- 第39-40话
脸上出现了象征着Jyamato的纹路,似乎成为了新一任的Jyamato培育员,培育出了全新的寄生型Jyamato,妄图使用寄生型Jyamato使其达成成为新的Jyama神的野心。
Kekera和Beroba找到大智,希望大智能够完成Archimedel没能完成的事——杀死樱井沙罗,同时Beroba想要交还Nadge-Sparrow的ID核心,大智表示自己不需要这个东西,并且自称找到了获得全人类记忆的办法,随后吃下婴儿Jyamato,使自己被转化为三叶虫Jyamato。放出大量寄生型Jyamato使樱井沙罗不可逆地转化为Jyamato,间接导致沙罗被不知情的道长击杀,被景和和英寿找上时挑衅二人。
- 第41-42话
通过投屏欺骗人们到自己这里躲避Jyamato,实则将所有人集中到一起后放出大量寄生Jyamato将人同化。道长前来阻止,大智向道长揭露所有被转化为二阶寄生Jyamato并死亡的人都会被吸收到Jyamato之树内,结出含有他们记忆的果实,只要大智吃下果实就能获得死者的记忆,沙罗也是受害者之一,道长欲攻击大智,被Beroba和Kekera制止并打趴。
后再度妖言惑众时,景和找到大智并与之交战,大智完全不是获得了武刃之刃形态的景和的对手,向一旁的Kekera求助也被想要看到景和成为“真正的骑士”的Kekera拒绝Kekera桑,你为什么只是看着!,即将被景和杀死之际,英寿出于某种原因阻止了景和,景和只能悻悻离去。
- 第43话
被景和打成重伤的大智在英寿的安排下住院并被严加看管。道长来质问Jyamato之树在什么地方,从新闻上得知景和的愿望复活家人后家人又被同样复活了的骑士杀死,嘲笑景和太过愚蠢,如果没有阻止自己获得全人类记忆的计划或许还能帮他救回家人,道长怒斥其理想过于扭曲。
- 第45话
痊愈出院,被英寿、道长和祢音找到后带着他们来到了Jyamato之树所在地,称因为景和改变世界的行为,现在这只是一棵普通的树。英寿称大智从之前的行为中并不会得到幸福感,因为在吃下果实时获得了死者的记忆,感受到了他们的幸福,但同时也有了破坏他人幸福的负罪感,所以如果大智想要拯救自己,就必须做出什么来弥补过错。大智听完后若有所思。
- 第46话
世界被英寿回滚到景和许愿前,因此Jyamato之树也恢复了原样,大智也因此恢复了他在Jyamato之树里获得的记忆。大智来到Jyamato之树下想确认是否恢复原样,却遭到Kekera与Beroba二人攻击,毫无还手之力的大智在即将被杀死时祢音与道长出现将其救下,随后三人回到玩家沙龙,大智向祢音与道长二人说出了Jyamato之树就是复活被转化为二阶Jyamato的人的关键,但此刻Jyamato之树被Beroba和Kekera占据着,挑战持有至尊升华名片夹的二人无异于自寻死路然而Beroba在和道长决战时根本没有变成至尊形态。
在道长击杀Beroba并夺回Jyamato之树后,大智把景和、祢音与道长带到Jyamato之树下,大智不情不愿的把包内的解药取出,而景和二话不说直接夺过解药将其浇在Jyamato之树下,终于被Jyamato之树吞噬的受害者们得以全数解放。
- 第47话
因为Kekera的愿望,除了景和以外的所有假面骑士都被变成了玩偶,而Kekera也出现袭击景和,而就在此时大智出现迎战Kekera但不敌,两人被Kekera掳走。在被监禁期间,大智向景和坦白因为自己从智慧果实中得到他人的记忆,理解了他人的幸福,因此对自己之前肆意践踏他人幸福的行为感到忏悔并希望赎罪,听到大智忏悔的景和原谅了大智。
Kekera绑架了三位平民意图威胁景和使其牺牲他人幸福许下愿望,但景和誓死不从并试图反击,气急败坏的Kekera放出Jyamato试图攻击平民,但大智出现控制了Jyamato救下了平民。
- 第48-49话
面对Suel发起的终末游戏,大智研发出了新型Jyamato,新的Jyamato不需要吞噬养分仅依靠光合作用即可存活。大智控制着Jyamato与温因一同抵抗未来人与伪骑士的攻击。
英寿成神并重置世界后,大智继续培育对人类无害的Jyamato,并在英寿的神龛前写下了“人类与Jyamato共存”的愿望。
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