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在某一個宇宙里，史蒂芬·斯特蘭奇在那場改變了他的命運的車禍里失去的不是他的雙手，而是他的摯愛克里斯汀·帕默。為了扭轉死亡，這個斯特蘭奇和無數個不同宇宙的自己一樣走上了秘術的道路。接下來的故事與主宇宙的故事大相逕庭，斯特蘭奇發現了阿戈摩托之眼，並在古一去世後用它的力量擊敗了多瑪姆，成為了至尊法師。
然而，斯特蘭奇無法放下過去，不顧王的勸告選擇用阿戈摩托之眼改變克里斯汀的命運。但是無論他如何嘗試包括在那天鴿了克里斯汀、全神貫注開車、不去參加那場論壇等等等等，克里斯汀總是不可避免地死亡。在又一次失敗的嘗試後斯特蘭奇絕望地跪在汽車的殘骸邊上，此時古一出現，告訴他克里斯汀的死亡是時間線中的一個時間絕對點。絕對點無法被改變或避免，一旦被反轉會導致斯特蘭奇無法打敗多瑪姆也無法成為至尊法師。古一勸他放棄，但是固執的斯特蘭奇認為自己的力量只是不夠強大，執意要繼續嘗試，導致古一不得不攻擊他。可是斯特蘭奇還是成功逃脫併到達了失落的卡廖斯特羅圖書館，因為傳說中卡廖斯特羅這位法師成功打破了一個絕對點。在圖書管理員奧本格的帶領下，斯特蘭奇找到了卡廖斯特羅之書。
斯特蘭奇開始召喚魔法生物，試圖汲取他們的力量，即使期間奧本格勸說他放下過去也沒有聽從。無數的歲月過去，斯特蘭奇吞噬了數不清的魔法生物，法力強大到甚至可以察覺更高維的生物觀察者尤阿圖。當他終於離開圖書館後，卻發現奧本格已經老去。斯特蘭奇本想用時間寶石讓他重返青春，但是被奧本格阻止。同時奧本格告訴他實際上並不是一個完整的人。原來在斯特蘭奇執意要重塑過去，古一攻擊他時將那一刻的時間線連同斯特蘭奇一分為二，其中一個去到了卡廖斯特羅圖書館，另一個則選擇放下過去回到現世。此刻另一個斯特蘭奇也通過星體投射形態的古一得知了此事。古一警告他如果他的二重身成功扭轉了時間絕對點就會創造出一個時間悖論，而這個時間悖論將足以使整個宇宙崩塌消散。
吞噬了魔物的斯特蘭奇很快找到了自己的二重身，將他傳送到了自己的空間。斯特蘭奇要求二重身與自己合體，從而幫助自己拯救克里斯汀，但是二重身為了保護宇宙拒絕了他，二人交戰。但是吞噬了魔物的斯特蘭奇過於強大，還是成功吞噬了自己的二重身，再一次變得完整，成為了至尊奇異博士。至尊博士用自己的力量復活了克里斯汀，但是克里斯汀被他魔物一般的外表嚇得魂不附體，並且幾乎立刻開始隨著宇宙一起消散。驚恐的斯特蘭奇試圖用自己的法力創造出一個口袋宇宙來阻止克里斯汀消散。終於認識到自己的錯誤的他乞求在一旁觀察的觀察者修復這一切，但是遭到了拒絕。最後，包括克里斯汀在內的一切全部消失殆盡，只剩下絕望的至尊博士跪在口袋宇宙中，為自己的自大而懊悔不已。
過了一段時間，觀察者突然慌不擇路地逃到了至尊博士的口袋宇宙中。原來某一個宇宙內沒有被復仇者阻止的奧創在獲得了六顆無限寶石後察覺到了觀察者和多元宇宙的存在，意圖征服所有的宇宙並且大敗觀察者。在至尊博士的幫助下，觀察者招募了一群多元宇宙守護者，他們是:卡特隊長，迷失於時空的戰士;「星爵」特查拉，掠奪者首領;卡魔拉，滅霸毀滅者;基爾芒格，托尼·斯塔克的前門徒;派對雷神，阿斯加德王子，以及至尊博士本人。
眾人制定了計畫，引誘六神奧創出現，隨後設法從他的盔甲上分離出靈魂寶石，最後交給卡魔拉用無限粉碎器毀滅它們。計畫梳理完畢後，守護者們立刻出發，來到一個荒蕪的宇宙為第二天迎戰奧創做準備。在基礎布防完畢後，至尊博士為每人變出了一份飲品，進行了一番祝酒不過博士的祝酒詞極其糟糕，搞得好像所有人都必死無疑一般，場面一度尷尬，直到特查拉為他解圍。結果派對雷神喝完啤酒之後一時興起向天空釋放了一道閃電，引起了奧創的注意，導致戰鬥提前開始。
博士立刻為所有人施加了保護咒，幫助隊友們挺過了奧創的第一波攻擊。派對雷神向奧創擲出了妙爾尼爾，同時博士發動了艾克恩之形變出了無數妙爾尼爾攻擊奧創。同時卡特隊長在星爵的輔助下用博士強化的盾牌擊中了奧創，隨後博士用妙爾尼爾形成一顆球體，將奧創困在其中，派對雷神則立刻為之施加雷電。奧創很快打破了妙爾尼爾的束縛，博士立刻釋放了三頭龍，用龍火焚燒奧創，但是三頭龍很快被它用力量寶石摧毀。博士立刻打開了通往喪屍宇宙的傳送門，將無數喪屍扔到了奧創身上，自己則帶著隊友與星爵偷到的靈魂寶石撤退回奧創的原始宇宙。到那裡時眾人還遇到了這個宇宙的黑寡婦。博士立刻為她施加了保護咒。
奧創很快解決了喪屍跟了過來，憤怒地爆發出了足以摧毀星系的能量。但是沒想到在博士的保護咒的作用下，一行人毫髮無損，而這股能量本身甚至被博士輕鬆吸收。惱怒的奧創接下來遭到了所有人的襲擊，開始了混戰，期間博士的保護咒持續保護著隊友。奧創最終發動了時間寶石的力量，放慢並回溯了時間，正打算取回靈魂寶石時卻突然遭到了至尊博士的阻攔——博士用自己的時間寶石成功抵消了奧創回溯時間的效果並且釋放了隊友們。奧創隨後巨大化，博士也毫不示弱地釋放了巨型觸手，把奧創逼回了原形，隨後在派對雷神的幫助下控制住了奧創，給了卡魔拉機會使用了無限粉碎器。
正當眾人以為一切都結束之時，異變發生了:奧創竟然毫髮無損地出現在眼前，胸口的無限寶石也一顆沒少。原來由於不同宇宙的物理法則不同，卡魔拉的無限粉碎器只適用於她的宇宙里的無限寶石，對奧創的寶石無效。重新奪回六顆寶石的奧創發動了攻擊，卻又一次被博士的保護咒擋了下來。奧創這才發現博士才是這支隊伍的主心骨，於是開始著重攻擊博士。這就給了黑寡婦與卡特隊長可乘之機:卡特強行掰開了奧創的面具，黑寡婦則趁機用載有阿尼姆·佐拉的意識的箭矢射中了奧創的眼睛。佐拉的意識如同病毒一般侵蝕了奧創的意識，使他墜落倒地。
再一次，正當所有人以為一切都結束的時候，異變再次產生:基爾芒格盜取了奧創的六神盔甲。正當他準備摧毀其他人時，完全占據了奧創身軀的佐拉站了起來，開始與基爾芒格爭奪無限寶石。博士趁機在觀察者的輔助下將二人全部困在了一個口袋宇宙內。至此，一切終於結束了。隨後，博士將眾人送回了家，自己則回到了口袋宇宙中監視基爾芒格和佐拉。
這一戰中的MVP毫無疑問是至尊奇異博士，如果沒有博士所有人早就團滅了，可見至尊博士的強大。然而接下來的故事和這一戰形成了鮮明的對比，極為諷刺。
歲月緩緩流逝，某一天博士突然來到了一個宇宙魔方墜落在美洲的宇宙，接觸了印第安英雄卡霍莉和她的族人，但是理由未知。
過了一陣子，卡特隊長在一個還處在1602年的宇宙中完成任務後突然遇到了至尊博士。卡特拜託博士帶自己回家，博士同意並且帶她來到了自己的辦公室。原來在上次大戰後，博士一直在抓捕擁有足以毀滅宇宙的力量的惡人，將他們關押在自己的至尊聖所里。這時，博士告訴卡特有一個人逃走了，請求卡特幫助自己抓回來。卡特在斯特蘭奇一番勸說之後答應幫忙，於是博士將她送到了南達科他惡地——他跟丟那傢伙的地方。卡特前去調查，結果卻遇到了卡霍莉槽點:卡霍莉僅僅是被空間寶石賦予了極速與衝擊光束，至尊博士能和有六顆無限寶石加持的奧創打得難解難分卻抓不住一個只有一顆寶石力量的印第安人。卡霍莉警告卡特斯特蘭奇有問題，隨後二人立刻被博士傳送了回來。博士立刻試圖封印卡霍莉，但是卡霍莉用自己的力量進行抵抗，並告訴了卡特至尊博士的真正目的:他正在收集英雄和惡人，將他們扔進一個鍛造爐，來讓自己的宇宙重生槽點:上一季中都洗心革面了這季居然又開始了，好了傷疤忘了疼是吧卡特為了阻止博士釋放了許多被博士抓捕的英雄與反派，博士不得不著手再次封印他們。
博士阻止完暴動之後在鍛造爐門口截到了卡霍莉與卡特，三人開始混戰。由於三人勢均力敵，戰局陷入了僵局，博士開始強行向鍛造爐里投放英雄與反派。但是墜入爐中的人們開始向卡特與卡霍莉輸送裝備，扭轉了戰局。槽點:扔上來的裝備遠比卡特與卡霍莉可以操作的多，博士但凡也利用其中幾個都不會被壓著打惱怒的博士釋放了自己體內的魔物，但是這群魔物被手持六顆無限寶石的卡特一拳打出了博士體內。槽點:當時挨了六神奧創那麼多下都沒事，換卡特就一拳直接打趴了最後良心發現的博士和體內的魔物一齊墜入了鍛造爐內，摧毀了鍛造爐。隨後，博士的宇宙竟然真的復生了，但是史蒂芬·斯特蘭奇再也沒有在這個新宇宙中出生。他用自己和無數人的性命換回了這個宇宙，但是依然永遠見不到他的摯愛。至此，至尊博士的故事告一段落。
一段時間後，觀察者尤阿圖因為過度干涉而被其他觀察者緝捕，尤阿圖帶著卡特隊長、卡霍莉、雷神暴風女等人且戰且退，把觀察者們引到了至尊博士重鑄的宇宙里。在這個包含了至尊博士意志的宇宙里，觀察者們的力量被完全剝奪，使得尤阿圖有了機會去勸解他們，最終眾人和解。槽點:打到最後還得靠至尊博士，所以強大到能約束觀察者的博士在上一季能被卡特和卡霍莉打敗簡直是荒唐。
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