蔚藍檔案/主線劇情/最終篇
人物介紹：包括七神凜在內的聯邦學生會眾成員、研討會代表；三一的歌住櫻子，聖園彌香，桐藤渚，百合園聖亞；萬魔殿的羽沼真琴、棗伊呂波、丹花伊吹等五人；生活安全局的馬槍之王、甜甜圈小姐和尾刃神奈局長；RABBIT小隊四人組[1]；凱撒傭兵部隊和FOX小隊[2]。
Final.一切奇蹟的起點
- 第一章：沙勒奪回戰
- 在奇普托斯各地觀測到的異常將立於薄冰之上的日常崩毀，疑惑和陰謀彼此糾纏——究竟夏萊能否克服這個危機呢？
1.序幕
被顛覆的故事終於開始了；沒有脈絡，沒有類型，沒有蓋然性也沒有真實性的故事將會走向何方.....
2.災難
葛葉以前曾拯救過因為色彩而陷入生命危險的百合園聖亞；老師在夢中遇見了擁有被侵蝕的光環的少女，（在被阿洛娜喚醒後）於是找到凜，和她談論這個不祥的夢。
3.日常生活的裂痕①
凱撒PMC在阿拜多斯發掘地發現了
4.日常生活的裂痕②
櫻子確認了尤絲緹娜聖徒會會長留下的
5.日常生活的裂痕③
RABBIT小隊的幹員們一邊在幫助奇普托斯的居民和外國旅客們，一邊在小兔子公園繼續生活着；另一邊在奇普托斯的某處舉行了蓋瑪特里亞的秘密會議最終德卡考瑪尼等人趕走了執意追尋並吸引「色彩」來對自己升格的「夫人」。
6.災難前兆 聯邦理事會在奇普托斯上空觀測到了六個並不實際存在的質量體。為了解決問題，凜召集了各個自管區的理事會代表，並且成立了緊急對策委員會（儘管因為老師被綁架而告吹）。
7.緊急對策委員會的召集
登場的角色：凱撒PMC，沙勒老師，什亭之匣中的阿洛娜
各個自管區的理事會代表收到了緊急對策委員會的召集邀請書。沙勒老師為了參加緊急對策委員會，搭乘了聯邦理事會派來的直升機，但這其實是凱撒PMC和不知火花耶共同策劃的陷阱。
8.光的到來
白子在追查凱撒PMC可疑行跡的過程中遇見某物後失去了聯絡。另一方面，什亭之匣里的阿洛娜警告說有什麼東西正在接近，同時奇普托斯全境內也發現了異變。
9.衝突（上）
老師在神奈局長的協助下成功逃出監牢。稍微喘了口氣後，神奈局長開始解釋並確認老師被綁票後發生的事情.....
10.衝突（下）
小凜因為問責決議案而被暫停了所有的權限；此時凱撒PMC（包括SOF部隊在內）闖入了業務停擺的聯邦理事會......
11.逃亡（上）
老師收到了神奈局長的什亭之匣（
12.逃亡（下）
在凱撒PMC的人海戰術之下，老師（和阿洛娜）一行人面臨生死攸關的危機；RABBITS小隊在收到阿洛娜發出不到一秒的聯絡後閃亮登場，順利救出了大家。
13.沙勒奪回之戰（上）
（順利逃離了PMC基地後，我們暫時躲在了小兔子公園裏.....）
因為凱撒佔領了聯邦理事會，D.U.全區已經宣佈進入戒嚴狀態。為了平息眼前的混亂並營救出被囚禁在沙勒活動室的小凜等人（除桃可，阿步以外），以RABBIT小隊和生活安全局為首的沙勒奪回之戰開始了......
14.沙勒奪回之戰（下）
數秘會遭到了
15.被顛覆的故事
通信網絡終於恢復了，老師的手機同時收到了數百條未讀消息；連片刻喘息的時間也沒有，不知從哪裏突然響起令人不舒服|不祥的的警告聲；一個叫
- 第2章 虛偽聖所攻略戰
- 奇普托斯突然出現了六座高塔；天空被不詳的赤紅籠罩，未曾出現的危險向奇普托斯襲來。老師能夠順利解決的這個狀況嗎？
登場的角色：七神凜、阿步、桃可三位聯邦學生會成員；沙勒老師，阿洛娜
1.色彩的引導者
奇普托斯因為突如其來的異常現象而陷入混亂；老師打算使用『大人的卡片』平息眼前的混亂。來歷不明的存在出現在老師面前並留下了耐人尋味的忠告。
2.作戰會議
學生們收到了老師的聯絡後陸續前往沙勒。她們為了解決眼前的狀況，在小凜的帶領下收集情報並制定作戰計劃。為了拯救接觸了聖所的人，老師和聖婭決定尋找葛葉。聽到消息後，尼亞請求將搜索葛葉的任務交給自己。
3.作戰準備工作（上）
攻略聖所的作戰開始了；對策委員會與便利屋68在阿拜多斯沙漠待命；C&C、艾米（和泉元英美）、鶴城和一花在千禧年廢墟地區待命；遊戲開發部、日奈和RABBITS在斯蘭皮亞各自就位......
4.作戰準備工作（中）
隨着紗織的歸隊，聚集在一起的奧利斯特遣隊也回應了老師和外籍志願部隊的召集；修女會和救護騎士團在第四聖所待機。 儘管攻略第五聖所遇到了困難，但溫泉開發部和被釋放的小雪伸出了援手。接着第六聖所也完成了居民的疏散。同時尼亞向忍術研究部轉達了前往大雪原搜索百花繚亂部部長的任務。
5.作戰準備工作（下）
一切準備就緒了，老師和指揮官宣佈聖所攻略戰與自管區防禦戰開始。
【點擊】作戰開始！！
- 所有防禦和進攻都需要沙勒老師和指揮官們及各個學園的通訊員進行指揮；
千禧年的C&C女僕特勤隊人員成功抵達千禧年廢墟地區，日奈、RABBITS、遊戲開發部和聯合支援部隊抵達並準備好進攻第三虛偽聖所，星野等對策委員會成員等人；櫻子、奧利斯小隊也做好了準備.......之後一起表示：準備就緒！！
在沙勒老師和眾多支援部隊指揮官們的一聲令下，正式開始了聖所攻略戰與自管區防禦戰。
6.攻略第一聖所·阿拜多斯沙漠地區
登場人物：除白子以外的對策委員會全員，便利屋68的4人
便利屋68和對策委員會在阿拜多斯沙漠地區開始攻略第一虛偽聖所。
【點擊】開始攻略第一虛偽聖所
- 以阿拜多斯的對策委員會（除白子以外的對策委員會）與歌赫娜的便利屋68為主力，開始對抗第一聖所的守護者「色彩」比納。
在小真紀的提醒之下，星野成功抗下了比納發射的強大激光.......其他人無大礙並且得以繼續進攻第一虛偽聖所（也令小真紀感到吃驚.....其表示阿拜多斯各位都是牛人！）。
| 第一聖所結果 |
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小凜宣佈第一聖所已被摧毀了.....一號聖所守護者色彩比納已被擊倒。 |
7.自管區防禦作戰·山海經
登場人物：山海經玄龍門成員們（負責協助玄武商會），梅花園，煉丹研究會人員，玄武商會以及其他參與山海經防禦作戰的人員
為了保衛山海經，梅花園、煉丹研究會和玄武商會全都出動了；而玄武門門主妃咲也開始行動，派遣她的保鏢近衛彌奈去協助。
8.自管區防禦戰·紅冬
真里奈率領紅冬親衛隊，實梨則和工務部門一起保衛紅冬聯邦學院。227號特別班雖然負責管理避難所，但在那邊卻沒看見切里諾。
9.攻略第二虛偽聖所·千禧年廢墟地區
登場人物：C&C女僕空降特遣隊、和泉元英美、劍先弦生（負責正面對抗敵軍）
【點擊】開始攻略千禧年第二虛偽聖所
- C&C女僕特遣隊空降後滲透至軍工廠的中心，弦生等其他支援部隊負責正面抵擋敵軍進攻；大家約好在切賽德前碰面，就這樣展開了第二聖所的攻城戰....
【點擊】攻略千禧年第二虛偽聖所期間
- 妮露和鶴城率先對抗切賽德的軍隊。但神明十文字兵力沒減少反而還增多了，就在危機感高漲之際，紅冬聯邦學院的援軍加入了此次戰鬥。
| 第二虛偽聖所戰鬥結果 |
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桃可宣告第二聖所已被摧毀了，聖所守護者「切賽德」已沉默；並稱讚了沙勒老師和指揮官們的出色指揮能力。 |
10.自管區防衛作戰·百鬼夜行
百鬼夜行聯合學院的大家齊心協力保衛自管區；修行部為先鋒，街頭魅魁們作為前者的支援部隊；而慶典運營部人員[6]作為後方補給支援單位。
11.自管區防衛作戰·歌赫娜
糾察部為了保衛歌赫娜學院周圍而集結。除了攻略第三聖所的日奈外，所有成員和其他部隊都到齊了。糾察部雖然期待萬魔殿能夠給予支援，但出現在亞子眼前的皋月卻未能給予糾察部太大幫助，反而讓小千夏等人對此吐槽。
12.攻略第三虛偽聖所·
RABBIT小隊、部分聯合支援部隊、遊戲開發部以及日奈在第三聖所———廢棄遊樂園前集合。遊戲開發部甚至準備了UZQueen專用機體，一起參加了聖所的攻略行動。
【點擊】開始攻略第三虛偽聖所
- RABBIT小隊、遊戲開發部以及日奈等人在對抗第三聖所的守護者：白&黑雙子。
隨着柚子女王下令正式開始第三虛偽聖所攻略戰，日奈等人也做好了進攻準備。
【點擊】第三虛偽聖所攻略結果
- 阿步宣佈第三虛偽聖所已經被摧毀了，之後她向沙勒老師以及共同參加第三虛偽聖所攻略攻略行動的聯合支援部隊的指揮官們表示感謝。
13.自管區防禦作戰·聖三一綜合學園（上）
為了保衛聖三一學園附近的區域，三一綜合學園的正義實現部、圖書管理部、自警隊、各個部門分別按照各自的職責執行民眾疏散、攔截敵軍等任務；令人出乎意料的是，連茶話會的也參加了此次行動，戰況變得更加激烈.....聖三一學園的疏散任務包給了蓮實等正義實現部幹員、圖書管理部......
【點擊】在阿憂的圖書館兼藏身處這邊......
- 志美子指揮避難群眾[7]前往堅固的圖書館；但是導致了部長阿憂感到極為傷心......
隨着茶會[8]、甜點部四人組等聯合力量加入支援正義實現部的行動後，成功擊退了聖徒會敵軍。
14.自管區防禦作戰·聖三一綜合學園（下）
三一的主要成員集結的學院附近戰鬥大致上已經告一段落，但是小聖婭察覺到有部分在遺址附近的市民還沒能撤離，經過真白和狙擊部隊人員確認；小春和一小部分外籍志願者在遺蹟地帶附近陷入苦戰中；這讓蓮實等人難以置信，就在此時未花向其諮詢了她新朋友的地點......
就在此時，茶會的
【點擊】此時在遺址附近......
- 市民們陷入了生命危機中......此時小春的武器彈藥已經見底了......而她和很少一部分外籍人員還在拼命安撫市民們：支援單位馬上就到.....之後，小春就在其認為自己必死無疑時......未花登場了：「嗨，那邊的朋友們，不好意思打擾啦！」
在這之後，未花為了保護自己的受傷的新朋友，說出了和老師救自己時一樣的台詞：「你們這些惡棍，都是你們幹的好事是吧，對我最重要的朋友做了什麼？？！！！居然敢這麼對待我這麼重要的朋友！」....最後以自己的強大單兵戰鬥力掃蕩乾淨了遺址內的所有敵軍......等到了蓮實等人趕到後，發現小春毫無大礙後，向未花表示了真誠的感謝。
15.攻略第四聖所·地下墓穴內部巴西利卡
為了攻略第四聖所，花子和
| 花子和櫻子兩人的裝束皆令在場所有人大飽眼福..... |
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此時櫻子穿着聖徒會禮服出場了並聲稱自己珊珊來遲了，這既「刺激到」了三一指揮官花子，也震撼到了姐妹會的瑪麗、日向等人.....；櫻子向大家介紹了此件禮裝的由來並宣稱其為吾乃之覺悟！ 此時花子驚奇的反駁道：這是你的覺悟？！就是這身性感的服裝嗎！？這就是........姐妹會要傳承的 日向等人對花子指揮官大感震驚，也讓櫻子吃驚並尷尬不已；更是令參加此次行動的聯合特遣官兵們大飽眼福.....；此時日向，瑪麗兩人都在懺悔我等之過錯，願上帝寬恕我等之過錯....... 在這之後，花子為了照應櫻子的覺悟，於是乎她脫下了JK服並露出了其中的泳衣並宣稱一切準備就緒了，現在開始進攻第四聖所！ |
【點擊】地下墓穴行動開始
- 以奧利斯特遣隊、三一
姐妹會（ ）（尤其以櫻子為領袖）、三一救護騎士團為主力的聯合行動隊負責對抗第四聖所的守護者希羅尼穆斯；在穿上泳裝之後的浦和花子指揮下，進展如魚得水.....而奧利斯特遣隊甚至沒意料到自己也被編進了此次攻略行動中.....另一邊......櫻子宣佈：戰鬥開始！（ ）
【點擊】地下墓穴行動結果
- 小凜確認了
第四聖所（ ）守護者希羅尼穆斯已被擊敗並且被摧毀，她感謝並讚賞了沙勒老師和參加第四虛偽聖所的聯合特遣行動隊指揮官們出彩的指揮能力。
16.自管區防禦作戰·千禧年學院
工程部為了保衛千禧年自治區而聚集在一起。就在這時，未知的AMAS和部分聯合特遣部隊人員出現在她們眼前，但是沒有展現任何敵意，於是雙方一起展開防禦作戰。
17.攻略第五聖所·要塞城市埃里都近郊
參戰人員：包括小雪在內的研討會的成員們、溫泉開發部、參加此次攻略行動的聯合特遣部隊人員
研討會的成員們（包括特批釋放的小雪）和參加此次攻略行動的聯合特遣部隊人員為了攻略第五聖所而聚集在要塞城市埃里都近郊；溫泉開發部一方面支援聖所的攻略行動，一方面也忙於尋找新的溫泉。
【點擊】開始攻略第五聖所
- 以千禧年研討會與歌赫娜的溫泉開發部為主力，聯合特遣部隊人員為千禧年學院的支援單位，共同對抗第五聖所的守護者霍德；這時候優香等人成功將霍德引導到地面上了，而諾婭和聯合特遣部隊指揮官一邊行動一邊協助小雪解除前方的防護盾，而千尋這邊確認了所有的侵蝕塔除霍德外均被摧毀了！
【點擊】第五聖所作戰結果
- 桃可宣佈第五聖所在千禧年學院、歌赫娜的溫泉開發部和聯合特遣部隊的進攻下，已經被摧毀了；感謝了沙勒老師和參加虛偽聖所行動的指揮官們。
18.忍術部的特別使命
忍術部為了執行特別使命來到了大雪原。但眼前出現的無名守護者比想像中還要多，一行人因此陷入了危機中......就在此時，伊呂波、伊吹、真琴一行人率領着萬魔殿援軍登場。成功支援了伊吹最喜歡的忍術部。
虛妄聖所攻略戰DLC·新的危機
隨着五個聖所都被攻陷後，被摧毀的聖所再次出現了超高能量反應。為了第六聖所[9]的最後戰役，大家決定再次攻略剛剛攻陷的五個聖所；同時小凜和參戰的指揮官們宣佈：對五處復活的聖所及第六聖所的攻略，即將重新開始！！！拜託您繼續指揮了！！
19.自管區防禦作戰·D.U.白鳥區
第六聖所的守護者還沒現身，聯合行動總部決定先加強D.U.白鳥區周圍地區的防禦。美食研究會自願加強防禦作戰.....同時，迴轉者正在周圍活動。
DLC——進入第六聖所
美食研究會和之前與她們會合的日富美、小梓共同對抗在D.U.白鳥區的第六聖所守護者佩洛洛斯拉。
【點擊】第六聖所進攻結果
- 沙勒總部通知第六聖所已經完成了。
之後，也許是達成本來的目的了，所以迴轉者撤退了。小時依照日鞠的指示前往下一個目標地點。
20.最終防禦戰·沙勒大樓保衛戰
除了第六聖所外其他聖所守護者攻略準備已經全部完成了，所有自管區也完成了防禦準備。就在此時，沙勒大樓附近出現了大量的無名守護者。就在千鈞一髮之際，太妹團、蘭舞帶領的頭盔團[10]、女武神警察大隊[11]和外國特警部隊也聚集起來，共同協助保護沙勒大樓。
【點擊】所有聖所進攻準備就緒
- 所有自管區的防禦作戰以及聖所守護者的攻略準備就緒了，作戰即將開始。
DLC——進入最終聖所
【點擊】最終聖所進攻開始！
- 雖然五個聖所全部消滅了，但能量正在集中在第六聖所；現在，在「最終聖所」的決戰前，命運取決於日鞠拿出的秘密武器
【點擊】最終聖所進攻結果！
- 小凜等人宣佈最終聖所已經順利消滅了，成功拯救了奇普托斯；老師和眾多聯合部隊指揮官們對阿步、小凜等人表達了真摯的感謝！
21.意外的相遇
奇普托斯的天空終於變晴朗了。然而，連片刻喘息時間都沒有，一個意料之外的
- 第3章 阿特拉哈西斯的方舟佔領戰
- 「虛假的聖所攻略戰」順利結束，本應重新奪回平穩的天空。然而作為「虛假的聖所」前兆的不可思議的能量再次被發現——究竟老師能不能夠阻止這個狀況呢？
登場人物：所有參加阿特拉哈西斯的方舟佔領戰的奇普托斯人、沙勒老師和參加阿特拉哈西斯的方舟佔領戰的支援部隊......
1.職責
忍術研究部在百鬼夜行的大雪原某處遇見了百花繚亂的副部長名草。與此同時，突然現身的白子警告老師未來早已決定好了，其職責是把所有生命引導到
這時候，小凜等人正準備向老師表示事態惡化.......白子瞬間逃走了；留下了小綾一個人「呆若木雞」........
2.下個目標
此時奇普托斯天上再次出現了超高能量的質量體，虛妄聖所即將在線，緊迫感瀰漫開來......對策委員會的所有人目標一致，大家都決心把白子救回來。同時，色彩的引導者普雷那帕特斯的所在也被揭示出來了......
3.方法和工具
真理社等人和日鞠對推測是普雷那帕特斯所在的結構體發起導彈攻擊，但發現目前的攻擊方法根本就無法對阿特拉哈西斯方舟造成任何傷害；日鞠還發現方舟被一個球體防禦網包裹着，根本就看不見內部就更不要說看見白子了。
而就在此時......花子小姐剛剛確認聖所原材料相關信息（就是結構體引發的現象），開始向日鞠等人分析：在姐妹會學士、古書館、茶話會和超自然生物研究人員協助下，我[12]有了個答案（儘管未經過驗證）
從結論上說：奇普托斯再次出現的聖所和奇普托斯上空的結構體全部都.....維持「概率疊加狀態」（和量子力學相似）；實際上叫多維度詮釋；但是實際上那個空間並未出現分歧而是重疊交織在一起，存在與非存在概率性交織在一起形成了混沌空間；這就是為什麼在我們的世界裏，存在與否是確定的，所以是無法從物理上介入.....至少只是結構體外部是這樣......若能夠解決掉『它』就可以攻擊內部本體了。
與此同時，老師和黑服見面，從口中得知了可以接近普雷那帕特斯的方法......那就是：獻出「大人的卡片」和自己的
4.位於阿拜多斯的某物（上）
當黑服向老師介紹了空中要塞就是阿特拉哈西斯方舟，它在千禧年短暫出現過.....隨後消失不見了；真正的主人即為：「無名眾神」留下的遺產也是古代文明；要想前往那裏，這個方法就是前往阿拜多斯地區。
5.位於阿拜多斯的某物（下）
隨着日鞠、小凜等人來到了阿拜多斯，小凜介紹她在被凱撒襲擊時發生了什麼.......事後想通了他們襲擊聯邦理事會的原因所在；星野等人此時也終於了解凱撒PMC為什麼會一直盯着阿拜多斯的土地的癥結（儘管此時芹香和野宮兩人感到不解），於是為了得到「那個遠古兵器」，對策委員會眾人使用白子的戰鬥風格去前往凱撒PMC發掘現場......
在與無名守護者軍隊激戰後，終於找到了「遠古兵器」的坐標（深度的確足夠深）；大家發現，這裏就是：宇宙戰艦「烏特納比斯汀之船」
6.烏特納比斯汀之船（上）
這時候在外觀如同宇宙戰艦的「烏特納比斯汀之船」上聚集了各個學院的學員、聯邦理事會人員、精通戰術管理人員、黑客部隊......工程部眾人驚呼：宇宙戰艦！！我們手上最好的重武器就是「光之劍」！
此時小桃她們還吐槽優香是「算術妖精」；而諾婭那邊通過地面無線電安慰了優香：我們和其他外國部隊會負責好千禧年學院的防守任務的！
這時候工程部正在研究戰艦結構和動力源，真理社成功接入
7.烏特納比斯汀之船（下）
在工程部協助下，得知利用烏特納比斯汀之船就能夠攻略漂浮於空中的「阿特拉哈西斯方舟」；於是攻略
8.作戰簡報
得虧了在場的所有學員們和增援部隊官兵們，作戰簡報[14]才得以完成；老師是戰艦的總負責人，包含聯邦理事會成員在內的九名志願者則擔任通信員，而參加進攻的其他學員們（尤其是阿拜多斯學生和美食研究會四人組）作為主力行動部隊；如果任務失敗，所有人將會被灰飛煙滅.......
9.地面上的最後一夜
優香告訴了諾婭和其他士兵們要參加決死行動的消息，後者安慰小優香會和其他士兵我們會守護好整個奇普托斯的（在另一邊諾婭感慨道：應該是我們拜託你呀，優香），千萬別死！
在阿拜多斯那邊，阿拜多斯對策委員會全員會陪着小綾一起參戰的，一起親眼看見白子，已經和老師和指揮官們約定好了......；就在此時68便利屋各位也到了，就等着一起回來等着「吃拉麵」吶！佳代子本人確認了各個學院的學員一起去的，包括老師和指揮官們，不必擔心，我會陪着小綾的。
在沙漠臨時住所那邊，遊戲開發部眾人也聽說了戰艦的事情了；愛麗絲也做好了「宇宙出道」計劃，因為她的電磁炮也只有愛麗絲可以使用，也為了和「KEY」做一個了結........柚子女王也為了給老師和愛麗絲報恩，決定參加此次決死戰鬥，我等會拼死協助的！
回到三一學院這邊......花子也告訴了補習部眾人她將要參加決死行動的消息......之後補習部眾人保證：
這之後一部分修女會成員共同對花子表達了感恩之情（他們希望能讓花子作為他們的新一代指揮官），於是花子答應了他們的請求。
在歌赫娜那邊：日奈留下來負責歌赫娜學院的安全，這讓亞子安心地登上「烏特納比斯汀之船」並前去參加決死行動。
而在茶話會這邊，未花等人也會守護好地面（小渚等人還在擔心參戰學員、沙勒老師和支援人員的安慰而幾日失眠......）；SRT RABBITS們和奧利斯特遣隊會保護好地面安全的.......另一邊，小凜看着自己和聯邦理事會會長的合影.......
小凜告訴老師：所有人都已經在艦橋準備就緒了！
10.飛向天際！
這時候，工程部等人告訴了眾人好消息：通訊員的服裝已經搞定了。
這時候，通訊員們換上了專屬領航服後大感吃驚
| “ | 因为小凛是 |
” |
（此時小綾調侃道：如果只穿一會兒兒的話還好......）日鞠解釋道：這件專屬領航服可以檢測穿着者的生命體徵，幫助任務順利進行！而此時花子也在催促眾人準備任務！
小凜宣佈任務內容：此次我們將乘坐烏特納比斯汀之船前往位於奇普托斯75000米高空的「阿特拉哈西斯的方舟」，佔領它並使其失靈，然後平安返航。
檢查之後確認無誤後，小凜宣佈開始升空作戰！在加速的一瞬間，老師被震得不省人事，同時在沙勒老師的腦海中出現了許多畫面........
11.最初的故事
在沙勒老師的腦海中出現了許多畫面和會長和他說的話......於此同時，老師醒來後機艙內傳出了刺耳的警告聲.......那是因為烏特納比斯汀之船的工作頻率與方舟頻率不一致......
12.光之資格（上）
就在大家陷入危機之際，愛麗絲跳了出來並告訴了她的解決方法：那就是和自己體內的『KEY』醬做一個和解並與之合力擊碎屏障......
| 光呀——！ |
|---|
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就在和『KEY』並肩打開了電磁炮，合力擊碎了方舟屏障！而愛麗絲因為體力不支而倒下了...... |
13.光之資格（下）
就在擊碎方舟屏障的一瞬間，大家鬆了一口氣；而且在外面看，烏特納比斯汀之船成功進入了方舟內部，而且像是一根牙籤「釘」在了方舟外面一般......
| 於此同時..... |
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在電磁炮發射之後，小愛麗絲即將因反噬能量而消失.......「KEY」醬則被愛麗絲精神打動並接替她承受住了這股能量，最終「KEY」醬隨着能量被反噬，最終消失，空留下了愛麗絲一人...... |
14.開始方舟佔領戰（突進）
儘管成功進入了方舟內部，但是此時烏特納比斯汀之船失去了幾乎所有戰鬥力；於此同時，虛偽敵軍也在附近並包圍了烏特納比斯汀之船.......此時船內的學員們也開始了防衛飛船的行動。
15.阿特拉哈西斯的方舟佔領戰行動
成功擊退包圍的敵軍後，黑子伴隨着爆炸聲出現在老師等眾人面前。同時對策委員會的所有成員也出現在黑子面前，黑子感到有些驚訝並隨即離開了......在保衛烏特納比斯汀之船的同時，阿特拉哈西斯的方舟佔領戰行動也一同開始了........
DLC——阿特拉哈西斯的方舟佔領戰（在vol.3-15後）
DLC.1：阿特拉哈西斯方舟佔領戰開始
老師、學員們和參加阿特拉哈西斯方舟佔領戰的增援士兵們成功進入了阿特拉哈西斯內部。分為四個區域的阿特拉哈西斯方舟佔領戰正式開始了
DLC.2：進入阿特拉哈西斯方舟外圍第一區域
老師、學員們和增援士兵們在外圍第一區域發現維度引擎，並且遇見了阻擋在維度引擎前的無名守護者、喪屍軍隊和
【點擊】阿特拉哈西斯方舟外圍第一區域結果
- 老師等人在外圍第一區域前擊破了維度引擎。白子利用傳送門撤退，老師則繼續前往下一個區域；阿步那邊告訴了老師這個情況，也令對策委員會眾人難以置信.....；這之後千尋等真理社幹員讚賞了老師出彩表現，並且宣佈已
控制（ ）阿特拉哈西斯方舟四分之一演算能力（ ），敵方實力開始衰弱，這令眾人感到歡喜。
DLC.3：進入阿特拉哈西斯方舟外圍第二區域
小凜等人告訴了老師和增援部隊士兵們到達第二區域維度引擎面前，就在這時候.....黑子再次出現了；星野等人從綾音那裏得知了黑子就是位於第二區域維度引擎面前！！茜香，野宮等希望老師拖延她行動，並告訴他們馬上就來.......於是，阿步開始下令進攻！！
【點擊】阿特拉哈西斯方舟外圍第二區域結果
- 阿步宣佈外圍第二區域維度引擎成功擊破，此時另一邊；阿步立刻告訴了參戰學生、老師和增援官兵們：黑子要跑了......！！這時候星野等人趕到現場時，黑子又一次『跳進』黑洞中......而黑子的舉止令星野和在場的增援部隊士兵們感到很納悶.....
在地面上，千尋等真理社成員們和地面通信部隊人員確認了第二區域的維度引擎已被摧毀....進度到達一半；小凜拜託了日鞠繼續協助老師等人定位黑子，並且包括阿特拉哈西斯方舟的所有防禦系統、警報系統、通信網絡.....
同時小凜告訴老師已經進入阿特拉哈西斯方舟第三區域，拜託老師繼續作戰了！綾音等對策委員會成員們表示：我等會繼續協助老師繼續作戰的！
DLC.4：進入阿特拉哈西斯方舟外圍第三區域
老師、阿拜多斯的學員和外國士兵們在外圍第三區域的維度引擎前有遇見了『白子』；但是後來一行人得知其他地方也捕捉到了白子的信號。老師準備和再次進入交戰狀態的『白子』進行戰鬥。
【點擊】阿特拉哈西斯方舟外圍第三區域結果
- 外圍第三區域的維度引擎被破壞，『白子』再次撤退了。優香黑入中央地區後連接通信，把在中央區域發現戴着面具的白子的消息傳達給大家；為了救出白子，老師、學員們準備迎接最終決戰。
DLC.5：進入阿特拉哈西斯方舟外圍第四區域（中央區）
到達第四區域時，小凜等人這時候告訴了老師和參戰學員們要小心；於此同時，工程部宣佈「烏特納比斯汀之船」的修復工作馬上就緒，阿步等人對他們表達了感激之情！
小響等人也感到萬幸若不是真理社她們幫忙，修復時間可能更長甚至都無法部署其他部隊；這時候工程部告訴大家只要破壞掉第四維度的維度引擎就可以啟動方舟的自毀系統了；大家需要一起努力，祝各位好運！
而另一邊，老師、阿拜多斯的學員們已經抵達第四區域........
【點擊】阿特拉哈西斯方舟外圍第四區域結果
- 真理社宣佈四部維度引擎均被摧毀了！！已經成功侵入「阿特拉哈西斯方舟」所有區域，佔有率已達100%！可以啟動自爆程序，一旦啟動就不可撤銷！
另一邊，阿拜多斯的學員們也破壞了第四區域維度引擎（這時候老師趕往白子被困的區域）......
隨着白子所在區域的門被爆破打開，老師、阿拜多斯的學員們成功救出了被困的白子；於是他們往「烏特納比斯汀之船」方向撤退......
16.反擊
真理社在阿特拉哈西斯方舟上準備了自爆程序。但是，烏特納比斯汀之船早已經被敵人黑入了......就在船員們與敵人交戰期間.......之後在奇普托斯上空再次染成血紅的絕望情形下，令通訊員們和地面的學生們感到難以置信.....；與此同時，老師和白子抵達了黑入烏特納比斯汀的地點，在那裏遇見了普雷納帕特斯和另一個
- 第4章 誘騙者決戰
- 佔領鎮守於75000m高空的方舟後，一連串的騷動總算落幕——然而並非如此。誘騙者出現在老師的面前。他的意圖與這個故事的終點究竟為何——？
1.已然既定的命運
烏特納比斯汀之船被黑客入侵、奇普托斯即將走向覆滅......而且烏特納比斯汀之船被淪為阿特拉哈西斯方舟的輔助演算系統.....加速了虛偽聖所再現......與此同時，白子、老師和阿洛娜與另一個『白子』、普雷納帕特斯、另一個
2.抵抗（上）
儘管在莉音的幫助下暫時阻止了毀滅，但是形勢依舊岌岌可危......尤其在普拉娜的入侵下.....為了防止烏特納比斯汀之船自爆，大家齊心協力。
3.抵抗（中）
隱藏在地面的聖所終於再次顯現了，邁向毀滅的倒計時速度加快了。小時在搜索過程中發現了聖所，駕駛「阿比舒」機甲前去阻擊。於此同時，美食研究會四大『餓』人與楓香甩開了窮追不捨的敵人，往阿特拉哈西斯方舟那位於1200米的最下層通訊終端移動......而阿拜多斯的學員們和遊戲開發部眾人開始趕往阿特拉哈西斯方舟的東西區通訊終端......
與此同時，白子、老師和阿洛娜與另一個『白子』、普雷納帕特斯、另一個
4.抵抗（下）
在阿拜多斯對策委員會、遊戲開發部和美食研究會的拼死支援下，三處通訊終端終於被破壞了；而在最後
晴奈亦豎起了大拇指以示行動成功......
5.其他方便的備選項
（待補充）
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阿拜多斯高中
格黑娜學園
千年科學學園
三一綜合學園
百鬼夜行聯合學園
山海經高級中學
赤冬聯邦學園
女武神警察學園
SRT特殊學園
奧利斯分校
海蘭德鐵道學園 
其他學生- ↑ 即月雪宮子、空井咲、風倉萌、霞澤美游四人組
- ↑ 七度雪乃、妮可、胡桃、音葵四人；後來被RABBITS擊潰後認輸並被收監......
- ↑ 高叉緊身衣，長手套，過膝高跟靴；櫻子後來在進攻古聖堂虛偽聖所守護者（色彩化耶羅尼姆斯）時換上了那套禮裝參戰。
- ↑ 即補習部的阿慈谷日富美、白洲梓、下江小春、浦和花子四人
- ↑ 柚鳥夏、凱茜·帕魯格、栗村愛莉、伊原木喜美四位愛吃點心的少女們組成。
- ↑ 就是河和靜子、朝比奈菲娜、里濱海香三人；海香還把這次支援當成了慶典活動而被小靜子訓斥.....
- ↑ 包括來到奇普托斯旅遊的旅客（除了相當一部分自願參與疏散當地民眾和轉移傷員的摩旅車隊人員）
- ↑ 此時小聖婭已經喪失了預知未來的能力，但是其直覺進一步得到增強；從先知轉變成了L118牽引炮人肉火炮信標.....
- ↑ 根據日鞠所言，第六聖所的能量消散了，第六聖所是其他聖所的備份系統；第六聖所已經變成無防備狀態，第六聖所的守護者在這個時候登場恰恰證實了這一點！
- ↑ 包括若藻在內的太妹團隊。
- ↑ 指神奈領導的倖存的女武神警察單位（包括相當一部分前運動員，退役之後來到奇普托斯擔任女武神摩托警隊的教練們）。
- ↑ 指浦和花子本人。
- ↑ 若是算上烏特納比斯汀之船的所有可用武器系統外加超時空傳送系統，其總質量和戰鬥性能不亞於悖論引擎甚至更強大....
- ↑ 本次決死作戰行動名為：
「阿特拉哈西斯方舟佔領戰」（ ） - ↑ 指沙勒老師、阿洛娜、奇普托斯學生們