩掉跟踪，却突然遭到装炸弹的盒子的袭击，3号车也随之撞上护栏停了下来，原来早已苏醒的水无怜奈在这个关键时刻出了手。正当CHIANTI打算解决掉昏迷的卡梅尔的时候，3号车突然发生了爆炸。水无也被GIN等人顺利的救回了组织，FBI与柯南精心策划的计划难道就此满盘皆输？ 原来，柯南和赤井早已发现水无已醒，并知道了水无的确是瑛佑的姐姐---CIA探员本堂瑛海的事实。瑛佑小时候因为患过白血病，用过姐姐的造血干细胞和经过骨髓移植的手术，使他的血型改变，而自己不知。柯南和赤井利用瑛佑的出现迫使水无醒来与FBI对话，当年两人的父亲伊森本堂舍车保帅牺牲自己的故事也再次被提起。赤井，柯南与水无定下约定，水无以KIR的身份重回组织，成为“钢楔”！ 这一集有个BUG，水无在叙述他父亲为保护她身份不被发现而牺牲的经过时，那个新来的线人邦尼被叙述为自杀，这和《464黑衣组织的影子 谜样的高额报酬》里VODKA所说的一样，但是却和《495红与黑的碰撞 昏睡》朱蒂叙述的流浪汉关于邦尼被GIN和VODKA所杀的话矛盾。
- 501.红与黑的碰撞 嫌疑
柯南和赤井向因为失去水无而沮丧万分的FBI解释了他们计划的本来面目，原来水无的真实身份是CIA情报员本堂瑛海，他们已经达成了协定，水无怜奈继续以KIR的身份回到组织，除了向CIA报告外还要向FBI提供情报。水无怜奈的条件是让她的弟弟本堂瑛佑加入证人保护计划。而且要求在任何情况下都优先考虑CIA的任务需要，也许会有对不住FBI的地方。赤井却好像对这个要求早有预料。 与此同时，回到组织的水无也想办法保护了医院的人员。但是GIN对如此简单就救回水无充满疑虑，预示着柯南和赤井的计划也许并不能那么一帆风顺。 柯南与元太、步美、光彦、阿笠博士，灰原等人一同前往新米花旅馆吃自助餐。途中，柯南向灰原讲述了之前的事情和瑛佑拒绝证人保护计划的事，灰原想要见赤井的想法让柯南十分狼狈。 到达后，看到高木刑警的巡逻车也开了过来。据说是旅馆发生了杀人事件。FBI的卡梅尔探员居然是嫌疑犯之一。因为卡梅尔长相凶恶，而且不肯说出职业，所以被少年侦探团和警察当成了关照重点。无奈的柯南只好偷偷打电话给朱蒂叫她来帮忙。 临出门前，赤井叫朱蒂小心，说他又不好的预感，因为这天正好是13号星期五。
- 502.红与黑的碰撞 洁白
朱蒂到达酒店，假扮成卡梅尔的女朋友，并证实了他FBI的身份，总算是解了围。 而此时，GIN为了消除疑虑，向水无传达了让赤井秀一从这个世界上消失的命令。 在新米花旅馆，卡梅尔向朱蒂讲述了两年前正是由于他的失误，导致了诱捕GIN的计划失败，赤井是FBI卧底的身份暴露，赤井的女友宫野明美也被组织所杀。 水无拨通了赤井的电话，假意说自己在组织里混不下去，要脱离组织，邀他到“来叶山路”会面。詹姆斯怀疑是个陷阱，想叫朱蒂回来商量，却被赤井阻止了。
- 503.红与黑的碰撞 决死
赤井正朝着会面地点来叶山路飞速行驶，黑衣组织却早已布好了天罗地网。
- 504.红与黑的碰撞 殉职
赤井和水无在来叶山路碰面了，水无先用手枪射穿了赤井的肺部。 通过摄像头查看情况的GIN，向水无下达了用手枪直接爆头的命令。于是水无笑着说“没想到进展的如此顺利”，并用手枪向赤井的额头开了一枪。 这时，由于警车的突然出现，水无将赤井的遗体横放在了车上，并用定时炸弹引爆了汽车，自己逃离了现场。 朱蒂他们不见赤井回来，又在新闻上看到了来叶山路上发生的枪杀焚尸案，心中十分担心。朱蒂想起赤井曾经在商讨作战计划时用右手碰过柯南的手机，就想用上面的指纹和尸体仅剩下来的右手比对以确定是否是赤井。 比对的结果是指纹完全一致！ 第二天，柯南在拿回手机的时候，发现手机的序列号改变了，但他没有问茱蒂原因，（莫非两人早有约定？）朱蒂也没有告诉柯南赤井殉职的消息。但是本集结尾的转场阳光明媚，暗示赤井没死。
- 508.卡拉OK厅的死角（后篇）
第三阶段的大幕即将落下，本堂瑛佑也决定告别帝丹高中的短暂生活，去美国留学，他的梦想是像父亲和姐姐一样成为CIA，通过自己的力量战胜黑暗组织（话说他还真是博爱，想加入一个为美国国家利益服务的组织）。 在离开之前，瑛佑故意与柯南单独相处，告诉他自己对兰其实早已一见钟情，想向她表白并带她一起去美国。 我们可怜的柯南同学被说中了唯一也是致命的“死穴”，立刻坚决无比掷地有声的表示“不行！”，义无反顾的跳进了瑛佑下的“套”，轻易就把自己给卖了。 瑛佑证实了心中一直存在的“柯南=新一”怀疑，并表示自己一开始认为水无就是杀害自己姐姐的凶手，而且水无失踪前最后是和毛利侦探一起，所以他就怀疑毛利侦探和坏人是一伙的，把水无藏了起来。最后他也表示了自己对兰的感情是千真万确，并拜托新一一定要让她幸福。 临走的时候，瑛佑透露了FBI内部出了变故，好像什么人牺牲了，但是柯南却微笑的表示“不要紧”。
第四阶段：双面间谍！赤井 or 波本？
- 时间线：509 红白黄色与侦探团 ~
时刻透漏出双面间谍气息的波本，本来就有着强烈的象征性，波本酒的成分之一就是RYE（黑麦酒，也是赤井在组织的代号）。正逢赤井之谜未解，冲矢十分神秘，波本魅影时现的当口，柯南的大戏也进入了新的阶段。
- 509.新的危机！波本，冲矢和黑白君
FBI的朱蒂搜查官给柯南打来电话，告诉他水无怜奈提供的最新情报---组织新的厉害成员，代号BOURBON正式登场，而且恐怕目标就是灰原，叫柯南小心提防。 这时侦探团接到了同学要求他们调查自己家一个奇怪的房客的委托，他家的住址竟然是位于“米花町2丁目23番地”的“木马庄”。这里不得不暂停一下，众所周知，柯南家的住址是青山模仿福尔摩斯的住址贝克街221B造出来的“米花町2丁目21番地”，而博士家是在紧邻的“米花町2丁目22番地”，这个即是紧邻两者的敏感地方，又是具有和希腊神话中包藏灾难的特洛伊木马一样名字的“木马庄“的地方，出现了新人物冲矢，会对剧情产生什么影响呢？ 第二天，侦探团来到了木马庄，却只看见一片被火完全焚毁的废墟，他们向警察反映了曾接到调查有奇怪举动的房客的委托，负责火灾的弓长警部在小孩的日记中发现三个房客分别被称为“红色的人，黄色的人，白色的人”，其中黄色的人半夜回来与房主产生了争执，具有重大纵火嫌疑。 当三名房客出现在侦探团面前时，小哀忽然出现了强烈的被压迫感，凛冽的气息，注视猎物的眼神，黑暗组织的成员就在他们之中！但是这种感觉却又忽然在刹那间消失了，这是怎么回事？在过程中柯南没有感觉到杀气，那组织的目的是什么？ 房客中最神秘的人物是东都大学的研究生冲矢昴，他最喜欢和最讨厌的颜色都是黑色，喜欢和讨厌的原因也都是“黑色隐藏着秘密”。冲矢昴熟练的指出柯南对案件的推理类似于福尔摩斯探案的《铜山毛榉案件》，并表示自己也是福尔摩斯迷。 随后，在得知自己在日记中被称为“黑白君”后，柯南和冲矢立刻明白了整个案情。 原来三个房客都是被按照车辆的颜色来命名的。冲矢=红色消防车，细井=白色救护车，真壁=黄色工程车，案件水落石出。 案件结束后，神秘人物冲矢找到了阿笠博士，请求在博士家住下，但是被十分害怕的小哀拒绝。出人意料的是，柯南竟然主动答应将新一家的钥匙交给冲矢昴，并留下了一句意味深长的话“要好好看家哦”。（冲矢=工藤优作之论出现？）扯淡的是，当小哀问起借房子的理由时，回答竟然是“因为福尔摩斯的粉丝里没有坏人”！
- 510-511.推理对决！新一VS冲矢昴
小兰和园子去新一家进行一月一次的打扫，却不知道冲矢已经住进了新一的家，他不幸被两人误认作小偷，挨了小兰的一下空手道（开始写成了跆拳道，笔误，多谢细心的观众提醒！），不过他似乎身手也不错，其实并没有被踢中。话说小兰你也太不见外了吧，新一回来你也不能听到人家在洗手间里还去一下把门推开了吧？园子你也是，推理女王白做了，有在别人家里刷牙的小偷吗？ 这时柯南打来电话解释了冲矢的事，两人才明白是一场误会，但是柯南却告诉小兰不要在冲矢面前提到关于新一的事。两人道歉后，冲矢展现了他杰出的推理才能，一下就说中了小兰和园子刚吃过WELCOME汉堡（让我不禁想起了第一集《云霄飞车杀人事件》中新一通过握手知道对方身份的故事和《福尔摩斯》里的诸多情节），园子这时提议让新一和冲矢昴就最近的“纸飞机怪人”事件来一场看不见的推理对决。
- 542-543.让鱼儿消失的一角岩
冲矢昴弹指间便解决案件+救出人质，完全抢走了头号主角四眼男的风头。然后，依旧是小哀对于冲矢的强烈恐惧感。 最后的一幕，仍然是月夜啜饮着波本酒的冲矢。 不过这一集最引人注目的，还是这个引发了后来无数狗血讨论的“怪蜀黍与小萝莉”的由来。
- 563-564.侦探团VS强盗团
为了庆祝卡梅尔的生日，FBI三人组去酒店遴选好酒。 期间大家又说起了之前的案件，提到GIN发现水无怜奈鞋底的窃听器（见425集）和之前在保时捷车上发现SHERRY装设的窃听 器（见176-178集）是同一款，可能会怀疑两件事情都与SHERRY有关，只不过暂时被FBI挡掉了。 在看到波本酒时，卡梅尔不合时宜的提起了赤井秀一喜欢喝波本酒，勾起了茱蒂的伤心回忆。 原来，茱蒂和秀一曾经是一对恋人，因为秀一执行潜入黑暗组织的任务而和宫野明美交往，两人才分开。 正在茱蒂沉浸在回忆中而四处乱走时，忽然从人群中发现了赤井秀一的身影！ 茱蒂赶紧追上去，没想到跟了两步却跟丢了，这时FBI的另两人也出现了，原来他们在付款时发现詹姆斯的信用卡不能用，而卡梅尔带的现金不足，所以只好来找茱蒂。而茱蒂钱包的钱也不过，于是只好又去银行取钱。 正好柯南一行人也在银行存压岁钱，不料这时出现了一伙银行抢匪，挟持了现场的人质，准备实施抢劫。 茱蒂也被作为人质挟持了起来，但是她忽然发现在她身边的人正是刚才在人丛中看到的“赤井秀一”！而这个秀一不言不语，就像不认识她，疑似失去了记忆和语言能力，而且右脸上有一块很大的烧伤疤痕，就好像是从叶山头的燃烧汽车逃出来留下的一样。茱蒂开始盘算先将这个“伤疤赤井”带回FBI再说。 茱蒂略施小计，假意去厕所，利用FBI干练的身手击昏了一个绑匪，并在洗手间碰到了藏在那里的以柯南为首的少年侦探团一行。不料这时其他绑匪尾随而来，又击昏并抓住了茱蒂。 逃过一劫的柯南等人，通过分析茱蒂提供的线索解开了绑匪的谜团，并制服了在大厅里实施抢劫的绑匪。正当案件即将大功告成之际，在洗手间被茱蒂击昏的绑匪醒了过来，并忽然用枪挟持了柯南。这时人群中，那个“伤疤赤井”突然开枪，救下了柯南。 劫匪被警察带走后，“伤疤赤井”消失无踪，而茱蒂也醒了过来。这时柯南提起了开枪救下他的“不明人物”，令茱蒂想起了之前遇到的“伤疤赤井”，正当她准备寻找失踪的“伤疤赤井”时，FBI的另两人赶来，但是茱蒂却没有把遇到“伤疤赤井”的实情告诉他们。
(待补充）
第五阶段：十七年前的杀意！逐渐逼近的朗姆
第六阶段：赌上性命的决战！毛利兰的复仇
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||