火影忍者/劇情

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本條目以《火影忍者》漫畫版為準，不記載動畫原創劇情（除被列入正史的劇場版10《火影忍者劇場版 THE LAST》與11《火影忍者劇場版：慕留人》）。
關於續作漫畫《BORUTO》的劇情，詳見條目「BORUTO/劇情」。

以下內容含有劇透成分，可能影響觀賞作品興趣，請酌情閱讀

“

只要有樹葉飛舞的地方，就會有火在燃燒。火的影子照耀著村子，並且讓新的樹葉發芽。

”

本條目的內容，按照《火影忍者》的時間先後順序敘述，可以根據想看的部分在目錄進行跳轉。

• 【上古時期】到【同期畢業生】為原作正篇開始前發生的故事。（該部分涉及到的劇透內容較多，請謹慎選擇是否觀看）
• 【第七班結成】到【佐助奪還篇】為原作第一部分的故事，【三年間的事件】則是補充第一部時間點至第二部時間點之間發生的事件。
• 【鳴人歸鄉】到【鳴人與佐助】，以及【結局】為原作第二部分的故事，直至原作完結。
• 【最後的物語】和【新中忍考試】分別為劇場版10和劇場版11的劇情，與原作故事線有聯繫。
• 【七代目火影與緋色的花月】為原作漫畫追加的10話外傳漫畫，講述的原作結局和【新中忍考試】之間發生的故事。

上古時期

一切的開始

大筒木一族會在其他星球上種植神樹，日後再來採收果實，目的不明。

在地球，雖然人類從來沒有停止過戰爭，但從來不敢把戰火波及到「神樹」，因為它被作為神柱受到人們的崇拜。直到有一天，神樹上結出了一顆果實。

大筒木輝夜降臨

大筒木輝夜從遠方來到地球取神樹果實所有查克拉的根源。她吃下「查克拉之果」得到神之力，開出第三隻眼「輪迴寫輪眼」僅憑一人就平定了戰亂。她支配著整個世界，被世人稱為「卯之女神」。

大筒木輝夜平息亂世之後，用個人之力管束著世界。輝夜因為受到「大家的祝福」生下一對天生就有查克拉輝夜分的查克拉，輝夜堪稱是火影世界的創世之神的雙胞胎：長子大筒木羽衣和次子大筒木羽村。

• 大筒木羽衣：繼承了輝夜的仙人體和「輪迴眼」。
• 大筒木羽村：繼承了輝夜的「白眼」。

墮落女神

羽衣和羽村認為「查克拉集中於一人，並加以放大」是絕對不可以的，所以把查克拉分給世人；但輝夜認為查克拉不僅代表著力量也代表著權力，只能為自己所有。

於是發動「無限月讀」，不僅將世人帶入幻術之中，還直接把人類的肉體與神樹的根相連，利用活人的力量。因為人類的查克拉源於神樹，所以神樹差點結出新的果實。這些人類逐漸變化成為輝夜的士兵「白絕」。

輝夜遭到羽衣和羽村的反對，想要推翻母親的統治，但功力又不敵輝夜。這時居住在妙木山的「大蛤蟆仙人」出現，教會了羽衣仙術。

輝夜的魔爪伸到自己的兩個孩子，為了奪回全部的查克拉，輝夜與神樹融為一體，化身成「十尾」與自己的孩子戰鬥。羽衣和羽村發動「六道·地爆天星」製造出月亮並將十尾的本體軀殼「外道魔像」和輝夜封印在其中。但在被封印之前，輝夜用意志創造了「黑絕」，計畫透過黑絕讓自己復活。

羽衣將十尾的查克拉封印在自己體內，讓自己成為十尾「人柱力」。

六道仙人

羽衣和羽村平定亂事之後。羽村帶著大筒木一族去月球，看守「外道魔像」。羽衣則留在地球創立了忍宗，被世人尊稱為「忍者之神」「忍者始祖」「六道仙人」。

羽衣陽壽將盡，所以他打算將忍宗的力量和意志託付給長子因陀羅和次子阿修羅。

• 因陀羅：繼承強大的查克拉基因，出生以來就有強大的瞳力（寫輪眼）和戰鬥力。不管多麼艱難的事情他都可以靠自己來完成，認為只有力量才能將一切的事物化為可能認為實現和平需要力量。第一個利用查克拉來戰鬥的人類。
• 阿修羅：沒有繼承強大的查克拉基因，但是有強大的生命力和身體能量的仙人體（可以使用仙術）。他一個人什麼事都做不好，只有在自己的努力與他人的幫助下逐漸變強，才擁有與因陀羅匹敵的實力。認為想要和平離不開愛。

忍宗首領之爭

臨終前把體內的十尾抽出，因為十尾的查克拉過於龐大，所以羽衣用陰陽遁術將十尾的查克拉分成九隻被賦予名字的尾獸，分散到各地。

人柱力大都會被全村人歧視，沒什麼人緣。因為一般人認為人柱力是怪物，而且情緒不穩定。人柱力只要受到刺激就有可能化身成為尾獸，再度讓村子陷入危機。

• 一尾：守鶴
• 二尾：又旅
• 三尾：磯撫
• 四尾：孫悟空
• 五尾：穆王
• 六尾：犀犬
• 七尾：重明
• 八尾：牛鬼
• 九尾：九喇嘛（認為尾獸的實力是按尾巴數量排名的，所以守鶴和九喇嘛的關係最不合）

羽衣還在一塊石碑上（就是後來在木葉南賀神社的地下室的石碑），記載生前的歷史，內容必須按照「寫輪眼 - 萬花筒寫輪眼 - 輪迴眼」的順敘閱讀。後來黑絕把一些內容修改成：神樹因被奪取查克拉而暴走。

羽衣還留下了六道忍具：幌金繩、七星劍、紅葫蘆、芭蕉扇、琥珀淨瓶。

抽出尾獸處於瀕死狀態的羽衣在阿修羅的生存方式上面，看到了和平的可能性。羽衣認為與同伴間的相互信任與協助，才是真正的力量之源。因此，羽衣欽定阿修羅為忍宗的繼承者，讓他引領世人，並且希望因陀羅能夠輔佐弟弟。

但是因陀羅拒絕這樣的安排，在黑絕的挑唆下與弟弟阿修羅進行了漫長的決戰。因陀羅宣誓自己的靈魂永遠都不會消滅，一直都不會承認阿修羅，導致自己的後裔宇智波一族與千手一族的持續戰亂。

因陀羅和阿修羅死亡，身體都被摧毀了，但他們的查克拉並沒有消失，而是成為沒有前世記憶的轉世者靈魂是獨立的，只是有其查克拉。

• 

  大筒木輝夜
• 

  羽衣和羽村

家族戰爭

• 宇智波一族：因陀羅的後裔。擁有瞳術「寫輪眼」。
• 千手一族：阿修羅的後裔。擁有強大的生命力和身體能量。
• 漩渦一族：阿修羅的後裔，千手一族的遠房血親。擅長使用封印術，生命力頑強和超龐大的查克拉量。
• 金銀兄弟的家族：據說是羽衣的後裔，可以輕鬆使用原本需要龐大查克拉才能使用的六道仙人寶具。雲隱曾經一度想要捕捉九尾，結果金銀兄弟被九尾吞噬。受困期間他們吃下九尾的查克拉肉，擁有了九尾查克拉，甚至有九尾化的能力。後來雲隱有人仿效他們吃下八尾的觸角，結果非但沒有成為人柱力，反而直接死了。
• 從地球移居到月球的大筒木一族：羽村的後裔，繼承「轉生眼」。羽村死後，他的子孫因為對先祖的遺言解釋不同，而分為兩派。分家為獲取轉生眼滅亡了宗家。大筒木舍人就是分家最後的後代。
• 日向一族：羽村的後裔，繼承「白眼」。它們分宗家和分家，宗家世世代代繼承著血繼限界白眼，為了能很好的維持住白眼，分家需捨命維護宗家，並且分家從小頭上就要被施以咒印。
• 輝夜一族（又譯：竹取一族）：擁有操縱骨頭能力血繼限界的能力「屍骨脈」。原作沒有明說是誰的後裔，但根據其造型和忍術特點，以及公式書《陣之書》的內容（《陣之書》中【殘留在各地，大筒木輝夜片鱗半爪】的專欄中，提到了君麻呂的外貌特徵和使用骨頭戰鬥，暗示了輝夜一族與輝夜的關係），一般被認為是大筒木輝夜後裔的一支。

各個忍者族群僅僅受僱於人，沒有固定的組織、國家。當時的忍者為了存活，甚至連姓氏都不能隨便透露。忍者和平民的平均壽命只有30歲左右，因為連小孩子也要上戰場拼命。

千手一族與宇智波一族打了上百年，直到族中出現因陀羅和阿修羅的轉世者。

• 宇智波斑：因陀羅轉世者。有四個兄弟戰死。
• 千手柱間：阿修羅轉世者。有兩個兄弟戰死。

共同的理想

宇智波斑與千手柱間偶然相遇。兩個並未透露出自己姓氏的少年，通過一次簡單的對話，了解到雙方都有同樣的理想：和平。但是雙方對「和平」有不同的理解，他們經常站在河的對岸，通過打水漂的方式交換著自己的想法。

• 宇智波斑認為要有實力才能達成「和平」：需要堅持自己的意志和足夠的力量，否則一切都行不通。因此，兩人開始每日互相切磋技藝。
• 千手柱間認為用博愛來引導世界，達成「和平」：用簽署協議和設立同盟的方法來結束戰爭。因此，提出要建立一個村落來保護孩子們，並建立一個學校讓孩子們訓練、完成任務、設定等級，從而讓孩子們遠離戰爭，斑覺得這樣可以更好的保護自己的弟弟。

他們的羈絆隨著時間的流逝不斷加深。這一情況終究被雙方的父親發現，要求他們從對方身上獲取族群的情報；但兩人都不願意執行這樣的任務，各自在石頭刻上字，隔著河互打水漂暗示撤離。

但是埋伏在一旁的宇智波田島、千手佛間、宇智波泉奈、千手扉間不肯罷手，在幾乎同一時間向對手發起了進攻。

斑與柱間不得不走向對立面，斑也因為斬斷和柱間的羈絆，雙眼開啟了單勾玉寫輪眼。

從那以後，兩人日復一日年復一年不停地在戰鬥，後來都成為各自族群的首領。泉奈和扉間也各自輔佐著自己的哥哥。

在一次戰鬥中，扉間用飛雷神斬重傷了泉奈。隨後泉奈把雙眼獻給了哥哥，讓斑繼承自己的力量守護宇智波，不久之後便不治身亡，而斑也因此意外地開啟了永恆的萬花筒寫輪眼。

建立木葉與世界和平

後來，宇智波一族不敵千手一族，千手柱間提出兩大族群就此停手，共同建立隱村（又譯「忍者村」）以換取和平的想法，但身負仇恨的斑卻始終不肯停戰。宇智波斑要求要麼千手柱間自殺，要麼殺死千手扉間，才能相信他們。

千手柱間毅然選擇自殺，並告誡其弟要以維護和平為大任。斑被柱間感動，阻止了柱間。

兩大族群終於簽訂了協議，一起創立「木葉隱村」，隸屬於「火之國」。千手柱間因受到廣泛的支持，擔任了木葉隱村的初代火影。

這一聯手形成的忍族聯合體系受到了世人的高度評價，各國的忍者族群紛紛效仿這種一國一村的平等模式，組建各自的忍者組織，隨之戰爭也逐漸平息，忍界一度恢復了和平。斑和柱間終於完成了曾經的夢想。

• 

  千手柱間
• 

  宇智波斑
• 

  千手扉間

五國共治忍界

五大隱村

忍者和隱村（又譯「忍者村」）是一個國家軍事力量的象徵。隱村是忍者聚集的地方，有忍術學院和類似部隊編制的忍者，接受各種委託任務，類似僱傭兵的性質。

隱村在國家中有很高的地位，甚至和政府對等。而五個最有力量的隱村：木葉隱村、霧隱村、雲隱村、砂隱村、岩隱村分屬的國家被稱為「忍者五大國」。他們的頭領可以被稱為「影」，是眾多忍者中的最高等級。

渦之國公主漩渦水戶嫁予千手柱間為妻。

為解決討論尾獸分配問題，柱間邀請各國四影參與史上前所未有的「第一次五影大會」，期間由弟弟扉間擔任柱間的護衛。柱間眼見和平有望因激動在會談上姿態放得太低，甚至提出免費分配尾獸；但後來還是聽從弟弟扉間以金錢換尾獸的提議，將九個尾獸平均分配給五大國。

因此，使五影締結了忍界第一份和平協議，在這片土地上第一次實現了全面和平。

被篡改的六道仙人箴言

斑認為千手柱間死後，其弟千手扉間一定定會繼承火影大位，宇智波一族遲早是兔死狗烹的下場。

有一天，宇智波斑在南賀神社密室里，用永恆萬花筒寫輪眼的瞳力解讀出宇智波石碑上六道仙人留下的箴言，其內容令斑為之震驚：只有「無限月讀」才是拯救宇智波一族的真正出路。

長久的戰爭，使宇智波族人對戰爭產生了厭惡，對力量產生了畏懼。因此，崇尚力量的斑沒有得到木葉的人認同，甚至不被自己守護的宇智波族人信任和支持。

雖然千手柱間對宇智波斑百般挽留，決定讓宇智波斑做二代火影，但斑堅持離開木葉獨自修行，尋求出路。

土之國岩隱村曾派遣無（後成為二代土影）和大野木（後成為三代土影）前去與木葉商議同盟一事，但卻遭到了斑的阻攔，無和大野木也被斑打傷。

某日，作為瀧隱村中精英的角都，接受了高層派下來的任務，任務內容是暗殺初代火影。角都到了木葉後便跟初代火影戰鬥，沒想到卻敗於初代火影千手柱間的木遁秘術之下，曾遭到喪命危機，但最終總算返回村子，回去之後等待他的卻是任務失敗的罪名和重罰。於是角都便懷著非常強烈的仇恨逃獄，並拿走了被村子視為珍寶的秘術，取走村子當中所有高層人士的心臟，那個禁術就是角都所用的地怨虞。

宿命之戰

若干年後，斑突然回來企圖摧毀自己曾經與柱間一起建立的村子，柱間為了保護村子挺身而出與斑展開激烈的對戰。斑利用寫輪眼操縱九尾與千手柱間決鬥，而千手柱間則以仙人模式下的木遁忍術與之應戰。

這場驚天動地的戰鬥後來被刻印在世人的記憶中，夜以繼日的戰鬥改變了戰場的地形。最後柱間終於將斑擊敗，並殺死曾經的朋友，暫時守護木葉的和平，這個大峽谷在後來都被世人稱為終結之谷。

木葉為了紀念此次大戰為二人建造了聳立在終結之谷兩岸的雕像。

柱間得到了控制的力量。漩渦水戶為了更好的幫助他，把九尾封印在自己的體內，成第一任九尾人柱力。

斑的陰謀

終結之戰後，宇智波斑並不是世人所想的那樣死去，而是存活了下來。他在死前將瞳術「伊邪那岐」封印入自己的右眼，由於萬花筒寫輪眼的特性，這一瞳術在經過了若干時間之後才自動啟動，改寫了斑被柱間所殺的現實，斑也因此死裡逃生。

他在之前與柱間一戰時咬下了柱間的一塊肉，後來他將肉吐了出來，並移植於傷口處，從而順利獲得了柱間的細胞。

時間流逝，直到將死的時候才意外開啟了輪迴眼。目睹了宇智波一族的石碑記錄的最後內容，於是一場針對整個世界的陰謀就這樣拉開了帷幕。

在備戰期，斑通靈出「外道魔像」和白絕。利用白絕收集情報。

第一次忍界大戰

兄長柱間逝去不久，其弟扉間繼而成為新任火影。為解決外憂內患，設立直屬火影的「暗部」鞏固領導核心的權威。因為宇智波一族逐漸顯露出對於千手獨霸木葉的不滿，企圖瓦解千手一族獨霸木葉的局面。扉間為了避免禍起蕭牆、同時又不能對宇智波趕盡殺絕，便成立「木葉警務部隊」，主要職務均由宇智波族人擔任（既是表達對宇智波的信任，同時也可以觀測宇智波的一舉一動）。自此之後，宇智波族在木葉的名望、權力達到頂峰。為了保障意志的傳承，扉間還建立了「木葉隱學校」。扉間的以上做法也被其他各國各村爭相效仿，對忍界產生了深遠的影響。

在雷影與火影的結盟儀式上，有著六道忍具的力量和九尾查克拉的金角銀角突然掀起政變，集結部隊謀殺雷影和火影。扉間帶領部下猿飛日斬、水戶門炎、轉寢小春、志村團藏、秋道取風、宇智波鏡突出重圍，金角銀角乘勝追擊，隊員們商量需要讓其中一個人擔當誘餌來引誘敵軍，以保證其他隊友能夠有時間順利逃脫。扉間為選擇正確的繼承人而暗中考驗著部下。團藏雖然抱持著想要自告奮勇擔當誘餌的心念，但在關鍵時刻卻因膽怯而沒有說出。此時日斬挺身而出，提出讓自己擔當誘餌，但二代火影為了木葉隱村的未來而決定親自擔當誘餌，臨行前對日斬的行為表示讚許，並授命日斬成為下一代的火影團藏腸子都悔青了。金銀兄弟從此因弒殺雷影與火影的罪名而成為忍界的重罪犯。

時期相近，二代土影無與二代水影鬼燈幻月也在一場戰爭中同歸於盡。無死後，其弟子大野木繼承了土影的名號。

在二代風影時代開始，沙門致力於尾獸軍事化的研究，他將自古封印在砂隱村寺院裡的一尾封印到剛出生的分福身體裡當做兵器使用。從那以後，因為人柱力的身份，分福就一直被監禁著，直到老去。作為守鶴的人柱力，他是第一個得到了守鶴認可的人類，告訴守鶴遲早會有人能打開他的心。

休戰時期

水戶門炎、轉寢小春成為木葉的高層顧問，宇智波鏡25歲時英年早逝，原因不明（後代為宇智波止水）。

猿飛日斬提出的方案大多納入忍術學校的課程中，並努力擴建忍者學校及完善教育體制。

團藏以暗部培訓部的名義成立屬於自己的獨立組織「根」，並以首領的身份在暗處活躍著。暗中進行著各種無法擺上檯面的行動，以這種姿態支持著木葉的發展，身為鷹派代表人物的他一直有爭奪火影之位的想法。曾將有才能的孤兒兜用為間諜派往各國，之後又認為兜知道太多秘密，而策劃他與孤兒院的院長野乃宇自相殘殺。

在山椒魚半藏出生的村子，有一隻劇毒的黑山椒魚，山椒魚死後，毒囊就被植入了幼年的半藏體內，因此半藏對毒也有了抗性。每當他呼吸時，周圍的人就會吸入毒氣，因此，周圍的人都對幼年的半藏心存畏懼。為了不影響他人，半藏被迫戴上了面罩，並改用嘴呼吸。

武士之國·鐵之國的大將三船為了掩護同伴撤離而與雨隱村的首領半藏交手，被半藏的鎖鏈鐮刀二段攻擊擊敗，三船的刀被擊破，頭上也留下了傷痕。可是在與半藏交談的過程中半藏卻了解了三船的「信念」，半藏說：「人結束的時候並不是要死的時候，而是信念喪失殆盡的時候。」而三船正有這個信念，所以半藏認可了沒有選擇逃走而留下奮戰的三船，並給了三船解毒藥。之後三船開始臥薪嘗膽，貫徹自己的信念修行。

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  猿飛日斬
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  志村團藏

三忍登場

• 自來也：自幼拜三代火影為師。衝動無謀，天資平平，所以有時三代對他也十分頭痛。綁在木柱上對三代說自己會「透遁」，沒有女人會發現自己在偷看，並邀請三代一起（三代同意了）但自來也另闢蹊徑，在陰差陽錯地穿越到妙木山後，自來也拜見了大蛤蟆仙人，從此開始在妙木山修行，通過自己堅持不懈的努力，自來也學會了一系列極強的忍術，其中包括仙術。
• 大蛇丸：自幼父母雙亡，六歲畢業於忍者學校後，成為猿飛日斬班的成員。他被猿飛日斬評為「才華洋溢的少年，數十年才出現一個的天才」。因為看到了父母及同伴一個個的死亡，本身善良的大蛇丸感覺受到了生命的脆弱，感覺到人生的短暫，而大蛇丸本身熱愛研究忍術，所以便開始研究不老不死之術以及復活亡者的術。
• 綱手：初代火影千手柱間的孫女。在老師猿飛日斬安排的生存測試中，跟大蛇丸一起取得了老師手中的兩個鈴鐺。她有一個疼愛的弟弟繩樹，繩樹的志願是當上火影。綱手為了鼓勵他，特別在他生日之時，把家傳的屬於初代火影的項鍊送給繩樹。

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  綱手
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  自來也

第二次忍界大戰

戰後約20年，國家間的經濟差距加大，以加大公平的特權為由，各國的武鬥派勢力抬頭。推行以武力來擴大領土，第二次忍界大戰開始。雨隱村淪為五大國主戰場，戰亂不斷。

自來也和大蛇丸、綱手共同執行任務，形成了深厚的友誼。

在日後去雨隱村之前自來也和綱手說盡了心中事，他臨行前本欲向綱手錶白死亡flag：「在我回來之後……」但是他還是把這話咽回了肚子裡，並哈哈大笑，說自己是在開玩笑。

斑為了實現自己的計畫，將輪迴眼移植於擁有仙人之體的漩渦一族後裔年幼的長門身上，希望能有朝一日能以「輪迴天生之術」將自己復活。

戰爭孤兒

在作為主戰場的雨隱村，兩名木葉忍者闖入長門家裡。誤以為長門的父母為敵方的忍者遂將其父母殺死。受驚的長門無意識地使用輪迴眼將入侵者擊斃。失去了雙親的長門從此過著流浪的日子，後來暈倒在路上被經過的小南救起，並把長門帶到了一個基地里結識了彌彥，同為戰爭孤兒的三人決定相依為命。

一天三人走在路上險些被天上落下綁有引爆符的苦無擊中，隨後三人發現在不遠處雨隱村的首領半藏正與三位年輕的木葉忍者（後來的木葉三忍）交戰。雖然自來也、大蛇丸和綱手戰敗但仍堅持到最後，半藏非常賞識他們，稱他們為「木葉三忍」。

回去之後，長門、彌彥和小南為了得到力量使自己變強，能改變這個常期戰亂不斷的國家，決定跟之前與半藏交戰的三位木葉忍者學習忍術。於是三人一起開始踏上了尋找木葉三忍的旅途。

三人終於邂逅了木葉三忍，後來自來也決定留下照顧戰後孤兒，權當作對這個飽受戰火的國家的補償，在某日發現長門擁有傳說中的瞳術「輪迴眼」後，決定教導三人忍術，並引導長門控制這股力量，在了解長門保護同伴的心願後，自來也認為長門就是能為世界帶來和平的救世主「預言之子」。三年後，自來也看到三個孩子可以獨立了，把和平的重任託付給了長門就離開了他們。

其他事件

綱手的弟弟繩樹誤入陷阱被起爆符炸死，屍體被發現時內臟被掏空。

千代以卓越的醫療忍術、傀儡術、體術讓其他國忍者震撼，但制的毒都被綱手破解。後來蠍的父母被木葉白牙旗木朔茂所殺，千代為了轉移孫子蠍失去雙親的痛苦和悲傷，將傀儡術傳授給了蠍。幼小的蠍曾做出和父母般傀儡來擁抱自己，而「父」與「母」的傀儡就是他所做的第一對傀儡，後來蠍成為了砂隱村赫赫有名的天才傀儡造型師，並在這個過程中逐漸意識到傀儡的極限，為今後製作人傀儡、改造身體埋下伏筆。

在某次上忍會議上，綱手建議在任務小隊中編入醫療忍者，並提出建立醫療忍者的培養機制。這一提案雖然沒有當場通過，卻得到了加藤斷的支持。她認識了自己的初戀加藤斷。

上前線的前一天，斷告訴綱手自己的願望是成為在火影，綱手將祖傳的項鍊送給斷。不料戰爭中斷身受重傷，即使是三忍之一的綱手也無力回天，最終身亡。綱手因此患上了恐血症，偏激地認為只有笨蛋才會想去當火影。他的侄女靜音後來成為綱手的弟子。

在執行某個極密任務中，作為隊長潛入敵方陣地的旗木朔茂，被迫做出進退兩難的決定：執行任務還是救同伴。根據規定，嚴禁放棄任務，而他卻為了救同伴的命而終止了任務，村裡的同伴因村子遭受損失而怪罪於他，甚至連他救出的同伴都開始中傷他。旗木朔茂身心每況愈下，最終不得不自我了結。因為他的死亡令年幼的卡卡西變得嚴守規則，以任務優先。

玖辛奈不幸目睹了渦之國的滅亡，可以說玖辛奈也是一名戰爭孤兒，所以她很清楚失去國家與家庭的痛苦，並渴望和平、安定的生活。

三忍的選擇

第二次忍界大戰結束的若干年後，綱手沒有再留在木葉，而是帶著斷的侄女靜音四處漂泊，也把一身的醫療忍術傳授給靜音。她不斷以賭博打發時間，除非有不如意之事發生而使她勝出，否則她每次都會大輸一場，被賭界視為「傳說中的大肥羊」。

大蛇丸則留在木葉，並與團藏達成了合作關係，暗地裡進行著各種禁忌實驗。自來也則會時不時的外出遊歷，尋找傳說中的「預言之子」。

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  長門
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  小南
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  彌彥
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  初始的「曉」組織
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  六道佩恩
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  波風水門

波風水門與玖辛奈

自來也在木葉培養了自己的學生波風水門。後來大蛇丸背叛並離開村落，自來也曾阻止而未成功；但他一直期盼大蛇丸能回頭是岸，所以離開木葉隱村，進行了長年對大蛇丸的追蹤。

自來也以自己的書作《親熱天堂》系列搜材作藉口而四處偷窺。但他寫書及年輕時四處遊歷的原因，是因為在妙木山修行時大蛤蟆仙人的預言，要他了解世界萬象及成為智者。

在水戶天命將至時，木葉方面發現玖辛奈擁有能壓制尾獸的查克拉，所以被帶到木葉成為第二任九尾人柱力。

玖辛奈明明不願意，卻又不得不接受這個殘酷的現實。在玖辛奈最無助的時候，水戶微笑地開導她，最終她們被帶來此地，成為九尾的容器。因為人柱力的更替只有木葉的領導層知曉（三忍都不知道），所以玖辛奈在木葉沒有遭到村民的集體歧視與排斥。

當玖辛奈初到忍者學校與同學們見面的時候，她遇到了水門。在她看來，他是一個既無法讓人信賴，又很女性的人。當同學們問起玖辛奈將來的夢想時，她不想被人看扁，並想給同學們留下深刻印象，便吼出「我要成為第一位女火影！」宣言。而水門發言時，則希望村子所有人能夠認同他，並成為一個偉大的火影。

於是男生們紛紛開始捉弄玖辛奈，本來玖辛奈自己也忍了，但男生們依然不依不饒，氣得她有一次尾隨這些男生然後把他們一個個都揍成了西紅柿，得到「血紅辣椒」的稱號。

雷之國雲隱村覬覦玖辛奈的查克拉，所以從忍者學校畢業後便將她綁架。她一路上趁押送的雲忍不注意，不時偷偷拔下自己的頭髮扔在路上做標記。木葉方面立即派出了追兵尋找，但一無所獲。在當臨近國境線，她開始絕望的時候，只有水門一人發現了標記並順著標記追來。

水門抱著玖辛奈，微笑地看著她，誇獎她的頭髮很漂亮。原來水門一開始就很喜歡玖辛奈的紅頭髮，所以對其印象非常深刻，也正因為如此他才能順利地找到玖辛奈。玖辛奈原本最討厭的紅頭髮最後成為了她命運中的因緣紅線，帶領她找到了自己的靈魂伴侶，並將二人牢牢地綁在了一起。從此玖辛奈開始喜歡上自己的紅頭髮，更重要的是她愛上了水門。

某次木葉與岩隱村的交戰中，自來也與水門所在的小隊遭遇了岩隱村的兩位人柱力——老紫和漢的襲擊，面對強大的尾獸之力自來也不得不下令撤退，也給水門留下了深刻的印象。他以尾獸們使用的尾獸玉為靈感，開始與自來也一起開發能與之對抗的新忍術，也是為了讓身為九尾人柱力的玖辛奈能夠掌握這種術來利用自身的查克拉進行戰鬥。由於戰爭年代，人柱力不知何時可能就會被派上戰場，所以水門希望自己的新忍術能夠保護玖辛奈，後來玖辛奈為這個忍術起名為「螺旋丸」。

鬼人誕生

時間為第四次忍界大戰22年前，霧隱村有個讓其他村子感到恐怖的惡習，那就是忍者學校的畢業考試，內容是讓所有考生互相殘殺，考試結束活下來的人即可成為忍者（五代水影照美冥也經歷過這個考試），但直到有一年，因為一個學生將參加考試的所有學生全部殺死了，這個制度才做出變更，那個人正是後來被稱為霧隱「鬼人」的桃地再不斬。

第三次忍界大戰

十多年前，忍者五大國的統治開始動搖。各國國境附近的小國與忍者村捲入的紛爭持續不斷。

人物事件

• 邁特·戴：邁特·凱的父親，不會使用忍術和幻術，被稱為萬年下忍，但靠著不懈努力掌握了禁術「八門遁甲之陣」並授予邁特·凱。在一次任務中，年少的邁特·凱、不知火弦間、惠比壽被當時的忍刀七人眾所包圍，邁特·戴前來救援，開啟死門壯烈犧牲。
• 艾與奇拉比：當時還未成為雷影的艾與八尾人柱力奇拉比組成的AB組合，在第三次忍界大戰中曾與木葉上忍波風水門交戰，在戰鬥中水門對奇拉比的實力大加讚賞，並且看穿了比所擁有的「珍貴之物」，以此對艾進行開導，但艾並沒有理解水門所說之話的含義，戰鬥以雙方平手結束。
• 三代雷影：在戰爭中為了讓同伴脫身，以一己之力對抗岩隱村的萬名忍者，奮戰三天三夜，最終力竭而亡。

神無毗橋之戰 少年們的戰場

第三次忍界大戰期間，就在各國的國境發生衝突的時候，岩隱村的大軍突破草隱村，抵達火之國的國境附近，木葉村也派出精銳部隊迎擊，但還是遭到有人數優勢的岩隱村猛攻。而為了阻擋岩隱村的攻勢，木葉高層派遣波風水門所在的班級去破壞岩隱村重要的補給路線「神無毗橋」。

在波風水門領導的小隊水門班中，宇智波帶土、旗木卡卡西、野原琳是隊員，帶土暗戀著琳，而琳對卡卡西有仰慕之情。旗木卡卡西被譽為天才忍者，出身名門的帶土卻資質平平，因性格使然，冷靜理智的卡卡西和熱血衝動的帶土經常鬥嘴。但內心中，兩人卻有著割不斷的羈絆與深厚的友情。

• 波風水門：精通時空間忍術的天才上忍，在忍界有著「黃色閃光」的稱號，實力強大，在第三次忍界大戰中岩隱村的上級曾如此告誡過部下們：「如果遇到木葉的黃色閃光就要趕快逃走」。
• 旗木卡卡西：年少有為的天才忍者，年紀輕輕就已經是上忍。人稱「木葉白牙」的旗木朔茂的兒子，親眼目睹為了其父含恨而終，而也是從此後，卡卡西變得冷漠，並且堅持認為，身為忍者要遵守規則，不能被感情所牽絆，有時候為了完成任務，同伴的犧牲也無法避免。
• 宇智波帶土：被稱為宇智波一族的吊車尾。總是戴著護目鏡，平常喜歡幫助村裡的老人所以經常會因此遲到，雖然比較膽小和魯莽，但個性熱血、開朗、善良、重感情，對同伴很重視。
• 野原琳：性格溫和、細心、善良的女忍者，小隊裡的醫療忍者。出身普通，帶土的暗戀對象，雖然如同齡的小女生一般仰慕著帥氣優秀的卡卡西，同時也非常重視吊車尾的帶土，也是團隊裡的潤滑劑。

然而在初戰卡卡西和帶土就鬧的相當不快，水門向眾人強調團隊合作的重要性。當晚帶土找到水門談心，並從水門那裡了解到了關於卡卡西的父親旗木朔茂的事情，他認為當年中斷任務毅然決然拯救夥伴的旗木朔茂做了正確的選擇，只有重視夥伴才是真正的忍者。

任務過程中水門由於要去支援其他戰場而與卡卡西等人分開，之後琳被岩忍火光萬惡之源和大石擄去，帶土要求卡卡西一同放棄任務，先救夥伴。卡卡西毅然決定先執行任務，後解救琳，並且還說感情這種東西只是執行任務的絆腳石。而波風水門及時趕到了正面戰場，協助陷入劣勢的木葉方，以一己之力扭轉了戰局。

面對卡卡西的這種冷漠，帶土非常氣憤但又無可奈何，決定違背命令和卡卡西分道揚鑣，臨走前他對卡卡西說：「我認為木葉白牙才是真正的英雄！」、「違反忍者規定的人，我們稱之為廢物。可是，不懂得重視同伴的人，連廢物都不如！」，帶土的一席話使得卡卡西回想起自己的父親，也頓悟了同伴的重要。

而帶土在前往敵陣時一時疏忽發出了聲響被敵方發現，大石前來向帶土發起攻擊，關鍵時刻卡卡西返回支援帶土，並為救帶土而傷到左眼，帶土因此開啟了寫輪眼將大石擊殺。隨後兩人聯手擊敗了火光，在他們成功救回琳返回的過程中帶土為了救卡卡西而被火光的土遁引起的洞穴坍塌的巨石砸中，受到瀕死重傷，眾人無力推開巨石。臨終前帶土讓小琳用醫療術將自己的左邊完好的寫輪眼，連眼軸一起移植到卡卡西受傷的左眼處，作為送給卡卡西晉升上忍的「禮物」，並對卡卡西說：他希望自己能成為卡卡西的左眼，幫助他看清未來。

隨後帶土被坍塌的巨石掩埋，獲得了寫輪眼的卡卡西奮力與火光和趕來的岩忍交戰，琳也從卡卡西口中得知了帶土對自己的感情。後來波風水門趕來，救下了卡卡西和琳，但帶土卻下落不明。卡卡西每每遲到幾個小時的理由也是因為去慰靈碑前看望帶土

身處於地獄

而被壓在石頭下的帶土並未死亡，因為帶土正好處於宇智波斑挖的隧道附近，所以被斑用柱間細胞為他填補了被壓毀的右半邊身體。斑在救治帶土的同時，在帶土心臟內留下了符咒。接下來的一段時間，帶土一直進行艱苦的康復訓練，終於將新身體運用自如。雖然無法離開地下，但帶土從來沒有放棄回到木葉的願望。

一日，帶土從白絕處得知琳和卡卡西遭遇霧忍襲擊，有生命危險，便決定前去救援，在一隻漩渦臉白絕的幫助下終於得以離開，斑並未阻攔，並認為帶土一定會回到這裡來。抵達目的地時，帶土卻親眼目睹了卡卡西用雷切了貫穿琳的胸膛。在震驚和悲傷之下，二人的寫輪眼同時開啟萬花筒寫輪眼，隨後卡卡西昏迷過去。悲憤中的帶土隨即大開殺戒，並領悟木遁，將在場霧隱暗部屠殺殆盡。

但其實一切都是斑安排的。琳被斑在心臟上設下符咒而無法自我了斷，又被做成用於襲擊木葉的三尾人柱力，因此為了不讓三尾回到木葉暴走而自己沖向卡卡西的雷切。斑的目的是讓帶土親眼看見同伴互相殘殺從而走向黑暗為其利用。

帶土回到斑身邊，認可了斑的思想。斑也將「月之眼計畫」告知帶土：利用十尾的查克拉對整個世界發動巨型幻術無限月讀，控制全人類，創造一個沒有戰爭、永遠和平的理想社會，琳也會因此復活。

斑將陰陽遁、六道之術等傳授給帶土，還將自己的意志注入白絕形成「黑絕」來輔助帶土但黑絕並非斑的意志產物，而是大筒木輝夜的意志產物，並讓帶土繼承斑之名號，隨即脫離外道魔像，衰竭而死，而帶土也戴上了用作偽裝的面具（後文部分內容以「面具男」代稱），開始以「阿飛」和「宇智波斑」這兩個虛假身份開始在忍界行動。

第三次忍界大戰的戰後影響

• 宇智波帶土下落不明，被木葉方面認定為戰死，其名字被雕刻在祭奠犧牲忍者的慰靈碑上。獲得帶土寫輪眼的卡卡西則以「寫輪眼卡卡西」之名威震忍界，屢建奇功。
• 宇智波一族現任族長宇智波富岳的長子——時年4歲的宇智波鼬在戰場上見識到戰爭的慘烈，為今後的精神成長埋下伏筆。
• 三代雷影戰死後，艾成為四代雷影，為了保護奇拉比而對其下達禁足令，不允許比離開村子。
• 波風水門在第三次忍界大戰中為木葉立下顯赫功勞，是其日後當選四代火影的契機。

迷失自我的孤兒

藥師兜是一名父母、出身不明的戰亂孤兒，被前「根」組織成員，在第三次忍界大戰後，被就任木葉孤兒院院長的藥師野乃宇收養。藥師野乃宇為兜起了名字，並將自己的眼鏡送給了兜，對於兜來說，藥師野乃宇就像是自己的母親一樣重要的存在。之後學會了醫療忍術的兜在為木葉忍者療傷時其才能被大蛇丸和團藏看中，團藏向藥師野乃宇要挾，需要一名孩童來執行偵察岩隱忍者的長期任務，兜為了孤兒院，挺身而出被團藏納入麾下，作為木葉的間諜長年遊歷各國偽裝成他國忍者搜集情報。與此同時，團藏通過虛假的照片讓通過照片確認兜的安危的野乃宇對兜的容貌認知產生了錯誤，而團藏也為了除掉掌握了大量情報和兜和野乃宇，若干年後告知野乃宇潛入岩隱殺死某個人就答應解放兜，那個目標正是真正的兜，兜在遭到攻擊後反擊重傷了野乃宇，發現偷襲自己的人是野乃宇後趕緊為她治療，但野乃宇卻認不出兜了，最後因傷重而亡。在大蛇丸告知了兜一切真相後，兜對於自己是誰這點再次陷入迷茫，為了了解自己究竟是誰，兜加入了大蛇丸麾下，成為了大蛇丸的心腹，繼續以間諜的身份遊走忍界收集情報。

倖存的實驗體

為了有控制住九尾的手段，木葉方面曾經開展過對於柱間細胞的研究，而參與的移植者卻均無法承受柱間細胞而死，猿飛日斬不得不中止這項實驗。而團藏和大蛇丸卻暗中繼續著實驗，從火之國抓來許多幼兒作為實驗體，但其中有一名孤兒倖存了下來並掌握了木遁之力，年少的他心中被黑暗籠罩，成為了團藏所建立的「根」組織的一員，代號為「甲」，在遇到卡卡西後他逐漸擺脫了心中的黑暗，脫離了「根」，第三代火影為他賦予了「大和」這個名字。

三代風影之死

赤砂之蠍為了製作最強的人傀儡而暗殺了被譽為歷代風影里最強的三代風影，成為叛忍，砂隱村內部無人知曉三代風影的行蹤。

曉組織

長大後的彌彥、小南和長門三人以彌彥為首創立了組織「曉」，立志不靠極端武力來創造世界和平。之後有許多人加入了這個組織，組織逐漸壯大並聲名鵲起。面具男以「宇智波斑」的身份現身，試圖勸服並拉攏長門，被長門拒絕。

雨隱村的首領半藏受到志村團藏的蠱惑，害怕「曉」的擴大會威脅到自己的統治地位。因此，半藏以「和平提案」騙「曉」進入他們圈套。

半藏以事先擒獲的小南的性命作要挾讓長門殺了彌彥，彌彥為了救小南讓長門殺了自己。在不知如何抉擇之時，彌彥主動撞到了長門的苦無上，倒在了長門身旁。就當半藏要將他們全部殲滅的時候，長門擋住了半藏的手下的所有攻擊，然後救下小南，雙腿中了半藏的火遁。眼見遭受欺騙，摯友又死於眼前，在極度憤怒之下使用輪迴眼召喚出外道魔像，震驚了全場所有人。木葉的暗部和半藏的手下都被外道魔像抽取靈魂，半藏、團藏發現他居然擁有傳說中的輪迴眼後落荒而逃。

彌彥死後，失去了重要之人的長門認為自己之前找到的「和平」的答案根本不值一提，他決定採取更加極端的做法，與面具男達成合作關係，計畫收集尾獸製造尾獸兵器，以力量達成「和平」，成為了曉的明面首領，並使用輪迴眼制出了屍體傀儡佩恩六道，彌彥的遺體被長門製作成為佩恩六道之中的「天道」佩恩，用來統率曉組織。在佩恩房內還有五具「曉」成員的身軀。自此曉組織變成了叛忍組織。

多年後，半藏被長門操縱下的佩恩六道所殺，從此長門支配了雨隱村。

曉組織的目的定為，收集9隻尾獸，製造尾獸兵器。

• 第一步：聚集大量金錢，為日後做準備。
• 第二步：建立一個不屬於任何國家的僱傭兵組織，挑起一些小戰爭，先以低廉的價格壟斷小國的戰爭委託，加大戰爭規模，接著打破大國忍者體系（摧毀經濟），壟斷所有戰爭。
• 第三步：征服世界。

日斬將火影的座位交給其徒孫四代火影（此為大蛇丸叛逃木葉的原因之一）。之後的某日，大蛇丸因研究禁術，抓走村裡的忍者和平民進行人體實驗的事情敗露而叛逃木葉，自來也曾想追回大蛇丸，但卻沒能如願。後來大蛇丸加入了曉組織。

九尾之亂

九尾人柱力漩渦玖辛奈即將進入分娩期，木葉高層相當重視。因為女性人柱力在懷孕期間，封印抑制尾獸的能量都去用來孕育胎兒，會導致封印成比例地減弱，之前水戶分娩的時候封印就差點解開。日斬提議將產房設置在村外，並由嚴密的結界和眾多直屬火影管轄的暗部高手保護。

面具男瞄準這個封印減弱的機會潛入木葉。

日斬之妻猿飛琵琶湖與另一位暗部女忍田路擔任接生婆，同時水門也會在旁邊陪同保護玖辛奈並保住封印不被解開。一切準備就緒後，玖辛奈與琵琶湖開始前往村外，途中遇到好友宇智波美琴，與其聊天，得知美琴懷中所抱的嬰兒正是已出生兩個多月的宇智波佐助。玖辛奈希望將來鳴人能和佐助成為好朋友。

在產房中，九尾數次想要衝破封印，但都沒成功。最後玖辛奈有驚無險地生下了一個健康的男嬰——漩渦鳴人，水門為此高興地流下了眼淚。

在產房外，眾多暗部忍者卻被面具男悄無聲息地秒殺。隨後面具男用時空間忍術穿透岩壁進入產房，瞬間殺害了兩位接生婆後奪走了鳴人，用卑鄙的手段強迫水門帶著救下來的鳴人用飛雷神之術離開了玖辛奈的身邊，而玖辛奈的封印尚未修復完成。面具男再度用時空間忍術將玖辛奈帶到室外某地，告訴玖辛奈此事他早就蓄謀已久，要用九尾來毀滅木葉。打開封印，將九尾通靈到木葉，以瞳力操縱，對木葉實施毀滅性打擊，包括海野伊魯卡的雙親在內的眾多忍者均在這場災難中犧牲。

尾獸被抽出，但玖辛奈因為得益於漩渦一族的強大生命力而並未立即死亡，這令面具男都感到驚訝。水門將極度虛弱的玖辛奈救下，帶回家安頓好，玖辛奈抱著睡著的鳴人哭泣，水門換好衣服便急赴木葉。

日斬組織人馬奮起抵抗，趕赴到現場的水門用時空間結界術轉移走了九尾的尾獸玉。在暫時化解了村子的危機後，水門與面具男進行了對決，水門使用飛雷神二段與螺旋丸擊傷面具男，並在此戰留對面具男的身體留下了永遠不會消失的飛雷神印記，解除了面具男對九尾的控制，面具男留下忠告並離開村子。

父母雙亡

玖辛奈用查克拉鎖鏈勉強將九尾捆住並製造出結界，但卻因身體已經達到了極限而吐血。水門心中無比愧疚，怪責自己受到玖辛奈那麼多的幫助，但他到最後卻沒能夠很好地保護母子倆。而玖辛奈並不埋怨，更沒有悲傷，而是表示很開心很幸福，不僅理解和鼓勵水門，還對水門說出了讓他感動得再度流淚的愛的告白，並表示她唯一的遺憾，就是無法看到長大後的鳴人了。

最終水門做出了自己的選擇：為了夫婦二人可以在鳴人長大之後與其見上一面，為了能讓愛人不留遺憾，為了能讓鳴人擁有徹底打敗面具男的力量，同時也為了木葉、火之國，乃至忍界的和平與安定，毅然決定犧牲自己的生命，由自己來封印九尾，並將九尾的一半查克拉以及自己和玖辛奈最後的查克拉一併封印在鳴人身上，讓夫妻倆都能夠在鳴人體內陪伴著鳴人成長，並設定封印程序使他們能在最關鍵最危急的兩個關頭給予鳴人最大的幫助。

玖辛奈強烈反對水門的做法，認為其不應該就這樣犧牲自己並且還讓鳴人從小就背負如此沉重的負擔，而是應當活下去撫養和教導鳴人成長。水門則堅持己見，闡述自己的想法，並說隱村滅亡的孩子不會幸福，玖辛奈自己就能夠了解，最後終於說服了玖辛奈。之後水門先用屍鬼封盡封印了九尾的陰性查克拉，然後開始用八卦封印準備封印九尾的陽性查克拉。九尾發覺了水門的企圖，趁玖辛奈虛弱之際要殺死鳴人，但被水門與玖辛奈夫婦拼死擋下。

最後，九尾被封印，水門和玖辛奈雙雙犧牲。

猿飛日斬因火影之位懸空（有擔任火影實力的自來也和綱手皆長年在村外遊歷，無意擔任火影）而復位。日斬個性慈祥、寬厚、重視村民的性命，故不認同團藏和顧問一貫對待宇智波一族的監視和高壓政策，但為團藏和木葉高層顧問所不認同。

宇智波政變

宇智波的天才

• 宇智波鼬：木葉九尾之亂中，一個人在家保護還是嬰兒的弟弟佐助。在第三次忍界大戰中，睹了太多的死亡，所以他厭惡戰亂，熱愛和平。7歲畢業，8歲開寫輪眼，10歲升中忍，11歲加入暗部，13歲成為暗部分隊長。過於優秀的他在家族和村子都受到重用，在宇智波政變事件中作為木葉和宇智波的雙重間諜而往來於兩者之間。
• 宇智波止水：外號「瞬身止水」，當時宇智波一族的最強忍者，與鼬是親如兄弟、師徒的摯友關係。擁有最強幻術「別天神」，能夠永久改變人的思想洗腦。其能力巨大，每次使用都需要十幾年的冷卻時間，除非有千手柱間的查克拉才能在短時間內再次使用此術。
• 宇智波佐助：在哥哥宇智波鼬的天才光環下長大，所以父親富岳更關心鼬，而有些忽視佐助。佐助則以鼬為榜樣，在忍者學校取得第一名，在生活中喜歡與鼬一起修煉和玩樂，但一方面也對優秀的哥哥感到嫉妒。
• 宇智波富岳：宇智波一族的族長，鼬與佐助的父親，在一族中有著很高的名望，非常器重大兒子鼬，對小兒子佐助則稍欠關心。宇智波政變的主謀，他讓鼬作為間諜潛入村子中樞。

鼬是宇智波一族與宇智波止水齊名的少年天才，兩人也是摯友。

「九尾之亂」後，由於宇智波一族的血繼限界「寫輪眼」具備可以馴服並控制九尾的瞳力，木葉高層懷疑宇智波族人是這次的幕後使者，所以志村團藏建議對宇智波地區進行24小時監控。

宇智波一族雖被木葉委以重任，但全族卻越來越遠離權力中心。本就對因為二代火影以建立木葉警務部隊為由，將宇智波一族隔離的木葉基本政策而不滿的宇智波族人終於爆發。作為族長的宇智波富岳計畫政變，篡奪火影之位，並讓升為暗部的鼬成為間諜竊取木葉的情報，但鼬同時也向木葉方透露宇智波一族的動向，成為了雙面間諜往來於兩方。

在危機爆發前宇智波止水面見三代火影，打算在宇智波一族的集會上觀察宇智波富岳的態度，如果政變無法阻止，就使用最強幻術-別天神改變他的想法從而阻止叛亂。但是志村團藏並不相信他，同時也是早就覬覦他的萬花筒寫輪眼，所以偷襲奪取了止水的右眼。

在失去右眼之後止水為了不讓左眼再落入其手、維護宇智波之名，將左眼送給鼬，並囑咐鼬要為了和平使用它、全力阻止宇智波政變，並且讓鼬對他的事情保密，最終投南賀河自盡。宇智波鼬親眼目睹止水自殺，並因痛苦開啟萬花筒寫輪眼，宇智波鼬使用萬花筒寫輪眼閱讀了神社內六道仙人留下的只有萬花筒寫輪眼才能閱讀的文字。

止水自殺使得宇智波族人元氣大傷，士氣低落，但是族人仍然決意叛變。因為止水自殺的那天，宇智波鼬沒有參加宇智波的集會，沒有不在場證明，所以宇智波族人懷疑是宇智波鼬殺死了止水。

滅族之夜

宇智波富岳命令暗部分隊長宇智波鼬深入木葉高層，打探機密。鼬不忍村內忍者互相殘殺，擔心因此引發戰爭，將宇智波政變計畫透露給木葉高層。三代火影猿飛日斬希望通過談判和宇智波達成和解，而志村團藏卻準備一舉殲滅宇智波一族，團藏以佐助的性命相要挾，讓鼬做出選擇。

為了保護村子防止其他國家因政變引發的內亂乘虛而入，也是為了止水的意願和弟弟的性命，鼬利用自己搜集的情報得知了面具男的下落，與其達成交易，決定配合面具男在夜晚殲滅全族。

鼬在來到父母的房間後，含淚與父母道別。父母將佐助託付給了鼬。

鼬對佐助說：「你不值得我殺。喚醒萬花筒寫輪眼就是殺死最親近的人，有朝一日你擁有了同樣的眼睛，再來找我。」，告訴佐助提升力量的途徑並讓佐助立下向自己復仇的目標。

佐助看到父母被鼬殺害，受到巨大刺激，開啟單勾玉寫輪眼，而後昏迷。

最終，鼬成為了滅殺家族的罪人，背負了所有罪孽和仇恨，維護了宇智波的名聲，並留下了佐助的性命。

鼬逃離木葉後根據面具男的建議加入了他的組織「曉」。鼬以間諜身份加入曉組織，以叛忍的身份搜集對木葉不利的組織情報，並牽制曉的行動，臨走前託付猿飛日斬保護佐助的安全同時隱瞞真相，並警告團藏如果敢對佐助下手，就把村子的所有情報洩露給非同盟國。

在滅族過程中，志村團藏和面具男分別收集了大量寫輪眼。團藏與大蛇丸暗中勾結，團藏因為大蛇丸的研究獲得了移植有柱間細胞和大量寫輪眼的手臂。

同期畢業生

被封印九尾妖狐的孩子

儘管水門和玖辛奈臨終前留下遺言，希望木葉隱村的村民把鳴人視為村子的英雄，但除了猿飛日斬和少部分了解內情的村民外，鳴人的身世並未對外公布，就連鳴人本人也不知道。村子裡的大部分九尾之亂的親歷者都將鳴人視為九尾的化身，紛紛對他冷眼相待。

木葉有一個規定：絕對不在漩渦鳴人面前，提他是九尾妖狐。

白與再不斬

白出生在水之國中總是下雪的小村莊裡，村裡的人們都因戰亂害怕並仇恨血繼限界。白的母親就擁有冰遁的血繼限界，並把這個秘密隱藏了很久。白的父親發現了這個秘密，帶領一隊村民，先殺死白的母親，正要對白下毒手時，驚恐中的白使用了血繼限界，用冰錐殺死了在場的所有人。一夜之間變成孤兒的白，在水之國的大街小巷乞討，最後遇上了再不斬。再不斬收留了白，並教會了白所有的戰鬥技巧，而白也將再不斬視為重要的人，有著能為他犧牲生命的覺悟。

輝夜一族的覆滅

水之國的輝夜一族是天生好戰的一族，擁有血繼限界「屍骨脈」。君麻呂身為一族中天賦異稟的戰鬥天才卻遭到囚禁，被當作兵器使用。在某次輝夜一族全員進攻霧隱村的行動中輝夜一族被滅族，而因病在身沒有出戰的君麻呂是輝夜一族唯一的倖存者。大蛇丸將君麻呂收為部下並加以培養，希望他能成為自己轉生的容器，而十分崇拜大蛇丸的君麻呂也心甘情願成為大蛇丸的容器。與大蛇丸的實驗體、咒印的源頭——重吾是摯友，君麻呂在世時只有君麻呂能夠在不傷人的情況下阻止重吾的暴走。

人形兵器我愛羅

砂隱村經費短缺，為了有能保護村莊的強大武器，千代協助四代風影將一尾守鶴封印在我愛羅體內，犧牲我愛羅的母親。由他的舅父夜叉丸養大。

因為我愛羅具備守鶴的可怕力量，所以村子的人憎恨和懼怕他。夜叉丸是唯一關照他的人，也只有夜叉丸了解我愛羅的心裡其實並不想傷害任何人。

羅砂為了觀察我愛羅能不能抑制自己的情感控制守鶴，派夜叉丸刺殺我愛羅，如果不從就親自動手抹殺我愛羅。

夜叉丸騙我愛羅說夜叉丸從來沒有愛過你，這樣做只是希望能替姐姐報仇，最後夜叉丸用起爆符自爆身亡。

當我愛羅發現來殺他的竟然是夜叉丸時感到異常震驚悲傷，使守鶴失去控制，但被羅砂用砂金壓制。羅砂認為我愛羅是個失敗品，所以不斷派殺手暗殺我愛羅，使我愛羅變得更加孤獨、嗜血、厭世。

因為夜叉丸的謊言和父親企圖置他於死地的想法，我愛羅逐漸地轉變成一個沒有感情的人，發誓只為自己而活，從殺人中尋找樂趣，並用沙子在額頭上刻了愛字。

日向家的天才

木葉名門日向一族了保護「白眼」這一血繼不被外人奪取，發明了宗家與分家的制度，日向一族的後代子孫將家族分為宗家與分家。分家則作為保護宗家的一方，宗家則是真正繼承血統的一方，年幼的日向寧次由於是分家，被刻上了籠中鳥的咒印，這種咒印會導致白眼能力受到限制，只有死後才能解除，且白眼的能力會被籠中鳥封印。分家也無法學習宗家的秘術，一旦對宗家有敵意就會因為咒印而受到足以破壞腦神經的痛苦，寧次曾經看到父親日差因為籠中鳥發作而痛苦不已，這使得寧次對宗家懷有很大的怨恨。

某次想要了解白眼秘密的某雷之國頭目拐走了日向雛田，身為族長的日向日足殺死了該忍者，但卻遭到雷之國的否認，而且還拿忍者頭目被殺為藉口提出了無理的要求-要求見到日向一族頭領的屍首，否則揚言對木葉隱村及日向一族發動攻擊。日向日差為了拯救日向家族及木葉隱村的人民，甘願代哥哥（日向日足）去死。不知父親意圖的寧次進一步加深對宗家的怨恨。

鳴人與佐助的羈絆

在宇智波滅族後，佐助也陷入孤身一人的境遇，遇到了同樣孤身一人的鳴人，儘管表面上兩人合不來，卻也因為相同的處境開始默默關注起了彼此。

雛田與鳴人的邂逅

日向雛田是世家日向家族宗家的長女，因為實力不如比她小五歲的日向花火，所以父親對她非常失望。雛田某日傷心跑出家裡，並被三個男孩欺負。這時漩渦鳴人出現救她，但卻被三人揍打。隨後雛田的家族的人帶走雛田並希望她離鳴人遠點，但雛田卻開始關注、並喜歡上了鳴人。

曉組織相關

面具男還用寫輪眼控制了四代水影同時也是完美人柱力的矢倉，使霧隱村變得天昏地暗，導致原本專門為歷代水影執行高難度任務的忍刀七人眾也因不滿村子的暴政而紛紛逃走，「血霧之村」的封閉式暴政導致了霧隱出現了許多叛忍，這其中就有霧隱村的暗殺術高手——「鬼人」桃地再不斬。

干柿鬼鮫殺死了通敵的前大刀鮫肌主人西瓜山河豚鬼，並遇到了用寫輪眼幕後操縱四代水影矢倉的面具男，面具自稱「宇智波斑」，向鬼鮫提出了「月之眼計畫」，鬼鮫認同了「斑」的理想。後來鬼鮫因被懷疑殺害大名、進行國家破壞工作而被水之國通緝成為叛忍，並加入了曉，與宇智波鼬搭檔。

後來矢倉的可疑舉止被霧隱高層所注意，霧隱上忍青為矢倉解除了幻術，若干年後矢倉去世，霧隱村沒有挑選下一位人柱力，三尾處於野生狀態。

赤砂之蠍加入曉組織。大蛇丸在叛逃木葉後的某個時間段派遣藥師兜作為臥底去調查曉組織，兜則成為蠍的部下，兜假裝自己中了蠍的忍術的控制，表面上幫助蠍收集大蛇丸的情報，實際上是刺探曉組織的情報，大蛇丸也在這期間加入了曉組織。

某日，當時還是曉組織成員的大蛇丸由於覬覦鼬的寫輪眼而對鼬出手，但卻反而被鼬使用幻術輕易制服，被鼬斬斷了一隻手臂，自知不敵的大蛇丸設法逃脫，後因此脫離了組織，遭到曉組織的追殺。

曉組織首領長門看中了岩隱村忍者迪達拉的能力，派遣鼬、鬼鮫和蠍三人前往土之國的一處寺廟找到了隸屬岩隱爆破部隊的迪達拉，準備拉攏為蠍的搭檔。鼬與迪達拉交戰並輕易取勝，迪達拉答應加入曉，但同時也對於態度高傲的鼬以及寫輪眼的能力感到無法認同，一直處心積慮想要打倒鼬。

第七班結成

伊魯卡的認同

木葉的大部分村民都把漩渦鳴人當作九尾狐的化身，對他冷眼相待。孤單的鳴人為了引起人們的注意，不斷在村裡搞惡作劇，例如：塗鴉火影石像木葉內的大佬無視他這種行為。鳴人的老師伊魯卡把他抓到課堂上複習準備畢業考。

在變身的考核上，【萬年吊車尾】鳴人使用自創的「色誘之術」變出個裸女，伊魯卡流著鼻血評價道：「不要創造出這麼無聊的忍術！」多次觸發劇情殺的忍術

下午，伊魯卡監督鳴人擦完早上的塗鴉後，看鳴人沒有家人很孤單，所以請他去吃拉麵。鳴人在一樂拉麵館跟伊魯卡說：「我不僅會成為火影，還會超越以往歷代火影，讓村民認同我的實力！」

隔天鳴人畢業考的題目是他最不擅長的「分身術」，所以不及格。中忍水木老師趁鳴人傷心之際，騙他去偷封印之書稱偷到就能畢業。書中全是【初代火影】千手柱間認為危險程度過高，不允許普通忍者學習的禁忌之術。

鳴人和伊魯卡被水木偷襲，水木嘴砲了鳴人，鳴人精神面臨崩潰。伊魯卡用身體擋住手裏劍，跟鳴人說了自己的過去和向鳴人致歉並表示理解。在伊魯卡將死之際，鳴人偷襲了水木，並使用剛學的「多重影分身之術」揍暈水木。鳴人得到伊魯卡老師的認同而順利畢業。

木葉丸與剛畢業的漩渦鳴人相遇，並請求鳴人教他能夠打倒他爺爺猿飛日斬的「色誘之術」。在木葉丸的家庭教師惠比壽麵前使用「後宮之術」，秒殺惠比壽。隨後木葉丸便以打倒鳴人為目標。

鳴人他們從忍者學校畢業以後，伊魯卡成為了木葉丸、烏冬、萌黃等人的老師，教導他們在忍者學校學習。

分班

在教室內，鳴人很不爽春野櫻眼裡只有佐助，所以站在桌子上面對面盯著佐助；然後鳴人被前面的人不小心撞到，鳴人和佐助就接吻了。伊魯卡以「三人、均衡」原則分配小組，因為佐助成績最高，鳴人成績最差，所以「鳴人、佐助、春野櫻」組成「第七班」，指導老師是旗木卡卡西。

卡卡西給「第七班」的考驗是：能否無視規則而幫助同伴因為他們再怎麼合作也搶不了鈴鐺的。期間出現經典奧義體術「千年殺」。

因為漩渦鳴人偷吃，所以卡卡西不准給他們吃飯，要是其他人打破規則了，就判他們所有人不合格。

但佐助和春野櫻還是打破卡卡西的規則，餵鳴人吃飯，卡卡西最終判定他們合格，使得他們學習到了團隊合作的重要性。

波之國任務

「第七班」收到「保護造橋專家達茲納回到波之國」的C級任務，（但實際上，達茲納由於無法支付B級任務的報酬，故而隱瞞了實情。由於有忍者介入，實際任務等級達到了B級（中忍級別）以上）。在任務途中，他們遭到波之國的黑幫商人卡多僱傭的霧隱村叛忍鬼兄弟以及桃地再不斬的攻擊。

當卡卡西被再不斬以水牢術所困時，鳴人靈機一動與佐助配合，用「風魔手裏劍·影風車」將偽裝成手裏劍的鳴人擲出，鳴人在手裏劍繞背後解除變身對再不斬投擲苦無，解開了再不斬對卡卡西的束縛，後來卡卡西打敗了再不斬，但是被一名疑似霧隱暗部的少年使用千本「射殺」並將其「屍體」帶走。

卡卡西擊敗再不斬後，便指導鳴人、佐助和小櫻如何控制查克拉。鳴人和佐助互相競爭，最後均能達到樹頂。卡卡西雖擊敗再不斬，但也因為寫輪眼的副作用而倒下休養了一段時間。

鳴人等人寄宿在波之國伊那裡一家中,同時他亦認識了一名神秘少年「白」，白告訴了鳴人，如果人為了守護自己重要的事物，就會變得很強，鳴人將這句話記在了心上。而實際上白便是之前帶走再不斬的人，他攻擊了能夠使人假死的穴位騙過了卡卡西。

不久，詐死的桃地再不斬再度出現，向第七班復仇。而白同時出現，擁有血繼限界的他跟佐助交手。白使出秘術「魔鏡冰晶」，把佐助困在其中。此時，鳴人打敗卡多派來綁架伊那利一家的兩名手下後，匆忙趕到卻魯莽地衝進了白的陷阱。

佐助在一邊保護鳴人一邊戰鬥的同時，使用了寫輪眼，白為了擊敗佐助，攻擊鳴人以迫使佐助露出破綻。佐助明知是計，卻用自己的身體掩護了鳴人，身受重傷倒下。鳴人誤認為佐助被殺（實際上是白攻擊了會致使人假死的部位），憤怒之下使出了九尾的力量，擊敗了白。白的面具脫落，鳴人才知道他原來是先前所認識的那位少年，白因為失敗認為自己對再不斬失去了價值，請求鳴人殺死自己，而鳴人也為了替「死去」的佐助報仇，決定動手。

而此時再不斬被卡卡西使用追牙術捕獲，白感到再不斬處於危險中，阻止了鳴人攻擊後向鳴人致歉並離去。卡卡西準備以雷切終結再不斬時卻被瞬身而來的白以肉身擋下，隨後死亡，再不斬看似無情的繼續向卡卡西發起攻擊，但卻產生了很大的動搖，被卡卡西輕易廢掉雙手的行動力。當鳴人得知白的死訊後，向看似冷漠的再不斬講述了白對他的忠誠和情誼，讓再不斬這個鐵血之人落淚不已。

再不斬因為白的死亡而動搖，加上卡多的背叛，中止了與第七班的戰鬥，並反過來殺死了卡多，在卡多僱傭的手下準備暴亂時，鳴人和卡卡西一起使出影分身之術加上趕來的波之國人民嚇退了那些人，但再不斬自己也因為被卡多的手下攻擊身受重傷時日無多，再不斬臨終時託付卡卡西將自己與白葬在一起，而卡卡西也確實遵從了再不斬的遺願，將兩人葬在一起。

達茲納先生為感謝鳴人相助，把新築的橋梁命名為「鳴人大橋」。

木葉摧毀之戰

中忍考試

因大蛇丸的進攻，這屆中忍考試無效。

「第七班」完成任務回到村子，卡卡西推薦他們參加即將舉辦的中忍考試。

在中忍考試的推薦會上，伊魯卡強烈反對他們推薦自己曾經的學生參加中忍考試，認為孩子們還小，需要更多的經驗才行，但是卡卡西卻駁回了伊魯卡的請求。三代火影考慮到伊魯卡所提到的原因，特地為這一屆的新人下忍準備了一場中忍考試前的預備考試。

中忍考試之前，李洛克要挑戰身為天才的佐助，儘管佐助展現了二勾玉寫輪眼卻仍不及小李的體術，以佐助戰敗和邁特·凱的終止挑戰結束，但佐助也第一次使用了寫輪眼的拷貝能力複製了小李的體術。

進入考試教室，他們遇上了藥師兜，兜聲稱已經接受了很多次的中忍考試，可惜一直都未能通過，但他揚言自己收集了大量的考生資料。看了兜的資料後，鳴人他們都明白到，來考試的下忍們都是擁有極強實力的人，他們都是背負著各村子聲譽的精英份子。

筆試

主考官是暗部所屬審訊部長，森乃伊比喜。考試內容是9道非常難的比賽題以及「考試的最後15分鐘才會公布的第十題」，以拙劣的方式作弊5次被抓到就會出局（連同隊友一起出局）。

佐助發現自己一題也不會，但很快意識到考試的重點在於考驗如何在不被發現的情況下抄襲，即忍者的觀察能力（找到有答案的人）以及在無人發現的情況下快速的獲取情報信息的能力（抄襲答案），而不是靠自己答題。然而最後考驗的是大家有沒有「為完成任務而義無反顧、絕不放棄的心理」

• 有兩個知道答案的中忍（還有藥師兜）在寫正確答案，作用就是為大家提供可以抄襲的對象；
• 日向雛田和春野櫻自己做的學霸；
• 佐助用寫輪眼拷貝一名考生的動作寫出一致的內容；
• 犬塚牙用小狗赤丸偷看別人的卷子；
• 我愛羅用沙子凝聚的眼球直接看別人的卷子；
• 油女志乃用小蟲子偷看別人的卷子；
• 勘九郎用傀儡模擬考官帶他去廁所慢慢抄，回來的時候給了手鞠一份答案實際上伊比喜知道那個「考官」是傀儡，只是裝作沒發現，等勘九郎從廁所回來時還調侃了一下；
• 山中井野使用心轉身之術進入春野櫻的身體看答案，打算用同樣的方法給奈良鹿丸和秋道丁次寫答案槍手代寫？；
• 日向寧次用白眼透過身體看別人的卷子；
• 音忍通過聽他人寫字的聲音判斷別人寫的什麼；
• 天天用筆桿操控天花板上的鏡子從反射別人的卷子並同時給小李看。

最後一題，伊比喜以答錯終身無法參加中忍考試和放棄這兩種選擇來考驗考生的心理，就在春野櫻為了鳴人的夢想即將選擇放棄時，鳴人舉手並表示決不放棄！因此，沒走的都過關了。

伊比喜收卷的時候，看到鳴人交的是白卷，認為鳴人相當有意思。

死亡森林

主考官是御手洗紅豆。在死亡森林內，考生爭奪用來晉級的「天之捲軸」和「地之捲軸」。有13個天捲軸和有13個地捲軸，被隨機分給26組，每個組拿到一對天地捲軸在5天之內通過死亡森林到達目的地則通過。

考試開始後第七班暫時分開行動，草隱村的下忍香燐在考試中遭到巨熊襲擊，被佐助所救，發現香燐所持有的捲軸和自己相同後與香燐道別，這是香燐與佐助的初次見面。

會和後的佐助和小櫻途中遇上偽裝成草忍考生、已叛離木葉的大蛇丸。在大蛇丸的恐怖實力之下，佐助內心非常恐懼，渾身發抖以至於基本沒有還手之力。

監考官神月出雲和鋼子鐵在死亡森林外部發現一群被殺死的草忍，他們的面孔被禁術完全融化，紅豆當即判斷這是自己過去的老師大蛇丸的術，於是立即吩咐神月出雲和鋼子鐵通知暗部，自己只身前往死亡森林。

就在佐助為了保住性命，要將捲軸交給大蛇丸的時候，鳴人出現和大蛇丸戰鬥，在鳴人遭遇危險時，九尾的力量突然外洩，此時佐助驚奇地發現鳴人身手敏捷，完全不是吊車尾的形象，驚慌失措的自己甚至在危機關頭被鳴人救下，後來在小櫻的話語下激發了佐助的鬥志。鳴人中了大蛇丸的五行封印，九尾力量被封印起來並昏過去，而佐助開始使盡渾身解數與大蛇丸奮起反抗。

就在佐助以為已經打敗大蛇丸的時候，但這一舉動卻正中大蛇丸的目的。出於對佐助天賦的欣賞，大蛇丸在佐助的脖子上留下天之咒印。佐助痛極昏過去。大蛇丸離開前告訴小櫻，佐助遲早會來找他獲取力量。

紅豆在抓住大蛇丸之後斬釘截鐵的將自己的左手和大蛇丸的右手用苦無固定，用自己的右手和大蛇丸的左手結了雙蛇相殺的印，卻發現抓住的是大蛇丸的分身，差點自殺。

期間我愛羅小隊遭遇了雨隱村的小隊，不敢輕舉妄動的犬塚牙、日向雛田和油女志乃躲藏起來觀察局勢，見識到了我愛羅那強的可怕的實力，並險些被殺紅眼的我愛羅殺死，在勘九郎和手鞠勸阻後我愛羅才罷手。

發現大蛇丸潛入村子後木葉方面開始警惕，在回到第二場考試考場的監控室里，紅豆和其他忍者發現了一個非常奇怪的現象，那就是連中忍都無法做到毫髮無損的死亡森林，有一組人竟然97分鐘的最快紀錄通過考試，且領頭的人毫髮無傷，身上連灰塵都沒有，這便是我愛羅、手鞠、勘九郎的小隊，隨後達到的是犬塚牙小隊。

大蛇丸為了激發佐助的能力，派遣了薩克·鐙、托斯·砧和金·土三人，定下殺死佐助的命令，由於鳴人、佐助陷入昏迷，春野櫻的要隻身一人要保護鳴人和佐助，危機關頭小李出現，幫小櫻對抗三人，但在使用表蓮華後被對方利用波動鬆軟土質減少了傷害，小李則因蓮華的副作用和對手的音波招式陷入苦戰而被打倒，小櫻又開始獨自應戰，但被打的遍體鱗傷，見到此情的豬鹿蝶三人組前來援助，分別展現了各自所掌握的秘術暫時限制住了對手，但仍舊不敵，薩克甚至心狠手辣的對和井野替換了意識的金髮起了攻擊，就在這時寧次和天天又趕來，本準備插手收拾三人，但寧次看到了覺醒咒印力量的佐助，認為自己不必出手。

咒印化的佐助輕鬆擊敗了薩克，並致使其雙手脫臼，咒印解除後，托斯為了活命而投降，將自己的捲軸交給了佐助，並帶著受傷的同伴撤離。

之後鳴人等人與落單的藥師兜結成隊伍行動了一段時間，並擊敗了來襲的雨忍眾人，成功通過考試。

中忍考試第二場

進入第二場考試，形式為1對1的勝負，藥師兜本身就是作為間諜，沒有參戰必要便棄權離開。

第一場比賽是佐助對赤銅鎧，由於佐助因為咒印的副作用身體狀況不佳，加上刻意抑制咒印不想使用，而遭到了赤銅鎧的壓制，但最後佐助依靠精神力抑制了咒印，使用從小李那裡複製的體術加以改造，使出「獅子連彈」致勝。考試結束後卡卡西將佐助帶離考場，為其施展封邪法印對咒印加上一層封印，期間大蛇丸前來挑釁，但隨後又離去。

第二場是薩克對油女志乃，志乃使用寄壞蟲堵住了薩克的排氣管，廢掉其雙手致勝。

第三場是劍美澄對勘九郎，對手被勘九郎使用傀儡打成重傷。

第四場是春野櫻對山中井野，井野本想利用心轉身之術附身小櫻，利用小櫻的身體做出棄權致勝，但小櫻憑藉精神力掙脫束縛，兩人在體術的對打中同時失去意識，判定為平局，無勝出者。

第五場天天對手鞠，手鞠以壓倒性的優勢獲得勝利，天天的忍具沒有一發命中手鞠。

第六場鹿丸對金，鹿丸識破了金的聲音幻術，利用影子模仿術的原理並用計分散其注意力，使其頭部撞到牆壁而失去意識。

第七場鳴人對牙，儘管此時實力上牙更勝一籌，但牙由於曾經對鳴人吊車尾的印象而小瞧了鳴人，被鳴人數次用計策逆轉局勢，連赤丸都被擊敗，最後牙冷靜下來突襲鳴人背後時，鳴人偶然放了一個屁，使得嗅覺被強化的牙感到異常痛苦，鳴人趁機使用「漩渦鳴人連彈」戰勝了牙。

第八場雛田對寧次，由於性格懦弱加上寧次的言語刺激，一開始雛田有棄權的意圖，但卻被鳴人的聲援鼓勵，鼓起勇氣與被稱為「天才」的寧次交戰，儘管期間一度占據上風，但皆是寧次刻意為之，寧次封住了雛田的數處穴道，想逼迫其棄權，但雛田仍不願意放棄，憤怒的寧次由於對宗家的憎恨，在戰鬥中起了殺心將雛田重傷，最後被上忍們阻止，雛田戰敗被送去搶救，鳴人無法認同寧次，約定與寧次再戰。

第九場小李對我愛羅，小李依靠速度突破了我愛羅的絕對防禦，擊中我愛羅數次，並準備使用表蓮華完成最終的攻擊，但在攻擊過程中因疼痛出現了一瞬間的破綻，被我愛羅替換了真身，躲過了表蓮華，因為蓮華的副作用小李對上我愛羅馬上陷入劣勢，為了戰勝我愛羅，小李使出了禁術「八門遁甲」，八門遁甲狀態下小李的力量和速度使我愛羅和眾人都驚訝不已，開啟了第五門的小李使用了里蓮華完成最終一擊，但卻被我愛羅用沙子減少了一些威力，小李因副作用行動困難，被我愛羅以砂縛柩重創。

第十場丁次對托斯，被托斯利用聲波攻擊輕易擊敗。至此第二場考試結束。

各自的時間

大蛇丸聯合藥師兜、君麻呂等音忍殺害了四代風影，並偽裝成四代風影指揮砂忍，和音忍聯合進行摧毀木葉的計畫，在馬基和藥師兜夜晚商量計畫時被特別上忍月光疾風聽到，為了滅口，馬基殺害了疾風。同時托斯被兜下令挑釁我愛羅，托斯也為了能夠打敗佐助想要殺掉我愛羅獲得和佐助對戰的機會，卻反而被我愛羅殺死。

考試結束後鳴人意識到自己需要變強而找卡卡西想要其教導，卡卡西則讓特別上忍惠比壽指導鳴人學會水上行走，在學會水上行走後遇到了三忍之一的自來也，鳴人便纏著自來也讓其幫助修行，之後鳴人便和自來也一起修行，期間被自來也解除了大蛇丸施加的五行封印，鳴人在艱苦的修行下掌握了通靈之術，對九尾查克拉的使用也更加熟練。

後來鳴人因過度疲憊被蛤蟆文太送到木葉病院，醒來後被鹿丸探望，期間發現了想要殺掉病房中的小李的我愛羅，和鹿丸一同控制住了我愛羅，後來凱也趕到，我愛羅最終罷手離去。藥師兜想要刺殺被木葉暗部保護的住在病院的佐助，與卡卡西短暫交手而逃脫。

佐助醒來後找到卡卡西要求修行，卡卡西教會了他A級雷遁忍術「千鳥」，並在卡卡西的指導下模仿了一部分小李的體術，並加強了速度上的鍛鍊。

第三場考試

第三場考試在各國觀眾的圍觀下進行，三代火影和偽裝成風影的大蛇丸也共同觀戰，藥師兜則假扮暗部混入會場，勘九郎為了保留體力以便接下來木葉摧毀計畫的作戰而棄權考試。

第一場是鳴人對寧次，一番苦戰下鳴人雖然靠著戰術差點成功，但實力上顯然不敵寧次，期間寧次向鳴人訴說了自己的悲慘經歷和日向家的制度。在接連中了「回天」和「八卦六十四掌」後查克拉被封住，最後激發出了九尾的查克拉與寧次戰的不相上下，在兩敗俱傷後，寧次沒有維持白眼狀態，鳴人便以分身作為偽裝，自己則遁地突襲了已經很虛弱的寧次，戰勝了寧次。戰敗後，日向日足向寧次袒露了當年的真相，寧次對宗家的仇恨得已化解。

第二場考試原本是佐助對我愛羅，卻因為佐助遲遲不來而臨時換成了手鞠對鹿丸的比賽，原本鹿丸懶得比所以想棄權，但是被鳴人一掌拍進了考場，無奈開始戰鬥，鹿丸利用重重計謀，使用影子模仿術控制住了手鞠，但在即將勝利之時他選擇了棄權，雖然在結果上判定為失敗，卻也展現了出色的判斷力和戰術頭腦得到了村內其他忍者們的認可，成為了之後當上中忍的關鍵原因。也與手鞠結下了不解之緣

第三場考試佐助對我愛羅，佐助突飛猛進的實力讓我愛羅陷入苦戰，提前想要進行尾獸化，佐助使出了千鳥重傷了我愛羅，使其尾獸化失敗，計畫被打亂的砂忍和音忍裡應外合，發起了木葉摧毀計畫。

各自的戰場

由於計畫發動，音忍和砂忍發動襲擊，會場和村子陷入危機，木葉的忍者們紛紛開始抵禦外敵，而大蛇丸也顯露真面目，欲與三代火影開戰，並派遣手下的音忍四人眾施展了紫炎結界製造戰場，展開激戰。

由於藥師兜發動了幻術使會場的普通人和部分下忍昏睡，作為計畫核心的我愛羅被手鞠和勘九郎暫時帶離，佐助先獨自去追趕我愛羅等人，卡卡西則讓鳴人、小櫻和鹿丸以及自己召喚的忍犬帕克前去支援，而卡卡西、凱等人繼續在會場與大量的音忍交戰。在一批音忍部隊快要追趕上鳴人等人時，鹿丸主動提出作為誘餌，通過計策使大部分音忍被自己的影子模仿術束縛，但有一人沒有被束縛，自己也體力不支解除了忍術，此時阿斯瑪前往增援，擊敗了所有音忍救下了鹿丸。

佐助追趕上了我愛羅等人，勘九郎決定留下來與佐助交戰，但此時油女志乃也趕來支援，並與勘九郎交戰，佐助得以繼續追趕我愛羅，在戰鬥中，志乃使用寄壞蟲吞食了勘九郎的查克拉，志乃中了傀儡的毒，雙方兩敗俱傷無法動彈。佐助不久後追上了我愛羅，與不完全尾獸化的我愛羅交戰，使出千鳥斷掉我愛羅一隻砂化的手臂，但卻沒能阻止我愛羅的進一步變化，危機之下使出了突破極限的第三次千鳥並咒印化，再次斷掉我愛羅的一隻砂化手臂，但也因咒印的副作用和查克拉消耗過度而無法動彈，危急關頭被趕來的鳴人等人所救，鳴人也與我愛羅展開了戰鬥。

交戰中鳴人不敵我愛羅，小櫻因為保護佐助受到了我愛羅的攻擊危在旦夕，為了打敗我愛羅，鳴人通過計策成功使用苦無加起爆符的千年殺，攻擊爆菊了我愛羅防禦薄弱的尾部，造成了一定傷害使我愛羅暫時無法恢復身體，之後為了保護夥伴而爆發強大查克拉的鳴人使用多重影分身和漩渦鳴人兩千連彈重創我愛羅逼迫使其進入了完全的尾獸化，而鳴人也在命懸一線之際召喚了蛤蟆文太，與使用假寐之術進入守鶴意識的我愛羅對決，一番苦戰後鳴人攻擊了我愛羅的本體解除了假寐之術，精疲力盡進行了最後的對決，並戰勝了我愛羅，雙方兩敗俱傷，我愛羅也因鳴人的話語和其他人不顧一切的保護同伴的舉動，明白了夜叉丸過去的話語，重新審視了自己，並向被自己曾經冷酷以待的手鞠和勘九郎道歉。

另一邊，三代火影與大蛇丸交戰，大蛇丸召喚出了穢土轉生的初代和二代火影（但由於大蛇丸這次的穢土轉生精度不高，穢土的兩位火影實力較生前有明顯下降），雙方展開了一場激戰，最終三代以自己的生命為代價使出了禁術屍鬼封盡，封印了初代和二代火影的靈魂，在封印大蛇丸時被大蛇丸用草薙劍重創，三代火影精力不支只得封印其雙手從而剝奪了大蛇丸使用忍術的能力，最後犧牲。

我愛羅的戰敗和大蛇丸的撤離，木葉毀滅計畫算是落下帷幕，三代火影過世後，木葉舉辦了葬禮。高層開始討論新的火影的就任問題，自來也拒絕了繼任火影，並推舉了同樣作為三忍的綱手。

五代火影

朝霧歸鄉

在三代去世、木葉重建的時間段，來自曉的二人組，宇智波鼬和干柿鬼鮫潛入了木葉。

鼬和鬼鮫在村子食用茶點時被卡卡西、阿斯瑪和紅察覺異常，阿斯瑪和紅來到郊外阻截二人，遂與二人開戰，陷入劣勢之際卡卡西前來支援，鼬下令讓鬼鮫停手，並獨自與卡卡西開戰，一番簡單的忍術連鎖交鋒後，卡卡西等人陷入劣勢，鼬則使用了萬花筒寫輪眼的瞳術「月讀」使卡卡西失去了作戰能力，在卡卡西說出從自來也那裡得知的有關曉的情報後，鼬派鬼鮫捉拿卡卡西並解決其他人，但遭到了前來支援的邁特·凱阻止，鼬對凱的實力有所了解，讓鬼鮫不能小看此人，為了避免節外生枝，說出了自己的目的是四代火影的遺產—鳴人，然後離去。實際目的只是回村威懾團藏，並觀察佐助。

自來也為了找綱手同時鍛鍊鳴人，帶上了鳴人一同前去，期間在一間旅館住宿，自來也被鼬使計和鳴人分開，自己獨自找到了鳴人，意外知道了鼬回到木葉的佐助也追趕到了旅館，憤怒的對著鼬發起攻擊，但實力差距過大被鼬輕易擊敗，鼬再次使用月讀刺激佐助，以激發佐助的復仇心，趕回救場的自來也為了捉拿二人召喚了炎宿大蛤蟆的食道，但被鼬使用「天照」突破而逃離，後來凱也趕到，但此時戰鬥已經結束，於是凱將重傷的佐助帶回木葉，鳴人和自來也踏上旅途。

三忍之戰

在自來也尋找綱手的過程中，大蛇丸為了治療雙手也將目標放在了綱手身上。與此同時，自來也一邊收集情報，一邊也開始對鳴人展開了波風水門的自創忍術「螺旋丸」的修行。

大蛇丸和自來也先後在短珊街遇到綱手，大蛇丸以復活其弟弟和戀人為籌碼與綱手進行交易，綱手一時間猶豫不決，而她對於成為火影一事也沒有興趣，並出言侮辱火影引得鳴人的憤怒，兩人發生衝突展開交戰，雖然鳴人理所當然的不敵綱手，但綱手卻在對成為火影的夢想堅持不懈的鳴人身上看到了逝去的弟弟和戀人的影子，內心開始動搖，並與鳴人約定如果能一周學會螺旋丸，就把自己的所佩戴的，由初代火影遺留下的項鍊贈予鳴人。

最終做出決定的綱手放倒了靜音，用藥迷暈了自來也獨自會面大蛇丸，企圖將大蛇丸殺死卻被兜察覺阻止，交涉決裂後，綱手便與二人交戰，由於長久沒有實戰加上兜才智過人，一時間落了下風，更是被對方利用恐血症的弱點，而喪失了行動能力。

隨後被藥抑制了查克拉的自來也、靜音和鳴人趕到，雙方展開交戰，靜音被兜戰勝，鳴人為了保護綱手也開始向兜發起攻擊，但實力的差距讓鳴人根本無法匹敵，最後鳴人用手接住了兜的苦無攻擊，狠狠抓住了兜讓其無法脫離，第一次使用了完成版的螺旋丸重創了兜，但自己卻因被兜切斷心肌而瀕死，在綱手的治療和鳴人堅強的意志下得以活下來。綱手認可了鳴人，並將項鍊送給了他，而大蛇丸發現了鳴人的潛力和威脅性，為了以絕後患決定殺死鳴人，綱手為了保護鳴人而大蛇丸交戰，克服了恐血症，三忍召喚了各自的通靈獸後展開了激烈的戰鬥，最後以大蛇丸和兜的戰敗告終，二人因此撤退，綱手也回村，擔任第五代火影。

佐助奪還篇

音的誘惑

鹿丸由於在中忍考試的出色表現得到了木葉上層的認可，成為本次中忍考試唯一晉升為中忍的人。

佐助在綱手的治療下清醒後，回想起自己和哥哥過於懸殊的實力，以及鳴人突飛猛進的成長而感到焦慮，與鳴人在醫院天台進行了一場對決，在互相使出殺招時被卡卡西阻止，在看到了鳴人的螺旋丸造成的破壞再次意識到鳴人的成長迅速。此時恰逢大蛇丸派遣的音忍四人眾前來刺激佐助，並對佐助發出了邀請，為了獲得能夠復仇的力量，佐助決定離開村子投奔大蛇丸，小櫻試圖阻攔但也無果。

由於木葉正值復興時期，村子裡的許多精銳忍者正在出村執行任務，於是綱手派遣鹿丸作為隊長，組成一支由木葉的傑出下忍組成的小隊，成員為鳴人、丁次、牙和寧次，在出發前鳴人與小櫻定下約定要帶回佐助。（至於這次任務為什麼沒帶上志乃，因為志乃正好去執行其他任務了）

音忍五人眾

為了激發佐助咒印的能力，四人眾讓佐助服下了醒心丸，並使用四黑霧陣使佐助陷入假死封印在桶中以適應咒印，期間與執行任務回村時的木葉的特別上忍小隊進行過戰鬥，使出全力將其擊敗。

鹿丸等人在追蹤過程中被鬼童丸發現，一時間陷入劣勢，並被次郎坊使用土牢堂無關了起來，其他三人則繼續帶著佐助趕路，後來丁次打破了僵局，為夥伴們斷後獨自留下對抗次郎坊，面對狀態二的次郎坊，丁次服用了有著嚴重副作用的辣椒丸擊殺了次郎坊，但自己也力竭倒下生命垂危。

在左近、多由也和鬼童丸繼續趕路途中，鹿丸等人企圖使計拿走封印佐助的桶並偷襲但卻被識破，面對鬼童丸棘手的蜘蛛絲，寧次發現自己的柔拳是在場唯一能應對的方法，於是寧次留下與鬼童丸交戰，精於算計的鬼童丸很快在對戰中發現了寧次白眼的缺陷，並使出了針對其缺陷的戰術，使寧次陷入劣勢，但寧次也孤注一擲，反過來利用了蜘蛛絲讓鬼童丸收到柔拳的重傷，並對鬼童丸發起了足以致命的攻擊將其擊殺，但自己也傷重倒下。

之後牙也與左近展開了戰鬥，鹿丸和鳴人使計對抗多由也一度將佐助奪回，但這時，原本的音忍五人眾最強的成員——輝夜一族的君麻呂趕到支援再次奪回佐助，最後留下鹿丸對戰多由也，鳴人則去追趕君麻呂。面對君麻呂強勁的實力，即使是九尾查克拉狀態的鳴人也無法抗衡，而佐助從沉睡中清醒後獨自開始向火之國外逃離，這時手術剛剛成功的小李前來支援鳴人，鳴人便前去繼續追趕佐助。

然而與其餘三人的戰鬥，牙、鹿丸和小李儘管拼盡全力，卻仍陷入劣勢，即將落敗之際，由綱手請來的砂隱村的援軍，我愛羅、手鞠、勘九郎三人組趕到，手鞠和勘九郎紛紛輕鬆的將對手擊殺，而我愛羅面對狀態二的君麻呂卻也難分勝負，在最後君麻呂即將勝利之際，絕症奪走了君麻呂的生命，這才使我愛羅和小李得以生還，至此，音忍五人眾全員陣亡。

終結之谷

經歷了長久的追逐後，鳴人與佐助在終結之谷停下，佐助表達了自己復仇的決心，鳴人表達了自己就算打斷佐助手腳也要將其帶回去的覺悟，兩人展開交鋒，適應了咒印的佐助實力大增，一度將鳴人打至瀕死，卻反而激發了鳴人的九尾查克拉，形勢再次被逆轉，在激戰中佐助開啟了三勾玉寫輪眼，得以再次戰勝鳴人，而鳴人則爆發出更強的尾獸衣形態，就連三勾玉寫輪眼的佐助也毫無還手之力，佐助只得使出狀態二，由於兩人的形態均不擅久戰，於是兩人各自使出千鳥和螺旋丸進行最後的攻擊，最終佐助略勝一籌擊敗了鳴人，獨自前往了大蛇丸的居所，而卡卡西後來趕到，連同木葉的醫務人員將執行任務的五人小隊全部帶回木葉。

鳴人從自來也處得知了大蛇丸的轉生忍術需要3年才能發動一次，目前已經因為肉體瀕臨崩潰而使用了一次。為了應對未來的「曉」的襲擊以及奪回佐助，鳴人決定跟隨自來也出村修行，小櫻為了變的更強也拜了綱手為師。

三年間的事件

• 曉組織開始收集尾獸，捕獲了五尾、六尾和七尾的人柱力（漢、芙、羽高）。
• 鳴人在修行中首次變成第四條尾巴，將自來也打至瀕死，這是當時的自來也人生唯二離死亡最近的時候。
• 除鳴人、叛逃的佐助和已經升為中忍的鹿丸以外的同期下忍參與中忍考試並順利晉升，寧次、砂隱村的勘九郎和手鞠成為上忍，木葉丸、萌黃和烏冬從忍者學校畢業成為下忍。
• 卡卡西掌握了萬花筒寫輪眼的使用方法。
• 大蛇丸抓獲了草隱村的擁有漩渦一族血統的忍者香燐作為實驗體。
• 重吾因為君麻呂的離世將自己關進大蛇丸據點的北秘所，以防止自己因暴走的衝動殺人。
• 我愛羅就任五代風影。
• 猿飛阿斯瑪與夕日紅成為戀人，紅懷上阿斯瑪的孩子，後取名猿飛未來（後來在第四次忍界大戰時已經出生）。
• 佐助在大蛇丸手下修煉期間也私下展開了對蛇的研究，以便日後反抗大蛇丸。

鳴人歸鄉

修行歸來

時間來到3年後，鳴人回到村子，得知了同期的忍者除了出村修行的鳴人皆晉升為中忍，寧次、手鞠、勘九郎成為了上忍，我愛羅則成為了五代風影。

回村後的鳴人和小櫻與卡卡西來到曾經的演習場進行搶鈴鐺的試煉，檢驗了二人三年來的成長，小櫻在綱手的培養下掌握了精湛的醫療忍術以及怪力。

風影奪還

• 迪達拉：土之國岩隱村的叛忍。三代土影大野木的徒弟，原岩隱爆破部隊成員。個性純粹、狠辣、狡猾，使用通過起爆黏土生成各種爆炸物的忍術，崇尚瞬時之美的藝術觀念。
• 蠍：風之國砂隱村的叛忍。砂隱村顧問千代的孫子，原砂隱村的天才傀儡造型師。個性冷酷、謹慎、缺乏耐心，使用將活人改造成傀儡保留其生前能力的人傀儡技術，崇尚永恆之美的藝術觀念。

曉組織開始了捕捉人柱力的行動，派遣了迪達拉和蠍前往砂隱村，由於在砂隱村有蠍的部下，兩人得已順利潛入。迪達拉設法進行隱秘行動卻被我愛羅發現，兩人展開戰鬥，儘管我愛羅依靠地利優勢占據了主動，但在交戰中迪達拉用計犧牲了一條手臂，將炸彈藏進我愛羅用於絕對防禦的沙子中，成功擊敗了我愛羅將其捕獲，勘九郎不久後追趕上企圖奪回我愛羅，但卻被身為天才傀儡師的蠍輕鬆擊敗（因為勘九郎所使用的傀儡全是蠍當年在砂隱村開發的，對結構機關瞭如指掌），瀕死的勘九郎仍然從蠍的身上削下了一塊留有其氣味的布，蠍念在其求生意識，以及對自己所下劇毒毒性的自信，沒有給予最後一擊。

在接到我愛羅被曉組織抓獲的消息後，砂隱村向作為同盟國的木葉發起支援請求，綱手派遣了鳴人、小櫻和卡卡西的三人小隊與手鞠一起前往砂隱村，對中毒的勘九郎進行醫治並追蹤我愛羅。後又派遣了阿凱、小李、寧次和天天的隊伍支援鳴人等人。

與此同時隱居多年的砂隱顧問姐弟，千代和海老藏也因為得知曉的其中一員是蠍而出山。在卡卡西小隊趕來後，小櫻使用為勘九郎成功解毒，並破解了蠍使用的毒，製造出了解毒劑。在成功醫治勘九郎後，卡卡西小隊與千代婆婆結成隊伍一起追趕迪達拉和蠍。另一方面曉展開了對我愛羅體內的一尾的抽取，由於需要很長時間進行施術，首領佩恩派遣了作為象轉分身的鼬和鬼鮫，分別拖延卡卡西和阿凱小隊，由於象轉分身僅有本體三成的查克拉，最終還是敗下陣來，鼬見到鳴人的成長，若有所思的笑了。但也成功起到拖延時間的目的，一尾被成功剝離出去。

兩位傀儡師

阿凱小隊雖然協助卡卡西等人破解了五封結界，但也觸發機關，不得不與和自己實力相當的分身交戰而無法抽身支援卡卡西等人。另一邊，迪達拉為了引誘身為九尾人柱力的鳴人而帶著我愛羅的屍體離開了洞穴，卡卡西為了保護鳴人也跟了上去，留下了千代婆婆和小櫻與蠍進行交戰。

蠍是曾經砂隱村的天才傀儡師，也是千代婆婆的孫子，暗殺了第三代風影將其製作成了人傀儡，然後背叛了砂隱村。蠍依次以人傀儡緋流琥、三代風影與千代和小櫻對抗，即使是使出能夠用磁遁操縱砂鐵的三代風影，但卻也被事先準備好了解毒劑的小櫻和精通傀儡的千代的聯手而破解，最終不得以本體進行戰鬥的蠍以操縱百機傀儡的赤秘技「百機操演」與千代的白秘技「近松十人眾」進行對抗，期間小櫻趁蠍操縱大量傀儡時高度集中露出的破綻，將千代給予的封印球將蠍封印，但蠍依舊通過替換身體的方式偷襲擊中了小櫻，最後被千代用「父」與「母」的傀儡擊中要害，臨死前作為獎勵將自己與派遣在大蛇丸身邊的臥底的情報告訴了小櫻，然後死去。蠍在此戰的尾聲有放水嫌疑，據千代所言，蠍最後一擊時明明看破了千代的招式，卻還是留下些許破綻被千代擊中。

另一邊卡卡西使用萬花筒寫輪眼的瞳術「神威」扭斷了迪達拉的另一隻手臂，並配合鳴人成功奪回我愛羅，迪達拉也使計從卡卡西小隊和阿凱小隊的追擊中逃脫。在眾人因我愛羅的死亡而悲傷時，受到鳴人的言行打動的千代婆婆使用了自創的轉生忍術復活了我愛羅，但千代婆婆因此去世。

在蠍死後，曉組織的「候補成員」面具男阿飛拿到了蠍的戒指，成為正式成員加入曉組織進行行動，和迪達拉搭檔。

在阿飛加入後的某個時間段，湯隱村叛忍飛段也加入了曉，其加入原因是看見了曉組織中同樣具備不死能力的角都，將其視作自己的前輩和理想的同伴。

久違重逢

天地橋的戰鬥

時間已經3年，距離大蛇丸可以發動轉生忍術的時間越來越接近，小櫻從蠍那裡得到的情報有與大蛇丸直接接觸的機會，木葉方面決定組成小隊去與大蛇丸會面。

除了鳴人和小櫻，還加入了兩名新成員，一名是卡卡西在暗部時期的後輩，現任火影直屬暗部，能夠使用木遁的大和（原代號為天藏），另一名是由團藏作為首領的木葉暗部「根」組織的少年精英，代號「佐井」，其中佐井被賦予了潛入大蛇丸根據地，暗殺佐助的任務。由於佐井接受了「根」的感情抹殺訓練，不懂人情世故的言行數次激怒鳴人與小櫻，小隊成員間的關係有些不合。（但後面佐井在與鳴人、小櫻相處後，以及了解了鳴人想要帶回佐助的決心，逐漸找回了感情，並開始想要學習人情世故）

大和等人來到草隱村的天地橋，假扮成蠍與蠍的間諜會面，而那名間諜便是藥師兜，且兜早已被大蛇丸解除了蠍設下的忍術，臨陣倒戈，大和自知不敵，這時鳴人等人出現與大蛇丸和兜進行對抗，盛怒之下的鳴人被激發出尾獸外衣的力量，輕易秒殺了兜，並逐漸進入了失去理智的第四條尾巴，揮手的風壓便毀掉森林，草薙劍也無法傷及分毫，三重羅生門無法招架，實力之強連大蛇丸也難以應對，然而暴走的鳴人不分敵我，甚至誤傷了小櫻，於是大和使用了「廓庵入鄽垂手」阻止了鳴人的暴走，使鳴人的尾獸衣消去，這時佐井也為了執行團藏所下達的機密任務來到了大蛇丸身邊，和大蛇丸一起行動並來到了大蛇丸的根據地。

三年後的相遇

大和由於在之前住宿時，曾在佐井的料理和衣物中設置了木遁的發信器，得以找到了大蛇丸的根據地，並潛入抓回了佐井，藥師兜發現後救下佐井企圖與大和等人開戰，但卻被受到鳴人打動而倒戈的佐井制服，被大和使用木遁束縛住。鳴人和佐井、大和和小櫻則分成兩隊開始尋找佐助，期間佐井找到了佐助，並想要為了鳴人將佐助帶回去，但卻遭到了佐助的抵抗，一瞬間破壞了根據地，而鳴人和小櫻因此見到了3年後的佐助，佐助並沒有因為佐井的話語被打動，表達了自己即使出賣靈魂也要復仇的決心，與鳴人等人開戰，短暫的交手下，3年間進步神速的佐助輕易了戰勝了鳴人、佐井和大和，並與大蛇丸、兜一同離去。

回到木葉後，鳴人等人向卡卡西告知了這次任務的情況，為了彌補鳴人與佐助的差距，卡卡西和大和決定幫助鳴人修行研發新術，期間阿斯瑪指導了鳴人關於風遁性質變化的學習。而佐井在學習人情世故的過程並不順利，在一次第七班和第十班的聚餐中，喜歡帥哥的井野對佐井有些好感，佐井之前由於生搬硬套書本上的內容給小櫻起外號「醜女」而導致小櫻暴怒後，為了表達對井野的友好，佐井反其道而行之稱呼井野為「美女」，這使得井野加深了對佐井的好感，但也使得小櫻更加暴怒。

不死的破壞者

阿斯瑪之死

• 飛段：湯隱村的叛忍。性格好戰、嗜殺，極度崇拜「邪神教」，以殺人作為興趣。擁有不死之身和讓敵我雙方共享傷害的「咒術」。
• 角都：瀧隱村的叛忍。曾暗殺初代火影千手柱間失敗，被村子懲罰而被逼叛逃。在曉組織負責斂財，認為能夠相信的只有金錢，在捕獲尾獸之外的興趣就是挑在黑市有著高懸賞金的對象進行捕殺，並帶到換金所領取高額懸賞金。掌握著瀧隱村秘術「地怨虞」，能夠通過更換心臟延續壽命，最多擁有五顆心臟。

天地橋任務結束後，曉組織的飛段和角都二人組也開始行動，初登場便潛入了雷之國雲隱村擒獲了二尾人柱力由木人，隨後又前往火之國的火之寺，殺死了身為守護忍十二士的僧侶地陸，並帶到黑市的地下換金所換取懸賞金。

木葉在接到一名僥倖逃脫的僧侶的通信後，派遣阿斯瑪、鹿丸和子鐵、出雲的四人小隊前往換金所附近捉拿飛段和角都，在交戰中飛段展現了令人匪夷所思的不死能力，並使用特有的咒術使阿斯瑪受到與自己相同的傷害，儘管鹿丸看破了飛段的能力，但在角都的支援下飛段還是得已成功發動了咒術，對阿斯瑪造成了足以致死的傷害，隨後木葉派出了包含丁次和井野的小隊前來支援，而飛段和角都也接到組織要封印二尾的緊急命令而撤退，阿斯瑪留下遺言後，最終還是因傷重而亡。

鹿丸的復仇

在舉辦了阿斯瑪的葬禮後，鹿丸並未參加葬禮，而是一直謀劃著幹掉飛段和角都為阿斯瑪復仇的計畫，在準備完成後鹿丸和丁次、井野二人組成隊伍，即將離村時被綱手阻攔，並要求至少組成多人的小隊時，卡卡西趕來自告奮勇的成為了第十班的代理隊長，鹿丸臨時調整計畫後開始展開行動。

在火之國的某片荒野中，埋伏的鹿丸和飛段角都展開戰鬥，儘管一度用影子模仿術占據優勢，但卻被角都匪夷所思的秘術【地怨虞】破解，卡卡西看準時機以雷切擊殺了角都，卻也只是破壞了他一顆心臟，角都的秘術讓他擁有5次生命，得破壞5次心臟才能殺死他，一方面卡卡西、丁次、井野迎戰角都（但丁次井野基本派不上用場），而鹿丸用計將飛段帶到了奈良一族的森林中，並解除了影子模仿術，假裝被飛段的攻擊取走血液被殺死，卻反而利用飛段的禁術破壞了角都的一顆心臟（卡卡西偷襲時成功獲取了角都的血液，用以施展鹿丸的詐死計畫），隨後鹿丸發起偷襲，並以影子聚集術將大量起爆符附在飛段身上，爆炸將飛段炸的四分五裂，掉進了鹿丸事先設置好的洞穴中，並將其掩埋，飛段徹底失去行動能力（根據岸本公式書訪談的回答，飛段還活著，但如果長時間沒有營養供給還是會死，現在應該差不多發臭了）。

而修煉歸來的鳴人、大和、小櫻和佐井前來支援卡卡西，鳴人使用了還未開發完成的新術「風遁·螺旋手裏劍」成功擊敗了角都使其喪失行動力，最後被卡卡西以雷切完成最後一擊，將角都擊殺。

得已幫恩師復仇的鹿丸來到阿斯瑪墳前祭拜，並和紅說阿斯瑪的孩子出生了就當她的老師。

三尾出現

在蠍死後，迪達拉與新加入的面具男「阿飛」組成了隊伍，被命令前去捕捉三尾。而三尾由於沒有人柱力，以野生的狀態在湖底生存，被迪達拉和阿飛輕易捕獲。

追捕宇智波鼬

蛇小隊結成

佐助在跟隨大蛇丸的三年間實力有了突飛猛進的成長，這時候的佐助感覺到自己已經無法從大蛇丸那裡學到什麼，三年間一直在研究如何對抗大蛇丸。大蛇丸的不屍轉生的使用期限已到，目前的肉體瀕臨崩潰，而佐助趁著大蛇丸虛弱之際向大蛇丸發起了攻擊，但大蛇丸也早有打算，現出本體白磷大蛇準備利用不屍轉生奪取佐助的身體，正在轉生術成功發動時，佐助使用寫輪眼逆轉了形勢，反而將大蛇丸的力量吞噬。藥師兜在見到大蛇丸被佐助吞噬後的場面後，開始使用了自己和大蛇丸多年來的研究情報，將大蛇丸的力量注入體內。

而佐助則為了展開對鼬的復仇準備結成小隊進行行動，他找到了被稱為「鬼人再世」且擁有水化能力的水月、擁有強大治癒能力和感知能力的漩渦一族的後人香燐，以及咒印的源頭重吾，組成了蛇小隊。

另一方面大蛇丸的死訊在水月的計畫下迅速傳遍了忍界，木葉和曉方面也很快得知了情報，蛇小隊和木葉方同時將目的鎖定為曉組織的成員宇智波鼬身上，卡卡西班與紅班組成了追捕隊伍，蛇小隊也開始行動。

期間鼬和鬼鮫捕獲了四尾人柱力老紫。

佐助VS迪達拉

在追捕鼬的過程中，獨自行動的佐助遭遇了迪達拉和阿飛的阻攔，為了獲取鼬的情報，佐助決定擊敗二人，在激戰中佐助利用寫輪眼的洞察能力看破並分析出了迪達拉忍術的弱點，C1、C2和C4都被佐助擅長的雷遁忍術克制，以近乎於自殘的戰術和迪達拉戰了個兩敗俱傷，傷重且查克拉幾乎耗盡的佐助一心關注鼬的情報，無法維持寫輪眼，但在迪達拉看來這是對他的「爆炸藝術」的漠視與不屑，回想起曾經被鼬打敗的屈辱和不甘，迪達拉使用了半徑10公里的自爆，完成了史無前例的最強爆炸，臨死前對波及到阿飛感到抱歉。但佐助使用了通靈術和逆向通靈逃過一劫，導致了被用來抵擋自爆的萬蛇死亡，佐助因傷重和其他成員在旅館休整。阿飛也使用時空間忍術逃離。

而大蛇丸死後，兜移植了大蛇丸的力量出現在鳴人等人面前，將一份曉組織的情報送給鳴人，希望利用木葉對付曉組織，並表示等自己掌握了大蛇丸的力量後，會與佐助和鳴人一戰，然後離去。

由於佐助吞噬了大蛇丸，恢復能力劇增，很快就再次開始了行動，而香燐利用了佐助破損的衣物，將其撕碎以動物分散開來，以干擾木葉最擅長的氣味追蹤，木葉方的追蹤進展遭到了限制。佐助不久後在山洞遇見了鼬的分身，將分身擊敗後告知佐助自己的所在。

鼬在與佐助決戰前，獨自找尋落單的鳴人，在幻術中了解到了鳴人帶回佐助的決心後，將一隻烏鴉塞入鳴人體內，並聲稱希望不要有用到這力量的那一天。實際上是將自己裝有止水寫輪眼的烏鴉寄託於鳴人，鼬預料到如果佐助想要獲得更強的力量很有可能移植自己的眼睛，所以對烏鴉設置了只要看到「鼬的寫輪眼」就會發動幻術，以防止佐助復仇成功後受人蠱惑危害木葉，屆時就能以別天神修改佐助的意志，使其守護木葉。

師父的預言與復仇

自來也為了收集曉組織的情報獨自潛入雨隱村，並因此得知了自己當年的徒弟長門和小南分別成為了曉的首領和成員，在輪迴眼未知的力量前，自來也召喚了深作、志麻兩位仙人，並不得不使用了仙人模式與畜生道、餓鬼道和人間道進行交戰，戰勝了三體佩恩後卻被修羅道偷襲失去一臂。

面對集齊的六道佩恩，自來也也無力對抗，但在交戰中自來也卻發現六個佩恩中包含自己死去的徒弟彌彥，全都是自己以前見過的人，自來也這才察覺到六道佩恩都不是「佩恩」的實體，在佩恩的圍剿下，瀕死的自來也在回憶中想到了自己的徒弟鳴人永不放棄的毅力而振作，堅信著鳴人就是能拯救世界的預言之子（長門也是預言之子）的自來也耗盡最後一口氣將佩恩的情報以暗號的形式刻在了深作仙人的背上，並將被擊敗的畜生道也送回了木葉，自己則因為佩恩的攻擊沉入大海，英勇犧牲。

兄弟對決

佐助來到宇智波的根據地見到了鼬，先與鼬進行了一輪幻術交鋒，佐助在交鋒中詢問鼬關於當天滅族的真相以及幫凶，鼬稱協助自己滅族的人是「宇智波斑」，並為佐助講述了關於斑和其弟弟泉奈的故事，提到萬花筒寫輪眼終究會失去光明，而要開啟永恆的萬花筒寫輪眼則需要移植兄弟的眼睛，鼬佯裝出要奪走佐助眼睛的兇相，與佐助展開了對決。

與此同時，鳴人等人在追蹤過程中遭遇了阿飛的阻攔，行動暫緩。

此時的鼬由於重病和萬花筒寫輪眼的副作用導致視力模糊，戰鬥時已經力不從心，但即使如此鼬也接連使用的「月讀」和「天照」將佐助逼入絕境，佐助也不甘示弱，查克拉幾乎耗盡的佐助使出了自己獨創的S級雷遁忍術「麒麟」將鼬重創，但鼬卻使用了萬花筒寫輪眼的第三種力量——須佐能乎，抵擋了麒麟的部分攻擊，佐助由於查克拉見底無法壓制住體內大蛇丸的力量，大蛇丸從佐助身體中出現，以禁術八岐之術的姿態想與鼬一較高下，鼬早已料到大蛇丸會出現，大蛇丸還沒來得及出手就被鼬使用十拳劍封印，鼬同時也將佐助身上的咒印一併封印，眼看著擁有絕對優勢的鼬即將勝利，但鼬的身體狀況急劇惡化，而佐助也已經無力戰鬥，只能眼看著鼬將自己逼入絕境，但鼬在戳了一下自己的額頭（同時在佐助的寫輪眼中設置了用來對付阿飛的天照），說了一句「對不起佐助，這是最後一次了」之後，須佐能乎消散，鼬的生命走到盡頭，佐助也隨之失去意識。

在對決分出勝負後，一直在觀戰的絕來到阿飛身邊告知了戰果，阿飛臨走前向鳴人等人展示了自己的寫輪眼隨後離去，失去意識的佐助，以及鼬的屍體被阿飛和絕回收，鳴人等人趕來後天空下起大雨影響了氣味無法進行追蹤，任務以失敗告終。

鼬的真相

醒來的佐助遇到了自稱是「宇智波斑」的面具男阿飛，為了表露身份而顯露出寫輪眼的他被鼬事先設置的天照所傷，並告知佐助這是鼬為了保護佐助所設，面具男將宇智波一族與木葉的恩怨以及鼬滅族的真相（有部分篡改）告知了佐助，起初佐助表示懷疑，但回憶中鼬的許多令人起疑的細節卻也與這些真相吻合，滿懷悲傷和憤怒的佐助開啟了萬花筒寫輪眼，將蛇小隊更名為鷹小隊，新的復仇對象便是木葉的高層。

有關鼬的真相的劇情詳見火影忍者/劇情#宇智波政變。

捕捉八尾行動

佐助的鷹小隊與曉組織達成了暫時的合作，作為條件，佐助等人被指派前去雲隱村的雲雷峽捕捉八尾的人柱力奇拉比。

在雲雷峽，即使是整個鷹小隊聯手出擊，也不敵實力強大的完美人柱力奇拉比，佐助更是被重傷兩次一度瀕死，一步步展現力量的奇拉比很快便將鷹小隊全員逼入絕境，眼看著就要被全滅，佐助看著夥伴們為了拯救自己拼上性命的情景，回想起了曾經的第七班，百感交集之下，佐助首次了使出了「天照」重創了奇拉比，期間香燐不慎被天照所傷，佐助又為了救香燐，掌握了控制黑炎的瞳術「加具土命」將黑炎消除，奇拉比則趁機將自己與一節斷尾做出的分身替換成功逃脫，而佐助的這次行動驚動了奇拉比的兄長四代雷影，雷影以為奇拉比落入了曉的手中，但奇拉比實際上偷偷溜出了雲雷峽玩樂。

佩恩入侵

自來也的暗號

深作仙人回到了木葉傳達了自來也的死訊，綱手和鳴人也因此十分感傷，但鳴人在伊魯卡和鹿丸的鼓勵下再度振作，並與鹿丸、卡卡西連同暗號班一起思考自來也留下的暗號，最終暗號的內容被確認為「沒有實體」，自來也留下的畜生道的屍體在靜音的研究後，發現其身上的黑棒為查克拉接收器，這為後面鳴人對戰佩恩提供了重要幫助。

讓世界感受痛楚

為了應對強大的外敵，鳴人與深作仙人來到了妙木山進行仙術的修行。與此同時，佩恩六道和小南入侵了木葉，目標是九尾人柱力漩渦鳴人，在木葉里大開殺戒，而卡卡西等人更是佩恩天道展開交戰，通過試探得知了天道的部分能力，卡卡西為了保護丁次將佩恩情報傳遞給綱手，透支查克拉使用的神威而犧牲，得知鳴人不在村裡後，佩恩使用了超大規模的神羅天征將木葉夷為平地，卻也因為消耗過度，天道暫時無法使用忍術。而修煉歸來的鳴人也和妙木山的蛤蟆們一起回到木葉，共同對抗強大的佩恩六道。

鳴人與各位妙木山蛤蟆的努力下，依靠仙人模式的力量終於解決了除了天道以外的所有佩恩，但卻不敵恢復力量後的強大的天道，深作仙人被天道殺死，鳴人被天道用黑棒插在地上，不忍心看到鳴人被抓走的日向雛田衝上前來，向鳴人表白了自己的心意，為了保護鳴人與天道戰鬥，但被天道輕易打敗並補刀，鳴人以為雛田被佩恩殺死（實際上雛田並未死亡，後來被回村的凱班發現，得到了趕來的小櫻的救治保住性命），情緒完全失控使九尾查克拉完全暴走，進入了第六條尾巴的尾獸衣狀態。

九尾暴走

暴走的鳴人展現出極其強大的力量，即使是天道佩恩對付起來也十分勉強，為了制服鳴人，長門不得不消耗大量查克拉，使出了天道的最強忍術「地爆天星」，將鳴人封鎖在一顆巨大的隕石中，但九尾的暴走還在繼續，變成八條尾巴的鳴人幾乎掙脫了地爆天星，在即將變成第九條尾巴時，波風水門留在鳴人體內的查克拉出現，阻止了進一步的暴走，鳴人也在與水門的交談中知曉了自己的身世，水門耗盡了最後的查克拉為鳴人的封印重新上鎖，鳴人也從暴走中恢復，變化為仙人模式與天道再次展開交戰，最終在鳴人的戰術下，成功擊敗了天道，鳴人通過天道身上的查克拉傳導器感知到了長門的所在地。

兩位救世主

鳴人來到了長門的所在地，鳴人與長門兩位預言之子首次見面，鳴人壓抑住向長門復仇的衝動，想要知道長門的過去，並想從長門的經歷找出和平的答案，而長門也向鳴人講述了自己父母被殺、與彌彥和小南相遇、遇到自來也、被半藏算計墮入黑暗的經歷，在了解到長門的痛苦，以及經歷了恩師死亡痛苦的鳴人，拿出了自來也的第一本小說《堅強毅力忍傳》，小說中的主角是一名無論如何不會輕言放棄的忍者，而這個主人公的創作靈感，正是長門，回想起自己最初的理想，長門決定將實現和平的理想託付給鳴人，並以生命為代價發動了禁術「輪迴天生之術」，復活了包括卡卡西在內的這次戰鬥中所有被殺死的木葉村民以及深作仙人，小南則帶走長門和彌彥的屍體向鳴人道別，脫離了曉組織。成功拯救了木葉的鳴人得到了全村村民的認同，成為了大家眼中的英雄。

五影會談

大會前夕

由於綱手在佩恩入侵時消耗了大量查克拉治療村子的傷患，陷入了昏迷之中，於是在此期間需要選擇出代理火影職務的人，奈落鹿久推舉旗木卡卡西，但木葉大名和高層還是在團藏的煽動下選擇了團藏就任火影代理，並將佐助列入叛忍名單下令追殺。

而四代雷影艾由於（他自己以為）弟弟奇拉比被和曉組織聯手的佐助抓走，以為奇拉比已死，為了替奇拉比報仇解決曉組織不斷收集尾獸的現狀情報，邀請其他各國的四影前往中立陣營的武士之國鐵之國參與五影大會，團藏也以火影的身份受邀出席，鳴人不希望佐助被追殺，想當面見到佐助阻止其繼續墜入黑暗，與卡卡西、大和悄悄的離開了木葉，在途中找到了四代雷影，鳴人下跪祈求雷影能夠對佐助網開一面，但卻遭到雷影的怒斥。

而原本想要進攻木葉的佐助從面具男那裡得知了木葉已經被摧毀的消息，於是將目標改為五影會談，殺死現任火影代理志村團藏，在絕的帶領下，鷹小隊來到鐵之國五影大會會場。

一方面小櫻從佐井那裡得知了鳴人對他的感情，百感交集，由於佐助已經成為木葉的敵人，小櫻對一直依賴鳴人這件事情有負罪感，她與佐井、小李和牙一起出動，希望找到鳴人勸他放棄繼續找佐助，而自己則做好了獨自一人刺殺佐助的覺悟。

五影大會

• 艾：時任四代雷影，三代雷影之子，八尾人柱力奇拉比的義兄。性格火爆，擁有極高的力量與速度。
• 大野木：時任三代土影，接受過初代土影和二代土影無的教導，資歷上幾乎無人能及。能夠使用血繼淘汰「塵遁」。
• 照美冥：時任五代水影，結束了霧隱在四代水影執政以來「血霧之村」的恐怖時期，實行和平開放的政策，因而使霧隱村復興。能夠使用「溶遁」和「沸遁」兩種血繼限界

來自忍者五大國的五位影們紛紛到達鐵之國，分別為代理火影志村團藏，五代風影我愛羅，五代水影照美冥，三代土影大野木和四代雷影艾，由鐵之國的大將三船作為主持，召開五影大會。

在會談中，起初雷影追究起各國的責任和疏忽，並要求制裁佐助。而團藏使用了自己右眼移植的宇智波止水的寫輪眼，對三船施以幻術「別天神」對其精神操控，提出成立忍者聯軍對抗曉組織，並以風影資歷淺，水影所在的霧隱村曾被曉所控制可能會有曉的間諜，土影曾利用過曉，雷影性情太粗暴容易感情用事為由將指揮權交給團藏，但擁有一隻白眼的水影護衛青則察覺到了異常，通過白眼的洞察，他發現了三船受制於宇智波止水的瞳力的控制（青曾與止水交手，所以他知道宇智波止水的查克拉顏色），識破了團藏的陰謀實際上團藏就算不用幻術，三船本來也準備推舉他的，但是團藏生性多疑，覺得使用別天神更加保險。

在鷹小隊潛入會場期間，絕則突然出現在會議中心，出賣了佐助等人，而佐助索性也不再隱藏，亂入五影會談一反往常不濫殺的原則，對鐵之國的武士們下手毫不留情，而對佐助懷有仇恨的雷影在護衛希的幫助下馬上找到了佐助，香燐隱藏起查克拉躲了起來，佐助、水月和重吾對抗雷影、達魯伊和希。

而鳴人等人在旅館留宿時，面具男找了過來，面具男告知了鳴人等人有關當年的宇智波滅門真相，並告訴鳴人現在的佐助已經完全被對木葉的仇恨所支配。

於是團藏在計畫敗露後向其他三影說出自己有意效仿初代火影統一各個族落那樣來統一整個忍者世界，並且會不惜一切代價來完成這個目的，這樣忍者世界才能步入真正「和平」的道路，但他的想法遭到其他三影的反對，向來風評不佳的他因為陰謀被揭穿已經徹底失去了信任。

在與雷影等人的交鋒中，重吾和水月相繼被擊倒，面對雷影超強的力量和速度，佐助使用天照的黑炎進行防禦，但雷影卻不顧黑炎的向佐助發起攻擊，在佐助使出加具土命與雷影對峙時，我愛羅出手阻止了兩人的交鋒，雷影因為黑炎的緣故失去一臂，而我愛羅希望能夠說服佐助走向光明，但卻不被佐助接受，並接著與我愛羅、手鞠、勘九郎和達魯伊等人交戰，佐助則使出了須佐能乎斬斷會場的柱子，趁著混亂之際帶著香燐繼續尋找團藏所在，佐助亂入會議後，團藏趁著佐助與三船短兵相接的瞬間逃走，準備追上去的佐助則遭到了水影照美冥和長十郎的阻攔，在與照美冥的交戰中，由於沸遁的血繼限界、須佐能乎的副作用以及和雷影戰鬥時累積的傷害，佐助險些落敗，關鍵時刻白絕發動孢子之術困住了會場的所有人，並為佐助恢復了一些查克拉，但即使如此佐助仍舊無法對付接下來出現的土影，在佐助即將被塵遁消滅之際，面具男趕來救下了佐助，並將佐助和香燐帶到時空間裡讓香燐為佐助恢復體力。

面對四影的面具男，提出了「月之眼計畫」，集結九隻尾獸的力量施展對全人類施展的大型幻術無限月讀，完成統一實現和平，但卻遭到了四影的一致反對，雷影也得知了奇拉比未死的消息，雙方意見對立之下，面具男向四影宣戰，第四次忍界大戰，開始。

為了對抗曉組織，四影們繼續以忍者聯軍的形式與敵方交戰，我愛羅提議由卡卡西代表火之國作為忍者聯軍的領袖，並提出以保護八尾和九尾的名義限制鳴人和奇拉比的活動，雷影被推舉成為聯軍的總領袖。

而鳴人在聽到面具男的話後決定單獨與佐助見面，這時候小櫻等人趕到，小櫻以向鳴人告白為由希望鳴人放棄繼續找佐助，但謊言被鳴人看穿，遭到拒絕的小櫻等人決定直接去找到佐助那邊。

無尾尾獸

與此同時，奇拉比在森林裡和阿三進行說唱練習，這時干柿鬼鮫為了捕捉奇拉比而來，雙方展開交戰，由於鬼鮫使用大刀鮫肌吸收查克拉的能力，加上要保護他人，這使得擁有龐大查克拉的奇拉比陷入苦戰，鬼鮫甚至與鮫肌融合，在巨大的水牢中與奇拉比戰鬥，奇拉比還未進入完全的尾獸化就因查克拉耗盡敗下陣來，正當鬼鮫準備砍下奇拉比的腳阻止他行動時，鮫肌「叛變」了鬼鮫，將查克拉輸入到奇拉比身體內，而恢復了些許查克拉的奇拉比投擲雷遁鉛筆向鬼鮫反擊，但也被對方躲過，這時雷影等人也趕來阻止了鬼鮫，雷影和奇拉比使出了組合攻擊「絕牛雷犂熱刀」將其擊殺（但實際上被殺死的只是白絕變化的鬼鮫替身，真正的鬼鮫潛入鮫肌中跟隨奇拉比返回了雲隱村）。

而混跡在武士中的水月和重吾由於身份暴露被關押在鐵之國的監獄裡，佐井偷偷留下一個分身，告知了鳴人關於小櫻的真相以及同期忍者決定刺殺佐助的事情，而我愛羅不久後也趕來，告知了鳴人關於佐助在五影會談的所作所為，以及第四次忍者大戰的事。

佐助VS團藏

面具男出現在企圖逃離鐵之國的團藏面前阻攔了去路，並將恢復完全的佐助從時空間中解放出來，充滿殺意的佐助與團藏展開了激戰，戰鬥中佐助質問團藏關於當年的真相，而團藏的話語進一步激發了佐助的憤怒，使用須佐能乎捏碎了團藏的身體，但這時真正的團藏卻出現在佐助身後，佐助接連使用天照、須佐能乎不斷的「殺死」團藏，但團藏卻每次都能夠復活，在戰鬥中佐助的瞳力也隨著憎恨不斷增強，而面具男也在一旁說出了團藏不死的秘密，即是宇智波一族的禁術「伊邪那岐」，以犧牲一隻寫輪眼的光明為代價改寫現實，讓局勢對自己變得有利，即使受到致命傷害也能起死回生，但團藏是通過右臂移植的10隻寫輪眼來發動伊邪那岐，1隻眼睛發動的伊邪那岐只能持續1分鐘，而且當伊邪那岐的效力結束時，那隻眼睛就會失明閉上，團藏在戰鬥中通過不斷觀察手臂眼睛的狀態以確認自己伊邪那岐的剩餘次數，而佐助觀察到了這一點後則反過來利用這一特性，在不斷的使用殺招消耗了團藏的伊邪那岐後，使用幻術讓團藏誤判了伊邪那岐的剩餘次數，成功擊中了團藏的本體。

不甘落敗的團藏挾持香燐作為人質，而被仇恨完全蒙蔽雙眼的佐助全然不顧香燐的安危，用千鳥銳槍貫穿了兩人，瀕死的團藏在最後一刻使用了里四象封印，企圖封印佐助和面具男，但未能成功，不過也銷毀了止水的眼睛，沒有讓其落入面具男之手。

第七班再度集結

團藏死後，面具男帶著團藏的屍體離開，佐助正要對奄奄一息的香燐痛下殺手之際，小櫻趕來聲稱自己要加入佐助，而佐助讓小櫻殺死香燐以表決心，小櫻在猶豫之際佐助使用千鳥準備殺死小櫻，卡卡西此刻及時趕到，阻止了佐助，在了解到佐助因仇恨而變得瘋狂，此時已經什麼都聽不進去時，抱著殺心與佐助展開交戰，須佐能乎的攻擊逼得卡卡西使用了萬花筒寫輪眼來抵擋，佐助由於毫無顧忌的連續使用萬花筒寫輪眼，導致雙眼幾乎失去視力，無法維持須佐能乎了，而小櫻趁機來到佐助身後企圖殺死佐助，但最終還是無法下手，反而被佐助抓住想要殺死，卡卡西因為萬花筒副作用的緣故行動遲緩，來不及阻止，危機關頭，鳴人救下了小櫻。

原第七班成員此時全部集結，但佐助仍然被仇恨所蒙蔽，對鳴人的話也熟視無睹，兩人再次以螺旋丸和千鳥進行對決，雙方不相上下，鳴人對佐助表示他不再阻止他復仇，但前提是由他來當佐助的第一個目標。佐助說了句「那麼就先從你開始殺吧」，和面具男一起用時空間忍術離去，為了戰勝鳴人，否定鳴人所說的話，原本不希望移植鼬的眼睛的佐助改變了主意。事後鳴人等人也帶著重傷的香燐回到木葉。

第四次忍界大戰前篇 聯軍VS穢土轉生

龜島試煉

在經過了五大國大名們的許可下，忍者聯軍正式成立，昏迷的綱手也甦醒過來，恢復了火影職位。而大蛤蟆仙人將鳴人召喚到妙木山，告知鳴人將會遇到章魚（奇拉比和八尾），以及會和一個用眼睛的人戰鬥（佐助），並將波風水門留下的解放鳴人身體封印術的鑰匙交給鳴人，以讓鳴人日後能完全掌握九尾的力量。

而已經掌握了大蛇丸力量的兜也開始行動，找到了面具男，以穢土轉生的五位曉組織成員和神秘的第六人為面具男提供戰力，但條件是宇智波佐助，面具男便答應了兜的要求，兩人達成合作關係。

在忍者聯軍大會上，雷影提出以修行為由，將鳴人和奇拉比帶到雲隱村的龜島上限制其活動，並派遣阿凱、大和等人跟隨，鳴人找到奇拉比想要學習掌握尾獸力量的方法，但並沒有直接接受鳴人的請求，後來奇拉比的好友摩托伊帶鳴人與大和前往龜島上的真實瀑布，與內心的黑暗面進行鬥爭，但不分上下，在聽到了奇拉比的過去後，鳴人有所感悟，終於感化了內心的黑暗面，並與比達成共識，開始了掌握尾獸力量的修煉。

在比的指導下，鳴人進入了自己的內心深處，解開了對九尾的拘束與九尾展開戰鬥，目的是從九尾體內搶走查克拉，在八尾的協助下，鳴人得以壓制住九尾，但在奪取查克拉的過程中，受到九尾的憎恨所影響，在即將被吞噬之時，鳴人的母親漩渦玖辛奈出現在鳴人心中，抑制住了九尾的行動，在玖辛奈的幫助下，鳴人得以戰勝九尾，成功的控制住九尾的查克拉。之後玖辛奈也告知了鳴人自己是上一代九尾人柱力，以及關於16年前九尾之亂，自己和水門所經歷的事情。鳴人謝過母親並承諾成為超越父母的忍者，母子在精神世界道別後，返回了現實世界。

鬼鮫&小南之死

而鳴人掌握了九尾的查克拉模式後，獲得了能感知惡意的能力，發現了藏在鮫肌中的鬼鮫，行跡敗露的鬼鮫企圖逃離將情報傳遞給面具男，但卻遇到了剛好趕來的阿凱，兩人展開交戰，鬼鮫使出了水遁·千食鮫將情報捲軸藏在了一隻鯊魚體內，阿凱為了將數千隻鯊魚全部消滅開啟了八門遁甲第七門驚門，使出絕招晝虎將所有鯊魚連同鬼鮫一同擊潰，被擒獲的鬼鮫回想起自己認可面具男「月之眼計畫」的事情，為了不透露組織的情報拼死掙扎，用通靈術召喚鯊魚將自己的身體啃食殆盡，並在情報捲軸上設置了水牢術和通靈術，成功將情報送出。

為了拿到輪迴眼，面具男前往了雨隱村找到已經背叛組織的小南，要求小南交出長門的輪迴眼，交涉決裂後兩人開戰，由於小南在曉組織的這些年來也在研究面具男時空間忍術的弱點，使用起爆符傷到了面具男，並接著使用神之紙者之術，將偽裝成海洋的起爆符顯現出來，全部用來對面具男進行長達十分鐘的轟炸（而時空間虛體化最多只能維持五分鐘），小南因此消耗大量的查克拉而無法維持紙化，而面具男卻使用了伊邪那岐改寫了現實，從爆炸中生還並偷襲了小南，再用寫輪眼問出了長門的所在地後將小南殺死，而面具男將輪迴眼拿走，並將其中一隻移植到自己的左眼位置，準備好十萬白絕作為兵力準備開戰。

而忍者聯軍方面由於龜島位置暴露，兜與穢土轉生的迪達拉來到龜島準備捕捉人柱力，而大野木等人也趕來與之交戰，一番短暫的戰鬥下，兜雖然沒能抓住鳴人，但卻將負責監護鳴人的木遁忍者大和抓獲，回到了根據地，利用大和體內的柱間細胞，以進一步強化白絕。大野木則將龜島的位置改變，避免再次暴露。

聯軍集結

五大國的忍者與鐵之國的武士正式成立忍者聯軍，在雷之國與火之國交匯的地點集合。

隊伍如下：

• 最高統帥：四代雷影·艾 總參謀：五代火影·綱手 聯軍總隊長：五代風影·我愛羅 代理參謀：奈良鹿久、麻布伊
• 情報部隊（負責接收、傳達各處情報的部隊） 隊長：山中亥一、青 成員：天畫、山城青葉等
• 木葉潛入偵察隊（負責尋找兜的所在地） 隊長：御手洗紅豆 成員：油女牟田、日向德間、嵐華等
• 奇襲部隊（試探敵方） 隊長：勘九郎 成員：佐井、奧摩伊、一反、日向火門、段吾（聯絡班）、佐治、桐等
• 大名護衛隊（為保護大名而成立的特殊部隊） 隊長：五代水影·照美冥 成員：長十郎、飛雷神艮馬小隊（不知火玄間、並足雷同、榻榻米伊瓦西）等
• 第一部隊：中距離聯合軍分隊（主力為擅長暗器和武器的忍者） 隊長：達魯伊 成員：天天、秋道丁座、日向日足、薩姆伊、阿茨伊、鋼子鐵、神月出雲等
• 第二部隊：近戰聯合軍分隊（負責斬殺數量多的敵人， 在最前線戰鬥的隊伍） 隊長：黃土 成員：黑土、日向寧次、卡魯伊、日向雛田等
• 第三部隊：戰鬥近中距離聯合軍分隊 隊長：旗木卡卡西 代理隊長：疊伊瓦希 成員：邁特·凱、春野櫻（同時為醫療後勤部隊成員）、李洛克、山中三田、奈良鹽水、真樹（封印班）、文牙（封印班隊長）、田直等
• 第四部隊：遠距離戰鬥聯合軍分隊（同時負責支援前線及後方的部隊） 隊長：五代風影·我愛羅 代理隊長：奈良鹿丸 成員：已知成員：手鞠、秋道丁次、土台（聯絡班）、砂岩、泰薩等
• 第五部隊：戰鬥特別部隊（全為武士或使用特殊忍術、戰鬥方法的忍者們組成的部隊） 隊長：三船 成員：油女志乃、犬塚牙（攜帶忍犬赤丸）、山中井野、犬塚爪（攜帶忍犬黑丸）、犬塚花（攜帶忍犬灰丸）、沖介、里角等
• 醫療後勤部隊（負責救助傷員） 隊長：靜音（攜帶忍豬豚豚） 成員：春野櫻（同時為第三部隊成員）、白醫、戶善、竹丸、日野、硫磺（封印班）等
• 感知部隊（負責感知敵人方位） 代理隊長：希
• 木葉阻攔小隊（負責勸阻鳴人留在島龜上，必要時使用武力） 隊長：油女志微 成員：海野伊魯卡、秋道丸天、秋道志登、奈良朱雀、迪姆伊等
• 島龜結界小隊（負責組成36重再生結界，阻止人柱力們離開島龜） 隊長：脆 成員：日向伊呂波等

而面具男和藥師兜也派出了穢土轉生的各種強者和十萬白絕作為兵力。 人員如下：

• 統領：面具男、藥師兜
• 雜兵：十萬隻白絕（具備吸收查克拉後變化為與對象查克拉性質相同的變化體的能力，主要負責用人海戰術和變化能力干擾戰局）
• 長門時期的曉組織成員：宇智波鼬、蠍、迪達拉、角都、長門
• 前代人柱力：二位由木人、三代水影·枸橘矢倉、老紫、漢、泡沫、芙（被改造為新的佩恩六道）
• 歷代五影（除火影）：二代土影·無、二代水影·鬼燈幻月、三代雷影·艾、四代風影·羅砂
• 木葉隱村：猿飛阿斯瑪、日向日差、加藤斷、信、油女取根
• 霧隱村：
  • 前代忍刀七人眾：西瓜山河豚鬼、栗霰串丸、通草野餌人、無梨甚八、林檎雨由利、鬼燈滿月、桃地再不斬
  • 其他：白、中吉
• 雲隱村：特洛伊、金角銀角
• 砂隱村：千代婆婆、葉倉
• 岩隱村：狩
• 音隱村：君麻呂
• 雨隱村：半藏
• 宇智波斑

大戰始動

穢土轉生和白絕大軍紛紛趕往戰場，而藥師兜則與潛入偵察隊的御手洗紅豆交戰，並將其擒獲。原本因芥蒂不合的忍者們被我愛羅真誠的話語所打動，團結一心，戰爭一觸即發。

迪達拉、蠍和信與偵察部隊&奇襲部隊率先開戰，迪達拉和蠍利用油女牟田作為活人炸彈發起攻勢，交鋒中佐井無法容忍自己的「哥哥」信被迪達拉當作炸彈的舉動，憤怒之下爆發成功偷襲迪達拉和蠍，使其落入勘九郎的傀儡中，迪達拉的身體被奧摩伊注入雷遁，無法使用自爆脫困，信在看到了佐井的畫冊後心願了結，自行解除了穢土轉生，而蠍也被勘九郎的話語所打動，將傀儡傳承給勘九郎後，也解除了穢土轉生。

緊接著第二部隊的黃土使用土遁將隱藏在地下的大量白絕全部逼出，雙方開始交戰，而奇襲部隊也與再不斬、白、狩、葉倉相遇，這時由卡卡西率領的第三部隊及時趕到支援，而兜也開始抹殺了再不斬等人的人格準備全力應戰，兜為了加強攻勢，又召喚出了前代的忍刀七人眾，敵方血繼限界的能力和五把忍刀令奇襲部隊和第三部隊陷入苦戰，在卡卡西的奮戰下，成功擊敗了再不斬和白，兩人被封印後，戰鬥仍然持續著。

而前代五影——二代土影·無、二代水影·鬼燈幻月、三代雷影·艾、四代風影·羅砂四人則與我愛羅率領的第四部隊準備開戰，金角銀角、角都、日向日足、阿斯瑪和加藤斷則在海邊與第一部隊開戰，奇襲部隊負責留守的成員遭遇了君麻呂、千代、半藏和中吉。在達魯伊的計策下，銀角被收服，但金角因此憤怒的使用了九尾查克拉，連遠在龜島的鳴人都感知到了金角的力量，為了對抗金角，雷影送來琥珀淨瓶，在趕來支援的豬鹿蝶的配合下得已封印了金角，豬鹿蝶三人組則與阿斯瑪展開交戰，而趕來支援奇襲部隊的三船也與半藏開戰，半藏在與三船的戰鬥中，回想起了曾經被自己捨棄的信念，自行限制了行動被忍者聯軍封印，而丁次在與阿斯瑪的戰鬥中也不再迷茫，擊敗了阿斯瑪，阿斯瑪看著成長的豬鹿蝶三人組，心滿意足的被封印。

察覺到戰場異樣的鳴人也按捺不住，試圖離開，伊魯卡等人阻攔無果，但伊魯卡給鳴人留下一封信，希望他能平安歸來，奇拉比也協助鳴人前往戰場。由於兩名人柱力趕往戰場，以及金角九尾查克拉的出現，面具男來到了第一部隊的戰場，召喚出外道魔像令聯軍無法招架，並奪走了封印著金角的琥珀淨瓶然後離去。

經過白天的戰鬥，忍者聯軍和曉各損失一半兵力。在夜晚，忍者聯軍整頓休息時，白絕利用偽裝能力開始暗殺聯軍內部的忍者，其中一隻變成日向寧次的白絕被小櫻用計識破，令聯軍意識到敵人已經潛入。與此同時，兜也將派出了鼬和長門開始行動，但似乎由於兩人都具備強大瞳力，不至於馬上就被控制，兩人漫無目的的行動著，對操縱者的真實目的產生懷疑。

第四次忍界大戰中篇 夜晚的戰場

再遇故人

鳴人和奇拉比趕往戰場時，雷影和綱手也前來阻止，奇拉比和鳴人以行動證明了自己獲得了雷影的認可和默許。到了早上，戰爭再次打響，面具男帶著穢土轉生的前代人柱力們出戰，九尾查克拉模式的鳴人使用了影分身支援各個戰場，我愛羅和大野木等人也與先代四影們開戰，羅砂在與我愛羅的戰鬥中認可了我愛羅的價值，並告訴了我愛羅母親對他的愛，在我愛羅的諒解下心滿意足的被封印。

與此同時，鳴人與奇拉比遭遇了被兜派來捕捉他們的鼬和長門，在兜的控制下雙方不得不展開戰鬥，而鳴人也向鼬確認了當年機密任務的事情，並告知了鼬關於佐助的現狀，鼬驚訝佐助並沒有回到木葉反而決定向木葉復仇，意識到自己的決定計畫失敗，了解到鳴人對佐助的友情後，鼬決定將佐助託付給鳴人。面對實力強大的鼬和長門，雙方一時間打的難解難分，而就在鼬開啟萬花筒寫輪眼時，鼬當初在鳴人體內設置的烏鴉出現，那隻烏鴉身上移植了宇智波止水的寫輪眼，只要看到「鼬的萬花筒寫輪眼」就會啟動（這是鼬當初為了應對佐助可能與木葉為敵而做的保險，預料到佐助為了獲得更強的力量會移植自己的眼睛，所以鼬在止水的寫輪眼上設置了幻術「守護木葉」，並將發動條件設置為只要看到自己的萬花筒寫輪眼烏鴉就會出來，發動別天神「守護木葉」，以修改佐助的意志），用止水的萬花筒對鼬施展了幻術「守護木葉」覆蓋了穢土轉生的支配權，鼬得已擺脫控制，眼看著不但沒有抓住八尾和九尾，又出現了鼬這麼一個新的強敵，兜完全操控了長門，吸收了奇拉比的部分查克拉使長門恢復到健康狀態，展現了強大的實力差點就收服了鳴人和奇拉比，但在鼬的幫助下逃離險境，最後三人合力破解了長門的地爆天星，鼬用十拳劍使用封印了長門。鼬看到變強的鳴人和過去的自己一樣想要獨自解決一切，告誡他「不是成為火影就能被大家認可，而是被大家認可的人才能成為火影」，並銷毀了止水的眼睛，同時接下了阻止穢土轉生的任務和鳴人、奇拉比分別，並開始尋找穢土轉生的施術者。

隨後在鳴人的支援下，忍者聯軍方先後擊敗並封印了二代土影無（但無趁機使出分裂使一半的自己逃離出去）和三代雷影，我愛羅也利用羅砂留下的沙金戰勝了二代水影鬼燈幻月，鳴人的影分身也及時趕到各個戰場提供了有力援助，聯軍方形勢一片大好。

「斑」降臨戰場

正當忍者聯軍形勢大好之際，在第四部隊的戰場上出現了一個令所有人都意外的敵人——穢土轉生的宇智波斑本人，所有人在震驚之餘也開始對面具男的身份產生疑惑。以展現實力為由，斑與第四部隊的忍者開戰交戰，即使有大量聯軍忍者，卻也完全無法抗衡強大的斑，鳴人、我愛羅和大野木的配合也未能傷斑分毫，斑甚至展現了輪迴眼的力量，斑隨後施展忍術從天空降下一顆遮天蔽日的巨大隕石，這超越人類想像的忍術令聯軍感到絕望，在大野木和我愛羅的全力之下終於停住了一顆隕石，但馬上第二顆隕石降下，導致第四部隊死傷嚴重。但斑的攻勢還沒有結束，斑又使出了木遁·樹界降臨，這時九尾突然協助鳴人，以大玉螺旋帶連丸抵擋住了木遁的攻擊。

為了對抗強大的斑，雷影、綱手和照美冥也先後抵達戰場，五影聯手與斑展開戰鬥。

尾獸和解

而鳴人本體那邊，也與帶著穢土人柱力的面具男相遇，雙方就此開戰，然而即使是鳴人和奇拉比，面對6位人柱力加上面具男也有些寡不敵眾，所幸卡卡西和阿凱及時趕來支援。在戰鬥中，鳴人意外的進入了尾獸的內心世界，並以真誠的話語和實際行動感化了眾尾獸們，鳴人因此獲得了部分其他尾獸的查克拉，九尾也終於解開心結，認可了鳴人，解放全部的力量與鳴人並肩作戰，鳴人第一次使出了完整的尾獸化，總算是得以對抗面具男和眾尾獸。

「鷹」再次行動

• 在木葉監獄裡的香燐表面上裝瘋賣傻，實際上做好了越獄的準備。
• 水月和重吾來到大蛇丸以前的秘密基地想要找到佐助，卻誤打誤撞的獲得了大蛇丸留下的解除屍鬼封盡的捲軸。
• 移植鼬的眼睛後開啟了永恆萬花筒寫輪眼的佐助殺死了白絕本體，逃離了面具男的根據地，決定前往戰場與鳴人廝殺。

兄弟聯手

佐助在前往戰場的過程中遇到了獨自行動準備去解除穢土轉生的鼬，佐助隨即也追了上去，質問鼬當年滅族事件的真相，兩人來到蛇潛窟遇到了藥師兜，佐助了解到鼬的目的是解除穢土轉生，並答應戰鬥結束後告訴佐助想知道的一切，於是兄弟二人聯手對抗作為敵人的藥師兜，由於穢土轉生之術在施術者死後就無法解除，所以鼬和佐助以活捉為前提與其戰鬥，而兜也事先針對寫輪眼做足了準備，加上通過移植改造身體以及掌握了龍地洞的仙人模式，兜的實力早已今非昔比，這讓兄弟二人陷入了苦戰，但也在配合中找回了曾經的默契。

在戰鬥中，鼬了解到兜曾經與自己相似的悲慘命運，明白了兜如今已經迷失了自我，於是使用了禁術「伊邪那美」讓藥師兜陷入幻術的無盡輪迴中，只有正視自己的選擇才能從中掙脫，鼬希望通過這個幻術讓兜能夠正視自我，重新選擇人生的道路。鼬用幻術控制著兜解除了穢土轉生，臨別之際，鼬用幻術將當年的真相全部告訴了佐助，並承認自己因為不相信佐助的力量與意志，而導致佐助離開木葉等行為。但這次，鼬選擇相信佐助，認為他也許能改變一族。最終鼬對佐助說：「無論將來你選擇什麼樣的道路，我都一直深愛著你。」

而隨著穢土轉生的解除，所有被通靈的亡者靈魂升天，但僅有宇智波斑是例外，他使用了「穢土轉生·解」掙脫了穢土轉生的束縛，成為了唯一沒有升天的穢土轉生者，一直以來留有餘力的斑也失去了耐心，儘管五影的配合已經十分出色，但仍然被斑重創而慘敗，綱手的身體甚至被從腰部斬斷，憑藉著千手一族的強大生命力，綱手沒有死亡，召喚了蛞蝓為其他幾位影進行救治。

而水月和重吾也帶著大蛇丸的捲軸趕來找到佐助。原本準備毀滅木葉的佐助在與鼬的再次見面後，因為鼬的言行和人生，開始重新思索何為家族、何為村子、何為忍者，他想要了解一切的因果，再重新做出選擇，為了找到「知曉一切的人」，他利用大蛇丸留在紅豆體內的細胞復活了大蛇丸，並決定前往木葉。

面具之下

隨著穢土轉生的解除，人柱力們也靈魂升天，失去了尾獸化的人柱力作為助力的面具男繼續操縱著外道魔像，與鳴人、奇拉比、卡卡西和凱對峙，在多次的交手中，卡卡西發現了面具男所使用的時空間忍術與自己的萬花筒寫輪眼瞳術「神威」的空間相連，開始對面具男的身份產生質疑，最後在鳴人和卡卡西的配合下，鳴人使用螺旋丸擊碎了面具男的面具，而面具下的真容，正是在神無毗橋之戰犧牲的寫輪眼英雄，卡卡西的摯友宇智波帶土。（有關宇智波帶土的劇情部分詳見火影忍者/劇情#神無毗橋之戰_少年們的戰場至火影忍者/劇情#身處於地獄的部分）

帶土的身份暴露後不久，解決了五影的斑也趕到了帶土身旁。面對卡卡西的疑問，帶土無情的斥責使得卡卡西無言以對，但卡卡西馬上振作，為了保護鳴人與帶土繼續抗爭，戰況僵持中，鳴人和奇拉比尾獸化聯手發射尾獸玉想要破壞已經獲得了7隻尾獸和部分八、九尾查克拉的外道魔像，但仍然沒能阻止十尾的提前誕生。

第四次忍界大戰後篇 十尾降臨

統一戰場

帶土和斑控制著不完整狀態的十尾，使其逐漸向完全體邁進，面對十尾的攻擊，鳴人捨身推開了卡卡西而受到攻擊，看到這一幕的帶土從鳴人身上找到了過去的自己的影子，但他認為鳴人也遲早會因為痛苦而改變，並想要見證鳴人的選擇。這時忍者聯軍也趕來支援鳴人，但面對十尾過於強大的力量，忍者聯軍也死傷慘重，聯軍總部的鹿久、亥一等人被十尾的尾獸玉殺死，大規模的扦插之術殺死了包含日向寧次在內的大量忍者，目睹如此慘重的傷亡、以及寧次為了保護自己犧牲的身影，鳴人產生了動搖，面對帶土的質問幾乎就已經要改變時，被雛田安慰，並在九尾的訓斥下振作，將九尾查克拉分給忍者聯軍的忍者們，繼續與十尾戰鬥。

知曉一切之人

大蛇丸和鷹小隊的成員此時抵達了夜深人靜、大部分兵力都投入戰爭的木葉，大蛇丸找到了漩渦一族收納的死神面具，來到宇智波一族的地下室，施術將被屍鬼封盡封印的靈魂解放出來，讓重吾向佐助體內注入仙術查克拉使帶土設置在佐助體內用於監視的5隻白絕脫離出來，並利用其中1隻作為轉生的新容器，剩下的4隻作為穢土轉生的活祭品，召喚了前四代的火影們。

佐助想要了解一切的真相和因果，從猿飛日斬那裡確認了鼬的真相，從千手扉間那裡了解到宇智波一族的本質，扉間在知道佐助有毀滅木葉的想法後曾準備下殺手解決佐助，但是被千手柱間制止，柱間想要解開佐助的心結，認為儘管不知道佐助在知道真相後會如何選擇，但如果忽視佐助，那他肯定會變成下一個斑，如此即使打贏了忍界大戰也會失去意義。

千手柱間便告知了佐助關於忍者家族的歷史，木葉的創立和柱間自己對這一切的感悟，柱間原本認為村子是各族之間連結的場所，在無序中建立起秩序，保護一切、實現和平的手段，然而卻如當初斑對自己所說的那般，在日後產生了黑暗，深思熟慮的佐助決定守護木葉，他不想將鼬背負沉重罪孽所守護下來的村子化為烏有，而為了終結忍界至今為止的秩序下所滋生的黑暗，佐助也產生了一個新的想法…

在與逃獄的香燐會和後，佐助向香燐道歉，然後大蛇丸、鷹小隊以及四位火影開始前往戰場。

有關柱間講述的相關內容詳見火影忍者/劇情#家族戰爭至火影忍者/劇情#宿命之戰的部分。

十尾人柱力

在與斑和帶土的對抗中，鳴人等人陷入劣勢，正當十尾對聯軍發射了超大型尾獸玉時（期間帶土將卡卡西帶進了神威的空間中），穢土轉生的波風水門及時趕到，將尾獸玉轉移到了戰場附近的海上，隨後其他火影以及佐助等人也接連趕來，四位火影使出了「四赤陽陣」以及柱間使出了「明神門」控制住十尾的行動。而佐助坦言自己要成為火影的言論令同期的夥伴們一時間無比震驚。由於千手柱間等人的支援，第七班三人再次集結，聯軍士氣大漲，奮力對抗十尾從體內分化出的增殖體，在鳴人和佐助的聯手下，使出了風遁和炎遁的結合重創了十尾，佐助企圖用黑炎將十尾完全毀滅，但十尾很快就將被天照燒的部分從身體上分離了出去。

帶土和卡卡西此時在神威空間中展開了一場對決，最後卡卡西的雷切貫穿了帶土的心臟（帶土利用了卡卡西的攻擊，心臟上被斑施加的符咒因此被清除），帶土笑道：「這場戰鬥就算你贏好了，但這場戰爭的勝利絕不相讓！」，從時空間中逃回了戰場，但因為瀕死的重傷奄奄一息，斑利用自己移植給帶土的初代細胞控制瀕死的帶土的身體，以便讓帶土對自己使用輪迴天生，危機關頭，波風水門利用當初在九尾之亂時在帶土身上留下的飛雷神印記趕來帶土身邊斬向帶土，卻也在驚愕中發現當年面具男的身份是帶土。斑的想法沒能得逞，然而瀕死的帶土並不罷休，發動了「六道十尾柩印」將十尾吸入體內，成為了十尾人柱力。

變成十尾人柱力的帶土雖然沒有自我意識，卻展現強大的力量輕易突破了四赤陽陣和明神門，並碾壓了柱間的木遁影分身和穢土的扉間，輕鬆擊敗了穢土的日斬，在帶土內心的掙扎中帶土完全恢復了意識並掌控力量，成為了更完整的十尾人柱力形態。帶土使用求道玉的錫杖打斷了水門的一隻手臂（被陰陽遁攻擊後，即使是穢土轉生的身體也無法恢復），在水門使用飛雷神之術轉移位置後，仍有一枚求道玉跟著水門過來，眼看著即將爆炸之時，扉間的影分身使用了飛雷神之術轉移了求道玉並將其轉移到帶土的位置上，但帶土利用求道玉的防禦毫髮無傷。

緊接著在水門和扉間的配合下，鳴人和佐助再次使用風遁和炎遁的結合使出了灼遁擊中帶土，卻仍舊被帶土化解，正在眾人一籌莫展之時，通靈時間快結束的蛤蟆吉在消失之前向帶土吐出了帶仙術查克拉的黏液，帶土使用求道玉進行了防禦，但鳴人和扉間卻察覺到帶土無法完全化解仙術攻擊的弱點，加上十尾人柱力狀態下的帶土無法使用神威躲避攻擊，在扉間的飛雷神之術的配合下，使用仙人模式狀態下的螺旋丸成功對帶土造成了傷害。由於形勢有變，帶土召喚了神樹準備發動無限月讀，並使用了「六赤陽陣」束縛住聯軍的行動，準備發射四發超大型尾獸玉清場，但在鳴人利用影分身的原理讓水門使用飛雷神之術後（飛雷神之術可以將與施術者的查克拉構成間接接觸的對象也一同進行轉移，而九喇嘛模式下的鳴人此前將自己的查克拉分給了忍者聯軍的忍者們，因此水門可以通過與鳴人的查克拉連接，與被鳴人賦予了查克拉的忍者們進行查克拉的間接接觸，從而發動飛雷神之術轉移忍者聯軍），成功將聯軍全員救出。

而十尾變為神樹後向戰場生長出大規模的樹枝開始吸收聯軍忍者的查克拉，所到之處的忍者幾乎被吸到枯竭，差點枯竭的鳴人被日斬成功救出，忍者聯軍再次面臨了大量傷亡，由於帶土壓倒性的強大，鳴人和聯軍等人產生動搖，但在佐助的實際行動下，鳴人重拾信心，佐助和重吾一同使出了帶有仙術之力的須佐能乎，與鳴人一同向帶土發起進攻。另一邊，大蛇丸、水月和香燐救治了瀕死的五影並趕往戰場，隨著五影的歸來，聯軍們也再次振作，向神樹發起攻擊。

為了戰勝帶土，鳴人和佐助聯手使出了威裝·須佐能乎，與同期的夥伴們和忍者聯軍們合力對抗帶土，帶土使出了天沼之矛迎擊，在對峙中，由於查克拉的連接鳴人看到了帶土的回憶，而面對屢敗屢戰，無論面對什麼絕望和打擊也振作起來不斷站起來的鳴人，帶土的決心產生了動搖，天沼之矛伴隨著帶土信念的減弱而逐漸破碎，帶土被威裝·須佐能乎的攻擊成功擊中，體內的尾獸查克拉開始外洩，忍者聯軍開始和帶土進行「查克拉拔河」。正在這時，鳴人也進入了帶土的內心世界中，面對鳴人的質問，以及過去的自己，帶土回想起自己真正的夢想和所追求的信念，尾獸的查克拉被從體內抽出，帶土被解除了人柱力形態，戰敗後虛弱的帶土倒在地上，向天空伸出手，緩緩的說道：「琳」。

斑的脈動

作為十尾人柱力的帶土即使失去尾獸的力量也不會死去，佐助為了絕後患企圖殺死帶土，被從時空間中脫離的卡卡西搶先，卡卡西準備親手結束帶土的生命時被水門阻止，老師與兩位學生互相袒露了各自的心聲，帶土戰敗後鳴人則與柱間一起對抗斑。

帶土決定使用輪迴天生之術復活大戰中的死者作為贖罪，卻被突然從地底鑽出的黑絕所控制，而被明神門壓制的斑也操縱帶土的身體對自己使用了輪迴天生之術，斑以活人的姿態回歸現世，但穢土轉生的輪迴眼因此消失，同時逐漸取回生前的力量，他吸收了柱間的仙術查克拉，一人對抗鳴人、佐助、佐井並輕易擺脫，但沒有雙眼的斑對抗九隻尾獸仍舊力不從心，正在這時白絕將帶土藏匿起來的輪迴眼交給了斑，獲得了一隻輪迴眼的斑使用了輪迴眼的特有瞳術「輪墓·邊獄」瞬間打敗九隻尾獸，並使用外道魔像發動查克拉鎖鏈捕捉九隻尾獸，一番僵持下斑還是抽出了鳴人和奇拉比體內的八尾（奇拉比由於八尾斷尾留下的查克拉得已保全性命）和九尾，擁有漩渦一族體質的鳴人雖然不會馬上死亡但也失去意識，九尾再被抽出之前讓我愛羅將鳴人帶到水門身邊，以獲得另外一半九尾的查克拉，但卻也遭到黑絕的阻撓，另一半九尾查克拉也被奪走，為了延長鳴人的性命，卡卡西將小櫻和鳴人吸進神威空間中，讓小櫻為鳴人醫治。

另一邊，扉間趁著斑大意之時企圖用飛雷神之術偷襲，但被斑反制，並用黑棒插在地上，佐助趁著斑和扉間對話時想要趁機偷襲，而扉間也配合佐助發起攻擊分散了斑的注意力，但佐助卻被斑的「輪墓」束縛住行動，並用草薙劍刺穿了佐助，一時間佐助也陷入瀕死，斑成功吸收十尾，成為十尾人柱力，並前去尋找帶土想要獲得另外一隻輪迴眼，慎重的他企圖再度通過言語勸誘帶土，但已經找回信念的帶土假裝要握住斑的手然後突然反水，從斑的體內取回一部分六道之力並奪取了少量一尾和八尾的查克拉，希望將其注入到鳴人體內，面對斑快速的攻擊，卡卡西和帶土利用兩隻寫輪眼同時發動神威速度倍增的特性，帶土進入神威空間將查克拉輸入給鳴人，而卡卡西也被及時趕來的凱救下。

藥師兜因為鼬施加的伊邪那美找回了自我，來到戰場，用自己所研究的柱間細胞的成果，為瀕死的佐助進行醫治。

赤紅猛獸

由於只有體術和仙術才能對十尾人柱力奏效，凱開啟了第七門全力與六道斑戰鬥，但卻完全不敵斑並且被打傷，千鈞一髮之際被小李救下，意識到只有拼上性命才能與斑交戰的凱，為了保護夥伴們和小李，毅然開啟了八門遁甲之陣的第八道門「死門」，短時間內獲得超越五影數十倍增幅的凱終於讓斑感受到了威脅，在水門、小李、我愛羅、卡卡西的支援下，水門將斑用於反擊的求道玉和自己一同轉移到了木葉，卡卡西用神威打開了求道玉的防禦，使得凱擊中了斑的身體，儘管造成了傷害，卻不足以致命。

而鳴人和佐助都在內心世界裡見到了大筒木羽衣，了解了一切的起源，鳴人得知自己是六道仙人次子阿修羅的查克拉轉世，佐助得知自己是六道仙人長子因陀羅的查克拉轉世，在與六道仙人進行一番交流後，鳴人和佐助兩人在選擇了各自的道路後並接受了六道仙人的力量。而凱和斑在激戰中，八門的時限將至，凱竭盡全力使出了自創的死門奧義「夜凱」，以足以扭曲空間的一擊將斑重創，即將死去的凱也無力再戰，這一擊儘管差點讓斑死亡但仍然不足以完全殺死斑，正當斑要補刀時被趕來的鳴人將求道玉一腳踢開，獲得了六道陽之力的鳴人保住了阿凱的性命，並展現前所未有的強大力量向斑進攻，一擊切斷了神樹，而斑感受到神樹的呼應，吸收了神樹獲得不死之身。

無限月讀

獲得了陰之力的佐助拔出扉間身上的黑棒後，趕來鳴人身邊，鳴人獲得了「六道仙術」的力量，佐助則開啟了「六勾玉輪迴眼」，被賦予六道之力的二人聯手令斑再次感到棘手，為了對抗兩人而奪走了卡卡西的寫輪眼發動神威進入神威空間，遇到了讓小櫻幫忙摧毀輪迴眼的帶土，帶土在把小櫻送出神威空間後被斑抓住，並了解到當年琳的死亡的真相和自己被利用的事實，憤怒卻又無法抵抗，最後斑獲得完整的輪迴眼，帶土也被安上了另一隻寫輪眼，卡卡西失去的眼睛被鳴人使用陰陽遁恢復。

從神威空間出來後，斑同時發動了「輪墓·邊獄」和「天涯流星」攻擊第七班，鳴人和佐助使出能力一一對抗，但這其實只是斑為了發動無限月讀而採取的佯攻。趁鳴佐二人被拖住之際，斑飛向月面，額頭開啟了「輪迴寫輪眼」，無限月讀正式發動。無限月讀的光芒照耀著世界每一個角落，即使被物體遮擋也會被月光穿透，全世界幾乎所有人、動物都陷入了幻術之中，斑又發動了「神·樹界降誕」，將所有陷入幻術中的人們包裹了起來。

而鳴人、小櫻和卡卡西在擁有輪迴眼的佐助的須佐能乎的保護下，免收無限月讀的控制，穢土的四位火影也因為是死人的緣故不受影響。

輝夜復甦

無限月讀成功發動，斑準備回到地面繼續與第七班戰鬥，卻遭到了黑絕的背叛，被黑絕貫穿了身體，而震驚的斑也得知了自己其實被黑絕所利用的現實，並且黑絕其實是輝夜的意識而非斑的意識。黑絕利用斑的身體和自己融為一體，復活了查克拉之祖——大筒木輝夜，失去利用價值的帶土也被黑絕排出。復活的輝夜要消滅眾人，奪回所有的查克拉，將第七班和帶土轉移到了熔岩空間之中，鳴佐二人聯手對抗輝夜，期間又從黑絕那裡得知了輝夜的過去，以及關於因陀羅和阿修羅，還有篡改石碑以及孕育出來的忍者的歷史，其實都是為了復活輝夜的計畫。

在轉戰冰空間後，鳴佐二人的實力讓輝夜感到麻煩，為了更效率的擊敗兩人，輝夜將佐助拖進了沙漠空間，並和黑絕一同對抗剩下的人，鳴人使出多重影分身對抗輝夜拖延時間，並為奄奄一息的帶土注入了陽之力以延長其生命，醒來的帶土了解到戰況後，發現了輝夜所使用的時空間忍術與自己的神威類似，可以通過神威來進入輝夜的空間，帶土、小櫻和鳴人的影分身為了給帶土提供查克拉使用神威跟隨著帶土尋找佐助所在的空間，消耗了大量查克拉後，帶土和小櫻終於找到佐助，三人離開了神威空間來到戰場。

封印輝夜

輝夜想要一口氣消滅掉鳴佐二人，將戰場轉化為超重力空間，位於其中的人受重力影響一時間無法移動，輝夜對鳴佐二人使用了必殺之術「共殺灰骨」，眼看著兩人即將殞命，帶土和卡卡西都想要捨命救下二人，在他們的意識中，琳牽著他們的手，帶動了他們的身體，趕來鳴佐二人的面前，但帶土使用了神威轉移了射向卡卡西的共殺灰骨，自己則沒能倖免，帶土的身體逐漸化為碎片，在即將消失前，帶土自嘲的評價了自己的人生又稱卡卡西是新時代的支柱而拒絕了鳴人的救助，最後含笑的對鳴人說道：「你一定要成為火影啊」。

面對嘲諷帶土的黑絕，鳴人憤怒的發起攻擊卸下了輝夜附著黑絕的手臂，並用求道玉製成的棒子將其定住。而在另一個世界裡，帶土遇到了一直都在淨土等著自己的琳，在即將離開淨土時，帶土放心不下卡卡西，便利用留在屍體殘骸中的查克拉附身在卡卡西身上，希望讓卡卡西成為六代火影，卡卡西也因此獲得了完整的萬花筒寫輪眼的力量，得已使出須佐能乎救下差點被攻擊的小櫻，第七班集結，與輝夜展開最終決戰，在卡卡西的指揮和四人的完美配合下，終於成功對輝夜使用了「六道·地爆天星」將輝夜和黑絕徹底封印。

鳴人與佐助

離別之時

在輝夜被封印後，大筒木羽衣召來歷代已故四影的靈魂合力施術，召回了位於始球空間的第七班、尾獸和瀕死的斑，斑身上的尾獸們和外道魔像均被抽離，輪迴眼與柱間細胞也因此消失，斑作為曾經的人柱力，失去了尾獸便必死無疑。此時，柱間來到奄奄一息的斑身邊，時隔多年，斑與柱間互相敞開心扉，斑在認同了柱間的想法後離世，鳴人和佐助也在一旁見證了他們的前代轉世者的結局。卡卡西也在內心世界中，以朋友的身份與帶土的靈魂道別，寫輪眼的力量也隨之失去，從此世上再無「寫輪眼卡卡西」。

羽衣解除穢土轉生之際，鳴人連忙趕到水門的面前，這一天是鳴人的生日，水門微笑著向鳴人祝賀「生日快樂」，鳴人流淚著向水門說出了之前沒能對父母說出的各種話語，並希望水門能將這些話語傳達給母親。水門說「我一定會傳達給她的」，之後水門和其他已故五影的靈魂一同回歸淨土，作為祭品的白絕們的生命也消亡化作了樹木。

最後之戰

鳴人與佐助在羽衣面前，道出各自不同的選擇，佐助提出革命，要處刑現任五影，由自己掌管九隻尾獸（而鳴人體內擁有所有尾獸的查克拉，佐助也決定處理掉鳴人），廢除現有的制度並創建新的制度，來統一忍者世界，以此創造一個不會再滋生黑暗的全新的忍者世界，鳴人表示不會讓佐助如願，他不願意讓和自己已經互相理解了的尾獸們再去失去自由，並表示自己也不會讓佐助解決掉，兩人來到了終結之谷。

開戰前，佐助闡述了自己的想法，否認了鳴人對於火影概念的「不是成為火影就能被大家認同，而是被大家認同的人才能成為火影」的理解，決定憑藉自己強大的力量改寫忍者世界的制度，孤身一人背負所有的憎恨，成為全世界的公敵以達成世界的統一和和平，佐助對於火影的理解則是「用自己一個人的火焰，燃盡五村所有的黑暗，再吞下燃燒殆盡的灰塵活下去的人」，為了成為真正的孤身一人，就要捨棄過去，佐助決定斬斷自己唯一的羈絆，殺死鳴人。

而鳴人在經歷了與人們的合作、理解和互助一路走到了現在，在忍界大戰的多場戰鬥以及封印輝夜，也是靠著所有人的共同努力，以及過去的人們那裡學到的、感悟的東西，所以鳴人主張不能什麼事都靠一個人解決，要相信團結的力量，並表示絕不會讓佐助斬斷這份羈絆。

懷揣著對立的想法，兩人的戰鬥就此展開，激戰中，兩人的力量勢均力敵，佐助甚至以須佐能乎作為容器固定了九隻尾獸的查克拉與鳴人戰鬥，兩人各自使出了最強的招式在空中引發了毀天滅地的大爆炸，即使力量耗盡兩人也一直戰鬥至黃昏，最終以螺旋丸和千鳥進行了最後的交鋒，兩人沒有分出勝負，各自的慣用手在爆炸中被摧毀。

和解之印

精疲力盡的佐助甦醒後不解的質問著鳴人為何要為自己做到這種地步，鳴人則告訴佐助自己早已將他視為朋友，所以無論如何都會分擔他的痛苦，阻止他身陷黑暗。佐助回憶自己和鳴人邂逅的點點滴滴，最後笑著承認鳴人才是這場對決里真正的贏家，兩人雖然失去了一隻手臂，但血液卻匯聚到一起如同「和解之印」，而大戰中被摧毀的柱間與斑的雕像也成了和解之印狀，阿修羅和因陀羅的恩怨也就此了結，從此之後不會再出現轉世者。

第四次忍界大戰結束

櫻和卡卡西抵達終末之谷，為重傷倒地的二人療傷。佐助首次坦然接受內心感情，為之前所犯下的錯誤向櫻道歉，並與鳴人一同解開了無限月讀，救出了深陷幻術中的人們，一到七尾回歸自然，八尾和九尾分別回到奇拉比和鳴人體內。其餘剩餘的白絕風化而死。

返回村里休養直至康復後，佐助告知卡卡西和櫻他即將再度啟程，遠行他方看一看曾經因為自己被仇恨蒙蔽了雙眼而錯過的人和事。佐助婉拒了櫻希望與之同行的請求，並答應自己會再度歸來。才離村沒多久，鳴人出現在佐助的面前，把當初被自己用螺旋丸划過的木葉護額還給佐助。佐助收下護額，承諾履行忍者的職責，兩人就此告別。

卡卡西如帶土所願，就任六代火影。

最後的物語

時間為第四次忍界大戰的約2年後，鹿丸和小櫻紛紛升為上忍，雛田也一直在想著何時向鳴人傳達自己的心意。

在某個夜晚，大筒木舍人派來傀儡向日向一族發起了襲擊，日向花火的白眼被奪取（目的是為了開啟轉生眼），鳴人為救雛田而與舍人的傀儡開戰，舍人則表示自己會帶走雛田，月亮會墜毀，地球即將被毀滅，五影隨即召開，商討如何應對地球毀滅的危機，鳴人、雛田、小櫻、鹿丸和佐井組成調查隊前往了一個異質地底空間，在執行任務時鳴人在與雛田相處的過程中，回想起自己與雛田的點點滴滴，意識到了雛田對自己的心意，以及自己對雛田的感情。

後來雛田被舍人抓走，舍人希望雛田成為自己的妻子，一方面是為了血脈的純正性（日向一族與大筒木羽村的後裔血統相近），一方面是舍人對雛田也懷有感情，而雛田表面上順從，實際上想獨自破壞舍人的計畫。後來鳴人在月球上與舍人展開激戰，最終擊敗了舍人，奪回了花火的眼睛，舍人也理解了先祖的真意，獨自駐守在月球上。

最後鳴人和雛田在月下擁吻，確認了彼此的感情。後來兩人成婚，組建了家庭。

結局（原作完結）

• 鳴人就任七代火影，鹿丸和靜音則繼續擔任歷代火影輔佐的職位，在故事結尾在木葉召開新一屆五影會談。
  • 由於鳴人在火影上任儀式當天不小心被女兒向日葵打暈，所以上任儀式是由木葉丸用變化術代替參與的。
• 佐助繼續贖罪之旅，並暗中調查輝夜的遺蹟。
• 佐井成為暗部統領，木葉丸、萌黃、烏冬成為上忍，油女志乃和御手洗紅豆成為木葉隱忍者學校的教師，天天開設了一家忍具商店，伊魯卡成為忍者學校的校長。
• 大蛇丸、藥師兜因為在第四次忍界大戰有功，不再被列入叛忍。
  • 大蛇丸並且被允許在不涉及他人生命安全的情況下繼續做實驗，但仍需要被歷代火影派人暗中監視，目前監視者為大和。而鷹小隊除佐助以外的成員繼續跟隨大蛇丸從事研究。
  • 藥師兜重拾養母舊業，回到木葉與兒時夥伴烏魯西一起在木葉開設了一家孤兒院。
• 阿斯瑪和夕日紅的女兒猿飛未來長大，並成為一名中忍。
• 長十郎就任六代水影、黑土就任四代土影、達魯伊就任五代雷影。
• 鳴人同期多數忍者成家並育有後代，鳴人與雛田（兒：漩渦慕留人 女：漩渦向日葵）、佐助與小櫻（宇智波佐良娜）、鹿丸與手鞠（奈良鹿台）、佐井與井野（山中井陣）、丁次與卡魯伊（秋道蝶蝶）、李洛克（梅塔魯·李），牙與小環交往但未婚。
• 大蛇丸以自己的基因製造出人造人巳杯和巳月，將其視作兒子般疼愛（巳月首次登場於外傳《七代目火影與緋色的花月》）。

七代目火影與緋色的花月

寫輪眼的少年

• 漩渦慕留人：鳴人與雛田的長子，向日葵的哥哥。與父親鳴人的童年不同，過著衣食無憂的生活，個性調皮倔強。天資聰慧，在忍者學校成績優異。但對很少回家的父親抱有不滿。
• 宇智波佐良娜：佐助與櫻的女兒，繼承了父母的性格，成熟懂事，表面剛強卻又敏感渴望關懷。從出生起到現在都沒有在記憶中見到過父親佐助，也不知曉宇智波一族的過去。
• 巳月：大蛇丸用自己基因製造的「兒子」，與慕留人是好友。有些不懂人情世故，實力非常強，能夠使用龍地洞的仙人模式。
• 秋道蝶蝶：丁次與卡魯伊的女兒，繼承了與丁次相似的豐滿體型和吃貨屬性，但並不像父親那般介意被說肥胖，性格天真爛漫。與佐良娜是好友。

此時距離第四次忍界大戰已經15年之久，新生代的忍者們年紀也一如鳴人他們當年下忍時期一般大，忍者學校的畢業考試即將來臨，慕留人和巳月躍躍欲試，但佐良娜卻對於自己為何要成為忍者而感到迷茫。在聽到慕留人和蝶蝶吐槽父親後也開始對於自己的父親感到好奇，並詢問小櫻，由於言語過激導致小櫻發火，一不小心打壞了還沒有還清貸款的房子，打擊過大而昏迷暫時住到靜音家休養。佐良娜回到被毀壞的房屋尋找父母的相框時，從當年佐助和鷹小隊的合影中，發現了一個和自己一樣戴著眼鏡的女人（香燐），這使得佐良娜對自己的身世感到了質疑，查詢了有關自己的出生也沒有結果，詢問靜音時也得不到答案。與此同時，佐助在執行機密任務的途中，遇到了一名擁有寫輪眼的白色少年的襲擊並短暫交手，

某日，蝶蝶因為抱怨自己父母曾對佐良娜吐槽自己會不會不是自己父母親生的，佐良娜雖然心照不宣，但兩人還是靈機一動制定了出村旅行尋找親生父母的計畫。而鳴人也接到了佐助傳回的訊息，通報了關於寫輪眼少年的事情，卡卡西認為可能與大蛇丸有關，鳴人決定前往與佐助匯合調查此事，而這些對話正好被前往火影辦公室尋找鳴人和靜音的佐良娜聽到，於是佐良娜和蝶蝶準備尾隨鳴人前去趕往佐助的所在地（而鳴人早就發現了兩人在跟著自己），由於鳴人動身太快，導致前來送便當的慕留人沒能送到，而佐良娜則從慕留人手上接過便當，答應幫慕留人送到鳴人手上，趕路途中，自稱宇智波信的那名寫輪眼少年阻攔住兩人的去路，並準備抓住佐良娜，短暫交戰中兩人陷入劣勢，危機關頭被趕來的鳴人救下，宇智波信由於不敵而逃離。

父女重逢

三人在休息時，佐良娜從鳴人身上感受到了溫暖的關懷，並從鳴人那裡了解一些關於佐助的事情，越發加深了對父親的思念。途中一時心切佐良娜以上廁所為由，趕往佐助的去處，強烈的情感時佐良娜開啟了一勾玉寫輪眼，終於遇到佐助後，佐助由於先前的寫輪眼少年的襲擊加之十幾年沒有和女兒相見，將佐良娜視為敵人刀刃相向，在佐良娜呼喊「爸爸！」後佐助才終於意識到這是自己的女兒，不擅言辭的佐助面對此等情形一時間無言以對，冷靜下來後，佐良娜對佐助問出了自己懷疑小櫻不是自己親生母親的疑問，面對佐良娜的輪番質問，佐助卻只是淡然到：「與你沒有關係」。

實際上佐助常年不回村便是因為發現了輝夜的白絕軍團早在忍者時代之前許久就已經誕生，推測出可能存在會有輝夜都感覺到威脅的存在，佐助獨自開始調查這件事情並作為只有五影會談的參與者和妻子小櫻知道的機密任務而保密。佐良娜對態度冷淡的佐助感到失望，但鳴人仍對佐良娜說：「你的父親，是世上最偉大的忍者」，並希望她能相信自己的父母。此時小櫻為了解開佐良娜的誤會也正在全力追向鳴人等人。

而宇智波信（本體）和他製造的寫輪眼複製人開始突襲鳴人和佐助，由於佐助調查時空間導致瞳力沒有恢復加上鳴佐二人有些輕敵，均被信的萬花筒寫輪眼能力所傷，而趕來的小櫻對宇智波信發起攻擊將其打成重傷，在原第七班成員集結並交談時，信趁機用自己製造的小克隆體發動時空間忍術，將自己、複製人和小櫻帶回了自己的根據地，為了尋找小櫻和信的下落，鳴人等人決定尋找大蛇丸。從大蛇丸口中，鳴人等人得知信曾是大蛇丸的實驗體，並且相當崇拜宇智波鼬，但非宇智波一族的人，由於他不會對移植的器官產生排異反應的特殊體質，他的手臂也被用來為團藏移植寫輪眼。

紐帶的形式

在大蛇丸的根據地里，佐良娜認出了水月和重吾便是那張合影里與佐助一起的人，趁著大蛇丸帶鳴人和佐助討論關於信的事情時，佐良娜偷偷找到水月詢問了關於香燐的情況，並誤會佐助當年與香燐有什麼不可告人的關係，水月答應幫佐良娜做基因鑑定，翻箱倒櫃的找到了被香燐稱為「和自己身體相連般重要」的東西，被水月誤認為有香燐的基因（其實是佐良娜的臍帶），和佐良娜的基因進行對比後，結果理所當然的一致，進一步加深了誤會，這使得佐良娜覺得自己一直以來都在被欺騙，但在鳴人的安撫下，佐良娜回想起小櫻一直以來對自己的母愛，決定前去信的根據地一起去救出小櫻。

小櫻在與信的交戰中，瞳力恢復的佐助趕來，輕易就打敗了宇智波信，虛弱的信原本準備讓複製人繼續當擋箭牌，但逐漸有了自我人格的複製人們背叛了信，大量的複製人向鳴人等人襲來，鳴人為了不傷到他們，使用多重影分身將其一一制服，信準備趁機逃走並抓住佐良娜和蝶蝶，但用於釋放時空間忍術的克隆體被佐良娜擊殺，信也傷重死去，隨後佐良娜展現了實力擊敗了許多複製人，全部複製人都被制服，鳴人認為他們都還只是孩子，不對其下殺手，決定將他們送往由藥師兜開設的木葉的孤兒院進行管教，而佐良娜也終於消除了和父母的芥蒂和誤會，從來沒和家人合影過的佐助，也和家人一塊合影留念，之後再次暫時離開村子調查。

經過此次事件中鳴人的教導，佐良娜心中對忍者的定義的疑惑亦一同消除，於是以鳴人為榜樣，希望成為能夠幫助村中所有人的火影，對父親鳴人因為火影職務經常無法顧及家庭的慕留人聽到了佐良娜的夢想後，暗自說道「火影什麼的無聊透頂」。與此同時，香燐告訴水月，那塊臍帶不是她的，而其實是她幫櫻為佐良娜接生時留下的。香燐怒斥水月，讓水月去向佐良娜道歉，並順帶為佐良娜送一副更適合的眼鏡。

新中忍考試

異空間的戰鬥

• 大筒木桃式：大筒木一族本家的人之一，稱呼輝夜為「一族之恥」，能夠將查克拉煉成丹藥，服下丹藥便能長生不老並增強力量。
• 大筒木金式：大筒木一族本家的人之一，桃式的部下。

佐助在調查輝夜的空間時遇到了為了懲戒輝夜而來到地球的大筒木桃式和大筒木金式主僕。桃式派金式與佐助對決，雙方一時間難分勝負，桃式便帶著金式離開了。

之後桃式和金式來到地球，找到了八尾人柱力奇拉比，並擊敗了尾獸化的奇拉比將八尾吸收轉化為「丹」（但其實被吸收的是八尾的觸手分身，奇拉比本人生命無礙堪稱命最大的人柱力）。

新中忍考試

忍者學校的畢業考試後，新生代的忍者們紛紛晉升為下忍，慕留人、佐良娜和巳月由上忍猿飛木葉丸作為隊長，組成了新生代第七班。

由於鳴人成為火影后工作繁忙，經常無暇顧及家庭，這導致慕留人無法認同身為火影的鳴人。後來遇到了回到木葉來鳴人家準備找鳴人通報任務的佐助，慕留人知曉佐助被稱為鳴人「唯一的對手」，為了能夠了解鳴人的弱點並超越鳴人，他決定拜佐助為師，佐助卻以慕留人不會螺旋丸為由拒絕，為了得到佐助的認可，慕留人找到木葉丸開始了螺旋丸的修行，並練成了雖然小但能夠隱形的特殊螺旋丸。

中忍考試即將開始，科學忍具班的班長遠野方助找到鳴人，希望在中忍考試中推廣科學忍具，但被鳴人駁回。慕留人表面上雖然很討厭父親鳴人，但實際上卻非常希望得到父親的認可和關心，為了得到鳴人的關注，慕留人和佐良娜、巳月一起報名了中忍考試，而方助利用了慕留人不惜一切也要通過考試的迫切，讓慕留人戴上了特製的科學忍具在中忍考試中作弊。慕留人利用科學忍具順利的使出了正常的螺旋丸，佐助看破了但沒有拆穿，帶著慕留人進行修行。

中忍考試正式開始後，慕留人等人通過了第一場智力測驗考試，但第二場考試團隊戰中一時間陷入苦戰，但靠著科學忍具的力量逆轉了戰局，在第三場考試一對一對決中，利用科學忍具的力量過關斬將，但在與鹿台的對決中被鳴人察覺到可疑之處，經由雛田的白眼確認後，鳴人當眾揭發了作弊的慕留人，並取消了慕留人的忍者資格，而此時方助來到會場中央，趁機向木葉和各國推銷自己的科學忍具。

桃式來襲

桃式和金式突然降臨考試會場大肆破壞，面對能夠吸收和加倍反彈忍術的桃式，鳴人全力保護村民後落敗，被桃式和金式抓走吸收查克拉，慕留人了解了父親身為火影的責任，卻什麼都無法做到，被佐助勸導後，慕留人決定抱著必死的覺悟，與佐助和其他五影來到異空間與桃式和金式對決。桃式為了增強力量，將金式煉作丹藥服下，鳴人和佐助聯手對抗桃式，從基礎的體術到「威裝·須佐能乎」，桃式被打得節節敗退，但正當局勢有利之時，之前趁著佐助打開時空間溜進來的方助和科學忍具班的人為了向所有人證明科學忍具的力量，對著虛弱的桃式發射了大量忍術，但全被桃式吸收並增強了桃式的力量。

這時佐助利用了慕留人的可以隱形的特殊螺旋丸找到了打敗桃式的方法，在鳴人和佐助的幫助下，慕留人使出了「超漩渦螺旋丸」與桃式對拼，並成功消滅了桃式。事件結束後慕留人理解了鳴人身為火影所肩負的責任，父子和解，並決定成為像佐助那樣暗中守護村子的英雄。佐良娜崇拜鳴人，慕留人崇拜佐助，真讓人懷疑是不是抱錯了（霧）